일괄 양도한 쟁점부동산의 공급가액을 기준시가로 안분한 처분의 당부

쟁점감정평가액은 소급작성된 것으로 “공급시기가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 평가한 감정평가가액”에 해당하지 않음 심판청구를 기각한다. 1.처분개요가. 청구인은 2020.5.1.부터 인천광역시 남동구 OOO에서 ‘OOO’라는 상호로 오피스텔을 신축·분양하는 사업자로서, 같은 주소에 오피스텔(152세대 규모, 2023.1.26. 사용승인, 이하 “쟁점오피스텔”이라 한다)을 신축하여 2023년 제1기~2024년 제2기 과세기간 동안 총 116세대(이하 “쟁점세대”라 한다)를 분양하고, OOO평가사사무소(이하 “OOO”이라 한다)의 ‘부가가치세 안분비율 결정’ 자료(이하 “쟁점안분비율자료”라 한다)를 바탕으로 토지·건물 가액을 실지거래가액으로 구분하여 2023년 제1기~2024년 제2기 부가가치세 합계 OOO원(2023년 제1기분 △OOO원, 2023년 제2기분 OOO원, 2024년 제1기분 OOO원, 2024년 제2기분 OOO원)을 신고·납부하였다.나. 인천지방국세청(이하 “조사청”이라 한다)은 청구인이 신고한 쟁점세대의 토지가액이 「부가가치세법」 제29조 제9항 제2호 및 같은 법 시행령 제64조에 따라 기준시가로 안분계산한 금액과 30% 이상 차이가 발생한다는 이유로 2025년 4월경 해명안내문을 발송하였고, 청구인은 OOO으로부터 교부받은 감정평가서(감정평가기준일 : 2023.3.8. / 작성일 : 2025.5.2., 이하 “쟁점감정평가서”라 한다)를 해명자료로 제출하였으나 조사청은 쟁점감정평가서를 소급감정평가로 보아 이를 부인하고 과세자료를 통보했으며, 처분청은 기준시가로 안분한 쟁점세대의 토지·건물 가액을 공급가액으로 하여 2025.7.19. 청구인에게 2023년 제1기~2024년 제2기 부가가치세 합계 OOO원(2023년 제1기분 OOO원, 2023년 제2기분 OOO원, 2024년 제1기분 OOO원, 2024년 제2기분 OOO원)을 경정·고지하였다.다. 청구인은 이에 불복하여 2025.10.14. 이의신청을 거쳐 2026.1.26. 심판청구를 제기하였다.2.청구인 주장 및 처분청 의견가.청구인 주장(1) 청구인은 2023년 2월 쟁점오피스텔 신축분양사업의 부가가치세 산정을 위한 토지·건물의 적정한 안분비율 산정을 감정목적으로 하여 OOO에 감정평가를 의뢰하였고, OOO은 토지를 OOO원, 건물을 OOO원 합계 OOO원으로 감정평가하였고, 분양대금 안분비율을 토지 27.08%, 건물 66.29%, 부가가치세 6.63%로 결정하였다. 청구인은 준공으로 인한 자금사정 악화로 위 감정평가 당시 감정평가수수료를 지급하지 못했는데, 이 때문에 OOO으로부터 전체 감정평가서가 아니라 쟁점안분비율자료(쟁점감정평가서 40페이지의 내용)만을 교부받아 이를 근거로 쟁점세대의 토지와 건물가액을 산정·분양하였다.이후 조사청의 해명안내에 대해 청구인은 2025년 5월 OOO에 감정평가수수료를 지급하고 쟁점감정평가서를 요청하였으나, OOO은 감정평가서 기준시점을 2023.3.8., 조사기간 및 작성일을 2025.5.2.로 기재한 쟁점감정평가서를 교부하였고, 조사청은 이를 소급감정평가서로 판단하여 인정하지 않았다.청구인이 2023년 2월 감정평가를 의뢰하여 같은 해 3월 감정평가가 이루어졌음에도, 위와 같이 다만 청구인이 감정평가수수료를 지급하지 못해 전체 감정평가서를 교부받지 못했을 뿐 감정평가 목적을 충족하는 쟁점안분비율자료를 교부받았고, 이는 쟁점감정평가서의 40페이지에 기재된 ‘부가가치세 안분비율 결정’ 내용과 동일하며, OOO의 감정평가사 a가 당시의 사실관계를 확인해 주고 있는바, 실질적으로 2023년 3월에 쟁점세대에 대한 감정평가가 이루어졌다고 보아야 한다. 따라서 쟁점세대 중 2023년 제1기 및 제2기에 분양한 세대의 경우, 쟁점비율을 기준시가가 아닌 감정평가액 비율과 비교해야 마땅하다.또한, 조사청은 실지거래가액으로 구분한 건물가액과 기준시가에 따라 안분한 건물가액의 차이가 30% 이상 나지 않았음에도 불구하고, 토지가액의 차이가 30% 이상 난다는 이유만으로 부가가치세를 과세하였는데, 부가가치세는 건물에 대해서만 과세되는 것이므로, 건물가액이 실지거래가액과 기준시가 안분액 간에 30% 이상 차이가 나지 않는 경우에는 기준시가 비율로 건물가액을 다시 산정하여 과세할 이유가 없다. 그럼에도 불구하고 조사청이 과세대상(건물)이 아닌 토지가액의 차이가 30% 이상이라는 이유만으로 건물가액을 기준시가 비율로 다시 산정하여 과세한 것은 부당한 처분이다.(2) 한편, 쟁점세대 중 1003호(10층)는 2024.6.11. 감정평가가 이루어졌는데 토지 OOO원, 건물 OOO원 합계 OOO원으로 평가되었는바, 이에 따른 토지·건물 비율은 각각 30%와 70%이다. 쟁점세대 중 2024년 제1기 및 제2기에 분양된 세대는 1003호와 동일한 토지 및 건물에 위치하고 있고, 기준시가 또한 유사하므로, 해당 세대들에 대해서도 감정평가가 존재하는 것으로 보는 것이 타당하다. 따라서 쟁점세대 중 2024년 제1기 및 제2기에 분양한 세대의 경우, 쟁점비율을 기준시가가 아닌 감정평가액 비율과 비교해야 한다.나.처분청 의견(1) 쟁점감정평가서는 「부가가치세법」에서 규정하는 평가시기를 벗어난 기간에 이루어진 ‘소급감정평가’에 해당하므로 이를 쟁점세대 분양에 대한 공급가액 안분근거로 사용할 수 없다.「부가가치세법 시행령」 제64조는 감정평가가액이 있는 경우 그 가액에 비례해서 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다고 정하면서 감정평가가액에 대해 ① ‘공급시기가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지’, ② ‘「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인 등이 평가한 감정평가가액’라는 평가시기 등에 대한 조건을 부기하였고, 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」은 제6조에서 감정평가사가 감정평가를 실시한 경우 의뢰인에게 감정평가서를 발급하고 서명과 날인을 하도록 강제하고 있다. 또한 감정평가에 관한 규칙 제13조에서는 평가 대상물건, 감정평가 목적, 기준시점, 감정평가서 작성일 등을 감정평가서에 반드시 포함되어야 하는 항목으로 규정하고 있다.청구인이 제출한 쟁점감정평가서에는 다음 ＜그림1＞과 같이 쟁점감정평가가 소급감정평가임이 명확히 기재되어 있고, 2025년5월에 평가한 쟁점감정평가서는 위 「부가가치세법 시행령」에서 규정하고 있는 인정시기 이후 평가된 소급감정평가서이므로 2023년 제1기～2024년 제2기 공급분에 안분기준으로 적용할 수 없다. 조세심판원도 토지와 건물 가액의 구분이 불분명한 경우 감정평가액 적용이 가능한 기간에 감정한 것이 아니라면 적정한 감정평가방법에 의한 가액으로 볼 수 없다고 결정(조심 2019부2667, 2019.10.18. 등)한 바 있다.＜그림1＞ 쟁점감정평사서 기준시점 및 실지조사 기간 표시청구인은 2023년3월에 실질적으로 쟁점세대에 대한 감정평가가 이루어졌다고 주장하나, 청구인이 당시 교부받았다는 쟁점안분비율자료는 상기 법령에서 요구하는 감정평가사의 날인 및 서명, 평가물건 및 목적 등이 전혀 포함되지 않은 한 페이지의 일반문서에 불과하므로 법정 감정평가서로 볼 수 없고, 해당 감정평가 역시 당시 정상 실시하여 최종 종결된 감정평가라고 볼 수 없다. 따라서, 2023년 제1기～제2기 부가가치세 과세표준을 쟁점감정평가서의 감정가액 비율에 따라 산정해야 한다는 청구주장은 타당하지 않다.(2) 「부가가치세법」 제29조 제9항 제2호는 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다고 규정하고 있는바, 토지와 건물 모두 비교대상임을 확실하게 명시하고 있다. 즉 토지 및 건물 중 어느 하나라도 기준시가 안분금액과 100분의 30 이상 차이가 나면 기준시가 안분금액을 공급가액으로 신고해야 한다. 조세심판원 선결정례 중에도 같은 내용의 청구주장에 대해 자산별 가액의 자의적 구분을 통한 조세회피를 방지하기 위함이라는 법규정의 개정취지에 따라 이를 기각 결정한 사례(조심 2021인5907, 2022.3.14.)가 있다. 따라서 청구인이 신고한 토지가액과 기준시가 안분금액의 차이가 30% 이상 발생함에 따라 전체 공급가액을 기준시가 비율로 재계산하여 경정·고지한 처분청의 처분은 적