쟁점조합원입주권 양도에 대해 1세대 1주택 비과세 특례를 적용할 수 있는지 여부

「소득세법 시행령」 제154조 제1항은 1세대 1주택에 관한 비과세 특례규정일 뿐, 입주권 비과세와 관련한 특례규정은 아니라고 할 것이고, 「소득세법 시행령」 제155조 제2항도 같은 영 제154조 제1항을 적용하는 경우를 규정하고 있을 뿐만 아니라, 해당 규정상 일반주택의 범위에 상속개시 당시 보유한 주택이 조합원입주권으로 전환된 경우는 포함되지 않는 등 쟁점조합원입주권의 양도에 대하여 해당 규정을 적용하기 어려움 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구인은 2003.11.20. 아버지 a(이하 “피상속인”이라 한다)로부터 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 증여받아 소유하고 있던 중, 2018.2.10. 피상속인이 사망함에 따라 OOO(이하 “상속주택”이라 한다)를 상속받았는데, 쟁점주택 및 상속주택은 2018.5.15. 주택재건축사업 관리처분계획인가에 따라 각각 조합원입주권(쟁점주택분 조합원입주권을 이하 “쟁점조합원입주권”이라 하고, 상속주택분 조합원입주권을 이하 “상속조합원입주권”이라 한다)으로 전환되었다.나. 청구인은 2023.7.19. 쟁점조합원입주권을 b 외 1명에게 OOO에 양도하고, 2023.9.19. 비과세를 적용하여 이에 대한 양도소득세 OOO을 신고·납부하였다가, 2023년 11월경 처분청으로부터 ‘상속조합원입주권을 보유한 상태에서 쟁점조합원입주권을 양도하였으므로 비과세가 적용되지 않는다’는 내용의 안내문을 받고 2023.11.10. 양도소득세 OOO을 수정신고·납부하였다.다. 청구인은 2024.2.5. 처분청에 ‘쟁점조합원입주권의 양도가 「소득세법 시행령」 제155조 제2항에 따른 1세대 1주택 비과세 특례대상에 해당하므로 수정신고·납부한 양도소득세를 환급해달라’는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2024.12.27. 이를 거부하였다.라. 청구인은 이에 불복하여 2025.3.3. 이의신청을 거쳐, 2025.7.28. 심판청구를 제기하였다.2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) 이 건의 경우 상속개시일 현재 「소득세법 시행령」 제155조 제2항에서 정한 ‘일반주택’과 ‘상속주택’의 비과세 요건을 충족하였고, 쟁점주택을 상속주택보다 먼저 양도하였으며, 쟁점주택이 양도일 현재 여전히 주택으로서의 기능을 하고 있으므로, 쟁점조합원입주권의 양도는 조합원입주권이 아닌 주택의 양도로 보아 1세대 1주택 비과세 특례규정을 적용하여야 한다.(가) 청구인은 상속개시 당시 아래 ＜표1＞과 같이 피상속인과 별도 세대를 구성하고 있었다.＜표1＞ 상속개시일(2018.2.10.) 현재 주소지)))(나) 쟁점주택은 청구인이 상속개시일 전에 취득한 주택이고, 상속주택은 피상속인과 청구인이 별도 세대를 구성한 상태에서 계속 거주한 주택으로, 청구인은 피상속인의 “사망”을 원인으로 상속주택을 취득하여 1세대 2주택자가 되었고, 상속개시일부터 양도일까지 다른 주택이나 조합원입주권의 추가 취득은 없었다. 그러나, 상속개시일 이후 3개월 만에 관리처분계획이 인가됨에 따라 청구인의 의지와 상관없이 양도일 현재 관리처분계획이 인가된 2개의 주택을 보유하게 되었다. 만일 관리처분계획이 인가되지 않았다면 청구인은 상속받은 주택과 일반주택을 각각 1개씩 보유하다가 일반주택을 먼저 양도한 것이므로 쟁점주택의 양도시기와 상관없이 「소득세법 시행령」 제155조 제2항의 상속주택 특례에 따라 1세대 1주택 비과세 특례규정이 적용되었을 것이다. 양도일 현재 관리처분계획이 인가되었다는 사실 때문에 ‘상속주택 특례’의 적용이 배제된다면, 청구인이 다른 주택을 추가 취득하는 등 특별한 귀책사유가 없음에도 불구하고 상속개시일 기준으로 비과세 요건이 충족되었다가 불과 3개월 만에 반대로 비과세 적용대상에서 배제되는 불합리한 결과가 초래된다. 청구인이 투기목적으로 조합원입주권을 새로 취득한 것이 아니라 단순히 기존 주택이 조합원입주권으로 전환된 것에 불과하고, 상속개시일을 기준으로 쟁점주택과 상속주택이 상속주택 특례의 요건을 충족하였으며, 쟁점주택을 상속주택보다 먼저 양도하였는바, 쟁점조합원입주권의 양도를 주택의 양도로 보아 상속주택 특례를 적용하여야 한다.(다) 기획재정부도 위와 같은 취지로 ‘혼인으로 일시적으로 2주택자’가 된 후 그 중 1주택이 조합원입주권으로 전환이 되었고 혼인한 날로부터 5년 이내에 해당 조합원입주권을 먼저 양도한 경우에는 주택을 양도한 것으로 보고 1세대 1주택 비과세가 가능하다고 해석(재산세제과-1410, 2009.9.10.)하였고, 국세청도 같은 취지의 해석(서면-2015-부동산-1200, 2015.8.27.)을 생산하여 현재까지 유지하고 있다. 처분청은 위 유권해석과 이 건 일시적 2주택 사유가 다르다는 이유로 청구주장을 배척하고 있는데, ‘혼인’과 ‘상속’은 「소득세법 시행령」 제155조 제2항과 제5항에서 정한 일시적 2주택 사유에 해당하고, 쟁점주택이 해당 조항에서 정한 비과세 요건을 충족하였음에도 “일시적 2주택 사유가 다르므로 위 해석을 적용할 수 없다”는 처분청의 의견은 위 해석의 질의 요지와 회신 취지를 오해한 것이다. 청구인이 제시한 유권해석의 질의 요지는 일시적 2주택 사유가 발생한 후 관리처분계획이 인가되어 전환된 조합원입주권을 양도할 경우 주택으로 보아 비과세 적용이 가능한지 여부이고, 국세청에는 일시적 2주택 사유 발생 당시 주택이었고, 비과세 요건을 충족한 상태에서 전환된 점을 고려하여 비과세가 가능하다고 회신한 것이다.(라) 또한, 이 건과 같이 상속주택이 조합원입주권으로 전환된 사례에서도 국세청은 일반주택과 상속주택을 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대가 관리처분계획의 인가로 상속주택이 조합원입주권으로 전환되었더라도, 이는 조합원입주권의 새로운 취득이 아니라 전환이므로 주택으로 보아 상속주택 특례 규정을 적용할 수 있다고 해석하고 있고(사전-2015-법령해석재산-439, 2016.5.4., 서면-2019-부동산-715, 2019.9.6.), 기획재정부도 일시적 2주택자의 신규주택이 조합원입주권으로 전환된 상태에서 종전 주택을 양도한 경우에는 ‘조합원입주권 취득자의 비과세 특례조항’인 「소득세법 시행령」 제156조의2 제4항이 적용되지 않는다고 해석한바 있는데(재산세제과-858, 2022.8.1.), 이는 전환된 조합원입주권 보유자에 대한 비과세 여부는 전환된 조합원입주권을 주택으로 보고 「소득세법」 제155조 제1항에 따라 일시적 2주택 특례를 적용해야 한다는 의미로 국세청과 동일한 입장을 취하고 있다.(마) 위 유권해석을 종합하면, 기획재정부와 국세청은 기존 주택이 조합원입주권으로 전환된 경우와 조합원입주권을 신규 취득한 경우를 엄격하게 구분하여 비과세 특례를 적용하고 있고 있고, 기존 주택이 조합원입주권으로 전환된 경우에는 「소득세법 시행령」 제155조를 적용하고 조합원입주권을 신규 취득한 경우에는 「소득세법 시행령」 제156조의2 제4항을 적용하는 것이라고 일관되게 해석하고 있다.(바) 위와 같이 청구인은 ① 상속개시일 이후 주택 또는 조합원입주권의 신규 취득이 없었던 점, ② 쟁점주택과 상속주택 모두 상속개시일 현재 주택에 해당하고 「소득세법 시행령」 제155조 제2항에서 정한 요건을 충족한 상태에서 조합원입주권으로 전환된 점, ③ 관리처분계획이 인가된 후에도 5년이 넘도록 쟁점주택을 계속하여 주택으로 사용하다가 양도한 점 등을 종합하면, 비록 쟁점주택이 조합원입주권으로 전환되었더라고 하더라도 이는 조합원입주권을 신규취득한 것이 아니므로 주택의 양도로 보아 상속주택 특례를 적용하는 것이 그동안의 과세실무에 부합한다.(2) 투기 목적으로 조합원입주권을 신규취득한 것이 아니라 장기간 보유한 주택이 조합원입주권으로 전환된 것임에도, 장기보유특별공제를 배제하는 것 외에 비과세 특례 규정의 적용까지 배제하는 것은 과잉금지원칙 위반이다.(가) 2006.1.1. 이후 「소득세법」에서는 관리처분계획이 인가된 재건축예정 주택을 취득하는 경우 조합원입주권으로 보고 주택수 계산에 포함하여 1세대 1주택 비과세 여부를 판단하고 있는데, 이는 다주택자의 재개발·재건축아파트에 대한 투기적 수요를 억제하여 부동산시장을 안정시키고 과세형평을 제고하기 위함이나, 청구인은 쟁점주택을 15년 이상 보유하다가 상속을 원인으로 주택을 추가 취득하여 1세대 2주택자가 된 것으로, 조합원입주권의 보유과정 전반을 살펴보면 시세차익을 노린 투기적 수요는 전혀 없었음에도 처분청의 의견대로 조합원입주권의 양도로 보아 양도소득금액을 계산하고 비과세 규정을 적용한다면, 관리처분계획이 인가된 후에도 5년이 넘도록 주택으로 사용하다가 쟁점주택을 양도하였음에도 양도자산의 종류가 조합원입주권이라는 점 때문에 아래 ＜표2＞와 같이 과세상 불이익이 발생하게 된다.＜표2＞ 양도자