배우자의 근무상 형편 등 부득이한 사유로 쟁점주택에 거주하지 못한 경우 거주한 것으로 보아 장기보유특별공제 적용시 소득세법 제95조 제2항의 표2에 따른 장기보유특별공제율을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

청구인 세대는 쟁점주택 보유기간 동안 쟁점주택에 거주한 사실이 없으므로 청구주장을 받아들이기는 어려움 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구인은 1994.8.4. OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 취득하였는데 동 주택에 대하여 2017.5.2. 관리처분계획이 인가됨에 따라 2024.12.10. 조합원입주권 상태에서 이를 양도한 후 2024년 귀속 양도소득세 신고 시 장기보유특별공제를 적용하면서 「소득세법」 제95조 제2항의 표2에 따른 공제율(보유기간 공제율 40%, 거주기간 공제율 40%)을 적용하였다.나. 처분청은 2025.5.22.~2025.6.10. 기간 동안 청구인에 대한 양도소득세 세무조사를 실시한 결과, 청구인이 쟁점주택 취득 후 동 주택에 거주하지 아니한 사실을 확인하고 「소득세법」 제95조 제2항의 표1에 따른 일반 보유기간별 공제율(30%)로 장기보유특별공제액을 경정하여 2025.6.17. 청구인에게 2024년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.다. 청구인은 이에 불복하여 2025.9.15. 이의신청을 거쳐 2026.1.19. 심판청구를 제기하였다.2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장청구인은 1994년 8월 임차인이 거주하고 있던 기간 중에 쟁점주택을 취득하였고, 배우자인 A이 당시 B㈜[현 C㈜]의 반도체 연구소 및 생산공정의 엔지니어로 근무하다가 1996년 7월 일본 OOO 소재 회사의 영업팀으로 근무처를 변경하면서 쟁점주택에 거주하지 못하게 되었는바, 청구인이 쟁점주택에 거주하지 못한 것은 배우자의 ‘근무지 이전’이라는 부득이한 사유가 있었기 때문이므로 장기보유특별공제액 산정 시 1세대 1주택에 대한 「소득세법」 제95조 제2항의 표2에 따른 장기보유특별공제율(80%)을 적용함이 타당하다.나. 처분청 의견(1) 청구인이 배우자의 해외 근무로 쟁점주택에 거주하지 못한 기간은 장기보유특별공제액 산정 시 거주기간 계산과 무관하다. 「소득세법」 제95조 제2항 및 같은 법 시행령 제159조의4에 따르면 장기보유특별공제율은 주택의 보유기간과 거주기간을 각각 고려하여 적용되는데, 여기서 ‘거주기간’이란 실제로 해당 주택에 거주한 기간을 의미한다. 또한, 2021년 이후 1세대 1주택 고가주택에 대한 장기보유특별공제는 보유기간 요건과 거주기간 요건을 합산하여 계산하도록 개정됨에 따라 이전과 달리 단순히 장기 보유한 것만으로는 80%의 공제율이 적용되지 아니하고 실제 거주한 기간을 포함하게 되었다. 즉, 부득이한 사유 유무와 관계없이 거주기간은 실제 거주한 기간을 의미한다. 따라서 1세대 1주택 비과세 판정 시 고려되는 근무상의 형편 등의 사유는 장기보유특별공제액 산정 시의 거주기간 계산과는 무관하다.(2) 한편, 청구인과 그 가족은 쟁점주택 보유기간 동안 쟁점주택을 주소지로 하여 주민등록이 되어 있지 아니하고 실제 거주에 대한 입증책임은 청구인에게 있음에도 청구인은 쟁점주택에 실제 거주하였음을 입증할 만한 어떠한 증빙서류도 제시하지 아니하여 청구인 가족이 공부상 기재와 달리 실제로 쟁점주택에 거주하였다고 보기도 어렵다. 따라서 청구인 배우자의 해외 근무 등의 사유로 쟁점주택에 실제 거주하지 아니한 기간을 거주기간에 산입하여 장기보유특별공제율(80%)을 적용할 수 없다.3. 심리 및 판단가. 쟁점배우자의 근무상 형편 등 부득이한 사유로 쟁점주택에 거주하지 못한 경우 거주한 것으로 보아 장기보유특별공제 적용 시 「소득세법」 제95조 제2항의 표2에 따른 장기보유특별공제율을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부나. 관련 법령 등(1) 소득세법제89조【비과세 양도소득】① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택제95조【양도소득금액과 장기보유특별공제액】① 양도소득금액은 양도차익에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 같은 표에 따른 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다.표1 보유기간 공제율 3년 이상 4년 미만 100분의 6 4년 이상 5년 미만 100분의 8 5년 이상 6년 미만 100분의 10 6년 이상 7년 미만 100분의 12 7년 이상 8년 미만 100분의 14 8년 이상 9년 미만 100분의 16 9년 이상 10년 미만 100분의 18 10년 이상 11년 미만 100분의 20 11년 이상 12년 미만 100분의 22 12년 이상 13년 미만 100분의 24 13년 이상 14년 미만 100분의 26 14년 이상 15년 미만 100분의 28 15년 이상 100분의 30 표2 보유기간 공제율 거주기간 공제율 3년 이상 4년 미만 100분의 12 2년 이상 3년 미만 (보유기간 3년 이상에 한정함) 100분의 8 3년 이상 4년 미만 100분의 12 4년 이상 5년 미만 100분의 16 4년 이상 5년 미만 100분의 16 5년 이상 6년 미만 100분의 20 5