청구법인의 등기부상 본점을 본점이 아닌 것으로 보고 이 건 취득세 등을 부과한 처분의 당부

처분청은 요건[인적·물적설비를 갖추고 중추적(본점) 역할] 중 일부 인적설비에 해당하는 사실을 입증하고는 있으나, 이의 사실만으로 인적설비가 완성되었다고 보기 어렵고 특히, ㈜ㅇㅇ 서울사무소 內 청구법인의 물적설비 부분은 입증이 확인되지 않는 점반면, 대도시 外인 김포사업장은 법인등기부상 본점으로 기재된 점, ㅇㅇ사업장 인근에서 법인카드 사용내역이 확인되는 점, 국세·지방세 신고납부실적이 확인되는 점, 휴폐업 사실이 없는 점, 위 장소에서 중추적 의사결정(PM계약 등 의사회개최 등) 사실이 확인되는 점 등에 비추어, 쟁점토지의 취득은 청구법인이 본점을 대도시로 전입하였는지를 특정하지 못한 상태의 취득으로 보아, 중과세한 처분은 잘못이 있음 서울특별시 강서구청장이 2025.12.10. 청구법인에게 한 취득세 등 합계OOO원의 부과처분은 이를 취소한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 2020.9.9. 경기도 김포시 OOO(대도시 외 지역, 이하 “쟁점본점”이라 한다)를 본점 소재지로 하고, 서울특별시 OOO 일원에 오피스텔 및 상가 등을 신축하여 분양하는 사업(이하 “쟁점개발사업”이라 한다)을 목적사업으로 하여 설립된 특수목적법인이다.나. 청구법인은 2020.12.24. 서울특별시 OOO토지 2,485㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득(매매)하고, 같은 날 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고「지방세법」제11조 제1항 제7호 나목의 일반세율(1천분의 40) 등을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.다. 처분청은 2025.6.18.∼2025.7.2. 청구법인에 대하여 세무조사를 실시한 결과, 청구법인이 쟁점본점을 대도시(서울특별시)에 소재하는 주식회사 A(특수관계법인, 이하 “A”이라 한다)의 서울사무소로 전입하고 쟁점토지를 취득하여, 쟁점토지의 취득을「지방세법」제13조 제2항 및 같은 법 시행령 제27조 제3항에서 규정하는 과밀억제권역안 취득의 중과대상(1천분의 80)으로 보아, 2025.12.10. 청구법인에게 기 납부한 세액을 차감한 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.12.26. 심판청구를 제기하였다.2.청구법인 주장 및 처분청 의견가.청구법인 주장(1) 청구법인은 쟁점개발사업을 위하여 설립된 특수목적법인(SPC)이다.SPC는 특정한 단일 목적의 사업을 수행하기 위하여 설립된 법인으로 해당 목적사업이 종료되면 청산·해산을 전제로 하며, 자체적으로 인력·조직·사업수행 능력을 모두 보유하는 일반 법인과 달리 목적사업 수행에 필요한 업무를 PM, 신탁 등 전문성을 갖춘 주체들에게 위탁하는 구조를 취한다.특히, 부동산개발사업과 같이 다수의 이해관계자가 참여하고 사업규모가 큰 경우 참여 주체의 책임 범위를 명확히 하고 사업과 관련된 법적·재무적 리스크를 특정 사업 단위로 한정·분산하기 위하여 특수목적법인을 설립하는 것이 일반적인 사업관행이다.청구법인은 서울특별시 OOO일원에 오피스텔 등을 신축하여 분양하는 사업을 목적으로 A 주식회사(80%, 이하 “A”이라 한다)과 B증권 주식회사(20%, 이하 “B증권”이라 한다)가 합작설립한 특수목적법인이다.(2) 청구법인은 취득세 중과를 회피하기 위한 목적에 따라 설립된 법인이 아니다.A은 1988년도 설립되어 2006년 경기도 하남시(과밀억제권역)에 본점을 이전한 이후 계속하여 과밀억제권역 내 소재한 법인으로 A이 쟁점개발사업을 직접 시행하였어도「지방세법」제13조에 따르는 과밀억제권역 안 취득 등에서 규정하는 취득세 중과대상에 해당하지 않는다.그럼에도 불구하고, A은 당시 코로나 확산 및 부동산 경기 침체로 인한 사업 리스크가 커지면서 이러한 리스크가 그룹 전체로 영향을 미칠 수 있음을 우려하여 리스크 분산을 목적으로 경영상의 판단에 따라 B증권과 합작하여 청구법인(SPC)을 설립하였을 뿐, A이 SPC를 설립하여 취득세 중과를 회피할 어떠한 조세상 이익도 존재하지 않는다.(3) 처분청의 처분은 지방세법상 과세요건명확주의에 위배된 처분이다.다수의 조세심판원 선결정례(조심 2016지527, 조심 2024지642 등)에서 중과세 과세요건사실에 대한 입증책임은 처분청에 있고, 객관적인 증빙을 제시하지 않는다면 대도시 내로 본점을 이전한 것으로 볼 수 없다고 판단하고 있다.즉, 처분청은 ①청구법인의 대도시내 본점 설치시기 및 ② A 서울사무소 내 청구법인의 인적·물적 시설을 구체적으로 특정하고 ③ 해당 장소에서 청구법인의 어떠한 중추적인 의사결정이 이루어졌는지에 대하여 객관적인 자료를 통하여 입증하여야 한다.그러나, 처분청은 위 각 사실에 대하여 아무런 객관적인 증빙을 제시하지 못한 채, A이 청구법인으로부터 적법하게 PM 계약을 체결하여 위탁받은 계약 범위 안에서 수행한 용역만을 근거로 하여 청구법인의 실체를 부인하고 이 건 취득세 등을 부과하였다.따라서, 처분청은 청구법인이 언제 A 서울사무소에 전입하였는지에 대한 구체적인 자료를 제시하지 아니하고, 2025년 6월에 실시한 세무조사 당시 현황만을 근거로 하여 사후적 자료를 바탕으로 과거 시점(2020년 9월)의 사실을 추정하여 처분하였는바, 이는 명확한 증거 없이 추정만으로 과세요건을 구성하는 결과를 초래하므로 과세요건명확주의에 위배되는 처분이다.(4) 청구법인의 목적사업과 관련한 주요 업무는 경기도 김포시 소재 쟁점본점에서 이루어졌다.조세심판원(조심 2024지719, 2015지1560)은 “법인의 본점이라 함은 법인의 중추적인 의사결정 등 주된 기능을 수행하는 장소를 의미한다”고 판단하고 있으며, SPC 구조를 통해 이루어지는 부동산 개발사업의 경우 사업 초기 부동산 취득, 각종 전문 대리기관의 선정, 금융 조달 등이 사업 전반에 중대한 영향을 미치는 중추적인 의사결정에 해당한다.청구법인도 이러한 사업구조에 따라서 쟁점개발사업과 관련한 주요 업무인 부동산 매매계약 인수 약정 및 금융조달, 전문대리기관의 선정 및 계약체결 등 중추적인 업무는 모두 청구법인의 김포시 소재 사무실에서 수행하였으며 이후의 세부 업무는 아래 도표와 같이 전문 용역기관과 위탁계약을 통해 수행하였다.＜특수목적법인(SPC)의 위탁업무 체계도＞○○○전문 대리기관의 전문성 및 책임 범위, 계약 조건에 따라 사업 전반의 진행 방식과 결과가 달라질 수 있어 대리기관의 선정은 단순히 업무를 위탁하는 것이 아니라 사업의 구조 및 수익성에 영향을 미치는 중추적인 의사결정이다. 이에 따라, 청구법인은 아래와 같이 각 사업주체와 위탁계약을 체결함으로써 사업이 원할하게 진행될 수 있도록 관리하였다.＜청구법인 위탁계약 체결 내역＞○○○(5) 청구법인은 설립시부터 현재까지 계속하여 경기도 김포시에 본점을 두고 있다.청구법인은 설립시부터 현재까지 계속하여 경기도 김포시에 본점을 두고 있는 법인으로 설립된 이래 현재까지 본점 소재지가 경기도 김포시임이 법인등기부등본 및 사업자등록증에 나타나며 해당 기간 사업장을 이전하거나, 폐업·휴업한 사실 또한 없다.또한, 청구법인은 쟁점사무실에서 임대차계약을 체결하여 2020년 9월부터 2025년 1월까지 임차료를 매월OOO원씩 지급하였고, 2020년∼2025년 국세와 지방세 등(법인세, 소득세 및 지방소득세, 주민세, 등록면허세 등) 또한 김포 본점을 관할하는 김포세무서와 김포시청에 신고·납부하였다.청구법인은 설립시부터 쟁점토지를 취득하기 전까지 쟁점본점에서 쟁점개발사업과 관련한 건물 및 주차장관리, 설계용역, 개발사업프로젝트, 외부감사, 모텔하우스 임차, 소방안전관리, 홍보관 개보수공사, 해체공사 감리, PM용역계약 등에 대한 회의를 진행하였다.따라서, 청구법인이 쟁점토지를 취득하기 전에 쟁점본점을 대도시에 소재하는 주식회사 A의 서울사무소로 이전한 것으로 보아, 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.나. 처분청 의견(1) 청구법인은 A이 쟁점토지 및 오피스텔을 취득하기 위하여 설립한 특수목적법인이고, 청구법인은 쟁점토지의 취득부터 건물 착공까지 전반적인 시행 업무를 위수탁 계약 없이 서울특별시 송파구에 소재하고 있는 A 서울사무소에서 업무를 수행하였다.(2) 청구법인의 계약서, 대출약정서, 감사보고서 등 제출된 서류에 A의 대표 전화번호가 기재되어 있고, 각종 중요 서류에 청구법인의 소속된 직원도 아닌 A의 실무자가 기재되어 있다.또한, 청구법인의 소속 주요 임원(a, b)은 청구법인이 아닌 A 소속으로 급여를 수령하고 있어 A의 서울사업장에서 청구법인의 기획, 총무, 재무, 인사뿐만 아니라 중추적인 의사 결정 및 모든 지휘와 감독이 이루어져 본점 역할을 수행한 것으로 봉야 한다.따라서, 청구법인의 의사결정은 정상적인 법인과는 달리 청구법인을 실질적으로 지배하고 있는 자에 의하여 이루어졌다고 볼 수 있고, 쟁점개발사업 관련한 업무를 수행하고 의사결정을 한 곳은 A의 서울사무소로 보는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.다. 처분청 의견에 대한 청구법인의 항변(1) A이 수행한 업무는 정당한 PM 용역 계약에 따른 위탁업무에 해당한다.＜쟁점개발사