벤처기업확인 유효기간이 만료된 피인수법인의 주식취득이 기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제(조특법§12의4) 적용대상에 해당하는지 여부

유효기간이 만료되었음에도 쟁점세액공제를 적용할 경우, 주식취득일 이전에 벤처기업 확인을 1회만 받는 것으로 이후 벤처기업에 해당하지 않더라도 기한 없이 세액공제를 적용받을 수 있게 되고, 벤처기업확인은 단순 갱신이 아닌 재확인 절차를 거쳐 유효기간을 연장하는 것으로, 유효기간 만료 이후 쟁점세액공제를 적용하기 어려움 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 2002.7.29. 설립된 후 LCD prism용 재료 및 LCD Film 등을 개발, 제조 및 판매하는 업을 영위하고 있고, 2022.2.21.(이하 “쟁점취득일”이라 한다) ㈜a의 총 발행주식수 중에서 85%에 해당하는 8,500주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 OOO원에 취득하였으며, ㈜a는 같은 날 법인명을 b(주)(이하 “피인수법인”이라 한다)로 변경하였다.나. 피인수법인은 2016.11.15. 설립된 후 이차전지 소재 관련 비금속 광물 분쇄품을 제조 및 판매하는 업을 영위하고 있고, 2019.12.20. 구「벤처기업 육성에 관한 특별조치법」(이하 “벤처기업법”이라 한다)에 따라 벤처기업 확인[벤처기업 유형 : 보증대출유형(기술평가대출기업), 이하 “1차 벤처기업 확인”이라 한다]을 받은 후, 담당직원의 행정처리 미숙 등으로 유효기간(2019.12.20.~2021.12.19.)에 대한 연장신청을 누락하여 그 유효기간이 만료되었다가, 이후 2022.12.13. 벤처기업 확인을 다시 신청하여 2023.1.11. 벤처기업 재확인(벤처기업 유형 : 혁신성장유형, 유효기간 : 2023.1.11.~2026.1.10., 이하 “2차 벤처기업 확인”이라 한다)을 받았다.다. 청구법인은 쟁점취득일 현재 피인수법인이 실질적으로 벤처기업 요건(사업성, 기술성)을 계속 유지하였는바,「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제12조의4 제1항 및 같은 법 시행령 제11조의4 제2항(이하 “쟁점규정”이라 한다)에 따른 기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제(이하 “쟁점세액공제”라 한다) 적용대상에 해당한다고 보아, 법인세 2022사업연도분(이월공제세액) OOO원 및 2023사업연도분 OOO원의 감액을 구하는 경정청구(아래 ＜표＞ 참조)를 각각 제기하였다.＜표＞ 2022~2023사업연도 법인세 신고 및 경정청구 내용(단위 : 백만원)라. 처분청은 청구법인이 피인수법인의 주식을 취득한 쟁점취득일 에 피인수법인의 1차 벤처기업 확인서상 유효기간이 만료되어 쟁점규정(조특법 제12조의4 제1항)상 ‘대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업’에 해당하지 아니하므로 쟁점세액공제 적용대상이 아닌 것으로 보아, 2025.2.14. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.마. 청구법인은 이에 불복하여 2025.5.12. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 피인수법인은 아래와 같은 이유로 쟁점취득일 현재 실질적으로 벤처기업 요건을 갖추었으므로 쟁점세액공제 적용대상에 해당하는바, 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 부당하다.(가) 쟁점세액공제 제도의 입법취지와 목적은 ‘벤처기업 창업자의 투자자금 회수 및 벤처기업에 대한 재투자 활성화’에 있으므로 이를 감안하여 쟁점규정을 합목적적으로 해석하여야 한다.1) 정부가 2013.5.15. 발표한「벤처·창업 자금생태계 선순환 방안」은 ‘창업 → 성장·회수 → 재투자’에 이르는 벤처기업 생태계 활성화를 위하여 각 단계별로 과세 혜택을 부여하겠다는 것인데, 쟁점규정은 다른 벤처기업에 대한 재투자로 나아가기 위한 ‘성장·회수’ 단계에 대한 세제지원과 관련한 것으로, 2014.1.1. 벤처창업자의 투자금을 회수하고 신기술 등 기술획득을 목적으로 하는 기업 M＆A를 활성화하기 위한 취지로 도입되었다.2) 쟁점규정과 함께 도입된 조특법 제46조의8는 주식매각 당시 현재 시점에서의 주주뿐만 아니라, 과거 벤처기업이었던 기업의 주주의 경우에도 보유하던 주식의 양도소득에 대한 과세이연 혜택을 적용받을 수 있도록 세제 혜택을 폭넓게 인정하고 있다.3) 위 입법 취지 및 쟁점규정과 함께 도입된 조특법 제46조의8과의 형평성 등을 감안할 때, 처분청 의견과 같이 쟁점규정을 피인수법인이 ‘취득일 현재 시점’에도 벤처기업법에 따른 벤처기업의 지위가 필요하다고 해석할 수 없고, “피인수법인의 주식을 취득한 날 이전까지 피인수법인이 벤처기업으로 확인을 받은 이력이 있는 중소기업”으로 해석하는 것이 타당하다.(나) 문리해석상 쟁점규정(조특법 시행령 제11조의4 제2항 제1호)의 ‘취득일까지’란 ‘취득일 이전’에 대한 의미를 내포한다고 해석하여야 한다.1) 쟁점규정은 피인수법인의 요건으로 ‘취득일까지 벤처기업법 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업’으로 규정하고 있는데, 여기서 “취득일까지”란 주식을 취득하는 현재 시점은 물론이고, 취득하는 현재 시점 이전에 대한 의미를 내포하므로, 취득일 이전에도 벤처기업으로 확인받은 이력이 있는 경우도 포함하는 것으로 해석하는 것이 타당하다.2) 즉, ‘취득일까지 벤처기업으로 확인받은 기업’이란 “피인수법인의 주식을 최초로 취득한 날 이전까지 피인수법인이 벤처기업으로 확인을 받은 이력이 있는 중소기업”으로 해석하는 것이 타당하고, 이를 “최초 취득일 이전은 물론이고, 최초 취득하는 현재 시점에서도 벤처기업의 지위를 유지하여야 한다”고 해석하는 것은 문언의 통상적인 의미에도 부합하지 않고, 벤처기업에 대한 투자활성화를 목적으로 한 모법의 입법취지에도 부합하지 않는다.(다) 쟁점규정의 조문 체계상 “취득한 날 현재”와 “취득일까지”의 용어를 구분하여 사용하고 있으므로, “취득일까지”란 취득일 현재를 포함하지 않는 것으로 해석하는 것이 타당하다.1) 쟁점규정(조특법 제12조의4 제1항 제1호)에 인수법인이 피인수법인의 주식등을 “최초 취득한 날 현재” 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 취득일 것이라고 규정하고 있는 반면, 쟁점규정(조특법 시행령 제11조의4 제2항 제1호)은 “취득일까지” 벤처기업법 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업이라고 달리 규정하고 있다.2) 쟁점규정은 쟁점세액공제에 관한 요건을 규정하고 있는 것인데, 그 용어를 각각 “최초 취득한 날 현재”와 “취득일까지”로 달리 규정하는 것은, 그 의미를 구분하여 해석함이 타당하다.(라) 조세심판원은 이 건의 쟁점과 유사한 사건에서 형식상 벤처기업 확인서상의 유효기간이 만료되었더라도, 실질상 벤처기업에 해당할 경우 세액감면이 적용되어야 한다고 일관되게 판단하였다.1) 조특법 제6조 제2항과 관련하여, 조세심판원은 다수의 선결정례(조심 2008서4180, 2009.6.23., 국심 2006중3453, 2007.3.30., 조심 2012서5377, 2013.5.16. 외)에서 행정처리 미숙 등으로 당초 벤처기업 확인서상 유효기간 만료일로부터 벤처기업 재확인일까지 일시적인 공백기가 존재하는 경우 계속 세액감면의 적용대상으로 보았고, 이는 벤처기업의 유효기간이 만료된 경우를 단순히 ‘절차적 문제’로 보고, 벤처기업으로서의 ‘실질’을 갖춘 경우에는 벤처기업의 지위가 유지된다고 판단하였다. 따라서 이 건도 쟁점취득일 당시 피인수법인의 벤처기업 확인서상 유효기간이 만료되었다는 사정만으로 명문의 규정이 없는데도 쟁점세액공제 적용대상에서 배제된다고 단정할 수 없다.2) 피인수법인은 ‘이차전지의 양극재용 첨가제 분말’을 생산하는 전문기업으로, 2019.12.20. 벤처기업법 제25조에 따른 1차 벤처기업 확인(유효기간 : 2019.12.20.~2021.12.19.)을 받은 후, 담당직원의 행정처리 미숙으로 유효기간 갱신절차를 누락하였다가, 2022.12.13. 재확인 신청을 하여 2023.1.11. 2차 벤처기업 확인을 받았다(유효기간 : 2023. 1.11.~2026.1.10.).3) 피인수법인이 2023.1.11. 2차 벤처기업 확인을 위한 신청서상 ① 기술명 : Jet Mill 최적화 운용에 의한 금속 원재료 분쇄 품질 향상(개발기간 : 2022년 1월~2023년 8월), ② 기술 소개 및 필요성 : 배터리 개발 관련 양극재 및 음극재 관련 소재에 관련된 기술(중략) 등으로 기재되어 있는데, 이는 기술성 및 사업성 측면에서 피인수법인이 계속적으로 영위해오던 사업과 관련한 것이고, 동 기술의 개발기간도 쟁점취득일(2022.2.21.) 이전에 이미 개시된 것이 명확히 확인되므로 피인수법인은 쟁점취득일 현재 벤처기업으로서의 실질을 유지해왔다고 보아야 할 것이다.(2) 청구법인은 처분청 답변내용에 대하여 다음과 같이 항변한다.(가) 처분청은 벤처기업 확인제도가 2021.2.12. 개편되었는데