미환류소득 법인세와 관련한 기업소득 산정 시 이월결손금의 재차 차감이 가능한지 여부

사 건 2024구합73646 법인세경정거부처분취소 원 고 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ 주식회사 피 고 ㅇㅇ세무서장 변 론 종 결 2025. 08. 29. 판 결 선 고 2026. 01. 23. 주 문 1. 원고의 청구를 모두 기각한다. 2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2023. 1. 26. 원고에게 한 2017 사업연도분 법인세 487,092,934원, 2018 사업연도분 법인세 707,395,320원, 2021 사업연도분 법인세 1,215,074,740원에 대한 각 경정청구 거부처분을 모두 취소한다. 이 유 1. 처분의 경위 가. 원고는 2018. 3. 31., 2019. 4. 1. 및 2022. 3. 31. 미환류소득에 대하여 2017 사업연도분 법인세 487,092,934원, 2018 사업연도분 법인세 707,395,320원(가산세 포함), 2021 사업연도분 법인세 1,215,074,740원(가산세 포함)을 각 신고·납부하였다. 나. 당시 원고는 각 사업연도의 법인세 과세표준을 계산할 때 실제로 공제한 이월결 손금만을 미환류소득 산정 시에 차감할 수 있다고 보아 위 가.항과 같이 미환류소득에 대하여 2017, 2018, 2021 각 사업연도분 법인세를 신고·납부한 것이었다. 다. 원고는 2022. 10. 17. ‘각 사업연도의 개시일 전 10년(2021 사업연도는 15년, 이하 편의상 10년으로만 표시한다) 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액’은 이를 해당 사업연도의 법인세 과세표준 계산 시 공제하지 않았거나 이전 사업연도의 기업소득 계산 시 이미 차감하였더라도 해당 사업연도의 기업소득 계산 시 차감할 수 있고, 이에 해당 사업연도에 누적되어 있는 이월결손금 전부를 기업소득 계산 시 차감하여야 한다면서 미환류소득에 대한 2017 사업연도분 법인세 487,092,934원, 2018 사업연도분 법인세 707,395,320원(가산세 포함), 2021 사업연도분 법인세 1,215,074,740원(가산세 포함)의 각 환급을 구하는 취지의 경정청구를 하였다. 라. 피고는 2023. 1. 26. 이를 각 거부(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다)하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 관계 법령 별지 기재와 같다. 3. 이 사건 각 처분의 위법 여부 가. 미환류소득에 대한 법인세 과세제도 미환류소득에 대한 법인세 과세제도는 2014. 12. 23. 법률 제12850호로 개정된 법 인세법 제56조에 근거를 두고 2015. 1. 1.부터 일몰기한을 2017. 12. 31.까지로 하여 한시적으로 도입되었고, 2018. 1. 1.부터는 2017. 12. 19. 법률 제15227호로 개정된 조세특례제한법 제100조의32 에서 이를 ‘투자·상생협력 촉진을 위한 과세특례 제도’로 규율하면서 시행되었으며, 2022. 12. 31. 법률 제19199호로 조세특례제한법이 개정되면서 2023. 1. 1.부터는 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제31조 제1항 에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 내국법인에만 위 과세제도가 적용되게 되었다. 이 사건 미환류소득에 대한 법인세 과세의 근거 법률인 구 법인세법(2017. 12. 19. 법률 제15222호로 개정되기 전의 것) 제56조 내지 구 조세특례제한법(2021. 12. 28. 법률 제18634호로 개정되기 전의 것) 제100조의32 규정들은, 각 사업연도 소득 중 대통령령으로 정하는 소득(이하 ‘기업소득’이라 한다)에 일정 비율을 곱하여 산출한 금액에서 투자합계액, 임금증가금액 등을 차감하는 방식 등으로 미환류소득을 산정하도록 하고, 미환류소득에 세율을 곱하여 산출한 세액을 ‘미환류소득에 대한 법인세’로 납부하도록 규정하였다. 위와 같은 법률의 위임에 따라 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529 호로 개정되기 전의 것) 제93조 제4항 내지 구 조세특례제한법 시행령(2022. 2. 15. 대통령령 제32413호로 개정되기 전의 것) 제100조의32 제4항 규정들은 법인세법 제14조 에 따른 각 사업연도의 소득에 위 각 제4항 제1호의 합계액을 더한 금액에서 제2호의 합계액을 뺀 금액을 기업소득으로 산정하는 것을 원칙으로 하면서, 제2호 라목에서 그 차감항목 중 하나로 ‘ 법인세법 제13조 제1호 (2019. 1. 1. 이후로는 법인세법 제13조 제1항 제1호 , 이하 달리 구별할 필요가 없는 한 법인세법 제13조 제1호 로만 표시한다)에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금(합병법인 등의 경우에는 같은 법 제45조 및 제46조의4에 따라 계산한 금액을 말한다)’을 규정(이하 위 제2호 라목의 차감규정을 통틀어 ‘이 사건 결손금 차감규정’이라 한다)하고 있었다. 나. 원고의 주장 요지 1) 이 사건 결손금 차감규정에서 정한 결손금은 ‘각 사업연도의 개시일 전 10년 이 내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산 을 할 때 공제되지 아니한 금액’인 이월결손금을 의미한다. 따라서 법인세 과세표준 계 산 시 실제로 공제한 이월결손금일 필요가 없고, 이전 사업연도의 기업소득 계산 시 차감하였더라도 해당 사업연도의 이월결손금으로 남아있는 이상 해당 사업연도의 기업 소득 계산 시 재차 차감할 수 있다. 2) 적어도 법인세 과세표준 계산 시 공제되었는지 여부 등과 관계없이 해당 사업연 도에 남아있던 이월결손금 전액을 차감할 수 있다는 비과세관행이 성립되었으므로 법 인세 과세표준 계산 시 공제될 것 등을 이 사건 결손금 차감규정에 따른 결손금의 요 건으로 보아 소급과세할 수 없고, 이는 신의성실의 원칙에도 반한다. 다. 이 사건 결손금 차감규정상 ‘결손금’의 의미에 관하여 1) 관련 법리 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다(대법원 2025. 7. 17. 선고 2025두33235 판결 등 참조). 법령의 문언 자체가 비교적 명확한 개념으로 구성되어 있다면 원칙적으로 더 이상 다른 해석방법은 활용할 필요가 없거나 제한될 수밖에 없다(대법원 2022. 12. 15. 선고 2018두63143 판결 등 참조). 2) 판단 관련 법령의 내용과 앞서 든 증거들, 갑 제6, 7호증, 을 제1호증의 각 기재 및 변 론 전체의 취지에 따라 인정할 수 있는 다음의 각 사정에 비추어 보면, 이 사건 결손 금 차감규정상 결손금은 ‘해당 사업연도 법인세 과세표준 계산 시 실제로 공제한 이월 결손금’을 말한다고 봄이 타당하다. 이와 다른 전제에 있는 원고의 이 부분 주장은 이 유 없다. 가) 이 사건 결손금 차감규정은 ‘ 법인세법 제13조 제1호 에 따라 해당 사업연도에 공 ̊ 제 ̊ 한 ̊ 결손금’을 기업소득 계산 시의 차감항목으로 규정하고 있을 뿐이고 달리 ‘법인 세법 제13조 제1호에 따른 결손금’이나 ‘ 법인세법 제13조 제1호 에 따라 해당 사업연도 에 공제할 수 있는 결손금’을 기업소득 계산 시의 차감항목으로 정하고 있지 않다. 이 사건 결손금 차감규정에 따라 기업소득 계산 시 차감할 수 있는 결손금이란 ‘법인세법 제13조 제1호에 따른 이월결손금 중 해당 사업연도의 법인세 과세표준 계산 시 공제한 결손금’을 의미한다고 보는 것이 문언상 분명하다. 나) 기업의 미환류소득에 대한 과세제도는 법인세법이 2014. 12. 23. 법률 제12850 호로 개정되면서 도입되었다. 그 당시 법인세법 시행령이 2015. 2. 3. 대통령령 제 26068호로 개정되면서 도입된 제93조 제4항 제2호 라목은 이 사건 결손금 차감규정과 마찬가지로 기업소득 계산 시 ‘ 법인세법 제13조 제1호 에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금(합병법인 등의 경우에는 법인세법 제45조 ·제46조의4에 따라 계산한 금액을 말한다)’을 차감하도록 하는 규정을 두었다. 그런데 그 시행령에 대한 입법예고(2014. 12. 26. 기획재정부공고 제2014-201호) 당시 위 제93조 제4항 제2호 라목의 원안은 “제18조에 따른 이월결손금”이었고, 그 무렵 시행 중이던 법인세법 시행령 제18조 등의 내용에 비추어 위 원안에서는 기업소득 계산 시의 차감항목인 이월결손금이 법인세 과세표준 계산 시 공제될 것까지는 요구하지 않았던 것으로 보인다. 그럼에도 이와 달리 ‘ 법인세법 제13조 제1호 에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금’을 기업소득 계산 시 차감하도록 위 제93조 제4항 제2호 라목이 도입되었으므로 이 사건 결손금 차감규정 소정의 ‘공제한’이라는 문구를 단순한 입법 오류로 볼 수는 없다. 다) 원고는 미환류소득에 대한 과세는 법인세 과세 후 남은 소득인 사내유보금에 대하여 또다시 법인세를 과세하는 것이기 때문에 이중과세의 성질을 가지고, 기업이 소득을 사내에 유보하는 것에 대해 일종의 제재를 가하는 셈이 되어 재산권 행사에 대 한 과도한 제한으로서 비례원칙에 위반될 소지가 있고 미환류소득 세제에서 이월결손 금은 저량(stock)이 아닌 유량(flow)에 속하며 이월결손금이 남아있는 기업의 환류 여 력이 있다고 보기 어려운 점 등을 고려하면 합목적적, 체계적 해석상 이 사건 결손금 차감규정에 따른 결손금이 법인세 과세표준 계산 시 실제로 공제한 이월결손금일 필요 까지는 없다고 주장한다. 미환류소득에 대한 법인세 과세제도는 기업소득을 투자, 임금증가, 배당에 활용하 도록 유도하기 위하여 투자, 임금증가, 배당 등이 당기 소득의 일정액에 미달한 경우 추가과세를 함으로써 기업소득과 가계소득간 선순환을 통해 경제활성화를 달성하기 위 한 목적에서 도입되었다. 이에 비추어 보면 기업 내에 유보되어 있는 유휴소득이 충분 하지 않을 경우에는 법인세 추가과세 대상이 되는 미환류소득으로 산정하지 않는 것이 타당한 측면이 있을 수 있다. 그러나 법령의 문언 자체가 비교적 명확한 개념으로 되 어 있다면 원칙적으로 더 이상 다른 해석방법은 활용할 필요가 없거나 제한될 수밖에 없는데, 앞서 본 바와 같이 이 사건 결손금 차감규정의 문언 자체가 명확하다. 원고 주 장과 같이 해석하는 것이 납세자의 재산권을 덜 제한하고 납세자의 환류 여력을 충실 히 고려하는 방법일 수 있더라도 이는 입법론의 문제로 보일 뿐이고, 이월결손금은 유 량(flow)보다는 오히려 저량(stock)으로 보이며 설령 이를 유량으로 보더라도 그 전부 를 기업소득 계산 시 차감하는 것이 논리필연적인 관계에 있지도 않다. 라) 한편 기획재정부는 2016. 3. 30. ‘기업의 미환류소득 계산 시 각 사업연도의 소 득에서 차감하는 해당 사업연도의 공제한 결손금은 법인세법 제13조 제1호 의 각 사업 연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액’이라는 유권해석을, 2020. 12. 7. ‘ 조세특례제한법 제100조의32 조에 따른 미환류소득 계산 시 각 사업연도의 소득에서 차감하는 결손금의 의미’에 관한 갑설(각 사업연도의 소득에서 실제 차감된 결손금), 을설(해당 사업연도 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도 과세표준 계산을 할 때 공제하지 아니한 금액) 중 을설을채택하는 유권해석을, 2021. 8. 19. ‘ 조세특례법 제100조의32 의 미환류소득 계산 시 차감하는 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금의 의미’에 관한 제1안(피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 해당 사업연도에 공제한 결손금), 제2안(피합병법인의 해당 사업연도 개시일 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액) 중 제2안을 채택하는 유권해석(이하 위 각 유권해석을 통틀어 ‘종전 유권해석’이라 한다)을 하였다. 그러나 종전 유권해석은 이 사건 결손금 차감규정의 문언에