① 체비지·보류지의 취득에 대하여 최소납부세제규정의 적용을 배제하여 달라는 청구주장의 당부② 쟁점 임대주택이 체비지·보류지에 해당한다는 청구주장의 당부③ 쟁점비용을 취득세 과세표준에서 제외하여 달라는 청구주장의 당부

이 사건 부동산(쟁점 임대주택을 포함) 등의 취득에 대해서 최소납부세제의 적용을 배제하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단됨. / 인수자에게 매각(분양)하는 쟁점 임대주택을 체비지·보류지로 보아 종전 지특법 제74조 제1항에 따라 취득세가 전액 면제되어야 한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단됨. 서울특별시 노원구청장이 2024.11.21. 청구법인에게 한 취득세 등의 경정청구 거부처분은 아래 ＜표3＞의 쟁점비용 중 공동주택 위탁관리비용, 민원처리비용 및 이주합의금을 취득세 과세표준에서 차감하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 서울특별시 OOO일대를 사업시행구역으로 하여 OOO사업(이하 “이 사건 정비사업”이라 한다)을 시행할 목적으로 2009.6.9. 설립된 조합으로, 이 사건 정비사업에 대하여 2014.11.6. 사업시행인가, 2016.11.14. 관리처분계획인가를 받았다.나. 청구법인은 2023.6.28. 이 사건 정비사업의 준공인가에 따라 일반분양분 공동주택 724세대, 상가 1호, 임대주택 198세대(이하 “쟁점임대주택”이라 하고, 취득 부동산을 합하여 이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 신축·취득한 후,(1) 이 사건 부동산 중 일반분양분 공동주택 및 상가에 대하여 「지방세특례제한법」(2020.1.15. 법률 제16865호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 “종전 지특법”이라 하고, 「지방세특례제한법」을 이하 “지특법”이라 한다) 제74조 제1항과 제177조의2 제1항에 따라 사업시행자가 취득하는 체비지 또는 보류지로 감면 신청하여 취득세의 100분의 85를 경감받았고,(2) 쟁점임대주택에 대하여는 종전 지특법 제74조 제3항 제2호에 따라 사업시행자가 해당 사업의 관리처분계획에 따라 취득하는 주택에 해당하는 부동산으로 감면 신청하여 취득세의 100분의 75를 경감받아, 2023.8.23. 취득세 등 ○○○원을 신고·납부하였다.＜표1＞ 이 사건 부동산의 건축물 현황○○○＜표2＞ 이 사건 부동산에 대한 당초 취득세 등 신고납부내역(단위 :원)○○○다. 이후 청구법인은 이 사건 정비사업을 통해 체비지 및 보류지인 이 사건 부동산을 취득한 것이므로 2015.12.29. 법률 제13637호로 일부개정된 지특법 부칙 제5조 제3호의 경과규정에 의해 종전 지특법 제177조의2에 따른 최소납부세제의 적용이 배제되어 이 사건 부동산의 취득세가 전액 면제되어야 하고,쟁점임대주택은 같은 법 제74조 제1항 제4호에 따른 보류지 등에 해당하므로 취득세가 전액 면제되어야 하며, 이 사건 부동산의 취득세 과세표준에 이 사건 부동산 취득과 무관한 금액이 포함되었으므로 해당 금액을 취득세 과세표준에서 제외하여야 한다고 주장하며 2024.9.25. 처분청에 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2024.11.21. 이를 거부하였다.라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.12.30. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) (주위적 청구) 2020.1.1. 이전에 사업시행인가를 받은 경우에는 종전의 규정에 따라 체비지·보류지에 대하여 취득세가 전액 면제되어야 한다.(가) 청구법인은 2020.1.1. 이전인 2014.11.6. 사업시행 인가 후 2023.6.28.에 체비지·보류지를 취득하였으므로 종전 지특법 제74조 제1항에 따라 취득세 등을 면제하여야 하는데, 2015.12.29. 법률 제13637호로 지특법 제177조의2가 개정되면서 부칙 ＜법률 제13637호, 2015.12.29.＞ 제5조 제3호에서 법 제74조 제1항에 대한 개정규정을 2020.1.1.부터 시행하도록 규정하였는바,위 제177조의2 개정규정은 2020.1.1. 이후 시행되는 지특법 제74조 제1항과 결합해 85%의 취득세 감면율을 적용하는 것이고, 2020.1.1. 이후에 지특법 제74조 제1항의 규정(사업시행자가 취득하는 체비지 또는 보류지에 대한 취득세 면제 규정)이 삭제되어 없다면 제177조의2를 적용할 대상이 없어 체비지·보류지에 대한 취득세 등을 전액 감면해야 한다.(나) 「도시 및 주거환경정비법」(이하 “도시정비법”이라 한다)의 개정으로 임대주택도 보류지 등에 해당한다.임대주택의 경우 2016.3.1.까지는 체비지가 아니었으나, 법률 제14567호로 2017.2.8. 전부개정되어 2018.2.9.부터 시행된 도시정비법(법률 제14567호 전부개정된 것, 이하 “개정 도시정비법”이라 하고, 개정되기 전의 것은 “종전 도시정비법”이라 한다) 제74조 제1항 제4호에서 ‘다음 각 목에 해당하는 보류지 등의 명세와 추산액 및 처분방법’으로 규정하여 ①일반분양분, ②기업형임대주택, ③임대주택, ④부대·복리시설이 보류지 등에 해당함을 명확히 규정하고 있다.즉, 2018.2.9.부터는 개정 도시정비법 제74조 제1항 제4호에 따라 일반분양분뿐만 아니라 임대주택도 체비지·보류지에 해당되는바, 관리처분계획에 따라 보류지 등으로 확정되어 개정 도시정비법 제55조에 따라 인수자에게 매각(분양)하는 쟁점임대주택 역시 체비지·보류지에 해당하므로 일반분양분 아파트와 마찬가지로 종전 지특법 제74조 제1항에 따라 취득세가 전액 면제되어야 한다.(2) (예비적 청구) 청구법인은 2023.6.28. 준공인가에 따라 이 사건 정비사업으로 건축한 이 사건 부동산의 취득에 대하여 2023.8.23. 그 취득세 과세표준을 산정하면서, 이 사건 부동산 전체 공사원가를 ○○○원으로 하여 일반분양분과 조합원분에 해당하는 취득원가를 안분계산한 다음, 청구법인의 취득가액을 OOO원으로 하여 취득세등을 신고하였으나,위 전체 공사원가(○○○원) 중에서 ① 분양 등 판매비 ○○○원(이하 “쟁점①비용”이라 한다), ② 이주합의금, 이주비이자 등 ○○○원(이하 “쟁점②비용”이라 한다), ③ 종전 부동산과 관련한 국공유지 무상양여 협의비용, 소유권이전 법무사비용, 소송비용 등 신축과 관련 없는 비용 OOO원(이하 “쟁점③비용”이라 한다), ④ 종전·종후자산 및 현금청산·영업권보상 감정평가수수료 OOO원(이하 “쟁점④비용”이라 한다), ⑤ 국공유지 및 현금청산 등 용지 매입 등 이 사건 부동산 신축과 관련이 없는 차입금 지급이자 OOO원(이하 “쟁점⑤비용”이라 한다), ⑥ 조합운영비 OOO원 등 합계 OOO원(이하 “쟁점⑥비용”이라 하고, 쟁점①～⑥비용을 합하여 이하 “쟁점비용”이라 한다)은 이 사건 부동산을 취득하기 위하여 지출한 비용이 아니므로 취득세 등 과세표준에서 제외되어야 한다.＜표3＞ 쟁점비용 세부내역(단위 : 원)○○○(가) 쟁점①비용(분양등 판매비) : 청구법인이 「공동주택관리법」 제11조에 따라 공동주택의 유지관리를 위해 입주자대표회의가 구성되기 전까지 일시적으로 위탁계약을 체결한 입주지정기간 3개월분 공동주택 위탁관리 용역대금(OOO원)은 이 사건 부동산의 신축에 직·간접적으로 소요된 비용이 아닌 단지 공동주택의 입주 또는 입주 이후 공동주택의 유지 및 관리 등을 위한 비용에 해당하므로 이를 당해 물건 자체의 가격 또는 이에 준하는 취득가격에 포함된다고 볼 수 없고,판매촉진비 성격의 분양 관련 경비로서 건물취득과 관련이 없는 비용이므로 취득세 과세표준에서 제외되어야 하며, 인근 사찰 민원처리비용(OOO원)의 경우 취득비용에서 제외하는 이주비, 지장물 보상금 등 취득물건과는 별개의 권리에 관한 보상 성격으로 지급되는 비용으로, 신축 건축물을 취득하기 위하여 지급하는 비용이 아니라 별개의 권리에 대하여 손실보전 등을 위해 지급되는 것(조심 2022지1053, 2023.10.19., 같은 뜻임)이어서 취득세 과세표준에서 제외되어야 한다.(나) 쟁점②비용(이주비 및 이주경비) : 청구법인이 사단법인 A가 점유하고 있던 OOO호에서 이주를 완료하고 점유권을 인도받기 위해 지급한 이주 합의금OOO원의 경우 점유자에 대한 이주보상 내지 영업손실보상 등 이 사건 부동산과는 별개의 권리에 관한 보상금으로서 이 사건 부동산의 신축을 위해 직·간접적으로 지출한 비용에 해당하지 아니하고,이주 관련 용역비로 지출된 세입자 조사 용역계약 용역대금 OOO원, 이주행정업무 용역계약 용역대금 OOO원 또한 취득물건과는 별개의 권리에 관한 보상 성격으로 지급되는 비용에 해당하므로 사실상 취득가격에서 제외되어야 하며,OOO조합 외 6개 농협과 이 사건 정비사업 관련하여 이주비 대출협약을 체결한 후 취득비용에 포함하여 신고한 조합원의 이주비 대여금 이자OOO원의 경우 원본인 이주비에 추가하여 부대채권으로서 지급되는 이자로 취득비용으로 볼 수 없는바, 취득세 과세표준에서 제외되어야 한다.(다) 쟁점③비용(종전 부동산등 신축 무관 경비) : 청구법인이 B 주식회사와 국공유지 양도 협의 용역계약을 체결하고 지급한 대금 OOO원과 ㈜C과 현금청산자 물건조사 용역계약을 체결하고 지급한 대금OOO원, D 법무