농업협동조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 쟁점토지를 취득한 후 정당한 사유 없이 1년 내에 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 취득세 등을 추징한 처분의 당부

청구법인이 쟁점토지를 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 경우로 보아 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단됨 경기도 구리시장이 2024.4.11. 청구법인에게 한 취득세 등 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 2021.1.22. 경기도 구리시 OOO 소재 11,194㎡의 토지(이하 “쟁점토지”라 한다)를 공매를 통해 취득하고, 같은 날 「지방세특례제한법」(2020.12.29. 법률 제17771호로 개정된 것) 제14조 제3항에 따라 「농업협동조합법」에 의하여 설립된 조합이 고유업무에 직접 사용하기 위한 부동산으로 감면을 신청하여 취득세를 면제받았다.나. 처분청은 2023년 경기도 종합감사 결과, 쟁점토지 위에 신축 예정인 건축물(이하 “이 건 건축물”이라 한다)의 착공이 2023년 11월로 예정되어 있음을 확인하고, 청구법인이 쟁점토지를 정당한 사유 없이 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아, 2024.4.11. 청구법인에게 기 감면한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(가산세 포함, 이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.7.9. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 쟁점토지의 착공이 지연된 것은 청구법인의 귀책사유가 아니라, 처분청의 미고지 지하구조물 발견 및 경기도 개발행위허가 심의 지연 등 청구법인이 도저히 조정할 수 없는 외부적 요인들에 기인한 것으로, 이에 따라 건축허가 신청 및 착공까지 상당 기간이 불가피하게 소요되었다.청구법인은 토지를 취득할 당시(2021.1.22.) 처분청으로부터 약 2,000㎡ 규모의 지하 콘크리트 구조물이 존재한다는 고지만을 받았으나, 실제 철거공사 과정에서 고지된 면적의 약 2배에 달하는 추가 지하구조물이 발견되었다. 이에 따라 불가피하게 추가 철거공사가 진행되었고, 당초 계약상 공사기간보다 36일 지연된 2021.12.21.에야 철거공사가 완료되었다. 이러한 추가 지하구조물 발견 및 철거는 청구법인이 예측하거나 방지할 수 없는 사정이었으며, 처분청 담당자 역시 현장 확인을 통해 그 사실을 인정하고 해당 기간을 고유목적사업 기간으로 인정할 수 있음을 확인한 바 있다. 또한 청구법인은 이로 인해 당초 공사비의 절반을 초과하는 추가 비용까지 부담하였다.지하구조물 철거 지연은 후속 필수 절차들의 연쇄적 지연으로 이어졌다. 지하터널 안전성 검토용역은 철거공사 종료 이후인 2021.12.29.에야 계약되어 2022년 5월에 완료되었고, 건축설계용역 역시 지하철 사전 안전협의 및 기본설계도 확정 지연 등의 사유로 설계기간이 5개월 이상 연장되었다. 이는 「건축법」 및 「철도안전법」상 건축허가 신청을 위해 필수적으로 선행되어야 하는 절차이므로, 해당 용역의 지연은 필연적으로 건축허가 신청의 지연으로 이어졌다.청구법인의 개발행위허가 심의는 경기도 도시계획위원회 대상이었음에도, 처분청의 안내가 지연되어 최소 7개월 이상의 불필요한 기간이 추가로 소요되었다. 청구법인은 2022.7.1. 건축허가를 신청하였으나, 처분청은 경기도 심의 대상임을 7개월이 지난 2023.1.5.에야 안내하였고, 그 결과 경기도 심의 회부는 2023년 3월경 이루어졌으며 최종 심의는 2023.5.26.에 이루어졌다. 건축허가 승인일은 2023.8.1.로, 건축허가 신청 후 약 1년 1개월이 소요되었다. 만약 건축허가 신청 당시 바로 경기도 심의절차가 진행되었다면, 최소 7개월 이상의 기간을 단축할 수 있었을 것이다.결국, 위와 같은 처분청의 지하구조물 미고지 및 심의절차 지연 등은 모두 청구법인의 의사나 노력으로 조정할 수 없는 외부적 사정으로 인해 발생한 것으로, 착공 지연 기간은 청구법인에게 귀책될 수 없는 정당한 사유에 해당한다.(2) 청구법인은 내부통제 규정에 따라 불가피하게 유예기간의 상당 부분을 소요하였으나, 쟁점토지 취득 이후 착공에 이르기까지 일련의 절차를 공백 없이 꾸준히 진행하며 해당 토지를 목적사업에 사용하고자 진지한 노력을 기울였다.우선, 청구법인은 고유목적사업을 추진함에 있어 농협중앙회의 심의 및 승인을 받아야 하며, 입찰 등 관련 절차를 거쳐야 하는 등 엄격한 내부통제 규정을 준수할 의무가 있다. 청구법인은 「농업협동조합법」에 따라 설립된 지역조합으로서, 같은 법 제142조 및 제146조에 따라 농협중앙회의 지도와 감사를 받아야 한다. 이에 따라 부동산 매입이나 건축물 신축과 같은 고유목적사업을 추진할 경우에는 농협중앙회가 제정한 「회원조합지도·지원규정」 등 관련 지침을 준수해야 한다.회원조합지도·지원규정 제38조부터 제43조에 따르면, 지역조합이 일정 규모 이상의 고정투자를 실시하려는 경우 중앙회에 설치된 ‘고정투자심의위원회’의 심의를 거쳐야 하며, 중앙회의 자금지원 역시 해당 심의를 통과한 경우에만 이루어진다. 또한 중앙회는 자금지원을 받은 지역조합에 대하여 고정투자 계획수립 및 시행절차 등을 지도하도록 규정되어 있다.청구법인은 이러한 규정에 따라 고정투자심의위원회 승인 취득 및 관련 컨설팅 용역, 입찰 등 필요한 절차를 이행하였으며, 그 과정에서 상당한 기간이 소요되었다. 쟁점사업은 종합청사 등으로 사용될 건축물(대지면적 11,534㎡, 건물면적 8,433㎡) 신축 사업으로, 총 투자금액이 OOO원을 초과하는 대규모 사업이다. 이에 따라 청구법인은 쟁점토지 취득 이전인 2020.9.25. 공매입찰 참가 결정 직후인 2020.10.21. 농협중앙회에 고정투자계획서를 제출하였고, 이후 공매 참가, 매매계약 체결, 사전기술검토 신청 등 고정투자심의 및 승인을 위한 절차를 정상적으로 진행하였다.심의 과정에서 농협중앙회로부터 업무시설 용도 허가 가능 여부 및 자금근거 보완 등 지시를 받은 청구법인은, 구리시 담당 부서를 방문하여 협의를 거치고, 고정투자계획서를 2차례 수정하는 등 심의 승인을 받기 위해 지속적으로 노력하였다. 또한 농협중앙회 계약처리준칙에 따라 모든 용역계약을 경쟁입찰 방식으로 진행해야 했기 때문에 절차상 소요기간이 추가로 발생하였다. 실제로 2021.7.9. 입찰공고, 2021.7.23. 건축설계용역 계약, 2021.9.7. 철거용역 입찰공고, 2021.9.30. 철거공사 도급계약 등 관련 절차가 순차적으로 진행되었다.청구법인은 쟁점토지 취득 이후 건축허가 및 착공승인을 받기 위해 내부통제 절차와 관련 규정을 철저히 준수하였으며, 보완지시 사항을 성실히 이행하는 등 목적사업 추진을 위해 공백 없이 진지하게 노력하였고, 구체적인 진행 절차는 다음과 같다.2021.1.22. 쟁점토지 취득 이전 2020년 10월부터 2021년 7월까지 고정투자심의를 진행하였고, 2021년 3월 농협중앙회와 컨설팅계약을 체결하였다. 이후 2021년 7월부터 9월까지 설계용역 및 철거공사 입찰을 통해 업체를 선정·계약하였으며, 2021년 11월에는 매립물 발견에 따른 추가 철거공사 계약을 체결하였다. 2021년 12월에는 추가 철거공사로 인해 설계용역 기간이 연장되었고, 「철도안전법」에 따라 별내선(지하터널) 안전성 검토용역을 체결하였다. 2021년 9월부터 2022년 4월까지 총 3차례의 설계협의회를 개최하였고, 2022년 6월에는 농협중앙회에 기본설계도서 검토를 요청한 후, 2022년 7월 건축허가신청서를 제출하였다.건축허가 신청 이후에도 2022년 8월 교통성검토 용역, 철도보호지구 안전관리계획 수립용역, 9월 소규모 재해영향평가 용역을 계약하여 개발행위 허가 절차를 진행하였고, 2022년 12월 개발행위 허가 신청서를 접수하였다. 이후 구리시 및 경기도 도시계획심의위원회 심의를 거쳐 2023년 8월 건축허가를 취득하였으며, 철도공사 정밀안전점검용역 계약 체결 후 2023년 9월 공사도급계약서를 체결, 10월 신축공사 기공식을 거쳐 착공신고서를 제출하였다. 2023년 12월 착공신고필증을 취득하였고, 2025.10.16. 건축물 사용승인을 받았다.이러한 절차는 모두 법령과 내부 규정에 따라 목적사업을 수행하기 위해 필수적으로 거쳐야 하는 과정으로, 청구법인이 임의로 생략하거나 단축할 수 없는 절차였다. 또한 청구법인은 불필요한 절차로 시간을 지체하거나 업무 공백을 발생시킨 사실이 전혀 없으며, 전 과정에서 성실하고 정상적으로 사업을 추진하였다.(3) 대법원은 취득세 추징 제외사유인 ‘정당한 사유’와 관련하여,