무신고가산세 및 세금계산서미발급가산세 면제의 정당한 사유가 있는지 여부 등

사업자등록 신청에도 처분청이 현장확인을 하지 않은 채, 상당한 기간 부가가치세 납세 등에 대한 안내가 없었으므로 청구인으로서는 면세사업자에 해당한다고 인식할 수 있었고, 당시 상인들이 수입산 생화를 매입하여 판매한 것은 면세라고 인식할 수 있었으므로 부가가치세 신고의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있음 반포세무서장이 2025.1.6. ＜별지1＞ 기재와 같이 청구인에게 한 2019년 제1기∼2023년 제2기 부가가치세 합계 OOO원의 부과처분은,1.「국세기본법」 제47조의2에 따른 무신고가산세 및 「부가가치세법」 제60조 제2항 제2호에 따른 세금계산서미발급가산세를 부과하지 않는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하고,2. 나머지 청구는 이를 기각한다. 가.청구인은 2016.9.27. 서울특별시 서초구 OOO에서 ‘A’이라는 상호로 국내산 생화(화훼) 도·소매업을 영위하는 부가가치세 면세사업장(이하 “쟁점면세사업장”이라 한다)을 영위하면서, 아래 ＜표1＞ 기재와 같이 2019년 제1기∼2023년 제2기 부가가치세 과세기간 중 청구인의 배우자인 B이 “고은플라워”라는 상호로 수입산 생화 도매업 등을 영위하는 부가가치세 과세사업장(이하 “배우자과세사업장”이라 한다)으로부터 공급가액 합계 OOO원 상당의 수입산 생화를 공급받고(이하 “쟁점거래”, 해당 수입산 생화를 “쟁점재화”라 한다) 이에 대한 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”, 관련한 부가가치세를 “쟁점매입세액”이라 한다)를 발급받았고 매출처에 부가가치세 면세로 공급하면서 계산서를 발급하였다.＜표1＞ 쟁점거래 내역○○○나.구리세무서장(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.8.29.∼2024.10.18. 기간 중 청구인에 대한 개인통합조사를 실시한 결과, 청구인이 쟁점면세사업장에서 부가가치세 과세대상인 쟁점거래를 하였음에도 관련한 부가가치세 신고를 무신고한 것으로 보아 처분청에게 2024.9.27. 부가가치세 과·면세사업자의 등록을 의뢰하고 2024.11.26. 관련한 과세자료를 통보하였으며, 처분청은 이에 따라 2024.9.27. 청구인에 대한 부가가치세 과·면세사업자 등록(이하 “쟁점과·면세사업자”, 그 사업장을 “쟁점과·면세사업장”이라 한다)을 하고 2025.1.6. 아래 ＜표2＞ 기재와 같이 2019년 제1기∼2023년 제2기 부가가치세 과세기간 중 쟁점거래에 관한 공급가액 합계 OOO원 및 부가가치세 OOO원을 각각 매출과세표준 및 매출세액으로 하여 청구인에게 ＜별지1＞ 기재와 같이 같은 기간의 부가가치세 합계 OOO원(세금계산서미발급가산세 및 무신고가산세 각 OOO원 등 가산세 합계 OOO원 포함)을 각각 결정·고지하였다.＜표2＞ 쟁점거래에 관한 부가가치세 매출 과세표준 및 매출세액 내역○○○다.청구인은 이에 불복하여 2025.3.4. 이의신청을 거쳐 2025.8.12. 심판청구를 제기하였다.2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) 쟁점면세사업장과 배우자과세사업장을 사실상 하나의 공동사업으로 보아 쟁점매입세액을 쟁점과·면세사업자의 매출세액에서 공제하는 등 이 건 과세처분의 매출세액과 세액을 경정하여야 한다.(가) 아래와 같은 법리 및 사실관계 등에 감안하면 쟁점거래에 관련하여 2개의 사업자등록이 되어 있으나 사실상 1개의 공동사업을 하고 있으므로 그 실질에 따라 「부가가치세법」을 적용하여 쟁점매입세액을 쟁점과·면세사업자의 매출세액에서 공제하여야 한다.1) ①부부간에는 공동사업을 하면서 공동사업의 약정을 할 것을 기대하기 어려우므로 부부간 공동사업의 실질이 인정되는 경우 해당 약정이 없더라도 공동사업으로 인정될 수 있고 특별한 사정이 없는 한 각 50%씩 기여한 것으로 볼 수 있으며(조심 2017전3462, 2017.12.29., 같은 뜻임), ②면세사업장인 본사와 과세사업장인 지점의 사업이 실질적으로 연계되어 있는 경우 본사를 과·면세 겸영사업장으로 보아 본·지점 간의 귀속이 불분명한 매입세액의 안분 공제가 가능하다 할 것이다(국세청 부가 46015-534, 1996.3.20., 같은 뜻임).③한편 이러한 법리에도 불구하고 별도로 사업자등록한 사업장을 구분해야 한다 하더라도, 「부가가치세법」 제37조에 따른 전단계세액공제의 취지에 따르면 과세대상 재화에 대한 매입세액을 사업자 간의 거래과정에서 공제함이 타당하다 할 것이다. 또한 ④과세사업자가 자신의 공급 용역의 성격을 면세사업으로 오인하여 면세사업자로 사업자등록정정신고를 하고 과세관청이 그 수리를 거부하지 않아서 면세사업자의 사업자등록증을 발급받은 경우 해당 사안이 사업자등록정정신고 및 사업자등록 말소의 각 사유에 해당되지 않을 뿐만 아니라 해당 사업자가 계속하여 과세사업을 영위하고 있다면 특별한 사정이 없는 한 이로 인하여 과세사업자로 적법하게 등록된 지위가 박탈된다거나 위 사업자등록정정 신고 이후에 발생한 매입세액이 사업자등록 전의 매입세액에 해당한다고 볼 수 없다(사업자등록은 단순한 사업사실의 신고로서 그 신청서의 제출로 성립하고, 과세관청의 사업자등록증 교부 또는 사업자등록 말소는 등록사실의 증명 또는 폐업사실의 기재에 불과할 뿐 그 자체로 인해 사업자로서의 지위 변동이 생기지 않는다) 할 것이다(대법원 2025.7.3. 선고 2022두33637 판결, 같은 뜻임). ⑤나아가 사업자 개인이 대표이사로 재직 중인 법인이 타인의 명의로 사업자등록을 한 경우로서 그 실질사업자 명의로 부가가치세를 경정할 때 그 명의자가 발급받은 세금계산서의 매입세액을 공제하지 않는 것은 매입세액의 공제 여부가 개인사업자인지 아니면 법인사업자인지 여부에 따라 달라지는 것이어서 부가가치세의 전제가 되는 사업별 과세원칙과 대물세 성격인 부가가치세제의 근간이 훼손되는 점, 관련한 거래가 실제로 있고 이에 대한 부가가치세의 신고·납부가 정상적이라면 위 세금계산서상 ‘공급받는 자의 상호와 성명’은 임의적 기재사항인 점 등을 감안하면 명의위장사업자에 대한 부가가치세의 경정시 관련한 세금계산서 상의 매입세액을 공제하는 것이 타당하다 할 것이다(조심 2016전1026 합동회의, 2016.9.30., 같은 뜻임).2) 청구인은 쟁점면세사업장과 배우자과세사업장이라는 2개의 사업자등록을 하여 쟁점거래에 대하여 각각 부가가치세 등 제세신고를 하였으나, 배우자 B과 더불어 국내산·수입산 생화를 공동으로 매입·판매하였으므로 쟁점거래를 독립적인 사업장 간의 거래로 볼 수 없다.①㉠청구인은 2016.9.27. 쟁점면세사업장을 개업하여 국내산 생화(부가가치세 면세 대상)를 판매하던 중, 청구인의 배우자 B이 지인의 소개로 콜롬비아산 생화(부가가치세 과세대상)를 수입하게 되어 2018.12.28. 배우자과세사업장을 개업하게 되었는데, 쟁점면세사업장은 국내산 생화만을 당일 입고하여 판매할 수 있는 구조(면적이 좁고 보관시설과 상가벽이 없다)였던 반면에, 배우자과세사업장은 수입산 생화(쟁점재화)만을 입고하여 장기 보관할 수 있는 구조(냉장창고를 둘 만큼 충분한 면적이 있다)였다. ㉡국내산 생화는 매출처인 도매상으로부터 생산자(농민 또는 조합)로부터 공급받은 물량(쟁점면세사업장이 소재한 강남고속터미널 상가 내 유통되는 물량 포함)을 공급받아 당일 판매하는 등 쟁점면세사업장에서만 매입과 매출이 발생하는 반면에, 수입산 생화는 주문·통관·이송·보관 업무의 경우 배우자과세사업장에서 이루어지고 오직 판매만을 쟁점면세사업장에서 하였으나(국내산·수입산 생화 모두 예약을 받아 판매한다), 그 매입 및 매출은 청구인과 배우자가 공동으로 하였다. 이러한 사업장의 구조, 매입·매출의 과정 등을 감안할 때 배우자과세사업장은 쟁점면세사업장에 쟁점재화를 보관하는 창고에, 쟁점면세사업장은 국내산 생화와 더불어 배우자과세사업장에서 반출한 쟁점재화를 판매하는 판매장에 각각 해당하여 실질적으로 서로 연계되어 있고, 청구인과 배우자 B은 생계를 같이하는 부부로서 쟁점면세사업장과 배우자과세사업장이라는 공동사업에서 쟁점재화 등의 판매과정을 분담(쟁점재화의 매입·보관은 주로 배우자가, 쟁점재화와 국내산 생화의 판매는 청구인과 배우자가 공동으로 수행한다)하는 공동사업자로 보아야 한다.②청구인은 쟁점거래의 형식에 맞춰 쟁점거래의 대금(쟁점세금계산서의 공급대가)을 청구인 명의의 예금계좌에서 배우자 B 명의의 예금계좌로 이체하여 지급하였으나, 아래 ＜표3＞ 기재와 같이 그 이체금액이 쟁점거래의 대금과 서로 일치하지 않음을 감안하면 쟁점거래가 독립적인 경제주체 간의 거래가 아님이 뒷받침된다.＜표3＞쟁점거래 대금과 청구인이 배우자 B에게 이체한 금액의 차이 내역○○○3) 쟁점재화는 전량 배우자과세사업장이 수입하여 쟁점면세사업장에게 매출(쟁점거래)한 것이나 배우자가 쟁점세금세산서상의 매출세액에 관한 부가가치세 신고시 세관장이 발급한 수입세금계산서로 매입세액을 공제받았는데, 청구인(쟁점면세사업장)은 쟁점재화를 면세로 매출하였으므로 쟁점매입세액을 공제받을 필요가 없었다. 그러나 아래 ＜표4＞ 기재와 같이 조사청의 세무조사로 쟁점재화가 부가가치세 과세대상이