① 쟁점토지의 취득세가 비과세되어야 한다는 청구주장의 당부② 이 건 취득세 부과처분 중 청구법인이 기 납부한 세액은 환급되어야 한다는 청구주장의 당부③ 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부.④ 쟁점토지의 과세표준 산정 시 2021년 공시지가를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

청구법인은 「지방세법」 제9조 제2항의 문언에 비추어 사회기반시설은 기부채납을 조건으로 하지 않더라도 비과세 대상에 해당한다고 주장하나, 해당 규정은 “국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산 및 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다”고 규정하고 있고, 이 규정의 취지가 국가 등에게 기부채납이 예정된 부동산을 일시적으로 취하는 경우에 대해서 국가 등이 곧바로 취득하는 것과 다르지 않다고 보아 취득세를 비과세하는 것이므로, 사회기반시설도 기부채납을 조건으로 취득하는 것에 한하여 비과세 규정이 적용되어야 함청구법인이 다른 토지의 취득세를 과다 납부하였다 하더라도 쟁점토지의 취득세를 다투는 심판청구에서 다른 과세대상물건에 대한 취득세를 차감할 수는 없음처분청이 쟁점토지에 대한 개별공시지가를 산정해주지 않았다는 사정만으로 청구법인이 쟁점토지에 대한 취득세 신고를 그르친 데에 정당한 사유가 있다고 보기 어려움청구법인은 쟁점토지의 취득가격을 2021년 기준 개별공시지가로 경정해야 한다고 주장하나, 청구법인은 쟁점토지를 2022.1.16. 취득한 것이므로 2022년도 공시지가를 기준으로 그 취득가격을 산정해야 할 것이므로, 이와 다른 전제의 청구주장은 받아들이기 어려움 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 경기도 평택시 OOO일원 OOO지구(이하 “이 건 사업지구”라 한다)의 사업시행자 중 하나로서 2018∼2022년에 걸쳐 OOO 2-1단계 토지 2,177,069㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득하여 취득세를 신고·납부하였다.나. 청구법인은 2022.1.26. 이 건 토지 중 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합 등(이하 “국가 등”이라 한다)으로부터 토지 69,861㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하고, 청구법인이 산출한 시가표준액을 과세표준으로 하여 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다.다. 처분청은 2023.5.17.∼2023.6.11.의 기간 동안 경기도 합동세무조사를 실시한 후, 청구법인이 국가 등으로부터 쟁점토지를 무상취득 하였음에도 불구하고 그 취득세를 과소신고·납부하였다고 보아 2023.7.7. 청구법인에게 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(가산세 포함, 이하 “이 건 취득세”라 한다)을 부과·고지하였다.라. 청구법인은 이에 불복하여 2023.9.27. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) (주위적) 청구법인이 취득한 쟁점토지는 사회기반시설로서 「지방세법」 제9조 제2항에 따른 취득세 비과세에 해당한다.「지방세법」제9조 제2항에서 국가 등에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」제4조 제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다)을 조건으로 취득하는 부동산 및 「사회기반시설에 대한 민간투자법」제2조 제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있으므로, ‘국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산’과 ‘사회기반시설’을 각각 별도의 비과세대상으로 보아야 할 것이고,‘국가 등에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」제4조 제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다)을 조건으로 취득하는 부동산’에 이미 특정 사회기반시설이 포함되어 있는 점을 볼 때, 뒤에 나오는 ‘사회기반시설’은 「사회기반시설에 대한 민간투자법」제2조 제1호 각 목에 해당하는 경우 국가 등에 귀속 또는 기부채납 하는 것과 상관없이 취득 그 자체로 비과세된다고 해석하여야 한다.따라서, 청구법인이 국가 등으로부터 도로, 구거, 하천 등의 사회기반시설을 무상취득 한 것은 취득세 비과세 대상에 해당한다.(2) (예비적1) 이 건 취득세 부과처분 중 청구법인이 기 납부한 세액은 환급되어야 한다.청구법인은 쟁점토지 면적까지 고려한 이 건 사업지구 전체에 대하여 과세비율을 산정한 후 처분청과 협의하였고, 사업 시행 과정에서 취득하는 일반 토지에 대하여 과세비율을 곱한 취득세를 신고·납부하였는바, 위 일반 토지에 대한 취득세에 쟁점토지에 대한 취득세도 포함되어 있다 할 것이나, 처분청은 이 건 취득세 부과처분 당시 해당 금액을 반영하지 아니하였으므로, 청구법인이 일반 토지 취득시 과세비율에 반영하여 미리 납부한 쟁점토지에 대한 취득세 OOO원은 환급되어야 한다.(3) (예비적2) 이 건 취득세 부과처분에 포함된 가산세를 감면할 정당한 사유가 있다.청구법인은 2022년 1월에 국가 등의 소유인 국공유지를 무상귀속 받으면서 취득 당시의 개별공시지가로 취득세를 납부하고자 2021.12.30. 처분청에 개별공시지가의 산정을 공식적으로 요청을 하였으나 처분청의 산정불가하다는 통지를 받고 부득이 청구법인이 산정한 시가표준액으로 신고·납부를 하였다.그 후 처분청은 2023.5.17.～2023.6.11.간 세무조사를 통해 준공 이후인 2022년 2-1단계 사업지구 전체의 가중평균 공시지가에 쟁점토지 면적을 곱하여 산정한 취득세를 추징하면서 이 건 가산세를 포함하였는바,이러한 가산세를 포함한 것은 「지방세기본법」제18조에서 규정하고 있는 신의·성실원칙에 어긋나고, 처분청의 개별공시지가 산정불가 답변을 신뢰한 청구법인에게 그 신고·납부의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보아야 할 것이다.(4) (예비적3) 쟁점토지에 대한 취득세 과세표준을 산정할 때에는 그 취득시기인 2021년도 시가표준액을 기준으로 산정하여야 한다.처분청은 과세표준 산정 시 쟁점토지의 취득시기인 2021년 공시지가가 아닌 2022년도의 가중평균 공시지가를 과세표준으로 적용 하였으나 쟁점토지의 취득시기는 사업준공일인 2022.1.26.이므로, 이 취득시기의 공시지가인 2021년도 공시지가를 적용을 하여야 할 것이고, 이에 따라 청구법인에게 부과한 이 건 취득세 중 OOO원은 환급되어야 한다.나. 처분청 의견(1) (주위적) 제3자에게 유상공급한 토지에 해당하는 쟁점토지는 취득세 비과세대상에 해당하지 않는다.「한국토지주택공사법」제19조제2항에 의하면 청구법인이 시행하는 사업에서 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제65조 및 제99조를 적용하는 경우 청구법인을 행정청으로 보고 있고, 해당 조항은 개발행위 시 국가 등에게 무상공급 받은 토지에 새로 공공시설을 설치하는 경우, 기존 공공시설과 새로 설치된 공공시설 등의 귀속 주체 등에 대해 규정하고 있는 조항으로, 이를 근거로 청구법인이 국공유지 등을 반대급부 없이 당연히 무상취득 한다는 주장은 이유 없다 할 것이고,「지방세법」제9조 제2항 단서에 따르면 「사회기반시설에 대한 민간투자법」제1조 제1호 각목에 해당하는 사회기반시설에 해당된다 하더라도 국가 등에 귀속 등의 반대급부로 국가 등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여 등을 받을 때 취득세 부과된다고 규정하고 있는바, 쟁점토지는 국가 등에서 무상귀속 받은 토지 중 다시 국가 등으로 공공시설용 토지로 무상공급하는 토지가 아닌, 제3자에게 유상공급하는 토지에 해당되므로, 취득세 비과세 대상에 해당되지 않는다 할 것이다.(2) (예비적1) 이 건 취득세는 세무조사 시 산출한 정당과표에서 청구법인이 최초로 신고한 신고과표를 차감한 차인과표를 과세표준으로 하여 취득세 등 추징세액을 산출하여 부과고지 한 것으로, 청구법인이 최초로 신고·납부했던 취득세 등은 추징세액에서 상계된 것으로 보이는바, 기 납부한 세액을 반영하지 않아 환급을 하여야 한다는 청구주장은 이유가 없다.(3) (예비적2) 청구법인에게 가산세를 감면할 정당한 사유가 없다.청구법인은 세목조서 통지일(2022.1.26.) 전인 2021.12.30.에 시가표준액 산정을 요청한 점을 볼 때, 청구법인은 세목조서 통지 후 변경되는 지목에 따라 시가표준액을 계산하여 쟁점토지의 취득세 등을 계산하여 신고납부 하여야 한다는 사실을 인지하고 있었던 것으로 보이며, 신고납부 세목인 취득세 특성상 청구법인이 정확한 과세표준을 계산하여야 하는데, 쟁점토지 취득 전(세목조서 통지 전)에 처분청에서 시가표준액 산정 불가 회신이 왔다 하더라도 쟁점토지 취득(세목조서 통지) 후에 정확한 시가표준액 산정을 위해 처분청에 재차 시가표준액 산정을 요청한 내역은 없으며, 대규모 택지개발 등의 사업을 주로 추진하는 청구법인의 특성상 이 건 사업지구와 유사한 택지사업을 다수 추진하였을 거라 충분히 예상 할 수 있었던바, 정확한 시가표준액은 아니더라도 유사한 시가표준액을 가정하여 쟁점토지의 취득세 등을 신고납부 하였을 수도 있는데, 정작 청구법인이 신고·납부한 과세표준은 현저히 낮은 쟁점토지의 지목 변경 전 시가표준액을 기준으로 산출한 것에서 취득세 신고·납세 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기는 어렵다 할 것이다.(4) (예비적3) 2022년도 가중평균 공시지가를 기준으로 쟁점토지에 대한 취득세 과세표준을 산정하여 부과한 처분은 정당하다.「지방세법」제10조에서 취득세 과세표준은 취득 당시의 가격으로 하여야 한다고 규정하고 있고, 쟁점토지의 경우 지목변경 공사를 완료하고 토지의 세목 통지를 하는 시점(2022년)이 취득시기가 된다 할 것인바, 그 세목 통지 당시의 시가표준액을 취득세 과세표준으로 함이 타당하다 할 것(조심2021지3305, 2023.6.1., 같은 뜻임)으로 2021년의 시가표준액을 산정하여야 한다는 청구주장은 이유 없다 할 것인 점을 종합하여 볼 때, 처분청에서 청구법인의 부과·고지한 것은 달리 잘못이 없다 할 것이다.3