가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부 등

세무조사이후 장기간이 지나 부과처분을 하였다는 이유만으로 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 보기 어려우나, 청구인이 18~19귀속 종합소득세를 신고하였음에도 불구하고 과소신고가산세가 아닌 무신고가산세를 적용한 것은 잘못이 있음 OOO세무서장이 2024.4.3. 청구인에게 한 종합소득세 2018년 귀속분 OOO원과 2019년 귀속분 OOO원의 부과처분은 무신고가산세를 과소신고가산세로 하여 그 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다. 1. 처분개요가. 청구인은 2011.2.7. 개업하여 A(이하 “쟁점사업장”이라 한다)라는 상호로 OOO OOO업을 주로 영위(2022.7.24. 폐업)하였고, 2014.5.14. OOO광역시 OOO구에서 설립되어 OOO OOO업을 영위하는 주식회사 B(이하 “청구외법인”이라 한다)에서 2014.6.24.부터 2019.1.2.까지 주주이자 대표이사를 역임한 자이다.나. OOO세무서장(이하 “조사청”이라 한다)은 2019.5.21.부터 2019.12.25.까지 청구외법인에 대한 법인통합조사(이하 “쟁점세무조사”라 한다)를 실시한 결과 청구외법인이 청구인으로부터 상표권(이하 “쟁점상표권”이라 한다) 및 특허권들(이하 “쟁점특허권”이라 하고, 쟁점상표권과 합하여 “쟁점상표권 등”이라 한다)을 각 OOO원과 OOO원에 매입하면서 대금을 기타소득으로 하여 원천징수한 사실을 확인하고 쟁점상표권 등의 양도대금이 기타소득이 아닌 사업소득에 해당한다고 보아 2022.7.13. 부가가치세 과세자료를 처분청에 통보하였다.＜표1＞ 쟁점상표권 등 대금지급 명세○○○이에 따라 처분청은 청구인이 쟁점상표권 등을 양도하고 지급받은 금액은 일시·우발적 행위가 아닌, 사업자로서 수익을 목적으로 용역을 공급한 것(사업소득)으로서 부가가치세 과세대상이라고 보아, 청구인에게 2022.7.22. 부가가치세 2017년 제1기분 OOO원을 경정·고지하고, 2022.11.21. 및 2022.11.24. 2017년 제2기∼2019년 제1기 부가가치세 합계 OOO원을 경정·고지하였으며, 청구인은 이에 불복하여 2022.12.30. 심판청구를 제기하였으나, 우리 원은 선결정(조심 OOO, OOO)에서 쟁점상표권 등의 양도대금이 사업소득에 해당한다고 보아 ‘기각’결정(그 외 쟁점 일부 인용)을 하였다.＜표2＞ 선결정(조심 OOO, OOO) 주문 및 이유○○○다. 이후 처분청은 2024.4.3. 청구인에게 쟁점상표권 등과 관련하여 종합소득세 2018년 귀속분 OOO원(가산세 OOO원 포함)과 2019년 귀속분 OOO원(가산세 OOO원 포함) 합계 OOO원을 경정·고지하였다.라. 청구인은 이에 불복하여 2024.6.27. 이의신청을 거쳐 2024.12.20. 심판청구를 제기하였다.2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) 이 건 부과처분은 아래와 같은 절차적 하자 등이 존재하므로 취소되어야 한다.(가) 이 건 부과처분에 앞서 실시되었다고 하는 세무조사에는 청구인 개인에 대한 과세요건 형성 절차가 전혀 존재하지 아니하므로, 이에 근거하여 이루어진 이 건 종합소득세 부과처분은 절차상 중대하고 명백한 하자가 있어 취소되어야 한다.1) 처분청은 청구외법인이 쟁점상표권 등의 취득대금을 지급하고 이를 지급수수료로 계상한 사실을 확인하여 부분조사 범위확대를 신청하였고, 납세자보호위원회의 승인을 받아 조사범위 확대 통지를 하였으므로 절차상 하자가 없다는 의견이나, 이는 부분조사 범위확대의 대상·효과 및 한계를 오인한 것으로서 받아들이기 어렵다. 부분조사 범위확대란 동일한 조사대상자에 대한 조사범위를 확장하는 절차에 불과하고, 그 승인이나 조사범위 확대 통지는 조사대상자를 법인에서 개인으로 전환하거나, 개인에 대한 과세요건을 형성하는 효력을 가지지 않는다.2) 설령 쟁점세무조사가 적법하다 하더라도 쟁점세무조사 종결보고서에는 청구인 개인에 대한 과세사실이 기재되어 있지 않는 등 이 건 종합소득세 부과처분과 관련한 어떠한 내용도 확인되지 않는다. 「국세기본법」상 세금부과를 위해서는 ⅰ) 세무조사 사전통지, ⅱ) 조사범위확대통지, ⅲ) 세무조사결과통지, ⅳ) 과세예고통지가 이루어져야 하나, 어느 것 하나 적법하게 통지된 것이 없고, 이에 대하여 법원은 ‘과세요건의 형성에 필수적인 절차를 전혀 거치지 아니한 채 이루어진 과세처분은 그 하자가 중대하고 명백하여 당연무효이다(대법원 2004.11.25. 선고 2003두13632 판결)’, ‘세무조사 사전통지 등 법이 정한 절차를 전혀 거치지 아니한 채 이루어진 과세처분은 납세자의 절차적 권리를 본질적으로 침해하는 것으로서 당연무효이다’(대법원 2014.6.26. 선고 2012두23808 판결)라고 판시한 바 있으므로,이 건과 같이 법인에 대한 조사만 진행하고 개인에 대한 과세요건 확정을 위한 어떠한 통지도 하지 않은 경우, 이는 필수적 절차를 거치지 않는 경우에 해당하여 그 절차에 중대하고 명백한 하자가 있어 무효이다.(나) 과세관청은 세무조사 종결일(2019.12.25.) 이후 보충조서를 작성(2020.1.8.)하였는바, 이는 이 건 과세처분의 근거가 된 과세자료가 조사권한이 소멸된 상태에서 작성된 것에 해당하여 이를 근거로 과세한 처분은 위법하다.1) 세무조사 종결 이후에는 조사권한이 소멸하며, 그 이후 작성된 과세자료는 법적 효력을 가질 수 없다. 세무조사는 「국세기본법」 및 관련 규정에 따라 법령이 정한 조사기간 내에서만 허용되는 행정작용이며, 조사종결 통지 또는 조사종결일을 기하여 조사권한은 당연히 소멸한다. 따라서 조사종결일 이후에는 과세요건의 추가 형성, 조사결과의 보완, 조사 관련 문서의 신규 작성 등 일체의 조사행위가 허용되지 않는다. 그럼에도 불구하고 과세관청은 이 건 세무조사가 2019.12.25. 종결되었음에도, 조사권한이 이미 소멸한 이후인 2020.1.8.에 이르러 보충조서를 작성하였다. 이는 조사권한이 존재하지 아니한 상태에서 이루어진 행위로서, 해당 보충조서는 처음부터 법적 효력이 없는 문서에 해당한다. 이에 관하여 대법원은 “법령이 정한 권한이 소멸된 이후에 이루어진 행정행위는 그 하자가 중대하고 명백하여 당연무효이다”라고 판시한 바 있다(대법원 2011.10.13. 선고 2010두24371 판결).2) 쟁점세무조사와 관련한 보충조서의 실제작성일이 2020.1.8.임에도 과세관청은 이를 은폐하기 위하여 작성일을 기재하지 아니하였다. 과세관청은 2019.12.27. 통보된 과세사실판단자문 결과를 반영하면서도 신청일(2019.12.15.)만 기재하여 마치 적법한 조사기간 내에 작성된 문서인 것처럼 외관을 형성하였다.3) 공문서가 그 작성 시기나 경과를 사실과 다르게 기재하여 문서의 의미나 효력을 오인하게 하는 경우 해당 문서는 공문서로서의 추정력을 상실하며 그 자체로 신빙성을 인정할 수 없다. 따라서 해당 보충조서는 과세처분의 근거로 사용될 수 없고, 유일한 근거가 배척됨에 따라 이 건 부과처분은 위법한 처분에 해당한다.4) 특히 이 건 보충조서는 조사종결 이후에 작성되었음에도 그 시점을 은폐하였고, 조사종결일 이후에 도출된 과세사실판단자문 결과를 소급하여 반영함으로써, 적법한 조사기간 내에 형성된 과세자료인 것처럼 외관을 형성하였다. 이는 문서의 성립과정 자체가 왜곡된 경우에 해당하므로 그 자체로 과세처분의 근거자료로서의 신빙성을 인정할 수 없다. 따라서 공문서가 그 작성 시기나 형성과정을 사실과 다르게 기재하여 문서의 의미나 법적 효력에 관하여 상대방 또는 제3자를 오인하게 하는 경우, 해당 문서는 공문서로서의 추정력과 신빙성을 상실한다는 것이 확립된 법리이다.(다) 과세관청은 쟁점세무조사 중지기간 중 과세사실판단 자문을 신청하면서 필수 요건인 ‘납세자 동의서’가 존재하지 않음에도 검토표에 ‘동의서 첨부 사실을 확인했다’는 허위사실을 기재하였으므로 과세사실판단 자체에 중대하고 명백한 절차적 하자가 있어 이는 당연무효가 되는 것이고 이에 근거한 부과처분 또한 당연무효에 해당한다.1) 과세관청은 세무조사 중지기간 중 과세사실판단 자문을 신청하면서 필수 요건인 납세자 동의서가 존재하지 아니함에도, 검토표에 ‘동의서 첨부 사실을 확인했다’는 허위사실을 기재하였으므로, 과세사실판단 자체에 중대하고 명백한 절차적 하자가 있어 당연무효이고, 이에 근거한 이 건 부과처분 또한 당연무효이다.2) 과세사실판단 자문은 세무조사 과정에서 사실관계의 판단이 곤란한 경우, 조사부서가 상급기관 또는 내부 심의기구에 자문을 요청하여 과세요건 형성의 핵심 판단 근거로 삼는 절차로서, 그 결과는 조사결과 확정 및 과세처분의 직접적 근거로 활용된다. 따라서 과세사실판단 자문은 단순한 내부 참고자료가 아니라, 과세요건 형성에 실질적으로 영향을 미치