쟁점연구시설을 중과세율 적용 대상인 본점에 해당한다고 볼 수 있는지 여부

청구법인의 상품기획팀 및 구매팀의 본점 소속 직원이 쟁점연구시설의 연구원을 겸하고 있어 쟁점연구시설을 관련 법령에 따라 연구개발 활동만을 전담하는 장소로 보기 어려우므로, 쟁점연구시설의 업무활동은 청구법인이 영위하는 사업에 관한 주요한 의사결정 및 주된 영업활동과 연관되는 업무수행이라고 볼 수 있음. 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 기업연구소용 건축물(연면적 5,951.92㎡, 이하 “쟁점건축물”이라 한다) 신축을 위하여 2017.4.12. AAA일반산업단지 내 서울특별시 강서구 OOO 토지 1,361㎡(이하 “쟁점토지”라 하고, 쟁점건축물과 함께 “쟁점부동산”이라 한다)를 서울주택도시공사(이하 “SH”라 한다)로부터 분양받아 취득하였다.나. 청구법인은 2018.9.1. 쟁점토지 지상에 쟁점건축물을 착공하고, 2020.3.30. 쟁점건축물을 신축한 후, 2020.5.18. 그 취득가액 OOO원을 과세표준을 하여 쟁점부동산 중 연구소용으로 사용하는 부분(이하 “쟁점연구시설”이라 한다)의 면적에 대하여 감면(75%)을 적용한 취득세 등 합계 OOO원을, 쟁점부동산 중 본점 사무실로 사용하는 부분을 본점용 부동산으로 보아 해당 면적에 대하여 「지방세법」제13조 제1항에 따른 중과세율을 적용한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.다. 이후 처분청은 2022.6.27.~2022.7.8. 기간 동안 청구법인에 대한 세무조사를 실시하였고, 그 결과 쟁점연구시설이 본점용 부동산으로서 중과세율 적용 대상에 해당한다고 보아, 2022.7.28. 청구법인에게 쟁점연구시설에 대하여 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세”라 한다)을 부과·고지하였다.라. 청구법인은 이에 불복하여 2022.10.21. 이의신청을 거쳐 2023.5.2. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장쟁점연구시설은 「지방세법」제13조 제1항의 “본점 사업용 부동산”에 해당하지 않으므로 본점 중과세율 적용대상이 되지 않는다.(1) 대법원 판례(2020.10.15. 선고 2020두41832 판결)에 따르면, 법인의 주요한 의사결정 및 경영, 인사, 재무, 총무, 기획 등 관리행위가 이루어지는 장소가 아니면 본점용 사무소로 사용되는 것이라 할 수 없고, 특히 연구활동이 주된 업종인 회사가 아닌 경우, 연구활동이 법인의 주요한 의사결정에 포함된다고 할 수 없어 연구기능이 경영·인사 등 관리행위에 해당한다고 볼 수 없으므로, 쟁점연구시설은 중과세율 적용 대상이 되는 본점 사업용 부동산에 해당하지 않는다.또한, 대법원 판례(대법원 2016.1.14. 선고 2014두8896 판결)에서 “법인의 사업수행에 필요한 중요한 관리 및 상업적 결정이란 법인의 장기적인 경영전략, 기본 정책, 기업재무와 투자, 주요 재산의 관리·처분, 핵심적인 소득창출 활동 등을 결정하고 관리하는 것을 말하고, 법인의 실질적 관리장소가 어디인지는 이사회 또는 그에 상당하는 의사결정기관의 회의가 통상 개최되는 장소, 최고경영자 및 다른 중요 임원들이 통상 업무를 수행하는 장소, 고위 관리자의 일상적 관리가 수행되는 장소, 회계서류가 일상적으로 기록·보관되는 장소 등의 제반 사정을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다”고 판단하고 있다.쟁점연구시설이 법인의 장기적인 경영전략, 기본 정책, 기업재무와 투자, 주요 재산의 관리·처분, 핵심적인 소득창출 활동 등을 결정하고 관리하고 있다거나, 최고경영자 및 다른 중요 임원들이 통상 업무를 수행하는 장소, 고위 관리자의 일상적 관리가 수행되는 장소, 회계서류가 일상적으로 기록·보관되는 장소라는 점을 처분청이 입증할 수 없다면, 그 직무상·물리적 공간상 완전히 분리된 별도의 조직인 연구시설을 본점 사업용 부동산이라고 보아 중과세 추징을 할 수 없는 것이다.청구법인은 화장품 제조 및 판매를 주요 사업으로 영위하는 영리법인으로서 연구개발을 사업의 주된 목적으로 하고 있지 않고, 쟁점연구시설 조직은 상품기획팀 및 디자인팀으로서 직무상·공간상으로도 회사의 주요 의사결정 및 관리행위를 수행하는 관리팀, 영업팀 등과 완전히 구분되므로, 쟁점연구시설은 청구법인의 주요한 의사결정 및 관리행위의 주체가 될 수 없다.(2) 쟁점연구시설은 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」(이하 “기초연구법”이라 한다)에 따라 인정된 기업부설연구소로서 청구법인의 연구개발활동을 통한 매출이 발생하지 않고 있고, 제품을 자체 제조·생산하는 기업은 제품의 성능을 향상시키기 위한 연구개발 등의 업무가 당연히 수반되고 영리기업의 이러한 연구결과물이 제품의 품질을 향상하고 고객을 창출하며 이를 통한 매출 증대와 사업성과 달성으로 이어지는 것이 사회통념상 타당하며, 사업화를 염두에 두지 않고 연구개발을 진행하는 영리회사가 존재할 수 없다는 점은 상식적으로 당연한 것이다.나. 처분청 의견(1) 쟁점연구시설은 청구법인의 주된 사업인 화장품 제조·생산·판매를 위한 신제품 용기 디자인 개발을 위한 업무를 수행하고 있고, 그 연구개발로 제품화한 결과물로 홈쇼핑 등을 통하여 제품을 판매하고 있으므로, 쟁점연구시설은 청구법인의 목적사업을 지속적으로 영위하기 위한 주요한 업무수행이 이루어지는 장소이므로 본점의 사무소에 해당한다.(가) 「지방세법(2019.12.31. 법률 제16855호로 개정된 것)」제13조 제1항 및 같은 법 시행령(2016.11.29. 대통령령 제27619호로 개정된 것) 제25조에서 「수도권정비계획법」제6조에 따른 과밀억제권역에서 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 신·증축 건축물과 그 부속토지 및 그 부대시설용 부동산(기숙사, 합숙소, 사택, 연수시설, 체육시설 등 복지후생시설과 예비군 병기고 및 탄약고 제외)을 취득하는 경우의 취득세율은 제11조의 세율에 중과기준 세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다고 규정하고 있다.법원은 위 규정에서 말하는 본점의 사무소로 사용하는 부동산에 대하여 “본점 사무소로 사용하는 부동산이라 함은 ① 법인이 영위하는 사업에 관한 주요한 업무수행, ② 법인이 영위하는 사업에 관한 주요한 의사결정과 ③ 경영, 인사, 재무, 총무, 기획 등 관리행위가 이루어지는 장소를 말한다고 볼 수 있고, 반면 본점의 사무소와 함께 설치되었더라도 본점에서 이루어지는 주요한 업무수행·의사결정, 관리행위 등과 구분되는 단순하고 부수적인 행위나 사실적 행위 또는 대외적으로 제품 및 서비스를 제공하거나 영업활동 등이 이루어지는 장소는 본점의 사무소에 해당한다고 보기 어렵다”고 판시하였다(대법원 2020.10.15. 선고 2020두41832 판결, 서울고등법원 2020.5.22. 선고 2019누53893 판결, 같은 뜻임).(나) 최근 판례(서울고등법원 2022.6.7. 선고 2021누60825 판결)에서 “법인이 마곡산업단지에 속한 토지상에 신축한 산업용 건축물에 대하여 원고의 임원실, 각 사업본부의 소속 부서가 사용하는 사무실이 위치하여 대표이사를 포함한 임직원이 상주하면서 법인 전체의 사업수행에 필요한 중요한 관리행위 및 의사결정, 연구 및 실험 행위가 이루어지는 곳이므로 실제로 원고 본점의 사업용 시설로 사용되고 있는 점 등을 보면 「지방세법」 제13조 제1항 전단의 적용을 배제할만한 사정이 있다고 보기 어렵다”고 판단하면서 “법인의 사업수행으로서 연구 및 실험 행위가 이루어지는 장소는 법인의 주요한 업무수행으로서 본점의 사무소에 해당한다”고 판시하였다.대법원 판결(대법원 2023.3.16. 선고 2022두66088 판결)에서도 “원고는 기업부설연구소가 본점용 부동산에 해당하지 않음을 전제로 이 사건 부동산이 기업부설연구소의 부대시설로도 사용되기 때문에 이 사건 부동산 중 기업부설연구소 전용면적이 차지하는 비율 상당 부분은 본점용 부동산의 취득으로 볼 수 없어 일반세율이 적용되어야 한다고 주장하나, 이 사건 사업장은 공업지역 내 공장과 임대부동산 등을 제외하고는 나머지 전체가 유기적으로 결합되어 본점으로서 중추적인 의사결정을 수행하는 역할을 하는 것으로 보이는 점, 이 사건 기업부설연구소가 별도의 연구단지로 구획되어 있는 것이 아니라 이 사건 사업장 내에 함께 존재하는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 기업부설연구소는 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산 또는 그 부대시설용 부동산의 범주에 포함된다고 봄이 타당”하다고 판시하면서, 기업의 연구활동은 그 기업이 영위하는 사업과 유기적으로 결합된 주요한 업무수행으로서 기업의 주요한 의사결정을 수행하는 역할을 하고 있고 그러한 연구활동이 이루어지