쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 본 처분의 당부

외부하도급 방식의 지출증빙 미제시, 대표자의 진술 내용, 매입세금계산서 지연발급 후, 체납 등의 사정으로 거래내용을 확인하기 어려우므로 청구주장을 받아들이기 어려움 마산세무서장이 2025.6.19. 청구법인에게 한 2024년 제2기 부가가치세 OOO원의 감액경정처분 중 본세에 대한 심판청구는 각하하고, 나머지 심판청구는 기각한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 2020.2.21.부터 자동화기계 제조업을 영위하고 있는 법인으로, 2024년 제2기 부가가치세 과세기간 중에 아래 ＜표1＞과 같이 주식회사 A(이하 “A”라 한다)에 공급가액 OOO원 상당의 세금계산서(이하 “쟁점매출세금계산서”라 한다)를 발급하였고, 주식회사 B(이하 “B”라 한다)로부터 공급가액 OOO원 상당의 세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서”라 하고, 쟁점매출세금계산서와 합하여 “쟁점세금계산서”라 하며, 관련 거래를 “쟁점거래”라 한다)를 수취한 다음, 2025.1.22. 납부할 세액을 OOO원으로 하여 부가가치세 확정신고를 하였으나, 납부하지 아니하였다.＜표1＞ 쟁점세금계산서 내역OOO나. 처분청은 2025.1.7. 청구법인의 사업장에 대한 현장확인을 실시하였고, 2025.2.12.부터 2025.5.15.까지 청구법인의 2024년 제2기 부가가치세에 대한 세목별 조사를 실시한 후, 쟁점세금계산서를 실제 공급 없이 수수한 사실과 다른 세금계산서로 보아, 2025.6.19. 청구법인에게 2024년 제2기 부가가치세 OOO원을 감액경정하였다.다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.9.12. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 이 건 처분은 청구법인의 절차적 권리를 침해한 것이어서 위법하다.(가) 처분청은 청구법인과 사전 협의 없이 조기결정신청서를 일방적으로 통지하였고, 이를 강요하였다.(나) 처분청은 청구법인의 과세전적부심사 청구권을 침해하였다.1) 대법원은 납세자가 일부 세금계산서에 대해 조세범칙행위로 고발 또는 통고처분을 받았더라도, 고발된 항목 외의 다른 세금계산서나 거래 항목에 대해서는 과세전적부심사 청구가 가능하다고 하였고, 고발이 이루어진 경우라도 그 범위가 명확히 특정되지 않았거나, 고발된 조세범칙행위와 관련된 기초 사실과 동일하지 않은 경우에는, 그 외 항목에 대해 납세자의 방어권 보장 차원에서 적부심사를 받아야 한다고 판시하였으며(대법원 2022.12.7. 선고 2022두45968 판결, 참조), 세무조사 이후 과세처분을 하기 전에 납세자에게 실질적인 의견진술 및 방어의 기회를 보장해야 하며, 이를 실질적으로 행사하지 못한 경우 해당 과세처분은 절차상 하자가 있어 위법하다고 판단하였다(대법원 2020.10.29. 선고 2017두51174 판결, 참조).2) 과세전적부심사 제도는 납세자에게 과세 전 사실관계에 대한 실질적 의견제출 및 방어 기회를 보장하여, 위법 또는 부당한 과세처분이 이루어지는 것을 사전에 방지하고, 납세자의 권익을 보호하기 위한 제도로, 세무조사 결과통지 이후 과세전적부심사 청구 또는 그에 대한 결정이 있기 전에 과세처분을 하는 것은 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효라고 판시한 바 있다(대법원 2020.10.29. 선고 2017두51174 판결, 참조).3) 청구법인은 과세전적부심사 절차를 통해 방어권을 행사하고자 하였으나, 청구법인이 조사내용에 대한 정보공개를 신청하자, 처분청이 과세전적부심사 절차를 일방적으로 배제하였는바, 이는 청구법인의 방어권을 침해한 중대한 절차적 하자에 해당한다.(다) 청구법인은 처분청에 국선대리인 선임을 신청하였으나 명확한 이유 없이 불허되었고, 이로 인해 납세자의 방어권과 적법 절차의 권리가 침해되었다.(2) 쟁점거래는 정상적인 거래이므로 이 건 처분은 위법하다.(가) 사업경위는 다음과 같다.1) B는 2018년경 설립되어 C(이하 “D”라 한다) 제조기계의 개발과 상용화를 위해 노력되었고, 약 2년간 기계 개발 및 공장신축을 추진하였으며, 2020년경 E으로부터 제조기계 5대를 구입하였으나, 자금난으로 제작이 중단되었고, 2021년 11월경 대금 미지급을 이유로 유체동산 압류를 당하기도 하였으나, 지인으로부터 금전을 차입하여 압류를 해지하였고, E 및 하도급 업체들에 대한 지급을 완료하였다.2) 청구법인은 2020년경 B의 사업을 이관받아 신기술 및 신제품 개발에 집중하였고, 제조기계 5대를 완성하고 기술 상용화를 본격화하였다.3) B는 2021년 8월경, 청구법인은 2024년 2월경 한국산업기술진흥협회의 신기술(NET) 인증심사를 받았고, 그 경우 접수기술이 적용된 제품은 판매가 금지되었기에 재고로 유지한 것이다.4) D 제품은 기술개발이 완료되었으나, 관련 법령의 미비로 인해 사용이 어려웠고, 청구법인은 국가산업융합지원센터 등 다수 기관에 규제 개선을 요청하였으며, 그 결과 2023년 8월경 한국철도공단의 표준규격 제정, 한국콘크리트학회의 사용발표, 한국도로공사의 적용방안 마련 등이 이루어지면서 D 제품의 상용화가 본격화되었다.5) 이에 청구법인은 2024년 11월경 보유하고 있던 D 제조기계 5대를 A에 OOO원에 판매하고 세금계산서를 정상적으로 발행하였다.(나) 쟁점거래는 정상적인 거래임에도 처분청은 구체적인 증빙도 없이 쟁점거래를 가공 또는 허위거래로 간주하여 이 건 처분을 하였다.1) 이 건 세무조사 과정에서 쟁점거래가 계약관계, 기술개발, 시운전, 시장검증, 판매계약 등 일련의 절차를 거친 실거래임이 다수의 증빙에 의하여 입증됨에도 불구하고, 처분청은 명확한 설명 없이 이를 허위거래로 판단하였는바, 이 건 처분은 자유심증주의의 한계를 벗어난 위법한 처분이다.2) 대법원은 논리와 경험칙에 반하거나 합리적 근거 없이 증거를 채택·배척하는 경우, 이는 자유심증주의의 한계를 벗어난 것으로서 위법하다고 판시하였는바(대법원 2007.5.10. 선고 2007도1950 판결 외 다수), 즉 충분한 증명력이 있는 객관적 자료를 정당한 이유 없이 배척하거나, 반대로 사실과 명백히 반하는 증거를 이유 없이 채택하여 판단하는 행위는 실체적 진실 발견을 저해하며, 재판의 적정성을 해치는 중대한 절차 위반에 해당하고, 따라서 사실심 법원이나 과세관청은 주어진 증거와 주장에 대해 신중하고 충실한 심리의무를 부담하며, 이를 소홀히 한 판단은 법률 위반으로써 상고심에서도 다툴 수 있는 대상이 된다고 하였다.3) 대법원은 실물거래가 있었다는 것은 단순한 계약 체결이 아니라, 당사자 간에 재화 또는 용역을 공급하기로 하는 구속력 있는 합의, 즉 실질적 계약 관계가 존재함을 의미한다면서 따라서 단순히 세금계산서만 존재하거나 계약서 없이도 거래 관계와 납품 등 실체가 확인된다면, 이는 실물거래로 간주될 수 있다고 하였는바(대법원 2014.4.30. 선고 2012도7768 판결 외 다수), 이 건과 같이 청구법인이 실거래 사실을 입증할 수 있는 자료(계약서, 납품사진, 기술개발내용, 특허자료 등)를 제시한 경우, 가공거래로 단정할 수 없다.4) 처분청은 이 건 세무조사 당시 해당 산업의 특수성, 전문성 및 기술적 복잡성을 전혀 반영하지 않은 채 형식적이고 선입견적인 시각으로 접근하였는바, “30미터가 넘는 기계를 어떻게 이사했느냐?”, “몇 년 동안 매출이 없었는데 왜 갑자기 매출이 발생했느냐?”, “수년간 직원 월급도 못주면서 어떻게 일을 시켰느냐?”와 같은 비상식적인 질문을 반복적으로 제기하였는데, 이러한 질문은 벤처기업의 성장과정에서 일반적으로 수반되는 기술개발리스크, 자금운영의 유연성, 핵심인력의 자발적 참여 등을 전혀 고려하지 않은 것이다.5) 청구법인은 이 건 세무조사 및 처분으로 인해 사업전반에 걸쳐 심각한 정신적·경제적 피해를 입었는바, 신용등급 하락 및 가공매출 의심의 사유로 중소벤처기업진흥공단의 정책자금 지원대상에서 탈락하게 되었다.6) 청구법인은 D 제조기계의 기술개발과 상용화를 성공적으로 마친 후, 본격적인 양산과 수출 확대를 목표로 공장부지를 직접 매입하고 관련 창업계획에 대한 승인도 획득하였으며, 또한 해외시장 진출을 위한 적극적인 활동을 병행하여, 현재까지 10여 개국의 바이어와 수출 합의각서를 체결하고 샘플 공급도 진행 중이며, 이는 단순한 기술 보유나 제품 개발에 그친 것이 아니라, 실제 시장 수요에 대응하기 위한 실질적 생산과 판매 활동이 활발히 이루어지고 있음을 보여주는 명백한 근거이다.(다) 처분청 의견은 아래와 같은 측면에서 타당하지 아니하다.1) 처분청은 청구법인이 기계장치의 제조시설이나 보관장소를 가지고 있지 않다는 부