쟁점주식 양도 당시 청구인의 최대주주 해당 여부에 있어서, 쟁점법인의 다른 법인주주를 포함하여 최대주주 해당 여부를 판단해야 하는지 여부

「소득세법 시행령」 제157조 제4항 제1호의 ‘주주 1인’에는 법인주주가 제외되는 것으로 보는 것이 타당한 법령해석으로 보이는 점, 청구인이 국세청의 종전해석을 신뢰하였다고 하더라도 이러한 1차 해석은 종국적인 해석이 아니므로 이에 대한 청구인의 신뢰는 는 보허가치 있는 이익으로 단정하기 어려워 단순한 기대이익에 불과해 보이는 점 등에 비추어 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨 심판청구를 기각한다. 1.처분개요가.청구인은 코스닥시장 상장법인 주식회사 a(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 대표이사로 재직하던 중 2021년 퇴직하였다.나.청구인은 상장법인의 대주주의 범위를 규정하는 「소득세법 시행령」제157조 제4항 제1호에 대한 국세청의 ‘법인의 주식을 소유하고 있는 주주1인에는 법인주주를 포함하는 것임’이라는 내용의 예규(국세청 재산-560, 2004.3.5., 이하 “종전해석”이라 한다)에 따라, 청구인의 최대주주 여부 판단시 다른 법인주주가 최대주주이고, 청구인은 최대주주에 해당하지 않는 것으로 보아 퇴직 후에도 계속 보유 중이던 쟁점법인의 주식 294,375주(지분율 1.64%, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 2024.7.29. 공개시장에서 매도하였다.다.기획재정부는 2024.8.29. 종전해석과 달리 ‘개정 후 「소득세법 시행령」제154조 제4항 제1호의 주주1인에 법인주주를 포함하지 않는 것임’이라는 내용의 새로운 예규(기획재정부 금융세제과-450, 2024.8.29., 이하 “신규해석”이라 한다)를 발표하였고, 청구인은 신규해석에 따라 법인주주를 제외한 나머지 주주 중 최대주주 여부를 판단할 경우 청구인과 그 특수관계자들이 최대주주에 해당(합산 지분율 2.86%) 한다고 보아, 2025.2.20. 쟁점주식 양도에 따른 2024년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.라.이후 청구인은 2025.3.24. 처분청에 쟁점주식의 양도소득은 종전해석에 따라 양도소득세 과세대상이 아님을 이유로 2024년 귀속 양도소득세 OOO원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였으나, 처분청은 2025.7.15. 이를 거부하였다.마.청구인은 이에 불복하여 2025.8.8. 이의신청을 거쳐 2025.11.11. 심판청구를 제기하였다.2.청구인 주장 및 처분청 의견가.청구인 주장(1) 청구인이 쟁점주식을 매도하고 양도소득세를 신고·납부한 경위는 다음과 같다.청구인은 2021년 쟁점법인에서 퇴임할 당시 쟁점법인의 주식 711,425주(2021년말 기준 지분율 4.0%)를 보유하였는데, 당시 「소득세법 시행령」 제157조에 따라 대주주에 해당하였고, 이에 2022년 417,050주를 장내 매도하면서 2023년 2월 양도소득세 신고 및 납부를 완료하였다.그 결과 2023.12.31. 당시 쟁점주식 294,375주(지분율 1.64%, 시가 총액 OOO)를 보유하게 되었고, 대주주 요건 완화 목적으로 2024.1.1.부터 시행된 「소득세법 시행령」 제157조에 따른 대주주에 해당하지 않게 되었다.청구인은 개정된 「소득세법 시행령」 제157조와 종전의 법인의 주식을 소유하고 있는 주주 1인에는 법인주주를 포함하는 것이라는 종전해석을 신뢰하여 최대주주 판단시 법인주주를 포함하여 고려하면 청구인은 최대주주에 해당하지 않아 대주주 지분율 요건에도 미달하므로 쟁점주식을 양도할 경우 세금이 부과되지 않을 것으로 예상하고 2024.7.29. 쟁점주식을 장내 매도하여 양도소득이 발생하였다. 그러나, 양도일의 다음 달인 2024.8.29. 기획재정부는 종전 해석과 다르게 「소득세법 시행령」 제157조 제4항 제1호의 “주주 1인”에 법인주주를 포함하지 않는 것으로 신규해석을 내놓았다.새로운 해석의 취지는 최대주주 그룹 판단 시 전체주주 중 법인주주를 제외한 개인 그룹 중 가장 많은 지분을 갖고 있는 개인 그룹을 최대주주 그룹으로 보겠다는 것이다.2023.12.31. 현재 쟁점법인의 주주구성에 따르면, 종전해석과 다른 신규해석에 따르면 쟁점법인의 최대주주인 ㈜b 등 법인주주(46.64%)를 제외시 개인주주 중에서는 청구인의 지분율이 1.64%로 최대주주에 해당한다.또한 청구인의 특수관계인이 보유한 총 소유주식 비율과 합계는 2.86%인바, 「소득세법 시행령」 제157조 제5항 단서에 따르면 최대주주에 해당할 경우 특수관계인들이 보유한 주식도 합산하여 대주주 여부를 판단하도록 하고 있으므로, 양도일 이후의 새로운 해석에 따라 법인주주를 제외하면 청구인이 최대주주 그룹이 되기 때문에 특수관계인들의 지분을 합산한 2.86% 지분비율로 판단하면 대주주(코스닥 시장 상장주식 소유비율 100분의 2 이상)가 되는 것이다.청구인은 세법에 관련된 전문적인 지식이 없는 사람으로, 위와 같이 양도일 이후 새로운 해석이 생기는 경우에도 이에 따라 납세의무가 발생하는 것인지 판단하기 어려웠고, 만일 납세의무가 있었는데 신고하지 아니하여 고지되는 경우 신고·납부 의무 불이행에 따른 가산세로 인해 발생하는 추가적인 재산적 피해를 우려하여 2025.2.20. 쟁점주식에 대한 양도소득세를 신고·납부하였다.(2) 이 사건 처분은 소급과세 금지 원칙을 위반한 것이다.양도소득세의 성립일은 과세표준이 되는 금액이 발생한 달의 말일인바, 청구인이 2024.7.29. 쟁점주식을 양도한 건에 대한 납세의무 성립일은 2024.7.31.이고, 신규해석의 날짜는 2024.8.29.이다.세법해석의 기준 및 소급과세 금지 원칙(「국세기본법」 제18조 제2항)에 따라 국세를 납부할 의무가 이미 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립일 이후의 새로운 세법이나 해석에 따라 소급하여 과세하지 아니하여야 한다.신규해석 전 이미 성립한 납세의무는 신규해석의 영향을 받지 않는다. 따라서 청구인의 납세의무 성립일 기준으로 청구인을 대주주로 보아야 하는 근거가 없으며, 대주주가 아닌 이상 상장주식에 대하여 장내 양도하고 발생된 소득에 대하여 납세의무가 없다.과세관청 예규인 ‘국세기본법 기본통칙’ 18-0…2(새로운 세법해석의 적용시점)에 따르면, 새로운 세법해석이 종전의 해석과 상이한 경우에는 새로운 해석이 있은 날 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 새로운 해석을 적용하는 것이고, 예외적 사유로 종전의 해석이 명백히 법령을 위반한 경우를 두고 있다.법인주주를 포함하여 최대주주를 판단한다는 종전해석은 법인주주를 최대주주에 포함할 것인지 포함하지 아니할 것인지 여부에 대한 규정일 뿐이므로 그 자체가 명백히 법령을 위반한 경우로 볼 수 없기 때문에 새로운 세법해석은 그 날 이후 납세의무가 성립하는 부분부터 적용하여야 한다.적어도 신규해석의 날짜(2024.8.29.)이후에 납세의무가 성립되는 되는 2024.8.1. 양도분(납세의무 성립일 2024.8.31.)부터 새로운 해석을 적용하여야 한다.(3) 이 사건 처분은 조세법률주의 원칙을 위반한 것이다.조세법 분야는 과세요건 법정주의와 과세요건 명확주의를 근간으로 하는 조세법률주의가 지배하고, 나아가 국민들로 하여금 자기의 위험부담 아래 법규를 해석하여 납세의무를 자진 신고·이행하도록 요구하고 있는 문리해석에 충실하여야 할 필요성이 절실하다.이 사건에 적용되는 「소득세법 시행령」 제157조 제4항 및 제5항에서는 “법인의 주식 또는 출자지분을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인”이라고만 규정하고 있을 뿐, 양도시점 기준 관련 법이나 시행령, 시행규칙 등 어떠한 문언에서도 최대주주를 판단함에 있어 법인주주는 제외한다는 내용은 확인되지 않는다.통상적인 의미에서 주주라 함은 법인과 개인을 구분하지 않고 법인의 주식이나 지분을 소유한 자의 의미로 통용되기 때문에 최대주주라는 용어 역시 법인이든 개인이든 주주 또는 출자자 중 가장 많은 주식을 가지고 있는 주주를 의미한다고 봄이 사회통념상으로도 타당하다.같은 맥락에서 아래와 같이 각 금융 관련 법률뿐만 아니라 상법에서도 최대주주에 법인주주를 포함하여 표현하고 있다.＜표1＞ 청구인이 제시한 금융 관련 법률 및 상법조세심판원에서도 심판청구 해당 법인의 최대 지분을 갖고 있는 법인을 최대주주라고 표현하고 있다(조심 2023지5260, 2024.3.6.). 위와 같이 세법이 아닌 다른 법 조문을 보더라도 최대주주 범위에서 법인주주를 제외하지 않고 있다.「소득세법 시행령」 제157조에서 최대주주 관련하여 종전과 다른 신규해석이 나옴으로 인하여 조세법률주의에 따른 근거과세, 과세유지를 위하여 2025년 개정 「소득세법 시행령」 제157조에 ‘법인주주를 제외하며’라는 문구를 넣어 개정하였다.최대주주의 범위에서 법인주주를 제외한다는 개별적 예외 규정을 새로이 설치하였다는 것은 예외 규정이 없는 문구에서는 법인주주를 포함하고 있었다