쟁점주식을 저가로 양도한 것으로 보아 상증법상 보충적 평가방법을 적용하여 법인세를 과세한 처분의 당부

청구법인의 이사회 보고자료 등에 따르면 주식발행법인의 임원을 우선매각대상자로 고려한 것으로 나타나, 쟁점거래 가액은 순자산가치로 평가한 금액(0,000원)과 유사한 수준에서 AAA 등과 우선적으로 협의하여 결정한 가액으로 보이고, 청구법인이 주식발행법인의 경영악화사정 및 향후 수익성 등을 반영하여 거래단가를 산정했다는 근거가 달리 제시되지 않는 반면, 오히려 주식발행법인은 23사업연도에만 손실을 기록하고 24사업연도부터 다시 실적이 개선된 것으로 나타나, ‘정당한 사유’가 있었던 것으로 보기 어려움 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 2021.4.12. 설립되어 서울특별시 송파구 OOO를 본점 소재지로 하여 식품 및 식품첨가물 제조·판매업 등을 영위하는 상장법인으로서, 2023.6.27. 청구법인이 그 지분을 전부 소유하고 있는 비상장법인으로서 청구법인의 상품을 텔레마케팅으로 판매하는 업 등을 영위하는 주식회사 A(이하 “주식발행법인”이라 한다)의 전체 발행주식 300,000주를 특수관계인인 B(주식발행법인의 대표이사), C(주식발행법인의 사내이사) 및 비특수관계인인 D, E에게 각각 75,000주씩 합계 OOO원에 양도하였다(양도가액의 1주당 가격 OOO원을 이하 “쟁점거래단가”라 한다).나. 대전지방국세청장은 2025.9.24.∼2025.10.29.(2025.10.1.∼2025.10.12. 조사 중지) 기간 동안 청구법인에 대하여 주식변동(증여) 조사를 실시한 결과, 청구법인이 기업집단에 속한 다른 계열회사의 임원으로서 「법인세법」상 특수관계인에 해당하는 B, C에게 주식발행법인의 주식 150,000주(이하 “쟁점주식①”이라 한다)를 1주당 시가인 OOO원(「상속세 및 증여세법」상 보충적 평가방법으로 평가한 가액)보다 낮은 가액인 OOO원에 양도하였다고 보아 부당행위계산 부인을 적용하여 시가와의 차액 OOO원을 익금에 산입하고,청구법인이 D, E에게 정당한 사유 없이 법인의 자산인 주식발행법인의 주식 150,000주(이하 “쟁점주식②”라 한다)를 정상가액 범위(시가에 시가의 100분의 30을 더하거나 뺀 범위)보다 낮은 OOO원에 양도하였다고 보아 양도가액과 정상가액과의 차액 OOO원을 비지정기부금으로서 손금 불산입하여 처분청에 조사결과를 통지하였고, 처분청은 2025.12.4. 청구법인에게 2023사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.다. 청구법인은 이에 불복하여 2026.2.5. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 청구법인과 특수관계가 없는 제3자인 D, E이 자기 자금을 들여 청구법인으로부터 쟁점주식②를 매수한 가격인 쟁점거래단가는 양도 당시 주식발행법인의 심각한 재무상태와 향후 리스크를 반영한 실질 가치로서 정상적인 ‘시가’에 해당하는데도, 처분청이 이를 부인하고 쟁점주식①·② 거래에 대하여 「상속세 및 증여세법」상 보충적 평가방법에 따라 평가한 금액을 시가로 적용하여 법인세를 부과한 처분은 위법·부당하다.(가) 「법인세법 시행령」 제89조 제1항에 의하면, ‘시가’란 불특정 다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격에 따른다고 규정하고 있고, 「상속세 및 증여세법」상 보충적 평가방법은 이러한 시가가 확인되지 아니할 때에 적용하는 방법이다.(나) 청구법인이 D, E에게 쟁점주식②를 양도한 거래는 주식발행법인 발행주식 총수의 50%에 해당하는 상당한 규모의 거래로서, 쟁점거래단가는 시장에서 형성된 객관적인 교환가치를 반영하는 주식발행법인 주식의 ‘시가’로 봄이 타당하다.(다) 처분청은 D, E이 과거 청구법인의 임원들과 같이 근무한 친분이 있고 회사를 인수할 계획을 세웠다는 이유만으로 이익을 공여할 ‘이해관계인’에 해당한다는 의견이나, 법령에도 없는 ‘이해관계인’이라는 모호하고도 자의적인 개념을 동원하여 명백한 제3자를 사실상 특수관계인처럼 취급하여 쟁점거래단가를 부인하는 것은 조세법률주의에 위배되는 중대한 법리 오해이다.(라) D, E의 주식 취득자금 출처가 본인의 자금 및 차입금으로서 이후 차입금을 상환한 사실이 있는 등 명확하므로, 이는 진성거래로서 통정허위표시나 조작된 거래라고 볼 수도 없다.(2) 쟁점거래단가는 주식발행법인의 경영 악화에 따른 정당한 사유가 반영된 가격으로서 시가보다 낮은 가격이라고 볼 수 없다.(가) 2020~2022사업연도의 주식발행법인 영업실적에 따르면, 2021사업연도부터 매출액이 급감하여 2023사업연도에는 당기순손실을 기록하는 등 경영상황이 악화된 시기에 쟁점주식①·②의 거래가 발생하였음을 알 수 있다.(나) 청구법인은 자회사(주식발행법인)의 급격한 경영악화로 모회사 연결재무제표에 미치는 부정적 영향을 최소화하기 위하여 전략적 의지로 주식발행법인의 매각을 결정하였는데, 단순히 외부투자자에게 주식을 처분하지 않고 주식발행법인에 대한 경영 의지를 가진 임직원들과 쟁점주식①·②의 가치를 서로 합의하여 주식발행법인을 매각한 것이므로 쟁점거래단가는 정상적인 시장가격으로 인정되어야 한다.(3) 만일 D, E에게 쟁점주식②를 쟁점거래단가로 양도한 거래를 저가 양도로 본다 하더라도, 「법인세법 시행령」 제35조에 따른 ‘정당한 사유’가 존재하기 때문에 기부금 의제 규정을 적용할 수 없다.(가) 「법인세법 시행령」 제35조에 따른 ‘정상가액’은 ‘시가’에 시가의 100분의 30을 가감한 범위를 의미하는데, 여기서 ‘시가’는 같은 영 제89조 제1항 규정에 의하여 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 제2자 간에 일반적으로 거래된 가격에 따르는 것이고, 순수한 제3자인 D, E이 아무런 이득 없이 처분청이 적용한 ‘시가’의 절반 가격으로 쟁점주식②를 매수하였다고 보는 것은 경험칙에 반하므로, 그들의 거래가격인 쟁점거래단가가 ‘시가’로 인정되어야 한다.(나) 만일 쟁점주식② 양도를 저가양도로 본다 하더라도, D, E은 주식발행법인의 경영악화로 주식 인수 위험이 크다는 것을 인지하고 있었고, 이에 청구법인과 1주당 가격을 쟁점거래단가로 협의하여 향후 경영 정상화를 통한 기업가치 상승에 대한 기대로 대출까지 실행하여 쟁점주식②를 취득한 것으로서, 이는 「법인세법 시행령」 제35조에 따른 ‘정당한 사유’가 있는 경우에 해당하므로 기부금 의제를 적용할 수 없다.나. 처분청 의견(1) D, E을 특수관계인 외의 ‘불특정다수인’이라고 볼 수는 없으므로 쟁점거래단가를 ‘시가’로 볼 수 없다.(가) 부당행위계산을 판단할 때의 ‘시가’는 「법인세법 시행령」 제89조 제1항에 따라 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래한 가격을 따르는 것이다.(나) D은 주식발행법인의 비상장주식을 취득하기 이전인 1994년부터 1999년까지 청구법인의 임원인 B과 ㈜F에서 같이 근무하고 ㈜F를 퇴사 후 2015년까지 G㈜에서 같이 근무한 사실이 있고, E은 청구법인의 임원인 C이 2005년부터 ㈜H에서 근무할 당시 전화상담 업무를 담당하고 있었고 C이 2016년 주식발행법인에 입사한 후 E을 주식발행법인으로 직접 스카우트한 사실이 있으므로, 청구법인과 D, E은 「법인세법」상 특수관계인에는 해당하지 않는다 할지라도 「법인세법 시행령」 제89조 제1항에 따른 “불특정다수인”이라고 볼 수는 없다.(다) 또한 청구법인이 주식발행법인을 정리하려고 할 당시 청구법인의 특수관계인인 B이 C, D, E과 함께 각자의 역할을 분담하여 주식발행법인을 인수할 계획을 함께 세웠던 사실 등으로 볼 때, D, E은 세법상 특수관계인은 아니라 할지라도 그 이익을 공여할 이해관계인에 해당한다.(2) 쟁점거래단가를 주식발행법인 주식의 객관적인 교환가치를 반영한 가액으로 볼 수 없다.(가) 「법인세법」 제52조에 따르면 ‘시가’는 건전한 사회통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 기준으로 하는 것이고, 청구법인은 D, E에게 쟁점주식②를 쟁점거래단가로 양도한 거래가 건전한 사회통념 및 상관행 등에 비추어 정상적인 거래로 보아야 할 만한 특별한 사정이 있음을 증명하여야 한다(대법원 2015.2.12. 선고 2013두24495 판결 참고).(나) 주식발행법인은 청구법인의 계열사로서 텔레마케터들을 섭외하여 청구법인의 상품을 텔레마케팅을 통해 판매하는 업을 주로 영위하였는데, 청구법인은 Covid-19 상황에 따른 매출감소 및 손익 악화 등을 사유로 내부적으로 매각을 결정하였고, 최대한 빨리 정리하기 위하여 주식발행법인의 B 대표이사를 주요 고려 대상으로 삼아서 매각을 진행하였다.(다) 청구법인은 주식발행법인의 비상장주식 가격을 쟁점거래단가(1주당 OOO원)로 임의로 산정하였으나, 주식발행법인의 대표이사 B은 쟁점거래단가가