「민간임대주택에 관한 특별법」 개정으로 임대사업자 등록이 말소된 쟁점다세대주택에 대하여 종합부동산세 합산배제를 적용할 수 있는지 여부

청구인의 구「임대주택법」에 따른 임대사업자 등록이 2020.9.24. 말소된 점, 「종합부동산세법」은 부칙 등에서 민간임대주택에 대한 임대사업자등록 자동 말소에 따른 구제에 대하여 별도의 경과규정을 두고 있지 않은 점 등에 비추어 쟁점임대주택을 청구인의 종합부동산세 과세표준에 합산한 이 건 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단됨. 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구인은 경기도 광주시 OOO 다세대주택 포함 34개 부동산(이하 “쟁점임대주택”이라 한다)을 매매로 취득한 후 구 「임대주택법」에 따라 2005.3.14. 관할 지방자치단체장에게 임대사업자등록을 하고, 「소득세법」에 따라 2005.4.1. 처분청에 면세사업자로 사업자등록을 하였다.이후 「민간임대주택에 관한 특별법」(구 「임대주택법」의 전부개정법률, 이하 “민간임대주택법”이라 한다)이 2020.8.18. 법률 제17482호로 개정됨에 따라 단기민간임대주택 제도가 폐지되었고, 이에 관할 지방자치단체장은 민간임대주택법 제6조 제5항에 따라 청구인의 임대사업자 등록을 2020.9.24. 직권으로 말소 처리하였다.나. 처분청은 「소득세법」 상 사업자등록은 하였어도, 민간임대주택법 상 임대사업자 등록이 말소된 이상 쟁점임대주택이 「종합부동산세법」 제8조 제2항의 합산배제 대상에 해당하지 않는다고 보고 2025.10.1. 청구인에게 2021년부터 2024년까지의 귀속 종합부동산세 총 합계 OOO원을 결정·고지하였다.다. 청구인은 이에 불복하여 2025.10.27. 이의신청을 거쳐 2026.2.3. 이 건 심판청구를 제기하였다.2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) 청구인은 2005년 쟁점임대주택을 임대주택으로 최초 등록하였는데, 당시 법령은 단기임대주택과 장기임대주택을 구분하지 않았으며 이후 2018년 법 개정으로 단기민간임대와 장기민간임대제도가 도입되었지만 전환 신청 없이 기존 임대주택 등록 상태를 그대로 유지하였다. 2018년 법 개정은 단기 또는 장기 중 하나를 선택하여 전환 등록할 수 있도록 한 제도일 뿐, 전환 신청이 없는 경우 기존 등록 상태가 그대로 유지될 뿐이었다. 실질적으로 청구인은 장기임대주택의 임대의무기간보다 긴 13년 간 임대 사업 중이었는바, 이를 고려하지 않고 전환 신청하지 않은 임대주택을 일률적으로 단기임대주택으로 간주한 것은 법률상 근거 없는 확대 또는 유추해석으로서 조세법률주의에 반한다.또한, 청구인은 등록 말소에 대해 전혀 통보 받지 못하였으며 2025년 8월 종합부동산세 과세예고통지를 받고서야 비로소 임대사업자 등록이 말소된 사실을 인지하였다. 그 전까지 시청 및 처분청의 고지가 없었으며 그로 인해 청구인은 임대사업자 재등록 등 손해 구제를 위한 대응 기회를 상실하였다. 이렇듯 5년 동안 납세자에게 통지도 없다가 갑자기 5년치를 과세하는 것은 징벌적 과세이다.(2) 청구인은 임대를 계속하고 임대료 제한을 준수하는 등 임대주택 제도의 실질적 목적을 충실히 이행하였다. 청구인의 귀책사유 없이 발생한 제도 변경과 사전 통지 없는 행정상 말소를 이유로 다년간의 종합부동산세를 합산 과세한 이 사건 처분은 실질과세원칙 및 신뢰보호 원칙에 반하므로 전부 취소되어야 한다.나. 처분청 의견(1) 청구인은 관할 지방자치단체장으로부터 임대사업자 등록말소 사실 및 재등록 안내를 받지 못하여 등록말소가 부당하다고 주장하나, 쟁점임대주택은 민간임대주택법 제6조 제5항에 의해 직접 등록이 말소된 것이므로 별도의 처분 또는 통지가 필요하지 않다(조심 2022서1437, 2022.5.12., 같은 뜻임).(2) 「소득세법」 제168조에 따른 사업자등록을 하였으나, 민간임대주택법 제2조 제7호에 따른 임대사업자에 해당하지 않는 경우 「종합부동산세법 시행령」 제3조 제1항에 따른 합산배제 임대주택에 해당하지 아니한다.청구인은 임대를 중단한 사실이 없고 임대료 증액 법정 제한을 지키며 임대했다고 주장하나, 종합부동산세 합산배제 적용 임대주택에 구 「임대주택법」 등에 따른 임대사업자 자격을 갖추지 않은 상태에서의 임대까지 포함되는 것으로는 해석되지 아니한다(조심 2016부3139, 2016.10.26., 같은 뜻임). 또한 합산배제는 특혜로 엄격하게 적용해야 하는 점, 「종합부동산세법」의 부칙 등에서 민간임대주택에 대한 임대사업자 자동 등록말소에 따른 구제에 대하여 별도의 경과규정을 두고 있지 않은 점 등을 종합하여 볼 때, 청구인의 주장은 이유 없다.3. 심리 및 판단가. 쟁점쟁점임대주택에 대한 청구인의 임대사업자 등록이 말소되었다고 보아 「종합부동산세법」 제8조 제2항에 따른 합산배제 대상에서 제외하여 종합부동산세를 과세한 처분의 당부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의해 아래의 내용이 확인된다.(가) 청구인이 제출한 임대사업자 등록증을 통해 2005.3.14. 구 「임대주택법」에 따라 임대사업자 등록한 사실이, 처분청이 제시한 국세통합전산망 자료를 통해 청구인이 2005.4.1. 「소득세법」에 따라 사업자 등록한 사실이 확인된다.(나) 청구인의 임대주택 등록사항 변경 현황에 따른 주요 내용은 아래 ＜표1＞과 같다. 청구인이 별도로 지위 변동을 신고한 사실은 없다.＜표1＞ 청구인의 임대사업자 등록증 상 임대주택 등록사항 변경 현황○○○(다) 청구인이 제출한 전입세대확인서 및 확정일자 부여현황을 통해 등록 말소 이후의 임차 사실은 확인되나, 임대료 관련 내용은 확인되지 아니한다.(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.(가) 청구인은 쟁점임대주택에 대해 단기민간임대주택으로 전환하지 않고 기존 임대사업자 지위를 유지했음에도 단기민간임대주택으로 보아 민간임대주택법에 따른 등록 말소 대상에 포함된다고 본 것이 조세법률주의에 위반된다고 주장하나,조세법률주의는 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것을 금지하는 원칙으로(대법원 2004.5.28. 선고 2003두7392 판결, 같은 뜻임) 임대사업자 등록 말소와 상관없이 「종합부동산세법」이 종합부동산세 과세표준 합산 여부를 명문으로 규정하는 한 조세법률주의에 위배된다고 볼 수 없으며,2020.8.18. 민간임대주택법이 법률 제17482호로 개정되면서 부칙 ＜법률 제13499호, 2015.8.28.＞ 제3조 제3항에 종전의 「임대주택법」에 따른 매입임대주택은 민간임대주택법 상 단기임대주택으로 본다고 규정하고 있는바, 청구인의 임대사업자 등록 말소가 법적인 근거 없이 이루어진 것이라고 보기 또한 어렵다.(나) 청구인은 과세예고통지를 받고서야 임대사업자 등록 말소 사실을 인지하였고 그 전까지 처분청 등의 고지가 없어 대응 기회를 상실했다고 주장하나, 청구인 주장을 살펴보아도 과세예고통지 등은 이루어졌으며, 나아가 청구인의 임대사업자 등록이 말소된 것은 개정된 민간임대주택법에 의해 직접 이루어진 것으로 지방자치단체장의 등록말소 처분의 존재나 효력 여하에 영향을 받는다고 보기 어렵고, 「행정절차법」에 따른 처분의 사전통지절차의 적용대상으로 보기도 어렵다 할 것이다(조심 2023서9833, 2023.12.27., 같은 뜻임).(다) 「종합부동산세법」 제8조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제3조 제1항에 따르면 종합부동산세 합산배제가 적용되는 임대주택은 민간임대주택법 제2조 제7호 및 제5조에 따라 관할 지방자치단체장에게 임대사업자 등록을 한 자가 임대하고 있는 주택이어야 하고, 여기서 ‘임대사업자 등록을 한 자’는 민간임대주택법에 따른 등록을 유효하게 유지하고 있을 것까지를 포함한다고 할 것인 바(조심 2025서876, 2025.5.1., 같은 뜻임),청구인의 구 「임대주택법」에 따른 임대사업자 등록이 2020.9.24. 말소된 점, 「종합부동산세법」은 부칙 등에서 민간임대주택에 대한 임대사업자등록 자동 말소에 따른 구제에 대하여 별도의 경과규정을 두고 있지 않은 점 등에 비추어 쟁점임대주택을 청구인의 종합부동산세 과세표준에 합산한 이 건 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령(1) 국세기본법제14조(실질과세) ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.(2) 종합부동산세법제8조(과세표준) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항에 따른 과세표준 합산의