청구인을 체납법인의 과점주주로 보아 제2차 납세의무자로 지정하고 납부고지한 처분의 당부

청구인은 쟁점법인의 대표이사·사내이사·감사 등 임원으로 등재된 사실이 없고, 주주총회 참석·의결권 행사·서류 서명·날인 등 주주권 행사 사실이 없으며 급여·배당 등 경제적 이익을 수령한 사실이 확인되지 않는 점, 청구인은 노무법인 노무사로 재직하면서 쟁점법인과 무관한 별개의 직업활동을 영위하여 온 것으로 보이는 점, 청구인이 대표이사 선임권을 행사할 수 있는 지위에 있다는 사실만으로 쟁점법인에 지배적인 영향력을 행사하였다고 보기는 어려운 점으로 보아 청구인을 제2차 납세의무자로 지정하고 납부고지한 처분은 잘못임 동고양세무서장이 2025.12.17. 청구인을 주식회사 A의 제2차 납세의무자로 지정하고 관련 체납세액 합계 OOO원을 납부고지한 처분은 이를 취소한다. 1. 처분개요가. 주식회사 A(이하 “쟁점법인”이라 한다)은 2020.1.23. 설립되어 인쇄·제본 및 제조업 등을 영위하는 비상장법인으로, 발행주식 총수는 20,000주(1주의 금액 OOO원)이다. 나. 청구인은 2020.12.30. 쟁점법인의 주식 6,000주(지분율 30%)를 취득하였고, 2022.2.20. 양도하였다. 다. 한편, 쟁점법인은 2021년 귀속 법인세·부가가치세·근로소득세(갑) 등을 체납하였고, 이에 따라 처분청은 쟁점법인의 재산으로 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비에 충당하여도 부족하므로 2021.12.31. 기준 청구인이 특수관계인인 부친(지분율 49%)과 함께 쟁점법인의 과점주주에 해당한다고 보아 「국세기본법」 제39조 제2호에 따라 2025.12.17. 청구인을 제2차 납세의무자로 지정하고 아래와 같이 청구인의 지분율(30%) 상당액인 8건 합계 OOO원을 납부고지하였다.○○○라. 청구인은 이에 불복하여 2026.3.14. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장청구인은 쟁점법인의 주주명부상 형식적으로 등재되어 있었을 뿐 「국세기본법」 제39조 제2호가 정한 ‘그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자’에 해당하지 아니하므로, 이 건 제2차 납세의무자 지정 및 납부고지 처분은 위법·부당하다. (1) 제2차 납세의무를 부과하기 위한 과점주주의 범위는 ‘주식회사를 실질적으로 운영하면서 이를 조세회피의 수단으로 이용할 수 있는 지위에 있는 자’, 즉 실질적으로 권리를 행사하는 자로 제한함이 타당하다(대법원 2003.7.8. 선고 2001두5354 판결 참조).(2) 청구인은 부친으로부터 “사람이 부족하다, 법적 책임은 없다”는 말을 듣고 막연히 동의하여 주주로 등재되었을 뿐, 해당 행위가 주주 등재임을 명확히 인식하지 못하였으므로 주주로서의 권리를 행사하겠다는 의사가 없었다. (3) 청구인은 쟁점법인의 등기사항전부증명서상 대표이사·사내이사·감사 등 어떠한 임원으로도 등재된 사실이 없고, 법인 경영에 관한 의사결정에 참여하거나 업무를 집행한 사실이 없다.또한, 청구인은 주주총회 참석, 의결권 행사, 이사회 참여 등 주주로서의 권리를 실질적으로 행사한 사실이 없고, 주주로 등재된 이후 쟁점법인과 관련된 어떠한 서류에도 서명하거나 날인한 사실이 없다.아울러 청구인은 쟁점법인으로부터 급여·배당금 기타 어떠한 경제적 이익도 수령한 사실이 없다. 2021년 2월부터 2022년 7월까지 18개월분 급여대장 전체에 청구인의 성명이 단 한 차례도 등재되어 있지 아니하다. (4) 청구인의 2019년부터 2021년까지 귀속 종합소득세 신고내역에 의하더라도 쟁점법인으로부터 수령한 근로소득·배당소득 등 어떠한 소득도 존재하지 아니하며, 청구인은 해당 기간 동안 노무사로서 쟁점법인과 무관한 별개의 경제활동을 영위하였다. (5) 따라서, 청구인은 「국세기본법」 제39조 제2호에서 정한 과점주주에 해당하지 아니하므로 이 건 처분은 취소되어야 한다. 나. 처분청 의견(1) 과점주주는 납세의무 성립일 당시 주주권을 행사할 수 있는 지위에 있으면 족하고, 그 스스로가 법인의 경영에 관여하여 이를 지배하거나 주식에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자일 필요는 없으므로(대법원 1995.12.22. 선고 95누13203 판결, 대법원 2004.7.9. 선고 2003두1615 판결 참조), 청구인이 실제로 주주권을 행사한 적이 없다거나 경영에 직접 관여하지 않았다는 사정만으로 제2차 납세의무자에 해당하지 아니한다고 볼 수 없다. (2) 쟁점법인이 사업자등록 당시 제출한 회사 정관 제24조·제28조·제35조에 따르면 주주총회 결의로 이사 및 대표이사를 선임하도록 규정하고 있고, 「상법」 제389조에 따르면 대표이사는 원칙적으로 이사회 결의로 선임하나 정관으로 주주총회에서 선임할 것을 정할 수 있는데, 대표이사 선임권은 회사의 인사권과 경영권의 핵심이므로 주주총회에서 대표이사를 선임하는 것은 주주가 자본 투자를 넘어 인사권을 통해 경영 의사결정에 직접 개입하고 있다고 볼 수 있다.또한, 「상법」 제401조의2 제1항 제1호에 따라 이사가 아니더라도 자기의 영향력을 이용하여 이사에게 업무집행을 지시한 자는 이사와 동일한 책임을 지는 ‘사실상 이사’로 보는데, 청구인은 정관에 의거하여 대표이사 선임권을 가진 주주이므로 대표이사에게 실질적인 영향력을 행사할 수 있는 위치에 있어 경영참여 주주로 볼 수밖에 없다. (3) 한편, 주주명의를 도용당하였거나 차명으로 등재되었다는 사정은 주주가 아님을 주장하는 명의자가 입증하여야 할 것인바(대법원 2004.7.9. 선고 2003두1615 판결 참조), 청구인은 이에 대한 객관적 자료를 제출하지 못하고 있다. (4) 청구인은 2022.2.20. 쟁점법인의 주식을 매도한 후 2022.8.18. 증권거래세를 신고·납부한 사실이 있고, 부친으로부터 들어 주주로 등재되었다는 사실을 이미 알고 있었음에도 어떠한 조치도 취하지 않았으므로 이는 묵시적 동의가 있었다고 보아야 한다. 따라서 이 건 처분은 정당하고 청구인의 주장은 기각되어야 한다. 3. 심리 및 판단가. 쟁점청구인을 쟁점법인의 과점주주로 보아 제2차 납세의무자로 지정하고 납부고지한 처분의 당부나. 관련 법령(1) 국세기본법제39조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(대통령령으로 정하는 증권시장에 주권이 상장된 법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다. 2. 주주 또는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들(이하 “과점주주”라 한다)가. 합자회사의 유한책임사원나. 유한책임회사의 사원다. 유한회사의 사원(2) 국세기본법 시행령제18조의2(짜고 한 거짓 계약으로 추정되는 계약의 특수관계인의 범위) 법 제35조 제6항 각 호 외의 부분 후단에서 “특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자”란 해당 납세자와 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다. 1. 친족관계제20조(출자자의 제2차 납세의무의 특수관계인의 범위) ② 법 제39조제2호 각 목 외의 부분에서 “특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자”란 해당 주주 또는 유한책임사원과 제18조의2 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다. (3) 상법제389조(대표이사) ① 회사는 이사회의 결의로 회사를 대표할 이사를 선정하여야 한다. 그러나 정관으로 주주총회에서 이를 선정할 것을 정할 수 있다.제401조의2(업무집행지시자 등의 책임) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자가 그 지시하거나 집행한 업무에 관하여 제399조, 제401조, 제403조 및 제406조의2를 적용하는 경우에는 그 자를 “이사”로 본다. 1. 회사에 대한 자신의 영향력을 이용하여 이사에게 업무집행을 지시한 자다. 사실관계 및 판단(1) 이 건 처분의 근거가 된 쟁점법인의 2021년 주주 변동내역은 아래와 같으며, 청구인과 부친 B의 2021.12.31. 기준 소유주식 합계는 15,800주(지분율 79%)로 나타난다.○○○(2) 등기사항전부증명서에 따르면, 쟁점법인의 임원에 관한 사항에 청구인이 대표이사·사내이사·감사 등으로 등재된 사실은 확인되지 아니한다. 같은 증명서상 대표이사는 C(2021.4.29. 취임, 2022.4.12. 사임), D(2022.4.12. 취임, 2023.4.18. 사임), E(2023.4.18. 취임, 2024.2.19. 사임), 부친 B(2024.2.19. 취임)의 순으로 변경되었으며, B는 2022.4.12.부터 대표이사 취임 전까지 감사로 취임한 사실이 확인된다. (3) 쟁점법인의 2021.2.분부터 2022.7.분까지 급여대장 18개월분에 따르면 청구인이 해당 기간 쟁점법인으로부터 수령한 급여는 없는 것으로 나타난다. (4) 청구인이 제출한 자신의 2019년부터 2021년까지 귀속 종합소득세 과세표준확정신고 및 납부계산서에 쟁점법인으로부터 지급받은 근로소득·배당소득은 확인되지 아니하며, 같은 신고서의 사업소득명세서 및 기타소득명세서에는 노무법인 등으로부터 지급받은 소득만 기재되어 있는 것이 확인된다. 또한 재직증명서(2021.10.26. 발급)에 따르면 청구인은 2019.11.5.부터 노무법인의 노무사로 재직하고 있는 사실이 확인된다. (5) 처분청은 쟁점법인이 사업자등록 당시 제출한 정관 제24조·제28조·제35조가 주주총회 결의로 이사 및 대표이사를 선임하도록 규정하고 있다는 의견인데, 위 정관 규정 외에 청구인이 주주총회를 소집·참석하거나 의결권을 행사하였다는 자료, 임원의 임면 등 쟁점법인의 경영에 관여하였다는 자료가 제출된 것은 확인되지 아니한다. (6) 처분청은 청구인이 2022.2.20. 쟁점주식을 양도한 후 2022.8.18. 증권거래세를 신고·납부한 사실이 있고, 이는 청구인과 F(청구인에게 쟁점주식을 양도한 자)이 제출한 주식변동상황명세서 및 증권거래세 신고서에 의하여 확인된다는 의견이다. (이에 대해, 청구인은 자신이 직접 증권거래세를 신고·납부한 기억은 없고 청구인의 부 B가 대신 신고·납부한 것으로 생각된다는 의견이다.)(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.(가) 「국세기본법」(2020.12.22. 법률 제17650호로 개정되기 전의 것) 제39조 제2호는 법인의 재산으로 그 법인이 납부할 국세 등에 충당하여도 부족한 경우에 과점주주에게 그 국세의 납세의무성립일 현재 제2차 납세의무를 지울 수 있도록 하면서 그 과점주주의 범위를 ‘주주와 그의 특수관계에 있는 자들로서 그들의 소유주식 합계가 해당 법인의 발행주식 총수의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들’로 규정하였다가 2020.12.22. 법 개정(법률 제17650호)으로 ‘주주와 그의 특수관계에 있는 자의 소유주식 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들’로 규정(적용시기는 2021.1.1. 이후 법인의 납세의무가 성립하는 분부터)하였다.이와 같은 개정은 조세징수의 확보를 위하여 원래의 납세의무자인 법인의 재산에 대하여 강제징수를 하여도 징수하여야 할 조세에 부족이 있다고 인정되는 경우에 사법질서를 어지럽히는 것을 최소화하면서 실질적으로 법인의 운영을 지배할 수 있는 출자자에 한하여 법인으로부터 징수할 수 없는 액을 한도로 하여 보충적으로 납세의무를 부담케 하는 제2차 납세의무 제도의 취지(대법원 2019.5.16. 선고 2018두36110 판결)에 부합하도록 제2차 납세의무를 지울 수 있는 과점주주의 범위를 법인의 임원 임면권 행사, 사업방침 결정 등 사실상 법인 경영에 영향력을 행사하였다고 인정되는 경우 등인 ‘법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들’로 한정한 것으로 보이고[조심 2022부5834·6898(병합), 2023.1.11. 등, 같은 뜻임], 과세요건사실의 존재를 비롯한 처분의 적법성에 대한 증명책임을 지는 과세관청은 그 주주가 법인 경영에 지배적 영향력을 행사하였음을 구체적으로 주장 및 입증하여야 한다[부산고등법원 2025.10.24. 선고 2025누2250 판결(대법원 심리불속행 기각 확정) 참조].(나) 이 건의 경우, 청구인이 비록 쟁점법인의 주주로 등재되어 있기는 하나, 법인의 경영에 주요 권한과 책임이 있는 임원에 등재된 이력이 확인되지 아니한 점, 청구인이 제출한 재직증명서에 의하면 청구인은 2019.11.5.부터 노무법인의 노무사로 재직하면서 쟁점법인과 무관한 별개의 직업활동을 영위하여 온 것으로 보이고, 쟁점법인의 2021.2.분부터 2022.7.분까지의 18개월분 급여대장 및 2019년부터 2021년까지 귀속 종합소득세 신고내역에서도 청구인이 쟁점법인으로부터 급여·배당 등 경제적 이익을 수령한 사실이 확인되지 아니하는 점, 처분청은 청구인이 쟁점법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하였다는 점에 대하여 달리 입증자료를 제시하지 못하는 점 등에 비추어, 청구인이 쟁점법인의 주주로서 대표이사 선임권을 행사할 수 있는 지위에 있는 것으로 볼 수 있다 하더라도 이와 같은 사실만으로 청구인이 쟁점법인의 업무에 권한과 책임을 지는 지배적인 영향력을 행사하였다고 보기는 어렵다 할 것이므로, 처분청이 쟁점법인의 체납세액 중 청구인의 지분율 상당액에 대하여 청구인을 제2차 납세의무자로 지정하고 납부고지한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다(조심 2025서1299, 2025.8.19., 조심 2025부1785, 2025.10.2., 같은 뜻임).4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.