쟁점주택이 종합부동산세 과세기준일 현재 「종합부동산세법 시행령」 제3조 제1항에 따른 합산배제 임대주택에 해당하는지 여부

이와 같은 사정을 종합하여 보면, 쟁점주택이 합산배제 임대주택 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단됨. 종로세무서장이 2025.10.14. 청구법인에게 한 2022∼2024년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다. 1.처분개요가.청구법인은 OOO 장학사업을 목적으로 설립된 재단법인으로 2018.5.4. 수익사업(부동산 임대)을 영위하기 위해 구로세무서장에게 청구법인이 소유한 서울특별시 OOO를 사업장으로 하고 주업종을 부동산 임대업으로 하여 사업자등록을 신청 후, 2021.9.29. 종로구청장에게「민간임대주택에 관한 특별법」(이하 “민간임대주택법”이라 한다) 제2조 제7호에 따른 임대사업자 등록을 신청하였다.나. 청구법인은 2022년부터 2024년까지 각 과세연도에 대하여 위 OOO 건물 중 오피스텔 OOO채(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 「종합부동산세법」 제8조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제3조 제1항에 따른 종합부동산세 합산배제 임대주택으로 보아 합산배제 신고를 하였다.다. 처분청은 청구법인이 주택임대업으로 사업자등록을 신청하였거나 정정한 사실이 없다는 이유로 「종합부동산세법 시행령」 제3조 제1항에서 정한 합산배제 임대주택의 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 쟁점주택을 합산배제 임대주택에서 제외하여 2025.10.14. 청구법인에게 2022∼2024년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세 합계 OOO원을 경정·고지하였다.＜표1＞ 2022∼2024년 종합부동산세 및 농어촌특별세 고지내역○○○라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.11.20. 심판청구를 제기하였다.2.청구법인 주장 및 처분청 의견가.청구법인 주장청구법인은 쟁점주택에 대하여 관할 세무서장에게 부동산 임대업으로 사업자등록을 신청하였고, 관할 지방자치단체장에게 민간임대주택법에 따른 임대사업자 등록 신청을 마친 후, 실제로 주택임대사업을 영위하면서 임대차계약 체결, 임대수익 발생에 따른 법인세 신고 등 관련 제세 의무를 성실히 이행하여 왔다.청구법인의 사업자등록증상 업태·종목이 ‘부동산/임대’로 기재되어 있으나, 이는 주택임대를 포함하는 개념으로 보아야 하고, 별도로 종목 등에 ‘주택임대업’이라는 문구를 추가하지 않았다는 사정만으로 종합부동산세 합산배제 임대주택 요건을 충족하지 못하였다고 보는 것은 지나치게 형식적인 해석이고 실질과세의 원칙에도 위배된다.과거 과세관청의 질의회신(서면인터넷방문상담5팀-633, 2008.3.24.) 에 따르면, 지방자치단체장에게 임대사업자로 등록하고 세무서에 등록된 사업자번호로 임대주택에서 발생하는 수입금액 등을 세법이 정하는 바에 따라 신고·납부하였다면, 합산배제 임대주택 요건을 충족한 것으로 회신한 바 있다.나.처분청 의견「종합부동산세법」 제8조 제2항 제1호는 종합부동산세 과세표준에 합산되지 아니하는 임대주택을 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제3조 제1항은 그 요건으로 과세기준일 현재 「소득세법」 제168조 또는 「법인세법」 제111조에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자가 과세기준일 현재 임대하거나 소유하고 있는 주택일 것을 규정하고 있으며,동 규정은 2008.2.22. 개정을 통해 합산배제 임대주택의 요건을 ‘사업자등록’이 아닌 ‘주택임대업 사업자등록’으로 명확히 하였다.청구법인은 과세기준일 현재 주택임대업으로 사업자등록을 신청하거나 정정한 사실이 없다. 따라서 「종합부동산세법 시행령」 제3조 제1항에서 규정한 주택임대업 사업자등록 요건을 충족하지 못하였다.종합부동산세 합산배제 임대주택에 관한 규정은 조세부담을 경감하는 특례 규정에 해당하므로, 조세법률주의 원칙상 법문대로 엄격하게 해석하여야 한다. 법령에서 정한 주택임대업 사업자등록 요건이 충족되지 아니한 이상 설령 청구법인이 주택임대사업을 영위하고 관련 세금을 신고·납부하였다고 하더라도,「종합부동산세법 시행령」 제3조 제1항에서 정한 주택임대업 사업자등록 요건을 대체할 수는 없다.3.심리 및 판단가. 쟁점쟁점주택이 종합부동산세 과세기준일 현재 「종합부동산세법 시행령」 제3조 제1항에 따른 합산배제 임대주택에 해당하는지 여부나.관련 법령 : ＜별지＞ 기재다.사실관계 및 판단(1) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.(가) 국세통합전산망(NTIS)에서 확인되는 쟁점주택에 관한 사업자등록내역에 의하면, 해당 사업장은 청구법인의 지점으로 상호는 (재)A, 소재지는 서울특별시 OOO, 개업일은 2018.5.4.로 확인되며 주업종으로 업종코드 701201, 주업태 부동산, 주종목 임대로 등록된 사실이 확인된다(이후 청구법인은 2025.8.28. 주업종을 주거용 부동산 임대(701103), 부업종을 부동산 임대(701201)로 사업자등록 정정신청을 하였다).(나) 청구법인은 2021년 9월경 OOO가 준공된 이후 임대를 개시하여 부동산임대업을 영위하면서 과세매출과 면세수입금액을 구분하여 신고하였는바, 청구법인의 부가가치세 신고현황은 아래 ＜표2＞와 같다.＜표2＞ 청구법인의 OOO 부동산 임대 관련 부가가치세 신고 현황○○○(다) 국세청 “업종코드-한국표준산업분류 연계표”상 부동산 임대에 대한 내용은 아래 ＜표3＞과 같다.＜표3＞ 업종코드-한국표준산업분류 연계표 내역○○○(라) 청구법인이 제출한 제출한 과세관청 질의회신문의 내용은 아래 ＜표4＞와 같다.＜표4＞ 서면인터넷방문상담5팀-633, 2008.3.24. 회신문○○○(마) 처분청이 제시한 민간임대주택법 시행규칙 별지 제1호 서식상 사업장 현황 기재란에 주택임대업 관련 업태·종목·업종코드가 기재되어 있다.＜표5＞ 민간임대주택법 시행규칙 별지 제1호 서식 中○○○(바) 2008년 6월 발간된 기획재정부의 “2007 간추린 개정세법 해설”[544페이지 12. 합산배제 임대주택 사업자요건 명확화(영§3①)]의 내용은 아래 ＜표6＞과 같다.＜표6＞ 2007 간추린 개정세법 해설 종 전 개 정 □ 합산배제 임대주택 사업자요건 ○ 「임대주택법」제2조 제4호의 규정에 따른 임대사업자등록 ○ 「소득세법」제168조 또는 「법인세법」 제111조 의 규정에 따른 사업자등록 □ 합산배제 임대주택 사업자요건 ＜좌 동＞ ○ 「소득세법」제168조 또는 <a href="#here15" title="법인세법제111조 새창 열림" o