토지 취득 관련 대출금에 대한 이자비용을 쟁점건축물 취득세 과세표준에서 제외할 수 있는지 여부

청구법인은 PF차입금 대출 목적과 대출금 사용 내역 등에 비추어 토지 취득과 관련된 것으로 보이고, 이와 관련해서 처분청도 별다른 이견이 없으므로, 해당 이자비용을 쟁점건축물의 취득가격에서 제외해 달라는 청구주장은 타당하다고 판단됨 경기도 남양주시장이 2025.4.21. 청구법인에게 한 취득세 등의 경정청구 거부처분은 경기도 남양주시 OOO 및 OOO 단지 내 상가의 취득세 과세표준에서 토지 취득 관련 대출금에 대한 이자비용 OOO원을 제외하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 2019.6.27. 경기도 남양주시 OOO 및 OOO 단지 내 상가(이하 “쟁점건축물”이라 한다)를 취득한 후, 2019.8.19. 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하여 「지방세법」(2018.12.31. 법률 제16194호로 개정되어 2019.7.1. 시행된 것, 이하 같다) 제11조 제1항 제3호에 따른 세율(1천분의 28)을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.나. 청구법인은 2024.8.23. 건설자금이자 중 쟁점건축물 신축에 사용하지 않은 비율에 해당하는 이자비용 OOO원을 과세표준에서 제외하여야 한다는 취지로 처분청에 경정청구(이하 “이 건 경정청구”라 한다)를 하였으나, 처분청은 2025.4.21. 경정청구기간 및 부과제척기간을 경과하였다는 이유로 이 건 경정청구를 거부하였다.다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.6.17. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 청구법인은 쟁점건축물 소유권보존등기 접수일(2019.8.23.) 다음 날부터 5년 내인 2024.8.23. 이 건 경정청구를 하였으므로, 경정청구기간 및 부과제척기간을 경과하였다는 이유로 이 건 경정청구를 거부한 처분은 위법ㆍ부당하다.(가) 이 건 경정청구에 대하여 처분청은 2024년 11월 중순까지 출장 등의 사유로 처분할 수 없음을 안내하였고, 2025년 초 인사이동 등의 사유로 처분이 늦어진다고 안내하였는데, 2025.4.25. 부과제척기간 만료로 이 건 경정청구를 거부한다고 통지한바, 「지방세기본법」 제38조 제2항에 따라 같은 조 제1항에도 불구하고 경정청구가 있는 경우 경정청구일부터 2개월이 지나기 전까지는 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있었고 처분청의 내부적 사유로 심리가 지연되었으므로, 부과제척기간이 경과하였다는 이유로 이 건 경정청구를 거부한 처분은 「지방세기본법」 제18조(신의ㆍ성실)에 위배된다.(나) 조세심판원은 ‘경정청구기한 내에 적법한 경정청구를 한 이상, 이 건 거부처분 당시 국세부과제척기간이 경과되었다 하여 그 경정청구내용에 대하여 살펴보지도 아니하고 거부한 처분은 잘못이 있다’(조심 2012서1276, 2013.5.31., 같은 뜻임)고 판단하였고, 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 근거로 제시한 법제처 해석례(법제처 14-0229, 2014.7.11.)는 구 「지방세법」(2008.12.31. 법률 제9302호로 개정되어 2009.1.1. 시행되기 전의 것)에 따른 해석이므로 적절한 근거로 볼 수 없다.(2) 「지방세법 시행령」(2019.5.31. 대통령령 제29797호로 개정된 것, 이하 같다) 제18조 제1항에서 법인장부에 따라 취득가격이 증명되는 취득가격은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 건설자금에 충당한 차입금의 이자 또는 이와 유사한 금융비용(제1호) 등의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다고 규정하고 있다.(가) 조세심판원은 ‘토지와 건축물은 별개의 과세대상으로 토지 취득을 위한 차입금을 다시 건축공사대금으로 사용한 명백한 자료가 없을 경우에는 토지 취득일 후에 발생한 토지 차입금 이자는 당해 건축물의 취득세 과세표준에 포함되지 아니하는’ 것으로 보는 것이 타당(조심 2013지0715, 2013.11.26., 같은 뜻임)하고, ‘쟁점토지 취득일 이후부터 쟁점토지 취득을 위하여 차입한 대출의 종료일까지 발생한 이자비용인 쟁점이자비용은 쟁점토지의 취득가격에서 제외되어야 한다’(조심 2019지3755, 2021.1.19., 같은 뜻임)고 보았다.(나) 청구법인의 2016.9.30. 대출금 잔액은 OOO원으로 청구법인이 2016년부터 2018년까지 ㈜AAA과 BBB(주)에 지급한 이자비용이 OOO원이고, 청구법인은 2016.10.17. 토지 매매 대금 OOO원을 지급하였으며, 대출 이후 토지 및 건물에 든 비용의 비율이 약 99.53% 및 0.47%이므로, 쟁점건축물의 취득세 과세표준에 포함되는 차입금 이자는 약 OOO원인바, 당초 신고한 과세표준(PF 차입금 이자 부분) OOO원에서 OOO원을 차감한 OOO원이 쟁점건축물 취득세 과세표준에서 제외되어야 한다.나. 처분청 의견(1) 이 사안에 적용되는 관련 법령은 다음과 같다.(가) 「지방세기본법」 제50조 제1항에서 이 법 또는 지방세관계법에 따른 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 등은 과세표준 및 세액을 과다신고한 경우 등에 해당할 때에는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 최초신고 등을 한 지방세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다고 규정하고, 같은 법 시행령 제31조에서 경정의 청구를 하려는 자는 청구인의 성명과 주소 또는 영업소(제1호), 결정 또는 경정 전의 과세표준 및 세액(제2호), 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액(제3호), 결정 또는 경정의 청구를 하는 이유(제4호), 그 밖에 필요한 사항(제5호)을 적은 결정 또는 경정 청구서를 지방자치단체의 장에게 제출하여야 한다고 규정하고 있다.(나) 「지방세기본법」 제38조 제1항에서 지방세는 부과할 수 있는 날부터 5년(같은 항 제1호 및 제2호 외의 경우)이 만료되는 날까지 부과하지 아니한 경우에는 부과할 수 없다고 규정하고, 같은 조 제2항에서 같은 조 제1항에도 불구하고 경정청구가 있는 경우에는 경정청구일부터 2개월이 지나기 전까지는 경정청구에 따라 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다고 규정하고 있다.(다) 「지방세법」 제20조 제1항에서 취득세 과세물건을 취득한 자는 그 취득한 날부터 60일 이내에 그 과세표준에 세율을 적용하여 산출한 세액을 신고하고 납부하여야 한다고 규정하고, 같은 조 제4항에서 신고ㆍ납부기한 이내에 재산권과 그 밖의 권리의 취득ㆍ이전에 관한 사항을 공부(公簿)에 등기하거나 등록하려는 경우에는 등기 또는 등록 신청서를 등기ㆍ등록관서에 접수하는 날까지 취득세를 신고ㆍ납부하여야 한다고 규정하고 있다.(라) 「지방세기본법」 제25조 제1항에서 우편으로 경정청구에 필요한 사항을 기재한 경정청구서 또는 이와 관련된 서류를 제출한 경우 우편법령에 따른 우편날짜도장이 찍힌 날에 신고되거나 청구된 것으로 본다고 규정하고 있다.(2) 청구법인은 경정청구기간 내에 적법한 경정청구를 한 것으로 볼 수 없다.(가) 취득세 과세물건을 취득한 자는 신고ㆍ납부기한 이내에 재산권에 관한 사항을 공부(公簿)에 등기하려는 경우 등기 신청서를 접수하는 날까지 취득세를 신고ㆍ납부하여야 하는바, 쟁점건축물의 소유권보존등기 접수일이 2019.8.23.이므로 청구법인은 법정신고기한이 지난 후 5년 이내인 2024.8.23.까지 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다.(나) 「지방세기본법」 제25조 제1항에 따라 청구법인의 이 건 경정청구는 우편날짜도장이 찍힌 2024.8.23. 청구된 것으로 보아야 할 것이나, 해당 날짜에 제출한 경정청구서에는 「지방세기본법 시행령」 제31조 제4호에 따른 결정 또는 경정의 청구를 하는 이유가 기재되어 있지 않고, 경정청구기간을 경과하여 2024.10.16. 경정청구 이유서를 비로소 제출하였으므로 청구법인은 경정청구기간 내에 적법한 경정청구를 한 것으로 볼 수 없다.(3) 이 건 경정청구가 경정청구기간 내에 적법하게 청구된 것으로 보더라도, 부과제척기간을 경과한 원인이 처분청 내부 사유에 기인한 것으로 볼 수 없으므로, 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다.(가) 처분청은 「지방세기본법」 제38조 제2항에 따라 경정청구일부터 2개월이 지나기 전까지 청구법인의 경정청구에 따라 경정 등의 처분을 할 수 있는바, 경정청구일인 2024.8.23.부터 2개월이 되는 날인 2024.10.23.의 7일 전(2024.10.16.)에 청구법인이 경정청구 이유서를 제출하였으므로, 부과제척기간을 경과한 원인이 처분청 내부 사유에 기인한 것으로 볼 수 없다.(나) 부과제척기간이 만료되면 과세권자로서는 특례제척기간 적용대상이 아니면 새로운 결