청구법인이 전기오류수정으로 감액처리한 쟁점개발비를 상각범위액 내에서 손금산입하여야 한다는 경정청구에 대하여, 쟁점개발비는 당초 무형자산 인식요건을 충족하지 못한 것으로 보아 인정하지 아니한 처분의 당부

청구법인은 쟁점개발비를 무형자산으로 계상하였다가 금감원의 2018년 감독지침에 따라 손상처리한 것에 불과한 것으로 보이는바, 쟁점개발비는 어느 사업연도에도 손금산입되지 않았고 그 세부내역, 개발성공률 및 2022년 감독지침 등에 비추어 쟁점개발비가 당초부터 무형자산 요건을 충족하지 못하였다고 단정하기는 어려움 잠실세무서장이 2025.4.24. 청구법인에게 한 2018∼2021사업연도 법인세 합계 OOO원의 환급 경정청구 거부처분은 이를 취소한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 2000.9.16. 설립되어 분자진단시약 개발, 제조 및 판매업을 영위하는 법인으로, 청구법인의 진단시약제품의 개발은 ① 개발계획수립 및 투자심의, ② 제품개발, ③ 제품검증, ④ 인허가, ⑤ 제품판매시작의 단계를 거쳐 순차적으로 진행된다.나. 청구법인은 2017사업연도까지는 제품개발 1단계 투자심의 과정을 거쳐 2단계 제품개발에 착수한 경우, 개발과정에 소요된 비용을 재무제표상 개발비(무형자산)로 계상하고 관련 제품의 판매시점부터 5년간 상각하였는데, 금융감독원은 2018.9.19. 제약·바이오 기업의 연구개발비 회계처리 관련 감독지침(이하 “2018년 감독지침”이라 한다)을 발표하여 개발비의 기술적 실현가능성에 따른 제품개발 유형 및 자산화 가능 단계를 안내하였다.다. 이에 청구법인은 2018년 감독지침에 따라 2단계 제품개발에서 무형자산으로 인식한 개발비 OOO원(이하 “쟁점개발비”라 한다)을 감액(＜표1＞ 참고)한 후, 2019.3.29. 및 2020.3.30. 처분청에게 2018년 감독지침에 따라 쟁점개발비를 감액하였으므로, 이는 지출한 사업연도의 당기 비용에 해당하는 것으로 보아 손금으로 산입해 달라는 경정청구를 제기하였다가, 2021.3.24. 취하하였다.＜표1＞ 쟁점개발비 감액 내역(단위 : 백만원)라. 금융감독원은 2022.9.22. 제약·바이오 산업 주요 회계처리에 대한 감독지침(이하 “2022년 감독지침”이라 한다)을 발표하여 2018년 감독지침과 달리 회사가 기술적 실현가능성을 객관적으로 제시하는 경우에는 3단계 제품검증 이전에도 자산화가 가능한 것으로 재안내하였고, 이에 청구법인은 2023.3.29. 쟁점개발비는 「법인세법 시행령」 제31조 제8항에 따라 감가상각비로서 손비로 계상한 것으로 즉시상각의제 규정에 따라 2018∼2021사업연도에 상각하는 것으로 보아, 처분청에게 법인세 합계 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나,＜표2＞ 경정청구 내역(단위 : 원)처분청은 청구법인의 경정청구를 검토한 결과, 쟁점개발비는 최초 인식시점에 개발비의 무형자산 인식요건 중 하나인 ‘기술적인 실현가능성’을 충족하지 못한 것으로 보아, 2025.4.24. 이를 거부하였다.마. 청구법인은 이에 불복하여 2025.7.18. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 쟁점개발비는 최초 인식 시점부터 기업회계기준상 개발비(무형자산) 인식요건을 충족하여 적법하게 자산으로 계상하였으며, 과거 금융감독원의 감독지침에 따라 불가피하게 전기오류수정으로 사후 감액한 것은 「법인세법」상 즉시상각의제 규정에 따라 감가상각비로서 손금산입되어야 한다.(가) 2021.2.17. 대통령령 제31443호로 일부개정 되기 전 「법인세법 시행령」 제24조 제1항 제2호 바목(이하 ‘쟁점법령’)에서는 개발비를 감가상각자산의 하나로 규정하면서, “상업적인 생산 또는 사용전에 재료ㆍ장치ㆍ제품ㆍ공정ㆍ시스템 또는 용역을 창출하거나 현저히 개선하기 위한 계획 또는 설계를 위하여 연구결과 또는 관련지식을 적용하는데 발생하는 비용으로서 당해 법인이 개발비로 계상한 것”으로 정의하였다.위 규정은 2002.12.30. 대통령령 제17826호 개정 시 「법인세법」상 개발비의 정의를 당시 기업회계기준서와 일치시킨 것으로서, 법원에서도 「법인세법」상 개발비에 해당하기 위해서는 기업회계기준에 따른 개발비에 해당하여야 한다는 점을 명확히 하고 있다(서울고등법원 2017.5.31. 선고 2016누39766 판결, 대법원 2017.10.12.자 2017두52382 판결로 확정).(나) 기업회계기준(K-IFRS 제1038호)상 개발비는 기술적 실현가능성, 완성 의도 및 능력, 미래경제적 효익, 자원 조달 가능성, 지출의 신뢰성 있는 측정 가능성 등을 충족할 때 무형자산으로 인식되며, 청구법인은 쟁점개발비는 위 요건을 모두 충족한다.쟁점개발비가 발생한 각 연구과제는 청구법인의 핵심 원천기술을 기반으로 수행되었고, 해당 연구개발 시 약 90% 수준의 높은 성공률을 축적해 왔으며, 쟁점개발비를 구성하는 연구과제의 상당수가 실제로 상용화에 이른 점에 근거할 때, 최초 인식 시점부터 기술적 실현가능성이 충분히 인정된다.또한, 쟁점개발비 관련 제품들은 국내(식품의약품안전처) 또는 유럽(CE 등)에서 판매를 전제로 한 인허가, 인증을 받은 사실이 있어 제3자의 공신력 있는 판단을 통해서도 기술적 실현가능성이 뒷받침된다.(2) 감가상각비와 같은 결산조정사항은 전기오류수정에 대해 소급하여 손금에 산입하는 것이 아니라 전진적으로 처리함이 원칙이다.(가) 결산조정사항은 법인이 결산 시 장부에 계상하면 세무상 비용으로 인정되는바, 회계상 전기 재무제표를 소급하여 수정하더라도 전기 재무제표를 기준으로 신고납부한 이상 과거의 손금으로 산입하는 것은 불가하다.‘법인세법 기본통칙’에서도, 법인이 전기에 과소 계상한 고정자산의 감가상각비를 기업회계기준에 따라 이월이익잉여금을 감소시키는 전기오류수정손실로 계상한 경우 동 상각비는 「법인세법」 제23조의 규정에 의하여 법인이 손금에 계상한 것으로 보아 감가상각비 시부인 계산하는 것으로 명시하고 있다(법인세법 기본통칙 23-0…4).(나) 따라서 쟁점개발비를 감액하고 전기오류수정손실로 계상한 경우에는 「법인세법 시행령」 제31조 제8항에 따라 감가상각비로서 손비로 계상한 것으로 보아 감가상각 규정을 적용하는 것이 타당하며, 이는 청구법인이 직접 질의하여 회신받은 유권해석에서도 확인된다(기획재정부 법인세제과-461, 2024.8.14.).＜기획재정부 법인세제과-461, 2024.8.14.＞(3) 금융감독원의 감독지침은 시장상황에 따라 변경되어 왔으므로 청구법인이 과거의 감독지침에 의해 불가피하게 쟁점개발비를 감액한 것을 두고 쟁점개발비가 자산성을 갖추지 못하였다고 주장하는 것은 타당하지 않다.(가) 금융감독원은 2018.9.19. 제약·바이오 기업 주가의 급상승 등으로 투자자 보호의 필요성이 증대됨에 따라 제약·바이오 기업의 연구개발비 회계처리에 관한 감독지침을 발표하였으며, 2018년 감독 지침에 따라 2018 회계연도 3분기 보고서 또는 사업보고서상 재무제표에 오류수정을 반영하는 경우 별도의 제재 없이 계도 조치(경고, 시정요구 등)로 감독업무를 종료할 예정임을 공표하였다.감독지침은 법규적 구속력은 없더라도, 금융당국이 감리·제재의 기준으로 활용할 수 있다는 점에서 사실상 구속력이 강하고, 당시에는 지침에 반하는 회계처리가 실무상 수용되기 어려운 환경이었다.그리고 금융감독원이 2018사업연도 3분기 또는 사업보고서에 오류수정을 반영하면 별도 조치를 하지 않겠다고 한 상황에서, 청구법인 입장에서는 잠재적 불이익을 회피하기 위해 불가피하게 재무제표를 수정할 수밖에 없었으며, 이는 쟁점개발비의 자산성(기술적 실현가능성 등)이 없음을 인정한 것은 아니다.(나) 금융감독원은 2022.9.22. 제약·바이오 산업 주요 회계처리에 대한 감독지침을 재차 발표하였고, 2018년 감독지침과 달리 청구법인의 과거 개발비 자산화와 동일한 기준(즉, 외부검증 이전이라도 기술적 실현가능성을 객관적으로 제시하는 경우에는 자산화 가능함)을 제시하였다.2022년 감독지침은 2018년 감독지침 이후 ① 제약·바이오 기업이 회계감리에 따른 사후적 징계 및 처벌에 대한 우려로 거래 고유 특성에 관계없이 지나치게 보수적으로 회계처리하는 경향이 있는 점, ② 회계기준이 제약·바이오 산업의 거래를 시의적절하게 반영하지 못하여 회계처리 불확실성 해소를 위한 감독지침이 필요하다는 의견이 꾸준히 제기됨에 따라 마련된 것으로 안내하고 있다.이와 같이, 2022년 감독지침은 2018년 감독지침과 달리 기술적 실현가능성 판단의 객관적 근거 제시 가능성을 보완한 것이므로 쟁점개발비의 자산성 인정은 더욱 명확해졌고, 따라서 2018년 감독지침에 따라 자산감액이 이루어졌다는 사정만으로 쟁점개발비가 당초부터 기업회계기준상 개발비 요건을 갖추지 못하였다고 단정할 수 없다.(4) 처분청에서 제시한 선례는 쟁점개발비와 사실관계가 다르므로 이를 원용할 수는 없다.처분청이 제시한 선결정례(조심 2020서712, 2021.5.11.)의 경우 2022년 감독지