의무고용비율 미달로 부과된 장애인고용부담금의 손금 여부

법령 위반 등 의무불이행에 따른 제재로서 부과되는 공과금으로 손금 부인 심판청구를 기각한다. 1.처분개요가.청구법인은 2003.6.26. 설립되어 서울특별시 OOO에서 발전설비 개보수공사업 등을 영위하는 법인으로, 「장애인고용촉진 및 직업재활법」(이하 “장애인고용법”이라 한다) 제33조에 따라 고용노동부장관에게 2019∼2023년도분 장애인고용부담금 합계 OOO원(이하 “쟁점부담금”이라 한다)을 납부하였다.나.청구법인은 2019∼2023사업연도 법인세 신고 시 쟁점부담금을 각 손금에 산입하였다가, 2025.3.28. 및 2025.3.31. 쟁점부담금을 손금에 산입하여 2019∼2023사업연도 법인세 합계 OOO원을 환급하여 달라는 경정청구를 각 제기하였으나, 처분청은 쟁점부담금이 「법인세법」(2024.12.31. 법률 제20613호로 일부개정되기 전의 것) 제21조 제5호(이하 “쟁점규정”이라 한다)에 따라 손금불산입되는 공과금에 해당하는 것으로 보아 2025.6.4. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.다.청구법인은 이에 불복하여 2025.6.23. 이의신청을 거쳐, 2025.11.11. 심판청구를 제기하였다.2.청구법인 주장 및 처분청 의견가.청구법인 주장(1) 장애인고용부담금의 법적 성격 등에 비추어 보면 이는 쟁점규정상 손금불산입 대상이 되는 ‘제재로서 부과되는 부담금’으로 보기 어렵다.(가) 장애인고용법은 제28조에서 50명 이상의 근로자를 고용하는 사업주는 그 근로자의 총수에 따라 대통령령으로 정하는 비율(이하 “의무고용률”이라 한다) 이상에 해당하는 장애인을 고용하도록 하고, 제33조에서 의무고용률에 못 미치는 장애인을 고용하는 사업주는 대통령령으로 정하는 바에 따라 매년 고용노동부장관에게 장애인고용부담금을 납부하여야 한다고 규정하고 있다.(나) 헌법재판소에 의하면 이는 사회연대책임의 이념을 반영하여 장애인의 고용에 따르는 경제적 부담을 장애인을 고용하는 사업주와 고용하지 아니하는 사업주간에 평등하게 조정하고, 실업중인 장애인의 고용촉진을 위해 장애인을 새로이 고용하는 사업주가 작업설비 등의 개선을 위하여 지는 부담을 줄이기 위한 사업주의 공동갹출금으로서, 고용률을 하회하는 사업체의 사업주로부터 기금을 납부받아 고용률을 초과해서 장애인을 고용한 사업주에게 고용지원금을 지급함으로써 사업주 간의 장애인고용에 수반되는 경제적 부담을 평등화하기 위한 부담금이며, 고용에 어려움을 겪는 장애인의 고용촉진을 주된 목적으로 하는 ‘유도적ㆍ조정적 (특별)부담금’의 성격이 강하다(헌법재판소 전원재판부 2003.7.24. 선고 2001헌바96 결정 참조).(다) 장애인고용부담금은 장애인고용법상 의무고용률을 적용받지 않거나 의무고용률을 초과하여 장애인을 고용한 사업주에게 같은 법 제30조에 따라 지급되는 장애인고용장려금을 지급하기 위하여 설치된 장애인 고용촉진 및 직업재활 기금의 주된 재원으로서, 의무불이행에 대한 제재로서 부과되는 공과금이라기보다는 장애인 고용촉진이라는 공적 목표를 달성하기 위하여 사업자 간에 비용을 분담하도록 하기 위한 공과금으로 보는 것이 타당하다.(라) 장애인고용법은 제86조 제3항 제1호에서 장애인고용부담금 관련 신고의무를 이행하지 않거나 거짓으로 신고하는 경우 별도로 제재로서의 성격을 가진 과태료를 부과하도록 규정하고 있는바, 이러한 장애인고용법의 구조에 비추어 보더라도 장애인고용부담금을 장애인고용법에 따른 ‘제재로서 부과되는 부담금’으로 보기 어렵다.(2) 「법인세법」의 개정 연혁에 의하면 장애인고용부담금은 손금산입 대상으로 보는 것이 타당하다.(가) 종전 「법인세법」(1998.12.28. 법률 제5581호로 전부개정되기 전의 것)은 제16조에서 내국법인이 납부하는 공과금을 원칙적으로 손금불산입 대상으로 규정하였고, 같은 법 시행령에서 손금불산입 대상에서 제외되는 공과금을 제한적으로 열거하였는데, 이 때 장애인고용부담금은 손금불산입 대상에서 제외되는 공과금으로 열거되어 있었다.(나) 그러나 헌법재판소는 위의 종전 「법인세법」 규정에 대하여, 공과금은 법인의 일정한 사업이나 자산의 존재, 거래 등의 행위에 수반하여 강제적으로 부과되는 것이기 때문에 사업경비의 성격을 띠는 것이므로 손금에 산입되는 것이 원칙이라고 하면서, 종전 「법인세법」이 공과금을 원칙적으로 손금불산입하도록 규정하고 손금산입 대상 공과금을 제한적으로 열거한 것은 위헌이라고 설시하였다(헌법재판소 전원재판부 1997.7.16. 선고 96헌바36 결정 참조).(다) 위의 헌법재판소 위헌 결정에 따라 손금불산입 대상 공과금의 범위에 관한 법인세법령 규정이 현행과 같이 개정되었는바, 이는 공과금에 대한 손금산입 범위가 더 넓어지도록 한 것뿐이고, 과거에는 손금산입 대상으로 인정되었던 장애인고용부담금을 더 이상 손금산입 대상으로 인정하지 않겠다는 취지에서 이루어진 것이 아니다.(3) 하급심 판례에 비추어 보더라도 장애인고용부담금은 손금산입 대상에 해당한다.(가) 최근 서울행정법원은 이 건 심판청구와 동일한 쟁점에 대하여 장애인고용부담금이 법령에 따른 의무불이행에 대한 ‘제재로서 부과된 공과금’에 해당하지 아니하는 것으로 보아 이를 손금에 산입되는 공과금이라고 판시하였고(서울행정법원 2023.5.2. 선고 2022구합65757 판결), 서울고등법원 또한 같은 이유로 과세관청의 항소를 기각하였다(서울고등법원 2023.12.5. 선고 2023누45235 판결).(나) 서울행정법원은 위의 판결에서 장애인고용부담금은 장애인의 고용촉진을 주된 목적으로 하는 유도적·조정적 (특별)부담금의 성격이 강한 점, 장애인고용법상 사업주가 장애인 고용의무를 이행하지 않더라도 이에 대하여 형사처벌하는 등의 규정은 없고 설령 의무고용률에 못 미치는 장애인을 고용하는 경우에도 모든 사업주가 장애인고용부담금을 납부할 의무가 발생하는 것도 아닌 점, 장애인고용부담금은 장애인을 고용하는 사업주와 그렇지 않은 사업주 간의 경제적 부담을 평등하게 조정하기 위한 사업주의 공동갹출금으로서 사업주의 사업이나 자산의 존재, 거래 등의 행위에 수반되어 발생하는 사업경비의 성격을 가진다고 볼 수밖에 없는 점, 의무불이행에 대한 제재로서 부과되는 벌금이나 과태료의 경우 고의 또는 과실이라는 귀책사유를 고려하여야 하지만, 장애인고용부담금은 그러한 사유를 고려하지 않고 일률적으로 부과되는 점 등을 고려할 때, 국가가 장애인고용부담금을 손금불산입하는 방식으로 납세자에게 불리한 해석을 통해 장애인고용촉진을 추구하려는 것은 바람직하지 않다고 판시하였다.나. 처분청 의견(1) 「법인세법」상 공과금은 국가 또는 공공단체에 의하여 국민 또는 공공단체의 구성원에게 강제적으로 부과되는 모든 공적부담으로 법인의 일정한 사업이나 자산의 존재, 거래 등의 행위에 수반하여 강제적으로 부과되는 것이기 때문에 사업경비의 성격을 띠는 것이어서 손금에 산입됨이 원칙이고, 예외적으로 그 성질상 비용성을 갖지 않거나 조세정책적 또는 기술적 이유에 의하여 손금에 산입함이 바람직하지 않아 법률이 정한 경우에 한하여 손금산입이 부정되는 것으로 보는 것이다(대법원 2004.3.18. 선고 2001두1949 판결 참조).(2) 장애인고용부담금은 장애인고용법 제33조에 따라 의무고용률에 못 미치는 장애인을 고용하는 사업주를 대상으로 고용노동부장관이 징수하는 부담금으로, 이는 쟁점규정에 따른 손금불산입 대상 공과금에 해당한다.(3) 기획재정부 예규(기획재정부 법인세제과-145, 2018.2.21.)에 의하더라도 장애인고용부담금은 손금불산입 대상 공과금에 해당한다.3.심리 및 판단가.쟁점장애인고용부담금이 「법인세법」 제21조 제5호의 손금불산입 대상 공과금에 해당하는지 여부나.관련 법령 : ＜별지＞ 기재다.사실관계 및 판단(1)청구법인은 쟁점부담금이 쟁점규정에 따른 손금불산입 대상에 해당하지 아니하는 것으로 보아 2025.3.28. 및 2025.3.31. 아래 ＜표＞와 같이 2019∼2023사업연도 법인세 합계 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 쟁점부담금이 쟁점규정에 따른 손금불산입 항목에 해당한다고 보아 2025.6.4. 청구법인의 위 경정청구를 각 거부하였다.＜표＞ 경정청구 내역○○○(2) 「법인세법 시행령」은 1997.12.31. 개정 전 제25조 제1항에서 손금불산입 대상 공과금의 예외로서 장애인고용부담금을 규