① 쟁점감정가액을 부인하고 쟁점매매사례가액을 쟁점토지 지분(2분의1)의 시가로 보아, 부당행위계산부인 규정을 적용하여 법인세를 부과한 처분의 당부② 공익법인인 청구법인이 출연받은 쟁점토지 지분을 특수관계인에게 저가양도하였으므로 시가와 매매가액의 차액을 공익목적사업 용도 외 사용한 것으로 보아 증여세를 부과한 처분의 당부

① 쟁점감정가액(13,787백만원)은 감정가액의 평균액으로 공시지가(11,201백만원) 123.1%에 해당하므로 쟁점토지를 원형대로 감정하지 아니하였거나 지가상승율 등을 반영하지 못하였다고 볼 근거가 미흡하고, 청구법인은 매수법인에게 쟁점토지의 일부 지분(1/2)을 매각한 반면, 매수법인은 제3자에게 쟁점토지의 전부를 매각하였는데, 공유토지는 재산권의 완전한 행사제한 등 고려시 매수법인이 쟁점토지의 전부를 매각한 가액(35,800백만원)에 1/2을 곱한 산출가액(쟁점매매사례가액, 17,900백만원)을 쟁점토지 일부 지분(1/2)의 시가로 봄은 비합리적임② 동일한 거래에 대하여 「법인세법」상 시가와 상증세법상 시가를 달리 적용하여 「법인세법」상 부당행위계산부인 규정과 상증세법상 저가양수 또는 고가양도에 따른 이익의 증여 규정을 달리 적용하는 것은 상증세법령의 취지에 부합하지 않음 1. 안양세무서장이 2024.5.8. 청구법인에게 한 2021사업연도 법인세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원의 부과처분은 청구법인이 2021.8.19. 주식회사 A에게 경기도 안양시 OOO 토지(OOO㎡)의 지분 2분의 1을 양도한 것에 대하여 「법인세법」 제52조에 따른 부당행위계산의 부인 규정을 적용하지 아니하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.2. 안양세무서장이 2024.5.10. 청구법인에게 한 2021.8.11. 증여분 증여세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 1998.7.1. 설립되어 의료사업을 영위하는 공익법인으로, 2018.8.28. 경기도 안양시 OOO 토지(OOO㎡, 이하 “쟁점토지”라 한다) 지분 2분의 1을 출연받고, 2021.8.11. 주식회사 A(이하 “매수법인”이라 한다)에게 쟁점토지의 지분(2분의 1)을 감정가액인 OOO원(이하 “쟁점감정가액”이라 한다)에 양도하는 계약을 체결한 후, 2021.8.19. 이를 양도(이하 “쟁점거래”라 한다)하였다.나. 중부지방국세청장은 2024.1.16.∼2024.3.18. 기간 동안 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과, ① 매수법인이 2021.11.15. 제3자에게 쟁점토지의 전부를 양도한 가액(OOO원)의 2분의 1인 OOO원(이하 “쟁점매매사례가액”이라 한다)을 청구인이 2021.8.19.양도한 쟁점토지 지분(2분의 1)의 시가로 보아, 청구법인이 특수관계법인인 매수법인에게 쟁점토지의 지분을 시가보다 저가 양도하였으므로 「법인세법」상 부당행위계산부인 규정을 적용하여 법인세를 부과하고, ② 쟁점매매사례가액과 쟁점감정가액의 차액을 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증세법”이라 한다) 제48조 제2항에 따른 공익목적사업의 용도 외에 사용한 것으로 보아, 증여세를 부과하여야 한다는 등의 조사결과를 처분청에 통보하였고, 이에 처분청은 2024.5.8. 청구법인에게 2021사업연도 법인세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 경정·고지하는 한편, 2024.5.10 청구법인에게 2021.8.11. 증여분 증여세 OOO원을 결정·고지하였다.다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.8.1. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 쟁점감정가액은 「법인세법」상 시가에 해당하며, 쟁점거래는 경제적 합리성이 있는 거래이다.(가) 청구법인과 매수법인은 공신력 있는 감정평가기관이 평가한 감정가액의 평균액으로 매매가액을 결정하였고, 이는 「법인세법」상 시가에 해당한다.1) 「법인세법」 제52조 제2항은 시가를 “건전한 사회통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격”으로 규정하면서, 같은 법 시행령 제89조 제2항에서 시가가 불분명한 경우에는 “감정평가법인 등이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액, 상증세법의 규정을 준용하여 평가한 가액을 차례대로 적용하여 계산한 금액에 따른다”고 규정하고 있다.2) 조세심판원은 이 건과 유사하게 감정가액을 부인하고 비교토지의 매매사례가액을 시가로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용한 사안에 대하여 “청구인이 당초 신고한 감정가액을 쟁점토지의 양도 당시 시가로 보는 것이 타당하다고 판단된다”고 판단하여 인용 결정한바 있다(국심 2007구2145, 2009.2.11.).3) 청구법인과 매수법인은 매매계약 당시 제3자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 찾지 못하여 각자가 공신력 있는 감정평가법인에 감정을 의뢰하여 그 감정가액의 평균액으로 거래하기로 합의하고, 쟁점토지에 대한 감정평가를 의뢰하였다.청구법인은 F에 감정평가를 의뢰하여 감정가액 OOO원을 제시받고, 매수법인은 B에 감정평가를 의뢰하여 감정가액 OOO원을 제시받아, 2개 감정가액의 평균액인 쟁점감정가액(OOO원)을 매매가액으로 하여 매매계약을 체결하였는바, 이는 「법인세법」에서 정한 시가에 해당한다.4) 부당행위계산부인 규정은 행위 당시를 기준으로 하여 판단하여야 한다.「법인세법」 제52조 제1항은 “특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다”고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제88조 제2항은 부당행위의 판단시점에 대하여 “행위 당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계인 간의 거래에 대하여 이를 적용한다”고 명시하고 있다.법원도 “주식매수선택권의 부여가 저가양도로서 부당행위계산부인의 대상이 되는지 여부는 주식매수선택권의 행사시기가 아니라 그 부여시기를 기준으로 판단하여야 할 것”이라고 판시하였는바(대법원 2010.5.27. 선고 2010두1484 판결), 그 대금을 확정 짓는 거래의 행위 당시를 기준으로 판단하여야 한다.청구법인과 매수법인은 쟁점토지의 매매대금을 확정 짓는 거래 당시 세법이 정한 시가로 거래하였고, 쟁점감정가액(OOO원)은 개별공지지가(OOO원)의 123.1%에 달하는 금액으로, 일반적이고 정상적인 거래에 의해 형성될 수 있는 객관적인 교환가치에 해당한다.(나) 청구법인은 쟁점토지의 지분을 매각하기 위해 적극적으로 노력하였고, 그 결과 매수법인에게 쟁점감정가액으로 매각할 수밖에 없었다.1) 청구법인이 쟁점토지의 지분을 출연받게 된 경위는 다음과 같다.청구법인은 2018년 10월에 만기가 도래하는 금융기관 대출금(OOO원)의 만기가 연장되어 않아 부도 위기까지 갈 수 있는 절박한 상황에서, 매수법인에게 공동으로 소유하고 있는 경기도 OOO㎡(이하 “OOO 부지”라 한다)를 공동담보로 제공해달라고 요청하였으나, 매수법인은 2017.11.13. 금융기관에 OOO 부지를 공동담보로 제공하지 않겠다는 의사를 통지하였다.이에 출연자(a, 청구법인 대표자의 모친)는 2018.8.28. 청구법인의 재무구조 개선에 도움을 주기 위해 출연자가 소유하고 있던 쟁점토지의 지분을 청구법인에 출연하게 되었다.2) 청구법인이 쟁점토지의 지분을 매각하게 된 경위는 다음과 같다.청구법인은 쟁점토지가 청구법인이 계획하고 있는 종합병원을 건립할 수 있는 토지도 아니고, 설령 건립한다고 하더라도 종전에 지역 주민의 민원으로 병원 건립을 포기했던 터라, 쟁점토지를 3년 이내에 매각하여 그 매각대금을 고유목적사업에 사용하여야만 출연재산에 대하여 면제받은 증여세를 추징당하지 않는다는 세무법인의 검토의견에 따라 다방면으로 매각을 검토하였다.청구법인은 쟁점토지의 지분을 매각하기 위해 적극적으로 노력하였고, 2020년 5월에 C 주식회사로부터 쟁점토지를 일반 의료용 부지 상태(현재 상태)로 매각하는 경우 쟁점토지의 지분을 OOO원에 매입하겠다는 제안서를 받았고, 주식회사 D로부터 OOO원에 매입하겠다는 제안을 받았으나, 매수 의향자들은 안양시에서 일반병원용지의 지목변경 및 종상향 변경 등이 어렵다는 사실을 확인한 후에는 아무런 연락이 없었다.따라서, 청구법인은 자금문제 해소를 위해 쟁점토지의 나머지 지분 1/2을 보유하고 있던 매수법인에게 쟁점토지의 지분을 쟁점감정가액에 매각하고, 동 매각대금으로 매수법인이 보유하고 있던 OOO 부지의 지분 1/2을 매입하게 된 것이다.(다) 청구법인은 공유지분 정리, 금융구조 개선 등을 위해 매수법인과 실질적인 교환거래를 하여야 하는 경영상의 합리적인 목적이 있었다.청구법인은 공유지분을 정리하여 청구법인이 OOO 부지 100%를 소유하고, 이를 통해 아래 ＜표1＞과 같이 담보자산으로서의 적격성을 확보하여 대출한도가 늘어나고 금리를 낮출 수 있는 등 금융구조를 개선하고자 실질적인 교환거래를 한 것이다.＜표1＞ 교환거래로 인한 금융구조 개선 효과 구 분 교환 전 (쟁점토지의 지분 50%, OOO 부지의 지분 50%) 교환 후 (OOO 부지의 지분 100%) 담보 성격 제한적 담보 (공유자 동의 필요 등) 완전 담보 (독자적 처분 가능) 금융 기관 선호도 낮 음 (취급기피 또는 금리 높음) 높 음 (1금융권 수용 가능, 금리 인하) 자금 조달력 <