거래 단계별 세금계산서 발급·수취 여부

1. 사실관계 ○ 신청법인은 의약품 제조·판매업체로서, 신약개발·품목허가권자로부터 제조를 위탁받아 생산한 의약품을 납품한 후, 이를 다시 공급받아 의약품 도매상에 판매하려고 함 - 다만, 재화(의약품)의 이동은 없으며, 약사법 제47조의3 제2항 및 동법 시행규칙 제45조에 따라 유통 단계별로 건강보험심사평가원 의약품관리종합정보센터에 의약품 공급내역 보고함 ① [제조 및 납품 단계] 위탁제조·판매사는 신약개발·품목허가권자의 의뢰에 따라 의약품을 생산하여 신약개발·품목허가권자에게 인도하고 세금계산서를 발급함 ② [판매권 부여 및 재공급 단계] 신약개발·품목허가권자는 해당 의약품의 유통 및 판매를 위해 다시 위탁제조 · 판매사에게 해당 제품을 공급하고 세금계산서를 발급함 ③ [최종 유통 단계] 위탁제조·판매사는 공급받은 제품을 자기의 책임과 계산 하에 외부 의약품 도매상에게 최종적으로 판매함 2. 질의 내용 ○ 동일한 의약품이 계약상 원인에 의해 ① 위탁제조·판매사 ② 신약개발·품목허가권자 ③ 위탁제조·판매사 ④ 도매상 순으로 거래되는 경우 - 순액(재공급액-납품액)이 아닌 각 단계별로 거래금액 총액에 대하여 세금계산서를 각각 발급 및 수취하는 것이 부가가치세법상 적정한지 여부 3. 관련 법령 및 사례 ○ 부가가치세법 제9조 【재화의 공급】 ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다. ○ 부가가치세법 제32조 【세금계산서 등】 ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다. ○ 약사법 제47조의3 【의약품관리종합정보센터의 지정ㆍ운영 등】 ② 의약품 품목허가를 받은 자ㆍ수입자 및 의약품 도매상은 의료기관, 약국 및 의약품 도매상에 의약품을 공급한 경우에는 의약품관리 종합정보센터에 그 공급 내역을 보건복지부령으로 정하는 바에 따라 제출하여야 한다. (생략) ○ 약사법 시행규칙 제45조 【의약품의 공급내역 보고 등】 ① 의약품공급자는 법 제47조의3제2항 본문에 따라 의료기관, 약국, 의약품 도매상 및 안전상비의약품 판매자에 완제(完製)의약품(마약, 한외마약 및 향정신성의약품을 포함하되, 의료용고압가스는 제외한다)을 공급하는 경우에는 별지 제24호의2서식의 의약품 공급내역 현황을 전산매체(디스켓 또는 CD 등을 말한다)에 수록하거나 정보통신망을 이용하여 의약품관리종합정보센터의 장에게 제품을 출하할 때 보고해야 한다. (생략) ○ 부가46015-1865, 1996.09.09. 사업자가 현실적인 재화의 이동없이 계약에 의하여 재화의 인도의사 표시만으로 재화를 인도하는 경우에도 부가가치세법 제6조 에 규정한 재화의 공급에 해당하는 것이므로 동법 제16조의 규정에 의한 세금계산서를 교부하여야 하는 것임. 다만, 계약상 재화가 인도되었는지 여부는 관련사실을 종합하여 사실판단. * 부가가치세법 제6조 는 현행 제9조로, 제16조는 현행 제32조로 변경됨 ○ 부가46015-1525, 2001.12.20. 부가가치세법 제9조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때가 당해 재화의 공급시기가 되는 것으로, 귀 질의의 경우에는 당해 자산의 소유권 존재 및 사용권리 인정에 대한 합의일이 이용가능하게 되는 때인 것입니다. 다만, 재화의 공급시기에 공급가액이 확정되지 아니한 상태에서 공급하고 추후에 공급가액이 확정되는 경우에는 그 공급시기에 시가로 세금계산서를 교부하고 당해 재화의 공급가액이 확정되는 때 부가가치세법시행령 제59조 의 규정에 의하여 수정세금계산서를 교부하는 것입니다. ○ 사전-2017-법령해석부가-0293, 2017.06.07. ▲▲를 원재료로 하여 △△을 제조․판매하는 신청법인이 ▲▲를 생산하는 사업자(A)와 ▲▲를 매입하는 계약을 체결하여 자기의 책임과 계산으로 ▲▲를 매입하고, △△을 제조․판매하는 다른 사업자(B)에게 해당 ▲▲ 매입분 중 일부를 공급하는 계약을 체결하여 해당 ▲▲를 자기의 책임과 계산으로 공급하는 경우에는 해당 ▲▲의 매입 및 공급에 대하여 각각 세금계산서를 수취하고 발급하는 것임