① 에이치디현대아로마틱스 주식회사(이하 “이 건 법인”)의 과점주주인 청구법인이 이 건 법인을 합병함에 따라 그 법인의 부동산을 취득하게 되더라도 취득세 납세의무가 없다는 청구주장의 당부② 합병으로 인한 소유권이전이 개정 지특법 제78조 제5항 제2호(이하 “이 건 추징규정”)의 추징요건인 매각·증여에 해당하는지 여부

① 법인의 주식을 취득함으로써 과점주주가 된 자가 그 법인의 자산을 취득하였다 하더라도 과점주주로써 그 자산에 대한 취득세를 이미 납부하였으므로, 다시 납세의무가 성립하는 것은 아님② 이 건 법인의 법률상 지위를 승계한 청구법인이 여전히 쟁점부동산을 해당 감면용도로 사용하고 있는 이상, 감면된 취득세의 추징사유에 해당하지 않는 것으로 보는 것이 합병으로 인한 납세의무 승계제도의 취지와 「지방세특례제한법」제78조 제5항의 입법목적 및 관련 규정의 체계 등에 부합해 보임 충청남도 서산시장이 2025.6.17. 및 2025.6.19. 청구법인에게 한 취득세 등의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다. 1. 처분개요가. OOO 주식회사(이하 “이 건 법인”이라 한다)는 2023.9.1.부터 2024.12.20.까지 사이에 OOO소재한 충청남도 서산시 OOO토지상에 아래 ＜표1＞의 가설건축물 및 도관시설(이하 “이 건 부동산 등”이라 한다)을 신축하여 취득한 후, 2023.10.31.부터 2024.12.20.까지 처분청에 「지방세특례제한법」(2023.3.14. 법률 제19232호로 개정된 것) 제78조 제4항 제2호 가목 및 「충청남도 도세 감면조례」제7조의2 제1호에 따른 산업단지 등에서 산업용 건축물 등을 신축하여 취득하는 부동산 등에 대한 감면을 적용하여 취득세의 100분의 75를 경감받았다.＜표1＞ 이 건 법인의 취득세 등 신고내용(단위 : 원)○○○나. 청구법인은 2024.11.1. 이 건 법인의 지분 50%를 소유한 상태에서 나머지 지분 50%를 추가로 취득하여 최초로 이 건 법인의 과점주주(지분 100%)가 된 것으로 보아, 2024.12.30. 처분청에 이 건 법인의 취득세 과세대상 물건의 장부가액을 과세표준으로 하고, 「지방세법」제15조 제2항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.다. 청구법인은 2024.12.30. 이 건 법인을 합병함에 따라 이 건 법인 소유의 충청남도 서산시 OOO에 소재한 공장용 건축물 256,773.51㎡, 그 부속토지 등 토지 9필지 177,443.4㎡ 및 송유관 등의 시설을 취득한 것으로 보아, 2025.2.27. 처분청에 그 취득가액을 과세표준으로 하고, 「지방세법」 제15조 제1항 제3호의 세율 및 「지방세특례제한법」 제57조의2 제1항의 기업합병등의 감면(50%)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.라. 청구법인은 2025.3.27. 처분청에 이 건 법인이 이 건 부동산 등을 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 청구법인에게 소유권을 이전하여 취득세 등의 추징사유가 발생한 것으로 보아, 「지방세특례제한법」제78조 제5항 제2호에 따라 취득세 등 합계 OOO원을 기한후신고·납부하였다.마. 청구법인은 2025.5.13. 청구법인이 합병을 원인으로 취득세 등을 신고한 물건 중 과점주주 간주취득을 원인으로 이미 취득세를 신고납부한 충청남도 서산시OOO소재 부동산 등(이하 “쟁점부동산 등”이라 한다)은 취득세 등을 이중으로 신고·납부한 것이므로 합병에 따른 취득세 등의 일부를 환급하여 달라는 취지의 경정청구(이하 “이 건 ①취득세 등의 경정청구”라 한다)를 제기하였으나, 처분청은 2025.6.17. 이를 거부하였다.바. 청구법인은 2025.5.13. 이 건 법인이 청구법인에게 소유권을 이전한 것은 취득세의 추징사유인 매각·증여에 해당하지 않으므로 기납부한 취득세 등을 환급하여 달라는 취지의 경정청구(이하 “이 건 ②취득세 등의 경정청구”라 한다)를 제기하였으나, 처분청은 2025.6.19. 이를 거부하였다.사. 청구법인은 이에 불복하여 2025.8.5. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 청구법인은 쟁점부동산 등에 대한 취득세를 이중으로 신고·납부하였으므로 합병에 따른 취득세 중 이미 납부한 간주취득세 상당액 부분은 환급되어야 한다.(가) 청구법인은 1964.11.19. 설립되어 석유류 제품 제조 및 판매를 주요 사업으로 영위하고 있다.청구법인은 2024.11.1.OOO주식회사로부터 이 건 법인의 주식 OOO주(지분 50%)를 양수하면서, 최초로 이 건 주식발행법인의 과점주주(100%)가 되었고, 2024.12.30.을 합병기일로 하여 이 건 법인을 흡수합병하였다.(나) 「지방세법」 제7조 제5항에서는 ‘법인의 주식을 취득하여 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 본다’라고 규정하여, 과점주주 지위의 취득을 당해 법인의 취득세 과세대상 자체에 대한 취득으로 법률상 의제(대법원 1994.5.24. 선고 92누11138 판결, 참조)하고 있는데, 그 취지는 해당 법인의 과점주주는 그 법인의 재산을 사실상 임의처분하거나 관리운용할 수 있는 지위에 있으므로 실질적으로 그 재산 자체를 직접 소유하는 것이나 다름없기 때문이다.(다) 대법원은 직접적인 자산 취득이 아닐지라도 주식 취득을 통하여 부동산 자체를 취득한 것으로 보고 취득세를 납부한 이상, 이후에 실질적으로 부동산을 취득하고 취득세를 납부한 경우에는, 동일한 취득에 대한 이중과세에 해당한다고 판시하였다(대법원 2009.4.23. 선고 2006다81257 판결, 같은 뜻임).(라) 조세심판원 또한 해당 대법원 판례를 인용하여 과점주주가 간주취득세를 납부하고 실제 취득에 의한 취득세를 다시 납부한 경우, 과점주주로서 이미 납부한 간주취득세 상당액 부분은 이중과세에 해당한다고 결정하였다(조심 2010지691, 2011.9.29. 등 다수, 같은 뜻임).(마) 이와 같이 동일한 과세물건인 쟁점부동산 등에 대하여 청구법인이 과점주주 간주취득과 법인합병을 원인으로 취득세를 이중으로 신고·납부하였음에도 불구하고 처분청이 이 건 ①취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 위법하다.(2) 합병은 감면추징사유인 매각·증여가 아니므로 이 건 법인이 청구법인에게 이 건 부동산 등을 포괄승계한 것은 취득세의 추징사유에 해당하지 않는다.(가) 합병이 「지방세특례제한법」상 감면추징사유인 매각·증여에 해당하지 않는다는 것은 감사원, 조세심판원, 법원 등에서 일관되게 확립된 견해(감심 2017-580, 2019.9.6., 조심 2019지3577, 2020.3.12., 청주지방법원 2020.7.9. 선고 2020구합5435 판결 등 다수, 참조)로서, 그 주된 논거는 매각·증여는 특정승계에 해당하나, 합병은 포괄승계에 해당하므로 달리 취급하여야 한다는 점이다.이와 같이 합병은 단순히 권리·의무의 승계에 그치는 것이 아니라, 소멸회사의 법률상 지위가 존속되는 회사에게 동일성을 유지하면서 이전되는 것이라는 점(청주지방법원 2020.7.9. 선고 2020구합5435 판결, 같은 뜻임)을 고려하면, 합병은 취득세 감면추징사유가 아니라, “피합병법인에게 이미 발생한 감면 유예기간 준수의무에 대한 법률상의 지위 또한 승계”하는 것이라고 해석하는 것이 타당하다(조심 2023지5654, 2024.8.9., 같은 뜻임).(나) 기존 선례의 결론은 「지방세특례제한법」(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정된 것, 이하 “개정 지특법”이라 한다)에 매각·증여에 대한 정의가 신설된 이후에도 마찬가지로 적용된다.1) 위 개정 지특법의 매각·증여 정의규정은 완전히 새로운 것이 아니라, 행정안전부의 유권해석(지방세특례제도과-2200, 2016.8.26.)으로 존재하던 것이었는데, 기존의 심판례는 이러한 유권해석에도 불구하고, 합병을 매각·증여와 동일한 것으로 보기 어렵다고 결정해왔다.2) “매매, 교환, 증여 등 유상이나 무상으로 소유권을 이전하는 것”에서 제외되는 사유가 개정 지특법 시행령 제1조의2에 국한되지 않는 사실이 행정안전부 문서(지방세특례제도과-425, 2023.10.19)를 통하여도 확인되는바, 개정 지특법에서 규정한 “매매, 교환, 증여 등”은 모두 특정승계의 방식에 불과하여 포괄승계인 합병을 포함할 수 없다.(다) 청구법인은 이 건 법인의 자산을 승계한 후, 여전히 감면 목적범위에서 사용하고 있으므로, 감면된 취득세를 추징할 합목적성이 없다.1) 「지방세특례제한법」 제78조에 산업단지 취득세 감면분에 대한 추징조항을 둔 입법취지는, 예정된 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 등 세제상의 혜택만 누리려는 행위를 억제하려는 것이다(헌법재판소 2020.3.26. 선고 2017헌바527 전원합의체 결정, 같은 뜻임).2) 청구법인과 같이 100% 자회사를 흡수합병하는 경우, 합병 전과 후 동일하게 청구법인이 산업단지 취득세 감면의 대상이 된 부동산을 사실상 지배·보유하고 있다는 점에서 현상의 변화가 없고, 세제상의 혜택만을 누리고 소유관계에서 이탈한 자 또한 없다.3) 특히 청구법인은 이 건 법인의 자산을 승계한 이후 같은 지역에서 여전히 해당 사업장을 운영하고 있는바, 산업