적법한 청구인지 여부 등

쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인이 세무조사를 받고서 세무조사결과통지를 받기 전에 쟁점토지 양도에 대한 양도소득세 수정신고를 한 사실이 있을 뿐, 처분청이 세무조사결과결과 통지를 하거나 무납부고지를 한 것을 처분청이 ‘각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지’한 것으로 볼 수 없는 점, 청구인은 수정신고를 한 후 법정신고기한 이내에 경정청구를 제기하였고, 이에 대해 처분청이 거부하여 이 건 심판청구를 한 점 등에 비추어 적법한 청구에 해당함쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인이 쟁점토지를 상속으로 취득한 이후 적어도 1년 이상 직접 경작하였다고 인정하기 어려우므로 청구주장은 받아들이기 어려움 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구인은 2013.8.14. 전북특별자치도 OOO 토지 3,197㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 상속으로 취득하여 2023.5.15. 이를 양도한 후, 2023.7.30. 쟁점토지의 양도가액을 OOO원, 취득가액을 OOO원으로 하고 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제69조에 따라 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용하여 2023년 귀속 양도소득세 예정신고를 하였다.나. 처분청은 2024.4.29.부터 2024.5.13.까지 청구인의 양도소득세 신고내용에 대하여 세무조사를 실시한 결과, 청구인이 쟁점토지를 직접 경작하지 아니한 것으로 보아 2024.6.7.(2024.5.30. 반송되어 재송달) 쟁점토지 양도에 대하여 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제하고 쟁점토지의 취득가액을 청구인의 상속세 결정가액인 OOO원으로 하여 2023년 귀속 양도소득세 예상고지세액 OOO원(과세표준 OOO원)을 내용으로 하는 세무조사결과통지를 하였다.다. 청구인은 처분청으로부터 세무조사를 받고서 2024.5.7. 및 2024.5.10. 2023년 귀속 양도소득세 OOO원(과세표준 OOO원)을 수정신고하였으나, 수정신고한 세액을 납부하지 아니하였고, 처분청은 2024.7.9. 청구인에게 2023년 귀속 양도소득세 OOO원(과세표준 OOO원, 과소신고ㆍ납부지연가산세 합계 OOO원 포함)을 무납부고지(전자고지)하였다.라. 청구인은 2025.8.14. 처분청에 쟁점토지의 양도는 조특법상 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면이 적용되어야 하므로 2023년 귀속 양도소득세 OOO원을 환급하여야 한다는 취지로 경정청구를 하였고, 처분청은 경정청구기한 3개월을 경과하여 제기하였다는 이유로 2025.8.27. 이를 거부(각하결정)하였다.마. 청구인은 이에 불복하여 2025.11.19. 심판청구를 제기하였다.2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) 2023년 귀속 양도소득세 수정신고를 한 청구인이 이에 대한 경정청구를 한데 대해 처분청이 2024.7.9.자 무납부고지부터 3개월을 경과하였다는 사유로 청구인의 경정청구를 각하하는 결정을 한 것은 위법ㆍ부당하다.(가) 「국세기본법」 제45조의2 제1항 본문은 “법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출한 자는 그 신고한 과세표준과 세액이 정부가 과세하여야 할 과세표준과 세액을 초과하는 때에는 법정신고기한이 지난 날부터 5년 이내에 그 초과 부분에 대한 경정을 청구할 수 있다”고 규정하고 있는바, 이 건 경정청구는 실지조사 과정 및 세무대리인의 권유에 따라 이루어진 자진 수정신고에 의해 과다하게 신고된 세액을 바로잡기 위한 것으로서, 이는 과세관청의 증액경정으로 인한 세액 증가분에 대한 것이 아니라, 청구인의 신고 자체가 과다한 부분을 바로잡는 통상의 경정청구에 해당한다.(나) 「국세기본법」 제45조의2 제1항 단서규정은 “다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 세액이 있는 경우에는 그 처분이 있음을 안 날부터 3개월 이내에 청구하여야 한다.“고 규정하는바, 이는 과세관청의 증액경정으로 인하여 세액이 증가한 부분에 한정하여 예외적으로 짧은 불복기간(3개월)을 두는 취지일 것이나 이 건의 경우 처분청은 증액경정 처분을 한 사실이 없고, 그에 관한 경정결정 통지서가 청구인에게 송달된 사실도 없으므로, 「국세기본법」 제45조의2 제1항 단서가 예정하는 ‘결정 또는 경정으로 인한 증가세액’이 존재하지 않는다.그럼에도 처분청은 수정신고일 또는 무납부고지일을 기준으로 3개월이 경과하였다는 사유로 이 건 경정청구를 각하하였으므로, 이는 「국세기본법」 제45조의2의 문언과 체계에 반하는 위법한 결정이다.(다) 처분청은 수정신고일(2024.5.10.)부터 3개월을 경과하여 제기한 경정청구는 부적법하다는 의견이나, 납세자의 수정신고일을 기준으로 90일 이내 경정청구를 제기하여야 한다는 법적 근거는 존재하지 아니한다.또한 이 건 무납부고지일(2024.7.9.)을 기준으로 한다 하더라도, 청구인은 위 무납부고지를 등기우편이나 홈택스 전자문서함을 통해 받은 사실이 없어 행정처분의 성립요건인 ‘도달’ 자체가 없었으므로 이를 청구인에 대한 처분이라고 볼 수 없다.(라) 청구인은 자경감면, 소득오인(OOO 원 대여금), 실지조사 결과의 타당성 등을 정당하게 다투기 위해 경정청구를 제기하였는데, 처분청이 청구인의 경정청구에 대해 각하결정으로 본안 심리를 회피한 것은 납세자의 권리구제 기회를 박탈한 것으로서 이는 납세자 권리보호 원칙 및 실질과세원칙에 반하여 위법ㆍ부당하다.(2) 쟁점토지는 청구인의 부친이 1966년에 매입하여 논농사로 경작하시다가 나이가 들어 2011년경 밭농사로 전환하여 다년생 과실수인 감나무를 식재하였고, 청구인이 2013년에 이를 상속으로 취득한 후 2023년 양도할때까지 실질적으로 경작한 사실이 농지원부, 경작 사진, 농자재 구입내역 등을 통해 확인된다.(가) 처분청은 청구인의 근로소득을 기준으로 감면요건을 판단하였으나, 이 건 세무조사 당시 청구인이 소명하지 못한 소득 상황을 감안하면, 쟁점토지의 양도는 조특법상 8년 이상 자경농지에 대한 감면요건을 충족하였다.(나) 처분청은 청구인이 ㈜A에서 근무(2021년 6월～2023년 3월, 1년 9개월간)했던 기간 중 급여대장에 등재되지 않고 청구인의 계좌에 입금된 OOO원을 급여로 보았으나, 아래 ＜표1＞과 같이 이는 청구인이 배우자 명의의 회사 지분을 취득하기 위해 개인적으로 차용한 금전으로서, 자금흐름도, 이체내역, 지분취득 관련 자료 등을 통해 근로소득이 아닌 사실이 확인된다.＜표1＞ 청구인의 배우자 지분취득 관련 금전거래 이력ㅇㅇㅇ또한 위 금전거래 내역을 보면, 송금인이 자신의 편의를 위해 메모에 회사명을 기재하였는데, 처분청이 이를 소득으로 보아 조특법상 감면요건을 배제한 것은 사실오인 및 실질과세원칙에 위반되는 것이고, 실제 청구인의 근로소득 내역은 아래 ＜표2＞와 같다.＜표2＞ 청구인의 근로소득 변동 내역ㅇㅇㅇ나. 처분청 의견(1) 세무조사 결과 확인된 내용에 따라 청구인이 양도소득세 과세표준 및 세액을 수정신고한 것은 과세표준 및 세액을 증액 결정하기 위한 세무조사 전반의 과정 중 「국세기본법」 제81조의12에 따라 세무조사 결과 통지라는 조사 과정에 포함되는 것으로서 증액경정 처분에 해당하고, 증액경정 처분에 대한 경정청구 기한은 「국세기본법」 제45조의2 제1항 단서 규정에 따라 처분이 있음을 안 날(2024.6.7. 세무조사 결과통지일)로부터 3개월 이내인바, 청구인이 청구기한 2024.8.20.을 경과하여 한 경정청구를 처분청이 거부(민원회신에 불과함)한 것은 정당하고, 불복청구 기한을 경과하여 제기한 이 건 심판청구 또한 각하되어야 한다.(가) 청구인은 세무공무원으로부터 조사 절차에 따라 수정신고 할 수 있음을 안내받아 2024.5.7. 수정신고를 하였고, 처분청의 양도소득세 실지 조사결과 확인한 내용에 따라 2024.5.10. 양도소득세 과세표준 및 세액을 재차 수정신고하였다.처분청은 청구인이 8년 자경감면을 받기 위해 총급여액을 조작한 혐의를 확인하여 세무조사를 실시하였고, 실지조사 결과 청구인이 2022년에 ㈜A에 근무하면서 총급여 OOO원을 수령하면서, 조특법상 8년 자경농지 감면규정을 적용 받기 위해 총급여 중 OOO원은 본인 명의 OOO로 직접 입금 받고, 나머지 급여 OOO원은 경리 업무를 담당하고 있는 A 명의 OOO은행계좌를 통해 청구인 명의 OOO계좌로 입금 받은 사실을 확인하였다.청구인은 조사담당 세무공무원으로부터 2022년 귀속 총급여액이 OOO원을 초과하여 8년 자경 감면 요건 충족하지 않고, 이에 따라 세무조사 종결 후 감면신고한 금액에 대해 감면 부인하고 고지할 것이라는 내용과 그 전에 수정신고를 할 수 있다는 내용에 대해 설명을 들은 후 A 계좌를 통해 입금받은 금액이 ㈜A에 근로를 제공하고 받은 대가임을 인정하고 쟁점토지에 대한 양도소득세 수정신고를 하였다.(나) 양도소득세 수정신고는 「국세기본법」 및 같은 법 시행령에서 규정한 증액 경정을 하기 위한 조사 절차 중 하나로서 증액 경정처분에 해당한다.「국세기본법」 제2조 제21호에서 “세무조사”란 국세의 과세표준과 세액을 결정 또