일괄 양도한 쟁점부동산의 공급가액을 기준시가로 안분하여 부가가치세를 부과한 처분의 당부 등

청구법인이 실지거래가액으로 구분한 가액이 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한 금액과 30% 이상 차이 있는 점, 2021.12.8. 부가가치세법 제29조 제9항 제2호 단서신설 전 사건으로 청구주장을 받아들이기 어려움 심판청구를 기각한다. 1.처분개요가.청구법인은 1986.7.29. 개업하여 현재 대구광역시 북구에 소재하고 있으며, 의약품 유통업, 전자상거래업, 임대업 등을 영위하고 있다.나.청구법인은 2021.5.31. a 주식회사에게 대구광역시 남구 OOO 외 5필지의 토지 및 건물(이하 “쟁점건물”이라 하고, 토지와 합쳐 “쟁점부동산”이라 한다)을 추후 건물을 철거할 것을 전제로 OOO원에 일괄 양도하면서 건물분 매매대금은 OOO원으로 하여 거래(이하 “쟁점거래”라 한다)하였고, 쟁점건물의 공급가액을 OOO원으로 보아 매출세금계산서를 미발급하였다.다.처분청은 감사원 지적사항에 따라 청구법인의 2021년 제1기 부가가치세 신고내용을 검토한 결과, 토지와 건물의 기준시가에 따라 쟁점부동산의 양도가액을 안분한 후 쟁점건물의 공급가액을 계산한 가액과 청구법인이 쟁점건물의 공급가액으로 본 가액이 100분의 30 이상 차이가 나므로, 「부가가치세법」제29조 9항 제2호에 따라 부가가치세 과세표준을 재산정해야 하고, 「부가가치세법」제29조 제9항 제2호 단서 조항 및 「부가가치세법 시행령」제64조 제2항 제2호는 쟁점거래 이후에 신설되었으므로 적용될 수 없다고 보아 청구법인에게 해명자료 제출 안내를 하였다.라.이후 처분청은 쟁점부동산의 양도가액을 토지와 건물의 기준시가에 따라 안분하여 계산한 금액을 쟁점건물의 공급가액으로 하여, 2025.6.20. 청구법인에게 2021년 제1기분 부가가치세 OOO원(과소신고가산세 OOO원, 납부지연가산세 OOO원 포함)을 경정·고지하였다.마.청구법인은 이에 불복하여 2025.9.17. 심판청구를 제기하였다.2.청구법인 주장 및 처분청 의견가.청구법인 주장(1) 쟁점거래의 매매금액은 「부가가치세법」제29조 제9항의 실지거래가액에 해당하며, 토지의 가액과 건물의 가액의 구분이 불분명한 경우에 해당하지 아니하므로, 철거가 약정된 쟁점건물의 부가가치세 과세표준은 합의된 매매금액인 OOO원으로 보아야 한다.쟁점건물은 철거가 예정되어 있던바, 청구법인과 매수인은 쟁점건물의 가액을 없는 것으로 하고 쟁점부동산 중 토지의 가액만을 매매대금으로 산정하여 거래한 것으로 보는 것이 타당하다.(가) 쟁점부동산의 양도일(2020.10.29.) 이전인 2020.3.3., 쟁점부동산 매매계약의 연대보증인인 b 주식회사는 청구법인에게 쟁점부동산에 대한 매수청약 계획안을 제출하였는데, 동 계획안에는 쟁점건물을 철거할 예정인 점이 명시되어 있으며, 매매목적물을 쟁점부동산 중 토지로 한정하고 있다. 또한 연대보증인은 쟁점부동산에 대한 실사를 요청하면서, 실사 목적을 ‘쟁점건물 철거 견적을 위함’이라고 명시한 바 있다.연대보증인은 쟁점부동산이 위치한 대구광역시의 부동산 개발업체로서 공동주택, 상업시설, 의료시설 등 다양한 분야에 개발을 주업종으로 약 10년간 사업을 이어온 시행업체이다. 연대보증인의 사업목적을 고려할 때, 노후한 쟁점건물을 취득 후 건물의 목적으로 사용 및 수익할 유인은 없으며, 쟁점건물을 철거하여 부동산 개발사업을 진행하고자 했던 것으로 보는 것이 합리적이다.매매계약으로 매매목적물의 소유권이 매수인에게 이전된 이후, 청구법인은 매매계약서 제7조(매도인과 매수인의 무상임대차계약)에 근거하여 매매목적물에 대한 점유 개정 방식으로 청구법인이 기존에 사용하던 물류창고 및 관련 사무실 등을 무상으로 임차하였다. 이는 매매목적물 양도 시점에 기존 시설을 신규 부지로 일시에 이관하기 힘든 실무적 어려움 때문에 일시적으로 발생한 것이다. 청구법인이 매매목적물 양도 이후에도 쟁점건물을 별도 대가 없이 무상으로 임차한 사실은 매수인의 입장에서 쟁점건물은 별도의 사용가치나 사용수익이 없었다는 것을 방증한다.쟁점거래 및 무상임대차계약 종료 이후, 매매계약 당시 의도에 부합하게 실제로 매수인은 2022년 쟁점건물을 철거하였으며, 2022.9.16.에 쟁점건물은 멸실 등기되었음이 확인된다.(나) 쟁점건물의 매매가액 OOO원은 매매계약의 사실관계를 반영한 정상적인 실지거래가액이다.토지와 그 토지에 정착된 건물을 양도하는 경우에 토지와 건물의 가액은 각각 공급시점에서 그 가액의 확정이 가능할 것이지만, 토지의 공급은 부가가치세가 면세되는바, 토지와 건물을 일괄공급하는 경우 토지와 건물의 각 가액을 구분하는 것은 매우 중요한 문제이다.이에 「부가가치세법」은 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물을 함께 공급하는 경우에는 원칙적으로 건물의 실지거래가액을 구분하여 이를 과세대상 공급가액으로 하도록 규정하고 있다.관련하여 「소득세법」 제88조 제5호는 ‘실지거래가액’을 자산의 양도 또는 취득 시 양도자와 양수자가 실제로 거래한 가액으로서, 해당 자산의 양도 또는 취득과 대가관계에 있는 금전 및 그 밖의 자산이라고 규정한다. 또한 대법원은 양도차익 계산 시 기준이 되는 실지거래가액을 객관적 교환가치를 반영한 일반적인 시가가 아니라, 실지의 거래대금 자체 또는 거래 당시 당사자 간에 약정된 금액을 의미한다고 판시한 바 있다(대법원 2015.10.15. 선고 2011두24286 판결 등).청구법인의 경우, ① 비특수관계인 청구법인과 매수인 간 체결된 매매계약에 기재된 쟁점건물의 가액 OOO원은 이를 실지거래가액이 아닌 것으로 취급할 특별한 사정이 없고, ② 매매계약 당사자 간에 쟁점부동산의 토지와 건물 가액을 합의한 사실이 매수청약 계획안 및 매매계약서 등 관련 증빙을 통해 확인되며, ③ 매매계약서에 기재된 매매금액(OOO원)이 당사자 간 실제 거래대금이라는 점이 대금이체 내역 등 제반 증빙으로 확인된다.쟁점건물의 매매가액 OOO원은 거래 사실을 반영한 정상적인 실지거래가액이며, 쟁점건물의 가액이 불분명하다고 취급할 근거도 없다.(다) 쟁점거래는 조세회피 의도와는 무관하며 실질과세의 원칙에도 부합한다.「부가가치세법」 제6조 제1항 등에 따르면, 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것을 부가가치세의 과세원인이 되는 재화의 공급이라고 하고, 부가가치세의 성질에 비추어 그 인도 또는 양도는 재화를 사용ㆍ소비할 수 있도록 소유권을 이전하는 행위를 전제로 하고 있다(대법원 1999.2.9. 선고, 98두16675 판결). 또한, 대법원(대법원 1989.1.17. 선고 88누4713 판결)은 “그 건물이 장차 건물로 사용할 수 없게 되고 매수인으로서도 그것을 건물로 사용할 의도가 없었던 이상, 매매계약 당시 건물이 현존하였다고 하더라도 거기에 재화(건물)의 공급이 있었다고 인정하는 것은 사리에 맞지 아니한다”고 하여 부가가치세 취소판결을 내린 바 있다(부산지방법원 2009.6.18. 선고, 2008구합3556 판결 참조).이처럼, 건물 철거 후 토지만을 사용할 목적으로 일괄취득 후 건물은 즉시 멸실할 계획이라면 매수인의 관점에서 건물의 가치는 없으므로 일괄매수금액의 분할시 건물의 가액을 OOO원으로 합의하는 것이 사회통념상 합리적인 거래이다.특히, 부가가치세는 사업자가 공급하는 재화와 용역을 과세대상으로 하는 간접세로 부담의 주체는 매수인이며 매도자는 부가가치세를 매수인으로부터 징수하여 과세관청에 납부하므로 일괄 양도된 토지·건물 등 가액의 자의적 구분에 의한 조세회피 의도는 주로 매도인이 아닌 매수인에게 있다고 할 수 있다. 다만, 매수인이 사업자인 경우 건물 취득 후 사업용으로 계속 사용한다면 부가가치세를 매입세액으로 공제받으므로 별도의 부가가치세가 과세되지 않으니 토지와 건물의 가액을 자의적으로 구분할 실익이 적다.실질과세의 원칙은 헌법상의 기본이념인 평등의 원칙을 조세법률관계에 구현하기 위한 실천적 원리로서, 조세의 부담을 회피할 목적으로 과세요건사실에 관하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하는 경우에 그 형식이나 외관에 불구하고 실질에 따라 담세력이 있는 곳에 과세함으로써 부당한 조세회피행위를 규제하고 과세의 형평을 제고하여 조세정의를 실현하고자 하는데 주된 목적이 있다.청구법인과 매수인이 철거가 예정된 쟁점건물의 실지거래가액을 OOO원으로 결정한 것은 조세회피목적의 자의적 구분이 아니라 거래의 실질을 반영한 것인 바, 실질과세원칙에 따르더라도 쟁점건물의 공급가액은 합의된 매매가액(OOO원)으로 보아야 한다.(라) 청구법인의 재무제표 및 감사보고