입주권 프리미엄에 대한 취득세 부과는 소급과세의 원칙 등에 위배되어 위법하다는 청구주장의 당부

최초 신고 시 쟁점금액(프리미엄)을 뺀 금액만을 과세표준으로 산정하였으므로 취득시기 前 종전 소유자에게 지급한 프리미엄도 과세표준에 포함되어야 하는 점에서 취득세 과세표준에 포함되며, 처분청이 쟁점주택의 취득세 과세표준 산정시 프리미엄이 과세표준에서 제외된다는 공적 견해표명을 한 사실이 없고, 쟁점주택에 대한 취득세 등의 납세의무 성립 이후 새로운 법령을 적용하여 취득세 등을 부과한 사실이 나타나지 아니한 점 등 고려시 부과처분이 위법하다고 보기 어려움 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구인은 2018.7.28. OOO구역(이하 “이 건 재개발사업”이라 한다) 지구 내 서울특별시 영등포구 OOO 소재 부동산(이하 “종전부동산”이라 한다)을 조합원으로부터 매매로 취득 후 그 매매금액 OOO원(권리가액 OOO원 + 프리미엄 OOO원, 프리미엄을 이하 “이 건 프리미엄”이라 한다)을 과세표준으로 하고 「지방세법」 제11조 제1항 제7호에 따른 세율(1천분의 40)을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다.나. 청구인은 2020.12.17. 이 건 재개발사업의 시행에 따라 신축된 서울특별시 영등포구 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)을 취득한 후, 쟁점주택의 분양가액 OOO원에서 종전부동산의 가액 OOO을 차감한 결과 초과액이 없어 납부할 취득세 등이 없음으로 신고하였다.다. 처분청은 2025.10.10. 쟁점주택의 취득세 과세표준은 종전부동산의 취득금액에서 분담금 등을 합한 사실상 취득가액으로 하여야 하나 청구인이 취득세 과세표준을 과소신고한 것으로 보아 청구인에게 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.라. 청구인은 이에 불복하여 2025.11.18. 심판청구를 제기하였다.2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) 처분청은 청구인이 실질적으로 조합원 분양권(입주권)을 매입하여 취득하였음에도 이를 형식상 토지를 취득한 것으로 보아 프리미엄에 대해 4.6%의 취득세율을 적용하였음에도 이후 쟁점주택을 취득한 것에 대해 취득가액에 프리미엄을 포함시켜 원시취득세율을 적용하는 것은 동 프리미엄에 대해 세율을 달리 적용하였으므로 논리적 일관성이 결여된 위법·부당한 과세이다.(2) 또한, 이미 프리미엄에 대해 취득세를 납부한 상태에서 쟁점주택 취득가액에 프리미엄 포함하여 추가로 과세하는 것은 이중과세에 해당하고 취득 당시의 과세관행에 따라 성실히 납세하였음에도 사후적인 유권해석을 근거로 추가 과세하는 것은 신뢰보호의 원칙 및 소급과세금지 원칙에 반하므로 이 건 처분은 위법·부당하다.나. 처분청 의견(1) 청구인이 종전부동산을 취득할 당시 건물이 멸실된 토지를 조합원으로부터 취득하여 조합원의 지위를 승계받은 것이므로 청구인이 종전부동산을 취득한 것은 원시취득으로 볼 수 없고 종전부동산에 대하여 「지방세법」 제11조 제1항 제7호 나목에 따른 표준세율(1천분의 40)을 적용한 것은 타당하다.(2) 처분청이 청구인에게 ‘프리미엄은 준공취득의 승계조합원 과세표준에 포함되어서는 아니된다’라는 공적인 견해표명을 했다고 보기 어렵고 처분청은 청구인이 과소신고·납부한 세액을 정당한 세액으로 바로잡기 위하여 이 건 처분을 한 것이며 청구인의 이익이 침해되었다고 보기도 어려우므로 이 건 처분은 신의성실의 원칙을 위반한 처분이라 할 수 없다.(3) 또한, 행정안전부는 2023.8.22. 유권해석을 통보하기 이전부터 프리미엄은 승계조합원이 준공된 아파트를 취득하기 위해 원조합원 등에게 실제로 지급한 비용이므로 취득세 과세표준에 포함되어야 한다고 일관되게 해석하였고 상기 내용에 따라 취득세 등을 부과한 사례가 다수 확인되는바, 프리미엄에 대하여 취득세 등을 부과하지 아니하겠다는 관행이 일반적으로 납세의무자에게 받아들여진 상태로 볼 수 없다 할 것이므로 이 건 처분은 소급과세금지의 원칙을 위반하지 않는 것으로 판단된다.(4) 마지막으로 입주권 프리미엄은 청구인이 재개발사업 시행에 따라 쟁점주택을 취득하기 위하여 조합원에게 실제로 지급한 비용이므로 과세표준에 포함되어야 하고, 이 건 부동산의 과세표준 산정에서 사실상 취득가격에 프리미엄이 포함된다 하더라도 차감되는 종전부동산 가액의 합계액에 프리미엄이 포함되어 다시 공제되고 있어 이중과세에 해당한다고 볼 수 없으므로 처분청의 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.3. 심리 및 판단가. 쟁점입주권 프리미엄에 대한 취득세 부과는 소급과세의 원칙 등에 위배되어 위법하다는 청구주장의 당부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.(가) 이 건 재개발사업은 2011.11.10. 사업시행인가, 2016.3.21. 관리처분인가되었다.(나) 청구인은 2018.7.28. 조합원으로부터 종전부동산을 매매로 취득하여 조합원 지위를 승계하였고 매매금액 OOO원을 과세표준으로 하고 「지방세법」 제11조 제1항 제7호에 따른 세율(1천분의 40)을 적용하여 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다.(다) 청구인은 2020.12.17. 이 건 재개발사업의 시행에 따라 신축된 쟁점주택을 취득하고, 쟁점주택의 분양가액 OOO원에서 종전부동산의 취득세 과세표준 OOO원을 차감한 결과 초과액이 없어 납부할 취득세 등이 없음으로 신고하였다.(라) 행정안전부장관은 2023.8.22. ① 프리미엄은 승계조합원이 재개발 사업으로 준공된 아파트를 취득하기 위하여 원조합원에게 실제로 지급한 비용이므로 취득세 과세표준에 포함되는 것이 타당하다 할 것이고, ② 이러한 입법취지는 행정안전부의 유권해석을 통해 지방자치단체에 한 회신문이나 대외적으로 공표한 해명자료 및 조세심판원의 결정에서도 확인되고 있다는 내용으로 질의회신문(지방세특례제도과-2207, 2023.8.22.)을 통보하였다.(마) 처분청은 2025.10.10. 쟁점주택에 대한 취득세 등은 쟁점주택의 취득가액 OOO원(종전부동산가액에 부담금 등을 합한 금액)에서 종전부동산의 과세표준인 OOO원을 뺀 금액인 OOO원을 과세표준으로 하여야 하나, 청구인은 0원을 과세표준으로 하여 취득세 등을 과소신고·납부하였으므로 청구인에게 그 차액 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 이 건 취득세 등을 부과·고지하였다.(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,(가) 「지방세특례제한법」 제74조 제1항에서 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업의 시행으로 해당 사업의 대상이 되는 부동산의 소유자가 관리처분계획에 따라 취득하는 토지 및 건축물에 대해서는 취득세를 2022년 12월 31일까지 면제하되, 그 제2호에서 사업시행인가 이후 환지 이전에 부동산을 승계취득한 자가 환지계획 등에 따라 취득하는 부동산의 가액 합계액이 종전의 부동산 가액 합계액을 초과하는 경우에는 그 초과액에 상당하는 부동산에 대해서는 취득세를 부과한다고 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서 제1항 제2호의 초과액의 산정 기준과 방법 등은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제35조 제2항에서 법 제74조 제2항에 따른 초과액은 같은 조 제1항의 환지계획 등에 따른 취득부동산의 과세표준에서 환지 이전의 부동산의 과세표준(승계취득할 당시의 취득세 과세표준을 말한다)을 뺀 금액으로 한다고 규정하고 있다.(나) 청구인은 쟁점주택에 대한 취득세 등을 과소신고ㆍ납부한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 과세한 처분은 부당하다고 주장한다.그러나, 「지방세특례제한법」 제74조 제1항 및 같은 법 시행령 제35조 제2항을 종합하면 재개발사업의 승계조합원이 관리처분계획에 따라 취득하는 토지 및 건축물에 대하여는 취득세 등을 면제하되, 환지계획 등에 따른 취득부동산의 가액 합계액이 종전의 부동산 가액 합계액을 초과하는 경우에는 그 초과액에 상당하는 부동산에 대하여는 취득세를 부과하고, 그 초과액은 환지계획 등에 따른 취득부동산의 과세표준(「지방세법」 제10조 제5항에 따른 사실상의 취득가격이 증명되는 경우에는 사실상의 취득가격을 말한다)에서 환지 이전의 부동산의 과세표준(승계취득할 당시의 취득세 과세표준을 말한다)을 뺀 금액으로 하도록 규정하고 있는 점,청구인은 원조합원으로부터 취득한 종전부동산과 청산금을 이 건 조합에게 지급하면서 쟁점주택을 환지받아 취득한 것이므로 쟁점주택의 취득가액에는 종전부동산의 가액도 포함되는 것으로 보는 것이 타당한 점,지방세법령의 소관부처인 행정안전부에서도 쟁점주택의 취득세 과세표준 산정시 종전부동산의 취득과 관련하여 지급한 가액(권리가액, 프리미엄 등) 및 분담금 등이 포함되어야 한다고 유권해석한 점(행정안전부 지방세특례제도과-2207, 2023.8.22.),처분청이 쟁점주