청구인이 벤처투자조합 출자 등에 대한 소득공제 후 투자금을 회수한 것으로 보아 해당 소득공제를 배제한 처분의 당부 등

청구인들 계좌에 투자금과 동일한 금액이 수일 내 다시 입금되었고 해당 벤처기업 실제 대표이사도 투자금을 반환한 사실을 시인하여, 청구인들이 실제 자금을 투자한 것으로 보기 어려움 심판청구를 기각한다. 1.처분개요가.청구인은 2023.12.26. 주식회사 A(2023.12.6. 벤처기업으로 확인된 법인으로 이하 “쟁점법인”이라 한다)에 OOO원(이하 “쟁점투자금”이라 한다)을 투자하여 쟁점법인이 발행한 우선주(OOO주, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 취득하였고, 투자한 금액에 대해 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제16조에 따라 OOO원의 ‘벤처투자조합 출자 등에 대한 소득공제’(이하 “쟁점소득공제”라 한다)를 적용받았다.나.대전지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.11.5.∼2024.12.24. 기간 동안 쟁점법인에 대한 조세범칙조사를 실시한 결과, 쟁점법인의 대표이사인 B가 청구인의 투자일로부터 수일 내에 청구인 계좌 등으로 쟁점투자금 상당액을 이체 또는 현금지급한 사실을 확인하여, 청구인이 쟁점법인에 투자한 자금을 다시 되돌려받은 것으로 보아 쟁점투자금이 쟁점소득공제 대상에서 배제된다는 내용 등의 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2025.10.14. 청구인에게 2023년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정·고지하였다.다. 청구인은 이에 불복하여 2026.1.12. 심판청구를 제기하였다.2.청구인 주장 및 처분청 의견가.청구인 주장청구인이 B(쟁점법인의 대표이사)로부터 지급받은 금액은 차입금으로 쟁점투자금과 관련이 없고, 청구인은 쟁점법인에 대한 투자를 계속해서 유지 중인바, 쟁점소득공제를 배제한 처분은 부당하다.(1)청구인은 쟁점법인(벤처회사)에 투자하여 취득한 쟁점주식을 계속해서 보유 중으로 제3자에게 매각하거나 쟁점법인에 반납한 사실이 없는바, 조특법 제16조 제2항을 이유로 쟁점소득공제의 적용을 배제할 수 없다.조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는바(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결), 조특법 제16조 제2항에 따른 추징은 법문 그대로 벤처기업 투자자들이 출자금을 회수하거나 이전하는 경우에만 이루어져야 한다.(2)B(쟁점법인의 대표이사)가 청구인의 계좌로 입금한 금액은 C(B의 배우자)이 청구인에게 개인적으로 대여한 자금일 뿐, 청구인이 쟁점법인에 투자한 금액과는 관련이 없다.(가)C은 쟁점법인의 명의상 대표이사인 B의 배우자로서 쟁점법인을 실제 경영하였는데, 쟁점법인으로부터 가지급금을 받아 이를 청구인에게 대여하는 데 사용하였다.(나)법원은 “「법인세법」제15조 제1항에서 정한 자본 또는 출자의 납입의 의미에 대하여 「법인세법」이 별도의 정의 규정을 두고 있지 않은 등 특별한 사정이 없는 한 「상법」상 의미와 동일하게 해석하는 것이 법적 안정성이나 조세법률주의가 요구하는 엄격해석의 원칙에 부합하는바, ‘자본 또는 출자의 납입’은 상법상 회사 설립 또는 설립 후 신주 발행 시 이루어지는 납입행위(「상법」 제295조 제1항, 제303조, 제305조 제1항, 제421조 제1항 등)를 가리킨다고 보아야 한다”고 판단하였다.「상법」상 가장납입 여부가 문제된 판례에서 법원은 “피고의 주장은 D의 주금납입이 가장납입에 해당함을 전제로 하는데, 이 점을 인정할 증거가 없을 뿐만 아니라 피고의 대표이사가 1996.12. 27. 납입주금 중 OOO원을 인출하여 E에게 대여한 것일 뿐이므로 피고의 위 주장은 이유 없어 배척될 것임이 명백하다”고 판단(대법원 2003.11.27. 선고 2003다5337 판결)한 바 있다.(다)만약 쟁점법인이 청구인에게 직접 자금을 대여하였다고 하더라도 이는 출자금을 회수한 것이 아닐 뿐더러, 이 건과 같이 C(쟁점법인 대표이사의 배우자)이 청구인에게 대여한 자금을 청구인이 쟁점법인에 출자한 자금을 회수한 것으로 볼 수는 없다.(3)납세의무자는 경제활동을 할 때 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여 여러 가지의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있고, 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 한다(대법원 2001.8.21. 선고 2000두963 판결 참조)고 하였는바, 청구인이 선택한 여러 거래를 그 거래의 결과만을 가지고 과세대상으로 삼는 것은 부당하다.나.처분청 의견(1)쟁점법인은 정상적인 벤처기업으로 볼 수 없다.(가)쟁점법인의 실제 대표자인 C은 벤처기업 등록을 위하여 F를 설립하고 쟁점법인에 투자한 것으로 나타나나, 이는 쟁점법인의 벤처기업 등록 요건을 갖추기 위한 형식적인 투자로 확인되고, 쟁점법인은 연구개발이나 혁신성장에 해당하는 벤처업무를 수행한 사실이 없다.(나)쟁점법인은 세무법인 G와 동일한 장소에 위치하면서 사업장을 세무법인 G에 임대를 주고 있고, 직원들 대부분이 세무법인 G의 직원과 중복되는 등 실제 사업을 운영하는지 여부가 불분명하다.또한, C은 세무법인 G의 사무장으로서 벤처투자자 모집 당시 단체대화방 등을 통해 세무법인의 각 직원들이 병원장들에게 벤처투자 안내문을 전달하고 투자금을 모집하도록 지시하였다.(2)쟁점법인은 청구인을 비롯한 143명으로부터 2023.12.20.∼2023.12.26. 기간 동안 OOO원을 투자금 명목으로 지급받고, 2023.12.29.∼2024.1.3. 기간 동안 투자금액 전부를 투자자들에게 돌려주었는데, 청구인을 비롯한 투자자 143명은 이를 통해 부당하게 OOO원의 종합소득세 소득공제를 적용받았다.(가)C은 병·의원 원장들이 부당하게 쟁점소득공제를 적용받을 수 있도록 사전에 치밀하게 계획하고 쟁점법인이 투자명목으로 지급받은 금전을 쟁점법인의 대표이사 B의 계좌로 송금한 후, 해당 계좌를 통해 청구인에게 투자금을 돌려주었다.(나)C 역시 조사청의 심문 당시 청구인을 비롯한 투자자들로부터 투자일로부터 3년 이내 투자금을 회수하였는바, 조특법 제16조 제2항에 따라 청구인이 소득공제를 적용받은 쟁점투자금 전액이 추징대상임을 인정하였다.(3)C은 청구인을 비롯한 투자자들로부터 받은 쟁점법인의 자금을 투자자들에게 돌려주면 업무상 배임의 문제가 생기기 때문에 쟁점법인이 명의상 대표이사인 B를 통해 투자자들에게 자금을 대여한 것처럼 가장하였고, 투자자들로부터 수수료 명목으로 투자금액의 10%를 지급받았다.쟁점법인은 투자자들로부터 수수료 명목으로 받은 금액과 관련하여 OOO원의 가공 세금계산서를 투자자들이 운영하는 병·의원 사업자들에게 발급하였다.(4)청구인은 쟁점법인이 C에게 자금을 대여하였고, C이 이를 청구인에게 대여하였다고 주장하나, 청구인이 C과 작성한 금전대차계약서는 제시되지 아니하였고, 쟁점법인의 재무제표상 계상한 단기대여금은 없는 것으로 확인되며, 특수관계자에게 업무와 관련없이 자금을 대여하였음에도 가지급금인정이자를 계상하지 아니하였다.3.심리 및 판단가.쟁점청구인이 쟁점법인에 투자한 투자금을 회수한 것으로 보아 조특법 제16조에 따른 벤처투자조합 출자 등에 대한 소득공제를 배제하여 청구인에게 종합소득세를 부과한 처분의 당부나.관련 법령 : ＜별지＞ 기재다.사실관계 및 판단(1)쟁점법인의 주요 현황은 아래 ＜표1＞과 같다.＜표1＞쟁점법인의 주요 현황OOO(2)청구인은 ‘H’ 등의 병·의원에서 근무하고 있다.(3)처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 쟁점법인은 청구인으로부터 2023.12.26. OOO원을 투자받고 2024.1.3. 투자금액 OOO원을 돌려준 것으로 확인된다.(4) 조사청 조사담당자가 2024.11.5.부터 2024.12.24.까지 쟁점법인에 대한 세무조사를 실시한 후 작성한 조사보고서의 주요 내용은 아래 ＜표2＞와 같은바, 여기에는 쟁점법인의 실제 대표이사인 C이 청구인을 비롯한 병·의원장들이 벤처기업으로 등록한 쟁점법인에 자금을 투자하면 즉시 이를 되돌려주는 방법으로 부당하게 쟁점소득공제를 적용받은 것으로 기재되어 있다.＜표2＞ 쟁점법인에 대한 세무조사보고서의 주요 내용OOO(5) 청구인이 제출한 쟁점법인의 2024사업연도 주식등변동상황명세서에 따르면, 청구인은 2024.12.31. 현재 쟁점법인의 우선주 OOO주를 보유하고 있는 것으로 나타난다