실질적으로 조사권을 행사하였으므로, 위법한 세무조사에 따른 절차상 하자있는 처분에 해당하는지 여

청구인은 처분청의 요구가 아닌 본인의 의지로 감사장을 방문하여 관련 자료 등을 제출한 것으로 보이는바, 이를 사실상의 세무조사가 있었다고 보기 어렵고 사실상의 세무조사로 볼만한 객관적인 근거도 제시되지 아니한바, 이 건 처분이 사실상 위법한 세무조사에 근거한 위법한 처분으로 보기 어려움 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구인은 OOO 개업하여 경상남도 OOO을 소재지로 OOO을 영위하는 A(이하 “쟁점사업장”이라 한다)과 OOO 개업하여 서울특별시 OOO을 소재지로 하여 세무사/공인회계사업을 영위하는 B, 2개의 사업장을 운영하는 개인사업자로,2022년과 2023년 귀속 종합소득세 신고시 쟁점사업장의 OOO 등 연구개발용역 관련 소득금액(세액 감면 관련 소득 2022년 OOO원, 2023년 OOO원)에 대하여 지방 중소기업에 대한 특별세액감면(지방 소기업 감면율 30% 적용한 2022년 OOO원, 2023년 OOO원, 이하 “쟁점감면”이라 하고, 세액을 “쟁점감면세액”이라 한다)을 적용하여 종합소득세를 신고·납부하였다. 나. 대구지방국세청장(이하 “감사청”이라 한다)은 2025.8.26.~2025.9.12. 처분청에 대한 종합감사를 실시한 결과, 쟁점사업장의 매출은 청구인의 다른 사업장인 B에 제공한 연구개발용역(용역의 자가공급)으로 쟁점사업장의 수익에 해당하지 않는다는 감사결과를 처분청에 통보하였고, 이에 처분청은 쟁점사업장 관련 소득금액에 대하여 쟁점감면 적용을 배제하여 2025.12.19. 청구인에게 2022년 귀속 종합소득세 OOO원과 2023년 귀속 종합소득세 OOO원을 각 경정·고지(이하 “이 건 처분”이라 한다)하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 2026.3.19. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) 감사청의 해명요구 등은 실질적인 세무조사에 해당하고, 이는 사전통지 등 적법절차를 거치지 않은 세무조사이므로 이 건 부과처분은 무효로 취소되어야 한다.(가) 청구인은 쟁점사업장을 운영하면서 ‘온라인 경정청구 시스템 및 방법’, ‘온라인 세무관리 및 세무조회를 위한 시스템 및 방법’에 대하여 연구·개발 및 관련 특허를 출원하였고, 쟁점사업장에서 발생한 모든 소득에 대하여 부가가치세를 신고·납부하였다.(나) 청구인은 감사청의 감사과정에서 2022년 및 2023년 적용한 쟁점감면에 대하여 소명하라는 내용의 전화통화를 하였고, 청구인은 3회에 걸쳐 쟁점사업장의 소득을 증명하는 근거자료를 제출하였으며, 2025.9.10. 감사청의 요청에 따라 감사장에 방문·면담을 하였으나 처분청은 청구인에게 쟁점감면 적용을 배제하여 청구인에게 종합소득세를 부과하였다.(다) 대법원은 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것이어서 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에는 원칙적으로 재조사가 금지되는 세무조사로 보기 어렵지만, 그 조사행위가 실질적으로 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로서 납세자 등의 사무실ㆍ사업장ㆍ공장 또는 주소지 등에서 납세자 등을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부ㆍ서류ㆍ물건 등을 검사ㆍ조사하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보아야 할 것이라 판시(대법원 2017.3.16. 선고 2014두8360 판결)하였고,납세자에 대한 세무조사과정 중에 거래상대방을 대상으로 이루어진 질문조사권의 행사가 별도로 거래상대방에 대한 세무조사에 해당하는지 여부는, 조사의 목적과 실시 경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단하되, 질문조사권의 행사가 이루어진 절차의 형식이나 명칭에 구애될 것이 아니라, 해당 세무조사 과정에서 거래상대방에 대해서까지 과세처분을 하고자 하는 과세관청의 의도가 구체화되어 나타났는지, 거래상대방이 부담한 수인의무가 납세자의 과세요건 사실을 확인하기 위하여 객관적으로 필요한 범위를 초과할 정도로까지 확대되었는지, 거래상대방의 영업의 자유 등 권리 침해를 방지하기 위해 세무조사 과정에서 각종 절차적 권리를 보장하여 줄 필요성이 있는지 등의 요소를 바탕으로 그 실질에 따라 판단하여야 한다고 판시(대법원 2025.8.28. 선고 2024두63830 판결)하였다.또한 서울고등법원은 과세관청이 감사관실의 요청에 따라 납세자 측에게 소명자료를 요구하여 이를 받아보는 것 역시 과세표준 및 세액의 결정ㆍ경정을 위한 조사로 보아야 하고, 세무조사 사전통지, 개시결정, 결과통지 등이 이루어지지 않았다거나 납세자권리헌장의 교부가 이루어지지 않았다는 등의 사정은, 해당 세무조사가 적법하게 이루어진 것인지 판단하는데 있어 고려할 요소일 뿐, 과세관청의 조사행위 등이 이미 세무조사의 실질을 가졌다면, 위와 같은 일련의 행위들이 이루어지지 않았다고 하여 그 조사행위를 국세기본법상 세무조사에 해당하지 않는다고 볼 수는 없다고 판시(서울고등법원 2022.7.8. 선고 2021누43486 판결)하였다.(라) 「국세기본법」제81조의4 제1항은 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하고, ‘조사사무처리규정’ 제21조 제1항은, 세무조사를 실시하는 경우에는 「국세기본법」제81조의7 제1항에서 정하는 바에 따라 세무조사 사전 통지를 작성하여 조사개시 15일 전에 납세자 또는 납세관리인에게 송달하고 송달을 확인할 수 있는 근거서류를 보관하여야 한다고 되어 있는 한편, ‘소득세사무처리규정’ 제57조부터 제61조의 내용에 따르면, 신고내용에 대한 확인 대상자의 신고내용 오류 또는 탈루혐의를 확인하기 위해 납세자가 제출해야 할 해명자료를 구체적으로 기재하여 ‘종합소득세 신고관련 해명자료 제출안내’로 납세자에게 해명자료 제출을 서면으로 안내하여야 하고, 신고내용 확인을 위한 해명안내를 할 경우 ‘권리보호 요청제도에 대한 안내’를 납세자에게 서면으로 안내하여야 하며, 납세자가 제출한 해명자료 검토 결과 종합소득세 과세표준 및 세액계산에 오류 또는 탈루한 내용을 확인한 경우 ‘해명자료 검토결과 종합소득세 수정신고안내’로 납세자에게 수정신고를 안내하여야 한다.(마) 청구인은 2025.12.2. 과세예고통지 이전에 처분청으로부터 어떠한 서면통지도 받지 못하였고, 모든 자료제출 요구는 구두로 이루어졌으며, 통상적으로 수반되는 간단한 질문조사의 경우에는 세무조사로 볼수 없으나, 처분청의 요구로 청구인이 제출한 자료는 쟁점사업장의 상가임대차계약서, 특허출원서, 쟁점사업장의 사진, 부가가치세 표준증명원 등 쟁점사업장의 소득 전반에 대한 증명을 위한 자료였다.(바) 또한 처분청 담당자와의 전화통화는 2025.8.29.부터 2025.9.15.까지 19차례 이루어졌고, 2025.9.10.에는 감사청의 요청에 따라 청구인이 감사장에 직접 방문하여 감사청 담당자들과 면담하는 등 실질적으로 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 납세자 등과 직접 접촉하여 일정한 기간 동안의 장부·서류·물건 등을 조사하는 행위가 이루어졌는바, 이는 세무조사의 실질을 갖춘 것이다.(사) 만약 청구인의 종합소득세 신고시 오류 또는 탈루혐의가 있었다면 처분청은 ‘소득세사무처리규정’에 따른 해명자료 제출안내 및 권리보호 요청제도에 따른 안내를 서면통지를 했어야 했고, 청구인의 해명자료를 검토한 결과 쟁점감면세액에 오류 또는 탈루혐의가 있었다면 ‘해명자료 검토결과 종합소득세 수정신고안내’로 납세자에게 수정신고 안내를 했어야 했고, 수정신고서를 제출하지 않는 경우에 세무조사 대상 선정의뢰를 했어야 하며, 세무조사 대상자로 선정이 되었다면 「국세기본법」과 ‘조사사무처리규정’에 따라 조사개시 전 사전통지를 거쳐 세무조사에 착수하였어야 한다.(아) 처분청은 이 건 과세처분시 어떠한 적법한 절차를 거친바 없고, 감사청은 구두로만 쟁점사업장의 전반적인 소득자료를 요청하고 이를 수령하는 등 실질적 세무조사를 진행한 후 쟁점감면세액을 전액 부인하면서 이 건 부과처분을 하였는바, 청구인은 권리보호를 요청할 권리 및 세무조사시 세무대리인의 조력을 받을 권리를 부당하게 박탈당하였으며, 또한 청구인은 과세관청의 정책안내에 따라 일자리 창출계획에 따른 고용창출을 성실히 이행한 세정지원대상 사업자에 해당하여 사전통지 없이 갑작스레 세무조사를 수감하여야 할 이유가 없음에도 어떠한 적법절차도 거치지 않고 종합소득세를 부과하였으므로 이 건 처분은 무효로 취소되어야 한다. (2) 처분청 답변에 대한 항변내용은 다음과 같다.(가) 감사청은 청구인이 과세요건에 대하여 이견이 없는 것으로 보인다고 답변서에 기재하였으나,청구인은 명확한 과세근거와 감사처분으로 인해 변동된 소득금액을 파악하기 위해 청구인에 대한 처분요구서 및 부속서류와 처분요구에 의해 변경된 청구인의 사업장별 소득금액에 대한 정보공개 청구를 하였음에도, 처분청은 처분요구서에 대하여 처분청은 공정한 업무수행에 지장을 초래할 수 있다고 미공개처분을, 사업장별 소득금액은 변동사항이 없다고 답변하였는데,심판청구시 과세요건에 대한 언급이 없었던 사유는 과세처분에 이견이 없었기 때문이 아니라 사업장별 소득금액에 변경되지 않았음에도 과세처분이 이루어진 명확한 사유를 알 수 없었기 때문에 언급하지 않았던 것이고, 과세관청이 적법한 과세해명절차를 전혀 거치지 않고 이러한 감사에 따른 시정요구시 어떠한 절차도 필요가 없다고 한다면 이는 과세관청의 편법적인 조사대상자 선정 및 세무조사를 가능하게 하는 것이고, 과세관청이 임의로 납세자의 권리보호를 요청할 권리를 박탈할 수 있도록 하는 것이다.(나) 감사청은 이 건 세무조사가 세무조사가 아니라 청구인에게 소명기회를 제공하고 관련 자료를 단순하게 확인한 것에 불과하다는 의견이나,청구인의 소명 내용은 단순한 오기나 누락을 확인하는 수준을 넘어 자가공급 해당 여부, 사업장의 독립성 등 고도의 사실판단과 법리 해석이 필요한 사안으로, 19회의 전화통화 및 방문진술과 함께 쟁점사업장과 관련된 방대한 증거자료를 제출하였는바, 이는 소명기회의 제공이 아닌 납세자의 영업의 자유를 제한하는 실질적인 세무조사임에도, 이 건 과세처분 시 세무조사뿐 아니라 단순한 과세해명 절차조차도 전혀 지키지 않아 이 건 처분의 정당성이 입증되지 않았으므로 이 건 처분은 취소되어야 한다. 나. 처분청 의견(1) 감사청은 서면분석을 토대로 청구인의 사업장을 중소기업에 대한 특별세액 감면 배제대상으로 분류하고, 청구인에게 해명요구를 안내하여 신고 오류에 대한 자기 시정 및 소명의 기회를 제공하였으며,청구인은 처분청의 해명안내에 따라 감사기간 중 실제 매출이 있었음을 소명하기 위하여 처분청에 방문하여 진술하였고, 특허출원서 등 매출관련 서류는 청구인의 필요에 따라 임의제출하였다. (2) 청구인이 인용한 판례(대법원 2017.3.16. 선고 2014두8360 판결)에서 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에는 원칙적으로 세무조사로 보기 어렵다고 판시하고 있는바,감사청의 해명요구 내용은 용역의 자가공급은 매출에 해당하지 아니하여 중소기업에 대한 특별세액감면배제에 대한 단순 확인사항으로 이를 세무조사로 볼 수 없다. (3) 청구인은 쟁점감면 적용배제와 관련하여 청구이유서에 어떠한 언급도 없어 과세요건에 이견이 없는 것으로 보이고, 감사청이 특정항목에 대하여 단순 확인을 위해 해명요구를 한 것을 세무조사로 볼 수 없음에도 청구인이 감사업무 시 소명의 기회를 제공한 해명안내를 세무조사로 오인하여 세무조사 절차를 위반한 처분이라는 청구주장은 타당하지 아니하다. 3. 심리 및 판단가. 쟁점감사청의 처분청 감사시 청구인에게 해명요구를 한 것은 실질적인 세무조사에 해당하고, 해당 세무조사는 사전통지, 개시결정, 결과통지 절차 등을 생략한 위법한 세무조사라는 청구주장의 당부나. 관련 법률(1) 국세기본법제81조의4(세무조사권 남용 금지) ① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사(「조세범 처벌절차법」에 따른 조세범칙조사를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.제81조의6(세무조사 관할 및 대상자 선정) ③ 세무공무원은 제2항에 따른 정기선정에 의한 조사 외에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다. 1. 납세자가 세법에서 정하는 신고, 성실신고확인서의 제출, 세금계산서 또는 계산서의 작성ㆍ교부ㆍ제출, 지급명세서의 작성ㆍ제출 등의 납세협력의무를 이행하지 아니한 경우2. 무자료거래, 위장ㆍ가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우3. 납세자에 대한 구체적인 탈세 제보가 있는 경우4. 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우제81조의7(세무조사의 통지와 연기신청 등) ① 세무공무원은 세무조사를 하는 경우에는 조사를 받을 납세자(납세자가 제82조에 따라 납세관리인을 정하여 관할 세무서장에게 신고한 경우에는 납세관리인을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에게 조사를 시작하기 20일[제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제80조의2에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정으로 재조사를 하는 경우에는 7일] 전에 조사대상 세목, 조사기간 및 조사 사유, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항을 통지(이하 이 조에서 “사전통지”라 한다)하여야 한다. 다만, 사전통지를 하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다. ⑥ 세무공무원은 제1항 단서에 따라 사전통지를 하지 아니하고 조사를 개시하거나 제4항 제2호의 사유로 조사를 개시할 때 다음 각 호의 구분에 따른 사항이 포함된 세무조사통지서를 세무조사를 받을 납세자에게 교부하여야 한다. 다만, 폐업 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 제1항 단서에 따라 사전통지를 하지 아니하고 조사를 개시하는 경우 : 사전통지 사항, 사전통지를 하지 아니한 사유, 그 밖에 세무조사의 개시와 관련된 사항으로서 대통령령으로 정하는 사항2. 제4항 제2호의 사유로 조사를 개시하는 경우 : 조사를 긴급히 개시하여야 하는 사유(2) 조세특례제한법제7조(중소기업에 대한 특별세액감면) ① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2022년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액(제3호에 따라 계산한 금액을 한도로 한다)을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 제2호에 따른 감면 비율을 적용한다. 1. 감면 업종너. 연구개발업2. 감면 비율. 다만, 제1호무목에 따른 업종을 경영하는 사업장의 경우 나목, 다목 및 바목에도 불구하고 나목, 다목 및 바목의 감면 비율에 100분의 50을 곱한 비율로 한다. 가. 대통령령으로 정하는 소기업(이하 이 조에서 “소기업”이라 한다)이 도매 및 소매업, 의료업(이하 이 조에서 “도매업등”이라 한다)을 경영하는 사업장 : 100분의 10나. 소기업이 수도권에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장 : 100분의 20다. 소기업이 수도권 외의 지역에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장 : 100분의 30라. 소기업을 제외한 중소기업(이하 이 조에서 “중기업”이라 한다)이 수도권 외의 지역에서 도매업등을 경영하는 사업장 : 100분의 5마. 중기업의 사업장으로서 수도권에서 대통령령으로 정하는 지식기반산업을 경영하는 사업장 : 100분의 10바. 중기업이 수도권 외의 지역에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장 : 100분의 153. 감면한도 : 다음 각 목의 구분에 따른 금액가. 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우 : 1억원에서 감소한 상시근로자 1명당 5백만원씩을 뺀 금액(해당 금액이 음수인 경우에는 영으로 한다)나. 그 밖의 경우 : 1억원※ 조사사무처리규정제21조(세무조사의 사전 통지) ① 세무조사를 실시하는 경우에는 「국세기본법」 제81조의7(세무조사의 통지와 연기신청 등)제1항에서 정하는 바에 따라 세무조사 사전 통지(별지 제1호 서식)를 작성하여 조사개시 15일 전에 납세자 또는 납세관리인에게 송달하고 송달을 확인할 수 있는 근거서류를 보관하여야 한다. 다만, 조세범칙조사 또는 「국세기본법」 제81조의7(세무조사의 통지와 연기신청 등)제1항 단서에 따라 사전 통지를 하면 증거인멸 등의 우려가 있어 조사목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 조사관서장의 승인을 받아 사전 통지를 생략하고 조사를 시작할 수 있다. 1. 거짓 세금계산서ㆍ계산서 수수 또는 무자료거래 등 유통질서 문란행위 및 신용카드 변칙거래로 세금을 탈루하거나 탈루하게 한 혐의가 있는 경우2. 이중장부ㆍ허위계약ㆍ증빙서류 허위작성 및 변조ㆍ차명계좌 이용, 명의위장 등 부정한 방법으로 세금을 탈루한 혐의가 있는 경우3. 현금거래를 누락하는 방법 등을 통해 세금을 탈루한 혐의가 있는 경우4. 기업자금을 빼돌려 이를 기업주 등 개인이 착복하였거나 개인 재산증식에 이용한 혐의가 있는 경우5. 국제거래 및 역외거래를 이용하여 세금을 탈루하였거나 기업자금을 불법으로 해외에 빼돌린 혐의가 있는 경우6. 사전 통지 시 거래상대방 또는 제3자와 담합의 우려가 있는 경우7. 제1호부터 제6호까지의 규정에 준하는 사유로 조사목적을 달성하기 어렵다고 인정되는 경우※ 소득세사무처리규정제57조(해명자료 제출안내) ① 신고내용 확인은 납세자와 직접적인 접촉 없이 서면에 의한 간접확인 방법으로 수행하는 것을 원칙으로 한다. ② 지방청장(소득재산세과장) 또는 세무서장(소득세담당과장)은 제53조에 따라 선정된 신고내용 확인 대상자의 신고내용 오류 또는 탈루혐의를 확인하기 위해 납세자가 제출해야 할 해명자료를 구체적으로 기재하여「종합소득세 신고관련 해명자료 제출안내(별지 제1-6호 서식)」로 납세자에게 해명자료 제출을 서면으로 안내하여야 한다.제58조(해명자료 제출기한) 제57조에 따라 신고내용 확인을 위한 해명안내를 할 경우 해명자료 제출기한은 납세자가 해명자료 안내문을 받은 날로부터 1주일 이상으로 한다.제59조(권리보호 요청제도 안내) 지방청장(소득재산세과장) 또는 세무서장(소득세담당과장)은 제57조 제2항에 따라 신고내용 확인을 위한 해명안내를 할 경우「권리보호 요청제도에 대한 안내(신고내용 확인)(별지 제1-10호 서식)」를 납세자에게 서면으로 안내하여야 한다.제60조(해명자료 검토결과 안내) 지방청장(소득재산세과장) 또는 세무서장(소득세담당과장)은 해명자료 검토결과 당초 신고내용에 오류 또는 탈루한 내용이 발견되지 않는 경우 처리기한일로부터 7일 이내에「종합소득세 해명자료 검토결과 안내(별지 제1-7호 서식)」로 납세자에게 안내하여야 한다.제61조(수정신고 안내) 지방청장(소득재산세과장) 또는 세무서장(소득세담당과장)은 납세자가 제출한 해명자료 검토 결과 종합소득세 과세표준 및 세액계산에 오류 또는 탈루한 내용을 확인한 경우「해명자료 검토결과 종합소득세 수정신고안내(별지 제1-8호서식)」로 납세자에게 수정신고를 안내하여야 한다. 다. 사실관계 및 판단(1) 청구인의 사업장 현황 및 처분청의 과세경위는 다음과 같다.(가) 청구인은 OOO을 영위하는 쟁점사업장(경상남도 OOO)과 세무사/공인회계사업을 영위하는 B(서울특별시 OOO에서 개업, 현재 사업장은 서울특별시 OOO)등 2곳의 사업장을 운영하는 개인사업자로, 쟁점사업장을 영위하면서 특허를 출원한 온라인 경정청구 시스템 및 방법과 온라인 세무관리 및 온라인 세무조회를 위한 시스템 및 방법 등 쟁점사업의 연구개발용역 관련 소득금액(쟁점감면 관련 2022년 OOO원, 2023년 OOO원)에 지방 소기업 감면율 30%를 적용하고, 2022년 OOO원, 2023년 OOO원을 각 감면세액으로 하여 2022년 귀속 종합소득세 OOO원과 2023년 귀속 종합소득세 OOO원을 각 신고·납부하였다.(나) 감사청은 202 5.8.26.~2025.9.12. 처분청에 대한 종합감사를 실시한 결과, 청구인의 쟁점사업장의 매출은 청구인의 다른 사업장인 B에 제공한 연구개발용역으로 쟁점사업장의 수익에 해당하지 않는다는 감사결과를 처분청에 통보하였고, 이에 처분청은 2025.12.2. 과세예고통지를 하였으며, 2025.12.19. 쟁점사업장 관련 소득금액에 대하여 쟁점감면 적용을 배제하여 2022년 귀속 종합소득세 OOO원, 2023년 귀속 종합소득세 OOO원을 각 경정·고지하였다.(다) 청구인에 대한 2022년 및 2023년 귀속 종합소득세 경정결의서의 기재사항을 보면 처분청은 쟁점사업장의 종업원이 없고, 사업장 임차료도 없으며, 주 매출처가 본인으로 확인되어 쟁점사업장을 인적용역사업자로 판단하고 쟁점감면 적용을 배제한 것으로 나타난다. (2) 처분청이 적법절차를 위반하였다며 청구인이 제시한 자료는 다음과 같다.(가) 청구인은 감사청이나 처분청으로부터 해명자료 제출을 서면으로 안내받은 사실이 없고 2025.8.29.~2025.9.15. 19차례 처분청 담당자와 유선통화를 한 휴대폰 화면을 아래 ＜표1＞과 같이 제출하였다.＜표1＞ 처분청 담당자와 휴대폰 통화기록 화면OOO(나) 2026.1.13. 처분청의 정보공개 결정 통지서에 의하면 처분청은 청구인이 공개를 요구한 처분요구서 및 부속서류 일체는 비공개, 처분요구에 의해 변경된 종합소득세 과세표준신고서와 사업장별 소득금액은 부분공개하였고, 비공개 사유는 처분요구서 등은 감사에 관한 사항에 해당하므로 제공될 수 없다고 기재되어 있다.＜표2＞ 처분청의 정보공개 결정 통지서OOO(3) 감사청 담당자는 2026.9.3. 개최된 조세심판관회의에 출석하여 서면으로 해명요구자료 제출안내를 하지 않은 경위에 대하여 처분청 담당자가 유선전화로 해명요구자료 관련 설명을 하자 청구인이 다량의 자료를 가지고 처분청에 방문·설명을 하겠다고 하여 처분청 담당자가 별도의 해명자료 요구안내 등 서면을 발송하지 않은 것으로 알고 있다고 답변하였다. (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 처분청이 청구인에게 서면으로 해명요구를 한바 없고, 감사청이 청구인을 직접 접촉하여 질문·검사·조사를 하는 것은 실질적인 세무조사에 해당하며, 해당 세무조사는 사전통지, 세무조사 개시결정, 결과통지 절차 등을 생략하였으므로 위법한 세무조사에 해당한다고 주장하나,청구인은 2022년 및 2023년 귀속 종합소득세를 신고하였고, 쟁점사업장의 소득이 쟁점감면 적용대상인지 여부는 종업원의 유무, 사업장 임차현황, 매출처 등 단순한 사실관계만으로 확인이 가능한 사안으로 보이며, 청구인은 처분청이나 감사청의 요구가 아닌 청구인의 의지로 감사장을 방문하여 쟁점사업장 관련 매출자료 등을 제출한 것으로 보이고, 이를 들어 처분청이나 감사청이 청구인에게 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부·서류·물건 등을 검사·조사하는 등 사실상의 세무조사가 있었다고 보기 어려운 점,과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성 검증 등을 위한 과세관청의 모든 조사행위가 세무조사에 해당한다고 볼 경우 과세관청으로서는 단순한 사실관계의 확인만으로 충분한 사안에서 언제나 정식의 세무조사에 착수할 수밖에 없고 납세자 등으로서도 불필요하게 정식의 세무조사에 응하여야 하므로, 납세자 등이 대답하거나 수인할 의무가 없으면서 납세자의 영업의 자유 등을 침해하거나 세무조사권이 남용될 염려가 없는 조사행위까지 세무조사에 해당한다고 볼 것은 아닌 점,청구인은 감사청이나 처분청이 과세요건 사실을 확인하기 위하여 객관적으로 필요한 수준을 초과할 정도로까지 자료제출 범위를 확대하였다거나 청구인의 영업의 자유 등이 침해될 정도까지 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부ㆍ서류ㆍ물건 등을 검사ㆍ조사하였다는 등 사실상의 세무조사로 볼 만한 근거를 제시한바도 없는 점,감사청 담당자는 서면으로 해명요구자료 제출안내를 하지 않은 경위에 대하여 처분청 담당자가 유선전화로 해명자료 관련 설명을 하자 청구인이 다량의 자료를 가지고 직접 방문·설명을 하겠다고 하여 별도의 해명자료 요구안내 등 서면을 발송하지 않았다고 소명하고 있고, 처분청이 청구인에게 계속·반복적으로 자료 제출을 요구하였는지도 불분명한 점 등을 종합하면 이 건 처분이 위법하다고 보기는 어려운 점 등에 비추어 이 건 처분의 근거가 사실상 위법한 세무조사에 해당한다는 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다. 4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.