거주주택과 장기임대주택을 순차로 양도한 경우 장기임대주택의 비과세 적용범위

1. 사실관계 ○ ’12.02월. 서울특별시 소재 아파트(A) 취득(부부 공동명의 5:5) * ’17.08.03. 조정대상지역 지정 ○ ’15.12월 부산 소재 아파트(B) 취득 ○ ’18.03월 아파트(A) 장기임대주택 등록(8년) ○ ’20.06월 부산 소재 아파트(B) 양도(2년 이상 거주) - 소득령§155⑳적용 가능했으나 과세로 양도세 신고한 것을 전제 ○ ’26.03월 아파트(A) 임대기간 만료로 임대주택 자동말소 ○ ’26.06월 아파트(A) 양도(조정대상지역, 2년 이상 거주하지 않음) 2. 질의내용 ○ 장기임대주택(1호)과 거주주택을 보유한 1세대가 거주주택을 과세로 양도소득세를 신고한 후 - 장기임대주택 양도시 전체 보유기간에 대해 비과세 적용받을 수 있는지 여부 3. 관련법령 □ 소득세법 시행령 제154조 【1세대1주택의 범위】 ① 법 제89조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1 세대가 양도일(주택의 매매계약을 체결한 후 해당 계약에 따라 주택을 주택 외의 용도로 용도변경하여 양도하는 경우에는 해당 주택의 매매계약일을 말한다. 이하 이 항에서 같다) 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제 8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다. (각호 생략) ② 제1항에서 조정대상지역을 적용할 때 2017년 8월 3일부터 2017년 11월 9일까지의 기간에는 다음 표의 지역을 조정대상지역으로 한다 . ⑩ 제1항에 따른 1세대 1주택이 다음 각 호의 요건에 모두 해당하는 경우에는 제155조제20항 각 호 외의 부분 후단에 따른 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1주택을 보유한 것으로 보아 제1항을 적용한다. 1. 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따라 임대주택으로 등록하거나 「영유아보육법」제12조 또는 제13조에 따른 어린이집으로 설치ㆍ운영된 사실이 있을 것 2. 해당 주택이 제155조제20항 각 호 외의 부분 후단에 따른 직전거주 주택보유주택일 것 □ 소득세법 시행령 제155조 【1세대1주택의 특례】 ⑳ 제167조의3제1항제2호에 따른 주택{같은 호 가목 및 다목에 해당하는 주택의 경우에는 해당 목의 단서에서 정하는 기한의 제한은 적용하지 않되, 2020년 7월 10일 이전에 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따른 임대사업자등록 신청(임대할 주택을 추가 하기 위해 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)을 한 주택으로 한정하며, 같은 호 마목에 해당하는 주택의 경우에는 같은 목 1)에 따른 주택[같은 목 2) 및 3)에 해당하지 않는 경우로 한정한다]을 포함한다. 이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다} 또는 같은 항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 "장기어린이집"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하였거나 「영유아보육법」제13조제1항에 따른 인가를 받거나 같은 법 제24조제2항에 따른 위탁을 받아 어 린이집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 "직전거주주택"이라 한다)이 있는 거주주택(이하 이 항에서 "직전거주주택보유주택"이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 1. 거주주택: 보유기간 중 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」제 5조에 따른 임대사업자 등록을 한 날, 「영유아보육법」제13조제1항에 따른 인가를 받은 날 또는 같은 법 제24조제2항에 따른 위탁의 계약서상 운영개시일 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상 일 것 2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따라 민간 임대주택으로 등록하여 임대하고 있으며, 임대보증금 또는 임대료 (이하 이 호에서 "임대료등"이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과 하지 않을 것. 이 경우 임대료등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임 대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」제44조제4항의 전환 규정을 준용한다. 3. 장기어린이집: 양도일 현재 법 제168조에 따라 고유번호를 부여받고, 장기어린이집을 운영하고 있을 것 ㉑ 1세대가 장기임대주택의 임대기간요건(이하 이 조에서 "임대기간 요건"이라 한다) 또는 장기어린이집의 운영기간요건(이하 이 조에서 "운영기간요건"이라 한다)을 충족하기 전에 거주주택을 양도하는 경우에도 해당 임대주택 또는 어린이집을 장기임대주택 또는 장기 어린이집으로 보아 제20항을 적용한다. ㉒ 1세대가 제21항을 적용받은 후에 임대기간요건 또는 운영기간요 건을 충족하지 못하게 된(장기임대주택의 임대의무호수를 임대 하지 않은 기간이 6개월을 지난 경우를 포함한다) 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제1호의 계산식에 따라 계산한 금액을 양도소득세로 신고ㆍ납부해야 한다. 이 경우 제2호의 임대기간요건 및 운영기간요건 산정특례에 해당하는 경우 에는 해당 규정에 따른다. (각호 생략) ㉓ 제167조의3제1항제2호가목 및 다목부터 마목까지의 규정에 해당하는 장기임대주택(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 부칙 제5조제1항이 적용되는 주택으로 한정한다)이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하여 등록이 말소된 경우에는 해당 등록이 말소된 이후(장기임대주택을 2호 이상 임대하는 경우에는 최초로 등록이 말소되는 장기임대주택의 등록 말소 이후를 말한다) 5년 이내에 거주주택을 양도하는 경우에 한정하여 임대기간요건을 갖춘 것으로 보아 제20항을 적용한다. 1. 「민간임대주택에 관한 특별법」제6조제1항제11호에 따라 임대 사업자의 임대의무기간 내 등록 말소 신청으로 등록이 말소된 경우 (같은 법 제43조에 따른 임대의무기간의 2분의 1 이상을 임대한 경우에 한정한다) 2. 「민간임대주택에 관한 특별법」제6조제5항에 따라 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된 경우 ㉔ 제20항을 적용받으려는 자는 거주주택을 양도하는 날이 속하는 과세기간의 과세표준신고서와 재정경제부령으로 정하는 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 제출해야 한다. 1. 「영유아보육법」제24조에 따라 어린이집 운영을 위탁받은 경우 국공립어린이집의 위탁계약증서 사본 2. 장기임대주택의 임대차계약서 사본 3. 임차인의 주민등록표 등본 또는 그 사본. 이 경우 「주민등록법」제29조제1항에 따라 열람한 주민등록 전입세대의 열람내역 제출로 갈음할 수 있다. 4. 그 밖에 재정경제부령으로 정하는 서류 부 칙 <법률 제17482호, 2020. 8. 18.> 제5조(폐지되는 민간임대주택 종류에 관한 특례) ① 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 또는 단기민간임대주택을 등록한 임대사업자 및 그 민간임대주택은 임대사업자 및 그 민간임대주택의 등록이 말소되기 전 까지 이 법에 따른 임대사업자 및 장기일반민간임대주택으로 보아 이 법을 적용한다. 다만, 임대의무기간은 종전의 규정에 따른다. 제7조(자동 등록 말소 관련 경과조치) 제6조제5항의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행일 당시 종전의 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택 또는 제2조제5호에 따른 장기일반임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택의 임대의무기간이 이 법 시행일 전에 경과된 경우 에는 이 법 시행일에 그 임대주택의 등록이 말소된 것으로 본다. □ 소득세법 시행령 제161조 【직전거주주택보유주택 등에 대한 양도소득금액 등의 계산】 ① 제154조제10항에 따른 1세대 1주택 및 제155조제20항 각 호 외의 부분 후단에 따른 직전거주주택보유주택(이하 이 조에서 "직전거주주택보유주택등"이라 한다)의 양도소득금액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 법 제95조 제1항에 따른 양도소득금액 × 직전거주주택의 양도 당시 직전거주주택보유주택 등의 기준시가 - 직전거주주택보유주택 등의 취득 당시의 기준시가 직전거주주택보유주택 등의 양도 당시의 기준시가 - 직전거주주택보유주택 등의 취득 당시의 기준시가