실제 용역의 공급 없이 세금계산서를 수수한 것으로 보아 부가가가치세 등을 부과한 처분의 당부

청구법인이 병·의원에 제공하였다고 주장하는 PG대행 용역 및 광고용역은 그 실체를 확인하기 어렵고, 청구법인이 실제 제공받았다고 주장하는 영업자들의 알선·중개 용역 역시 그 대가가 최종적으로 귀속된 자들이 대부분 병원장 등의 가족들로 확인되는 등 병원장의 소득 분산을 위한 명목상의 과정으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서에 해당 송파세무서장이 2024.4.11. 청구법인에게 한 2022사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 법인카드사용액 OOO원을 손금에 산입하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 2024.4.9. 2022년 귀속 OOO원을 대표자 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 처분은 이를 취소하고, 나머지 청구는 기각한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 2020.9.1. 개업하여 서울특별시 송파구 OOO에서 전문, 과학 및 기술 서비스업/광고대행업을 영위 중이며 지분은 청구법인의 대표자 A 100%로 이루어져 있다.나. 인천지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2023.9.14.∼2024.2.9. 청구법인에 대한 법인통합조사 및 2023.10.25.∼2024.3.29.「조세범 처벌법」 제10조(세금계산서의 발급의무 위반 등) 위반 혐의로 조세범칙조사를 실시하였다.(1) 그 결과, 조사청은 2020∼2022년 실제 재화나 용역의 거래 없이 총 OOO원의 가공 세금계산서를 수취하고, OOO원의 허위 세금계산서를 발급하였으며, OOO원의 허위 세금계산서를 수취하였다고 보았고,(2) 이에 조사청은 청구법인의 「조세범 처벌법」 제10조 위반 및 대표자의 「특정범죄 가중처벌 등에 관한 법률」 제8조의2 위반에 대하여 청구법인 및 대표자를 서울동부지방검찰청에 고발하였고,(3) 가공 및 과다 세금계산서 수취분 매입액은 손금불산입하고, 과다 세금계산서 발급 매출액은 익금불산입하여, 법인세와 부가가치세를 경정한다는 경정결의서(안)을 처분청에게 통보하였다.다. 위와 같은 내용을 통보받은 처분청은 2024.4.5.∼2024.4.11. 청구법인에 대하여, 2020∼2022사업연도 법인세 합계 OOO원(2020사업연도 OOO원, 2022사업연도 OOO원) 및 2020년 제2기∼2022년 2기 부가가치세 합계 OOO원(2020년 제2기 OOO원, 2021년 제1기 OOO원, 2021년 제2기 OOO원, 2022년 제1기 OOO원, 2022년 제2기 OOO원)을 경정·고지하고, 2022사업연도 경비 사적사용 부분 OOO원을 대표자 상여로 소득처분하고 2024.4.9.에 소득금액변동통지를 하였다.라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.6.3. 이 건 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 「부가가치세법」 상 사실과 다른 세금계산서 가산세 관련(가) 세금계산서는 거래의 외형을 따져 판단하는 것으로, 청구법인은 당사자가 정한 대가에 따라 정상적으로 세금계산서를 수수하였으며 실질적인 용역공급에 따라 대가를 지급·수취하였으므로, 청구법인이 발행한 매출세금계산서와 수취한 매입세금계산서(이하 매출·매입세금계산서를 합하여 “쟁점세금계산서”라고 한다)는 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 없다.1) 「부가가치세법」 상 세금계산서 발급은 거래의 외형을 따져 판단하는 것으로 당사자가 정한 공급대가에 따라 정상적으로 세금계산서가 수수된 이상 적법한 세금계산서에 해당한다.가) 부가가치세 신고 및 세금계산서 발급의 적법성은 거래의 외형을 따져 판단하는 것일 뿐, 그 공급대가의 적정성 여부를 따져 판단하는 것이 아니다.나) 대법원은 일찍이, 납세의무자가 경제활동을 함에 있어서 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여서도 여러 가지 법률관계 중 하나를 선택할 수 있으므로 그것이 가장행위에 해당한다고 볼 특별한 사정이 없는 이상 과세관청으로서는 납세의무자가 선택한 법률관계를 존중하여야 한다는 법리를 꾸준히 설시하였다(대법원 2012.1.19.선고 2008두8499 전원합의체 판결).다) 특히 사업자가 그와 특수관계에 있는 자와 영세율 적용을 받는 과세거래를 함에 있어서 부당하게 낮은 대가로 물품을 공급한 것이 구 「부가가치세법」상 부당행위계산 부인 대상에 해당하는 경우에도, 당사자 합의에 따라 실제거래금액을 공급가액으로 하여 교부된 세금계산서가 정상적인 거래 시가를 공급가액으로 하지 않았다는 이유로 사실과 다른 세금계산서라고 할 수 없다고 보았다(대법원 2004.9.23. 선고 2002두1588 판결).라) 따라서, 「부가가치세법」상 세금계산서 관련 규정에서는 앞서 본 규정과 같이 특별히 당사자 간 법률관계를 부인하거나 조정하기 위한 규정을 별도로 두고 있지 않는 이상, 세금계산서의 위법성 여부를 판단함에 있어 그 대가의 적정성을 함부로 문제삼아 이를 허위 내지 가공세금계산서로 간주하여서는 안 된다.마) 처분청은 본건에서 청구법인의 B(Payment Gateway)대행용역 및 광고대행용역이 실제로 존재한다는 점은 인정하면서도, 그 신용원가나 광고 실효성이 미비한 점 등에 비추어 그 공급대가가 과다하게 책정되었다는 점을 문제 삼고 있다. 그러나 앞서 본 판단기준에 비추어 보면 이러한 처분청의 지적은 결국 공급대가의 적정성을 문제 삼는 것으로서, 이는 「부가가치세법」에서 다루는 문제가 아니다.2) 쟁점세금계산서에 포함된 수수료는 모두 실질적인 용역공급에 따른 대가로써 지급·수취된 것으로 세금계산서상 공급가액에 포함될 수 있다.가) 본 건 상품과 동일한 구조로서, 고객 모집을 위한 중개용역을 타 하위업체로부터 제공받고 그에 대한 유치수수료를 지급하면서, 그 유치수수료에 최종적인 용역을 제공받는 고객에게 지급되는 페이백 금액이 포함된 경우와 관련하여, 관련 국세청 유권해석은 해당 페이백 금액이 용역공급과 대가관계가 있다면, 그 페이백 금액까지 포함한 수수료 전체 금액을 공급가액으로 하여 중개용역에 따른 세금계산서를 발급하여야 한다고 판단한 바 있다(서면-2021-법령해석부가-4637, 2021.9.14.).나) 이와 관련하여, 법원 역시 위 유권해석 사례의 거래구조, 즉 중국구매상 ? 면세점 ? 상위여행사(갑) ? 중위여행사(을) ? 하위여행사 ? 말단여행사의 거래구조에서, 최종 말단여행사가 페이백 금액에 대한 부가가치세 부담을 회피할 목적에서 설립된 가공의 업체(N, 폭탄업체)라 하더라도, 그러한 사실만으로 앞서 이루어진 상위 단계의 여행사간 알선·중개 용역을 가공거래로 볼 수는 없고, 따라서 중위여행사가 발급·수취한 세금계산서에서 페이백 금액이 포함되어 있다고 하여, 이를 허위세금계산서로 볼 수는 없다고 판단한 바 있다(서울행정법원 2022.11.17. 선고 2021구합60922 판결).다) 청구법인은 재료상, 세무사 등 병원과의 인적네트워크 갖춘 자로부터 중개용역을 지급받고, 그에 따른 정당한 대가를 영업자가 지정한 계좌로 지급하였을 뿐이므로, 동 수수료 상당액은 중개용역과의 대가관계 있는 금액이다.라) 위 유권해석상의 거래구조는 본건에서 쟁점이 되는 ① B대행수수료 용역 공급구조인 병원 ? B사 ? 청구법인 ? 영업자 및 ② 광고대행수수료 용역 공급구조인 병원 ? 청구법인 ? 영업자 와 국면이 완전히 동일하다. 따라서, 위 유권해석 취지에 따른다면, ① 본건상품에 따라 청구법인이 수취한 B대행수수료(8%)에 포함된 대행수수료(결제금액의 약 5% 상당액) 및 청구법인이 하위업체인 영업자에게 지급한 영업수수료, ② 청구법인이 병원으로부터 지급받은 광고대행수수료 및 영업자에게 지급한 영업수수료(광고대행수수료의 94%) 전액은 청구법인에 대하여 최종 고객인 병원을 모집·유치해 주는 중개·알선 용역을 제공하는 영업자에게 지급하기 위한 것으로서 그 대가관계가 인정되므로, 위 ① 및 ② 금액은 모두, 하위업체인 영업자가 그 수수료 상당액을 병원에 페이백을 한다고 하더라도, 청구법인이 쟁점세금계산서 발행·수취시에는 공급가액에 포함되어야 하는 것이다.마) 앞서 본 판례의 견지에서 본다면, 본 건에서 역시 비록 청구법인이 인지하지 못한 ‘하위 영업자가 지정한 송금처’와 ‘가맹점(병원)’간의 관계 즉, 단순한 인적 네트워크 확보의 용이성을 넘어선 사실상 동일인으로 취급될 여지가 있는 사실관계 등이 존재한다고 하더라도, 적어도 그와 무관한 상위단계인 청구법인의 하위 영업자에 대한 수수료 지급의 단계에 있어서는 정당한 중개용역에 따른 대가를 지급한 것에 불과하므로, 그 금액은 마땅히 세법상 공급가액에 포함되는 것으로 볼 수밖에 없다.(나) 가공세금계산서는 재화·용역의 공급 없이 발급·수취한 세금계산서를 말하는데, 본 사안의 경우 청구법인이 B사 및 병원 또는 광고시행사에 B대행용역 및 광고대행용역을 실질적으로 제공하였다는 사실과 동 용역을 위하여 병원관계법인으로부터 알선 및 중개 용역을 실질적으로 제공받았다는 사실이 확인되므로, 청구법인이 발급·수취한 세금계산서는 가공세금계산서에 해당하지 않는다.1) 쟁점세금계산서는 모두 B대행계약/광고대행계약에 따라 청구법인이 B사/가맹점(병원)에게 B