자동말소된 장기임대주택 양도시 조특법§97의3 적용 여부

1. 사실관계 ○ ’18.03월 서울시 동대문구 소재 아파트(A) 준공공임대주택 등록 및 세무서에 사업자 등록 ○ ’26.03월 의무임대기간 종료로 임대주택 자동말소 ※ 조특법§97의3 요건들은 충족한 것을 전제 ○ ’26.04월 주택(A) 양도계약 및 계약금 수령 ○ ’26.06월 주택(A) 양도 2. 질의내용 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따라 준공공임대주택으로 등록한 주택이 임대의무기간 종료로 자동말소된 후 양도하는 경우 조특법§97의3 적용이 가능한지 여부 3. 관련법령 □ 조세특례제한법 (2022.12.31. 법률 제19199호로 개정된 것) 제97조의3 【장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세의 과세특례 ① 대통령령으로 정하는 거주자가 「민간임대주택에 관한 특별법」제2조제2호에 따른 민간건설임대주택으로서 같은 조 제4호 또는 제5호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택을 2027년 12월 31일까지 등록[2020년 7월 11일 이후 장기일반민간임대주택으로 등록 신청한 경우로서 「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택을 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제5조제 3항에 따라 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외한다]한 후 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 그 주택을 양도하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 임대기간 중 발생하는 양도소득에 대해서는 「소득세법」제95조 제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에도 불구하고 100분의 70의 공제율을 적용한다. 1. 10년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우 2. 대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등을 준수하는 경우 ② 제1항에 따른 과세특례는 제97조의4에 따른 장기임대주택에 대한 양도소득세의 과세특례와 중복하여 적용하지 아니한다. ③ 제1항에 따라 과세특례를 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 과세특례 적용의 신청을 하여야 한다. ④ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 부칙 <제19199호, 2022.12.31.> 제1조(시행일) 이 법은 2023년 1월 1일부터 시행한다. (이하 생략) 제38조(장기일반민간임대주택 등에 대한 양도소득세 과세특례에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 등록을 한 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택에 대한 양도소득세 과세특례에 관하여는 제97조의3제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. □ 조세특례제한법( 2022.12.31. 법률 제19199호로 개정되기 전의 것) 제97조의3 【장기일반민간임대주택 등에 대한 양도소득세의 과세 특례】 ① 대통령령으로 정하는 거주자가 2020년 12월 31일(｢민간임대주택에 관한 특별법｣제2조제2호에 따른 민간건설임대주택의 경우에는 2022년 12월 31일) 까지 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣제2조제4 호에 따른 공공지원민 간임대주택 또는 같은 법 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대 주택을 등록[2020년 7월 11일 이후 장기일반 민간 임대주택으로 등록 신청한 경우로서 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이나 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제2조제6호에 따른 단기 민간임대 주택을 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제5조제3항에 따라 공 공 지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외한다]하여 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 경우 그 주택(이하 이 조에서 “장기일반민간임대주택등”이라 한다)을 양도 하는 경우에 대 통령령으로 정하는 바에 따라 임대기간 중 발생하는 소득에 대 해서는 ｢소득세법｣제95조제1항에 따른 장기보 유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에도 불구하고 100분의 50의 공제율을 적용한다. 다만, 장기일반민간임대주택등을 10년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우에는 100분의 70의 공제 율을 적용한다. □ 조세특례제한법 시행령 (2023.02.28. 대통령령 제33264호로 개정된 것 ) 제97조의3 【장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세의 과세특례】 ☞ 제2항 각 호 삭제 ② 법 제97조의3제1항제1호에 따른 10년 이상 계속하여 임대한 경우는 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣제2조제4호 또는 제5호에 따른 공 공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 “장기일반민간임대주택등”이라 한다)으로 10년 이상 계속하여 등록 되어 있고, 그 등록 기간 동안 통산하여 10년 이상 임대한 경우로 한다. 이 경우 ｢도시 및 주거환경정비법｣에 따른 재개발사업ㆍ재 건축사업, ｢빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법｣에 따른 소규모주택정 비사업 또는 ｢주택법｣에 따른 리모델링의 시행으로 임대할 수 없는 경우에는 해당 주택의 관리처분계획 인가일(소규모주택정비사 업의 경우에는 사업시행계획 인가일, 리모델링의 경우에는 허가일 또는 사업계획승인일을 말한다) 전 6개월부터 준공일 후 6개월까지의 기간 동안 계속하여 임대한 것으로 보되, 임대기간 계산 시에는 실제 임대기간만 포함한다. 부칙 <제33264호, 2023.2.28> 제2조(일반적 적용례) ③ 이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 경우부터 적용한다. □ 조세특례제한법 시행령 (2023.02.28. 대통령령 제33264호로 개정되기 전의 것) 제97조의3 【장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세의 과세특례】 ② 법 제97조의3제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 10년 이상 계속 하여 임대한 경우와 같은 항 제1호에 따른 8년 이상 계속하여 임 대한 경우는 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣제2조제4호의 공 공지 원민간임대주택 또는 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간 임대주택(이하 이 조에서 “장기일반민간임대주택등”이라 한다)으로 각 각 10년 또는 8년 이상 계속하여 등록하고, 그 등록한 기간 동안 통산하여 각각 10년 또는 8년 이상 임대한 경우로 한다. 이 경우 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 등록 및 임대한 기간을 계산한다. 1. (생략) 2. 종전의 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률로 개정되기 전의 것을 말한다) 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣제6조제5항에 따라 등록이 말소되는 경우 : 해당 주택은 8년 동안 등록 및 임대한 것으로 본다. 「민간임대주택에 관한 특별법」 □ 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 1. "민간임대주택"이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택(이하 "준주택"이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다]으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다. 2. "민간건설임대주택"이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 민간 임대주택을 말한다. 가. 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택 나. 「주택법」제4조에 따라 등록한 주택건설사업자가 같은 법 제15조에 따라 사업계획승인을 받아 건설한 주택 중 사용검사 때까지 분양되지 아니하여 임대하는 주택 3. "민간매입임대주택"이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득 하여 임대하는 민간임대주택을 말한다. 4. "공공지원민간임대주택"이란 임대사업자가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 민간임대주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 이 법에 따른 임대료 및 임차인의 자격 제한 등을 받아 임대하는 민간임대주택을 말한다. 가. 「주택도시기금법」에 따른 주택도시기금(이하 "주택도시기금"이라 한다)의 출자를 받아 건설 또는 매입하는 민간임대주택 나. 「주택법」제2조제24호에 따른 공공택지 또는 이 법 제18조제2항에 따라 수의계약 등으로 공급되는 토지 및 「혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법」제2조제6호에 따른 종전부동산(이하 "종전 부동산"이라 한다)을 매입 또는 임차하여 건설하는 민간임대주택 다. 제21조제2호에 따라 용적률을 완화 받거나 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제30조에 따라 용도지역 변경을 통하여 용적률을 완화 받아 건설하는 민간임대주택 라. 제22조에 따라 지정되는 공공지원민간임대주택 공급촉진지구에서 건설하는 민간임대주택 마. 그 밖에 국토교통부령으로 정하는 공공지원을 받아 건설 또는 매입하는 민간임대주택 5. "장기일반민간임대주택"이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택[아파트(「주택법」제2조제20호의 도시형 생활주택이 아닌 것을 말한다)를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다]을 말한다. 6. 삭제 <2020.8.18> 6의2. "단기민간임대주택"이란 임대사업자가 6년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택[아파트(「주택법」제2조제20호의 도시형 생활주택이 아닌 것을 말한다)는 제외한다]을 말한다. 7. "임대사업자"란 「공공주택 특별법」제4조제1항에 따른 공공주택사업자(이하 "공공주택사업자"라 한다)가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를 말한다. □ 민간임대주택에 관한 특별법 제6조 【정의】 ⑤ 종전의 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣제2조제5호에 따른 장기일반 민간임대주택 중 아파트(｢주택법｣제2조제20호의 도시형 생활 주택이 아닌 것을 말한다)를 임대하는 민간매입임대주택 및 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택은 임대의무기간이 종료한 날 등 록이 말소된다. <신설 2020.8.18.> 부칙 <제17482호,2020.8.18.> 제7조(자동 등록 말소 관련 경과조치) 제6조제5항의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행일 당시 종전의 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택 또는 제2조제5호에 따른 장기일반임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택의 임대의무기간이 이 법 시행일 전에 경과된 경우에는 이 법 시행일에 그 임대주택의 등록이 말소된 것으로 본다.