임원 등이 지급받은 할인금액 비과세 기준 및 범위 관련 질의

1. 사실관계 ○ 질의 법인은 「국립대학병원설치법」에 따라 설립된 국립대학병원 으로 , 소속 임직원 및 그 가족이 당해 법인 ( 분원 포함 ) 에서 진료받는 경우 내부 규정 에 따라 진료비 의 일정액 을 감면 해주는 복리후생제도 를 운영 하고 있으며 , - ’24 년까지 감면액 전액 을 임직원의 과세대상 근로소득 으로 구분 하고 있었으나 , ’25 년 할인 금액의 일정액 을 비과세소득 으로 본다는 세법 개정 에 따라 비과세 대상 범위 및 계산방식 해석 필요함 2. 질의내용 ○ 질의 1. 소득세법 시행령 제 38 조 제 4 항에서 ‘ 시가 ’ 는 법인세법 제 52 조 제 2 항에 다른 ‘ 시가 ’ 를 준용하는데 , 대학병원의 진료비 에서 ‘ 시가 ’ 의 기준 이 되는 금액 은 무엇인지 ? 가 . 진료비총액 : 공단부담금 + 본인부담금 + 비급여금액 나 . 환자 본인 부담총액 : 본인부담금 + 비급여금액 ○ 질의 2. 소득세법 제 12 조 제 3 호 처목에서 규정한 ‘ 종업원 본인이 소비하는 목적으로 제공받는 경우 ’ 란 종업원 본인 의 진료비 감면 액만 비과세 대상 으로 적용 하고 배우자 및 직계존비속 등 가족 에 대한 진료비 감면 은 기존과 동일하게 근로소득 으로 전액 과세대상 인지 ? ○ 질의 3. 연간 직원 A 의 본인진료비 20 백만원 , 진료비 감면율 50% 로 10 백만원을 감면받은 경우 , 직원 A 의 ‘ 임직원 할인금액 비과세금액 ’ 은 ? ○ 질의 4. 질의 3 의 경우 비과세금액 은 직원 A 의 연말정산 시 의료비 세액공제 대상 의료비에서 제외 되는 것인지 ? 3. 관련법령 ○ 소득세법 제 12 조【비과세소득】 다음 각 호의 소득에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다 . 3. 근로소득과 퇴직소득 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득 처 . 제 20 조제 1 항제 6 호에 따른 소득 중 다음의 요건을 모두 충족하는 소득으로서 대통령령으로 정하는 금액 이하의 금액 1) 임원 또는 종업원 ( 이하 이 조 , 제 20 조 및 제 164 조의 5 에서 " 임원 등 " 이라 한다 ) 본인이 소비하는 것을 목적으로 제공받거나 지원을 받아 구입한 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 기간 동안 재판매가 허용되지 아니할 것 2) 해당 재화 또는 용역의 제공과 관련하여 모든 임원 등에게 공통으로 적용되는 기준이 있을 것 ○ 소득세법 제 20 조【근로소득】 ① 근로소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다 . 6. 사업자나 법인이 생산ㆍ공급하는 재화 또는 용역을 그 사업자나 법인 ( 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 계열회사를 포함한다 ) 의 사업장에 종사하는 임원 등에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가보다 낮은 가격으로 제공하거나 구입할 수 있도록 지원함으로써 해당 임원 등이 얻는 이익 ○ 소득세법 제 59 조의 4 【특별세액공제】 ② 근로소득 이 있는 거주자 가 기본공제대상자 ( 나이 및 소득의 제한을 받지 아니한다 ) 를 위하여 해당 과세기간에 대통령령으로 정하는 의료비 를 지급한 경우 다음 각 호의 금액의 100 분의 15( 제 3 호의 경우에는 100 분의 20, 제 4 호의 경우에는 100 분의 30) 에 해당하는 금액을 해당 과세기간의 종합소득산출세액에서 공제 한다 . ○ 소득세법 시행령 제 17 조의 5 【임원 등이 지급받은 할인금액의 비과세 범위】 ① 법 제 12 조 제 3 호 처목 1) 및 2) 외의 부분에서 " 대통령령으로 정하는 금액 " 이란 다음 각 호의 금액 중 큰 금액을 말한다 . 1. 임원 또는 종업원 ( 이하 제 38 조 및 제 55 조에서 " 임원 등 " 이라 한다 ) 이 해당 과세기간 동안 법 제 20 조제 1 항제 6 호에 따라 시가보다 낮은 가격으로 제공받거나 지원을 받아 구입한 재화 또는 용역의 시가를 합한 금액에 100 분의 20 을 곱한 금액 2. 연간 240 만원 ② 법 제 12 조제 3 호처목 1) 에서 " 대통령령으로 정하는 기간 " 이란 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 말한다 . 1. 「소비자기본법 시행령」제 8 조제 3 항의 품목별 소비자분쟁해결기준에 따른 품목별 내용연수가 5 년을 초과하는 재화 : 2 년 2. 「개별소비세법」제 1 조제 2 항제 2 호에 해당하는 재화 : 2 년 3. 제 1 호 및 제 2 호에 해당하지 않는 재화 : 1 년 ○ 소득세법 시행령 제 38 조【근로소득의 범위】 ④ 법 제 20 조제 1 항제 6 호에 따른 시가는 「법인세법」제 52 조제 2 항에 따른 시가로 한다 . 다만 , 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 에는 임원 등이 해당 재화 또는 용역을 구입하거나 제공받을 때 지급한 가격을 시가로 한다 . 1. 재화의 파손 또는 변질로 인해 임원등이 아닌 자에게 판매할 수 없는 경우 2. 탑승권 및 숙박권 등 사용시기가 제한되는 재화 또는 용역의 사용 기한이 임박하여 임원 등이 아닌 자에게 판매 또는 제공하는 것이 현저히 곤란한 경우 ○ 법인세법 제 52 조【부당행위계산의 부인】 ② 제 1 항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격 ( 요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며 , 이하 " 시가 " 라 한다 ) 을 기준으로 한다 . 4. 관련예규·판례 ○사전 -2025- 법규소득 -0512(2025.08.18.) ○기획재정부 소득세제과 -1037(2025.12.09.)