쟁점세금계산서가 실제 공급거래 없이 수수된 가공세금계산서인지 여부

청구법인이 실물거래를 한 것으로 보기 어려워 사실과 다른 세금계산서에 해당함 1. 성동세무서장이 2025.9.12. 청구인에게 한 2018년 제2기 부가가치세 OOO원 및 2019년 제1기 부가가치세 OOO원의 각 부과처분(「부가가치세법」 제60조 제3항에 따라 부과된 세금계산서불성실가산세는 각 제외한다)은 이를 각각 취소한다.2. 나머지 심판청구는 기각한다. 1. 처분개요가. 청구인은 2012.6.1. ‘A’라는 상호로 개업하여 컴퓨터 주변기기 및 전산소모품에 대한 도·소매업을 영위하는 사업자로, 2018년 제1기∼2019년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 주식회사 B(이하 “㈜C”라 한다)에게 공급가액 합계 OOO원의 세금계산서(이하 “쟁점매출세금계산서”라 한다)를 발급하는 한편, 주식회사 D(거래 당시 법인명은 주식회사 E으로, 이하 “㈜D”라 한다)으로부터 공급가액 합계 OOO원의 세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서”라 하고, 앞선 쟁점매출세금계산서와 합하여 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하였다.나. 처분청은, 안양세무서장이 2024년 8월경 ㈜C에 대한 부가가치세 세무조사를 실시한 결과 실물거래 없이 청구인으로부터 쟁점매출세금계산서를 수취하였다고 보아 처분청에 과세자료를 파생하고, 구로세무서장도 2024년 9월경 ㈜D에 대한 부가가치세 세무조사를 실시한 결과 실물거래 없이 청구인에게 쟁점매입세금계산서를 발급하였다고 보아 처분청에 과세자료를 파생함에 따라 2025.4.21.∼2025.7.10. 기간 동안 청구인에 대한 부가가치세 세무조사를 실시한 결과, 쟁점세금계산서를 모두 실물거래 없이 수수한 사실과 다른 세금계산서로 보아, 청구인에게 2025.9.12. 2018년 제2기 부가가치세 OOO원, 2019년 제1기 부가가치세 OOO원 및 2019년 제2기 부가가치세 OOO원을 각 경정·고지하는 한편, 2025.9.15. 2018년 제1기 부가가치세 OOO원을 환급한다는 내용의 통지를 하였다(과세처분의 세부내역은 ＜별지1＞ 참조).다. 청구인은 이에 불복하여 2025.11.27. 심판청구를 제기하였다.2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) 먼저 청구인이 ㈜C 및 ㈜D와 쟁점세금계산서 수수 거래를 하게 된 경위를 설명하면 다음과 같다.(가) 청구인은 F대학교 공대를 졸업하고 2012년 6월경 ‘A’라는 상호로 사업을 시작하였다. 여기서 A는 ‘OOO’의 줄임말로, 청구인은 개업 이후 현재까지 10년 넘게 해당 사업장을 운영하면서 컴퓨터, 마우스, 키보드, 프린터(개인용·사무용), 프린터 토너 등 주변기기 및 복사기(사무용) 등을 판매하거나 판매·렌탈 후의 유지보수(카트리지 교체, 부품교체, 고장 수리 등)를 하고 있다. 그 과정에서 청구인은 제조업체나 도매업체들로부터 사무용 기기와 주변기기들을 구매하여 그대로 소매점에 납품하기도 하고, 매입한 물품을 일부 가공하여 도·소매로 매출하기도 하는데, 이는 군부대, 학교, 약국 체인점 등의 대규모 벌크 판매부터 인터넷을 통한 개인 판매 등에 이르기까지 다양한 루트로 이루어진다. 참고로, ‘A’의 직원 수는 3∼5명로, 많을 때는 10명 정도가 유지되고 있었고, 사업용 차량은 최대 7대 정도를 운영하였다.(나) 청구인은 2014∼2015년경 동종업계 운영자들 모임에서 ㈜C를 운영하는 a을 처음 알게 되었는데, a은 자신이 취급하는 도매용 물건들이 청구인이 취급하는 물건들과 일부분 겹치면서도 그 판매처는 다른 경우가 많으니 같이 알고 지내며 거래를 하면 서로 윈윈할 수 있지 않겠느냐고 하였다. 청구인도 사업기회 창출을 위한 좋은 기회라 여겨, 2015∼2018년까지 a이 운영하는 ㈜C로부터 키보드와 마우스를 대량 구입한 후 해당 제품에 청구인이 운영하는 사업체의 상호명인 ‘G’라는 로고를 새겨 인터넷 소매로 판매하여 수익을 얻었다.(다) 한편, 청구인은 a의 권유로 약 10여명의 동종업체 사장들의 모임체인 ‘OOO’에 가입하여 2017∼2020년 기간 동안 해당 조합원들과 교류하였는데, 그 과정에서 ㈜D의 대표이사인 b을 만났다.(라) 다만 청구인은 a·b과 사업적 관계를 넘어선 친분 관계는 전혀 없었다. 참고로, 청구인이 2025년에 처분청으로부터 이 건 세무조사를 받아 과세처분을 받으면서 고발까지 되는 과정에서 자초지종을 알아보기 위해 수년만에 a에게 전화를 한 적이 있는데, a은 청구인에게 ‘사장님께 곤란을 겪게 해드려 뵐 면목이 없다. 사장님은 잘못한 것 없으시니 잘 해결될 것이다’라는 취지의 사과를 하였으나, 그 이후부터는 몇 번 전화해도 연락을 받지 않고 피하고 있다.(2) 쟁점세금계산서 수수 거래는 실물거래가 동반된 진성거래이다.(가) 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래 과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담하는 것이 원칙으로(대법원 2008.12.11. 선고 OOO 판결 등), 과세관청은 직접 증거 또는 제반 정황을 토대로 해당 세금계산서가 실물거래를 동반하지 아니한 것이라는 등의 허위성에 관해 입증을 하여야 한다(대법원 1987.3.24. 선고 OOO 판결). 과세관청이 세금계산서의 허위성에 관하여 합리적으로 수긍할 수 있을 정도의 상당한 정도의 입증을 한 경우에는, 그 세금계산서가 허위가 아니라고 주장하는 납세의무자 측에서 자신의 주장에 부합하는 증빙과 자료를 제출하여야 하나(대법원 1995.7.14. 선고 OOO 판결, 대법원 2005.6.10. 선고 OOO 판결), 이와 같이 입증책임이 납세의무자에게 전환되기 위해서는 과세관청이 단순히 간접적으로 소명하는 것만으로는 부족하고, 합리적으로 수긍할 수 있을 정도의 상당한 입증을 하여야 한다.(나) 그러나 처분청은 막연한 추측과 불명확한 자료 일부만을 근거로 이 건 과세처분은 하였는바 입증책임을 다하였다고 볼 수 없다.처분청은 이 건 과세대상기간으로부터 5년 이상 경과한 2025년 7월경 급작스럽게 세무조사를 실시하면서, 청구인에게 “허위거래가 아니라는 증거를 제시하라”는 일방적인 요구를 하였다. 청구인은 그간 많은 사업적 변화(업종 변경, 직원 퇴사, 사무실 이전)를 겪었기 때문에 5년도 더 지난 일에 대한 기억을 떠올리거나 관련 서류(계약문서와 사진 등)를 마련하는 일이 막막할 수밖에 없었다. 그럼에도 처분청은 본인의 입증책임을 오히려 청구인에게 떠넘기다가 막연한 추측과 정황증거만으로, 혹은 청구인이 잘 알지 못하는 a과 b 사이의 관계나 a의 사업 형태를 근거로 하여 청구인이 대상 기간 동안 행했던 모든 거래를 뭉뚱그려 허위의 거래라 단정하면서 이 건 과세처분을 행하였는데, 그 처분 이유를 요약하면 “해당 거래들이 허위거래가 아니라는 사실을 청구인이 효과적으로 입증하지 못하였다”는 것에 불과한바, 이는 처분청이 마땅히 행했어야 할 자신의 책임을 방기한 것에 해당한다.(다) 반면, 쟁점세금계산서 수수 거래가 실물거래가 동반된 진성거래라는 점은 다음과 같은 사실을 통해 확인된다.1) 청구인은 2017.1.10. ㈜C의 대표이사 a과 물품공급에 관한 포괄적 계약서를 작성하고 상호 거래를 하면서 쟁점매출세금계산서를 발급하였으며, 그로부터 1년 6개월 후인 2018.6.4. ㈜D의 대표이사 b과 물품공급 계약서를 작성하고 거래를 하면서 쟁점매입세금계산서를 수취하였는데, 청구인이 이들과 실물거래를 하면서 쟁점세금계산서를 수수하였다는 것은 각종 발주서와 거래명세서 및 관련 사진 등을 통해 확인된다.2) 예를 들어, 2018.6.15. 공급가액 OOO원의 매출세금계산서를 보면 해당 세금계산서상 거래 품목은 “H”이고[H란, 글과 동영상을 함께 담을 수 있는 동영상사진인화기(OOO)를 말한다], 청구인은 이와 관련하여 ㈜C로부터 발주를 받고 세금계산서를 발행한 후, 경기도 수원시 영통구에 소재한 OOO점에 입점해있는 “I”라는 상호의 사업장에 H를 직접 설치해주었는데, 이러한 사실이 해당 매장 사진을 통해 확인된다.3) 또한 쟁점세금계산서의 개별내역을 보면, 공급가액이 OOO원 단위의 금액부터 억대의 금액까지 다양하게 존재하며 그 금액의 단수도 OOO원 단위까지 자세하게 기재되어 있음이 확인된다. 이는 해당 거래가 순환거래나 자전거래가 아닌 실제 거래임을 강력하게 뒷받침하는 것이다. 실제로 청구인은 지난 수년간 판매 상품용은 물론이고 C의 사무실 사용 용도로 ㈜C에 다수의 프린터기와 복합기, 컴퓨터 및 그 주변기기 등을 꾸준히 공급하였고, 그 중 ㈜C의 사무실용 물품에 대해서는 A/S, 카트리지 잉크 교체, 부품교환 등의 사유