쟁점주식의 1주당 순자산가치 산정시 쟁점부채를 자산가액에서 차감하여야 한다는 청구주장의 당부

계약서에 따르면 투자자가 풋옵션 행사를 위한 통지를 발송하여 매수의무자에게 도달한 경우 매매계약이 체결된 것으로 간주하는 규정(제8.2조)이 있고, 쟁점법인은 해당 통지를 00.00.00. 송달받은 것이 확인되는바, 쟁점부채는 평가기준일(00.00.02.) 당시 지급의무가 확정된 부채로 보기 어려움청구법인은 쟁점합의로 쟁점부채가 확정되었다고 주장하나, 계약서상 쟁점합의에 따른 매수청구권 행사일(00.00.00.)에 매수청구통지가 도달한 것으로 간주하는 규정(제1.2조)이 있어, 위 8.2조에 따라 쟁점합의일(00.00.00.)에 지급의무가 확정되었다고 볼 수 없음 심판청구를 기각한다. 1.처분개요가.청구법인은 2005.12.30. 설립되어 경영자문 및 경영컨설팅 서비스업을 영위하는 법인(A 지분율 70%, B 지분율 30%)으로 청구법인의 최대주주인 A 및 B와 특수관계인 C(이하 합하여 “쟁점법인 기존주주”라 한다)이 지분 100%를 보유한 D 주식회사(이하 “쟁점법인”이라 한다)가 2023.10.12. 실시한 제3자 배정 유상증자(이하 “쟁점유상증자”라 한다)에 단독으로 참여하여 쟁점법인의 발행주식 OOO주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 1주당 가액 OOO원에 인수하여 이를 취득하였다.나.서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인에 대한 주식변동조사를 실시한 결과, 청구법인이 쟁점주식의 1주당 가액을 산정함에 있어 쟁점법인의 순자산가액에서 차감한 유동성 파생상품부채(이하 “쟁점부채”라 한다) 합계 OOO원이 평가기준일(2023.10.12.) 당시 쟁점법인의 지급의무가 확정되지 않은 채무에 해당하는 것으로 보아 이를 쟁점법인의 순자산가액에 가산하여 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증법”이라 한다)상 보충적 평가방법에 따라 평가기준일 당시 쟁점법인 발행주식의 1주당 가액을 재산정하고, 쟁점법인 기존주주가 쟁점법인으로 하여금 특수관계에 있는 청구법인에게 주주 배정 방식이 아닌 제3자 배정 방식으로 쟁점유상증자를 실시하도록 결의하여 청구법인이 쟁점주식을 처분청 시가 대비 저가로 취득한 것으로 보아 「법인세법」상 부당행위계산부인 규정을 적용하여야 한다는 내용의 과세자료를 처분청에 통보하였다.다. 이에 따라 처분청은 상증법 시행령 제29조 제2항에 따라 쟁점유상증자로 청구법인이 분여받은 이익을 OOO원으로 산정한 후 이를 익금산입하여 2025.6.20. 청구법인에게 2023사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.라.청구법인은 이에 불복하여 2025.7.11. 심판청구를 제기하였다.2.청구법인 주장 및 처분청 의견가.청구법인 주장(1) 쟁점부채가 발생하게 된 경위는 다음과 같다.(가) 청구법인은 2016.11.25. E 유한회사(이하 “투자자”라 한다)와 F 주식회사(이하 “대상회사”라 한다)의 발행주식에 투자하기로 하는 주주간계약(이하 “쟁점주주간 계약”이라 한다)을 체결하면서, 대상회사에 투자한 후 5년 이내 대상회사를 기업공개(IPO)하지 못하여 투자자가 취득한 대상회사 발행주식 4,133,997주(이하 “대상주식”이라 한다)를 청구법인이 매수할 것을 청구하는 권리(이하 “매수청구권”이라 한다)를 행사하는 경우, 대상주식의 투자원금에 이자를 가산한 금액으로 이를 매수하기로 약정하였고, 2019.4.12. 쟁점주주간 계약서 1차 변경합의서를, 2020.2.4. 쟁점주주간 계약서 2차 변경합의서를 각각 체결하여 쟁점주주간 계약서의 계약당사자에 쟁점법인을 추가한 후 청구법인, 쟁점법인 및 투자자의 합의를 통해 대상회사의 기업공개 기한도 1년 연장할 수 있도록 하였다.(나) 이후 대상회사의 대규모 손실 및 유동성 부족 등 경영 실적악화로 대상회사의 기업공개가 불가능하게 되자 투자자는 쟁점법인에게 매수청구권을 행사하겠다는 의사를 통지하였고, 청구법인, 쟁점법인 및 투자자는 2021.11.8. 매수청구권 행사 개시시점 및 대상회사 기업공개기한을 1년 연장하기로 합의(이하 “기한연장합의”라 한다)하였다.(다) 한편, 투자자가 기한연장합의에 따른 매수청구권 행사 개시시점이 지난 2022.12.1. 쟁점법인에게 2023.3.16.자로 매수청구권을 행사하겠다는 의사를 통지하자 청구법인, 쟁점법인 및 투자자는 2022.12.16. 매수청구권 행사일을 2023.12.16.로 유예하고, 2024.1.16. 쟁점법인이 대상주식을 매매대금 OOO원에 매수하기로 하는 매수청구권 행사 합의(이하 “쟁점합의”라 한다)를 체결하였고, 쟁점법인의 기존주주가 보유한 쟁점법인 발행주식을 투자자에게 담보로 제공하기로 하였다.(라) 이후 투자자는 2023.12.15. 쟁점법인에게 매수청구권을 행사한다는 내용의 통지를 하였고, 이에 따라 쟁점법인은 2024.1.16. 투자자에게 쟁점합의에 따른 채무(매매대금 OOO원)를 이행함과 동시에 대상주식의 소유권을 이전받았다.(마) 한편, 쟁점법인은 투자자의 매수청구권 행사 요건이 기업회계기준에 따른 파생상품 요건을 충족한 것으로 판단하여 2021사업연도 재무상태표상 이를 파생상품부채(쟁점부채)로 계상하고 해당 금액을 비용으로 회계처리하되 「법인세법」상 손익귀속시기가 도래하지 않은 것으로 보아 손금불산입(유보)으로 세무조정을 하였다.(2) 쟁점부채는 상증법 시행규칙 제17조의2 제3호 나목의 평가기준일 현재 지급의무가 확정된 부채에 해당하므로 쟁점법인의 순자산가액 산정 시 이를 차감하여야 한다.(가) 상증법 시행령 제55조 제1항에서는 ‘순자산가액은 평가기준일 현재 법인의 자산을 법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액에서 부채를 차감한 가액’으로 규정하고 있고, 제2항에서는 ‘제1항의 규정을 적용함에 있어서 기획재정부령이 정하는 무형고정자산ㆍ준비금ㆍ충당금 등 기타 자산 및 부채의 평가와 관련된 금액은 이를 자산과 부채의 가액에서 각각 차감하거나 가산한다’고 규정하고 있으며, 같은 법 시행규칙 제17조의2 제3호 나목은 평가기준일 현재 지급의무가 확정된 금액은 부채에 가산하도록 규정하고 있다.(나) 법원은 비상장주식에 대한 상증법상 보충적 평가방법 중 순자산가액 평가방법의 경우 법인이 청산될 것을 가정한 것이라는 입장(대법원 1996.2.15. 선고 94누16243 판결)으로, 비상장주식의 가액을 평가하기 위하여 순자산가액을 산정함에 있어 자산가액에서 공제되는 부채는 그 산정 당시 당해 회사가 종국적으로 부담하여 이행하여야 할 것이 확실하다고 인정되는 채무를 뜻한다고 할 것이고(대법원 2003.5.13. 선고 2002두12458 판결, 같은 뜻임), 이러한 취지에서 퇴직금추계액도 사원의 퇴직이라는 발생 시점이 불확정적일뿐 언젠가는 발생할 것이 예정되어 있는 이상 해당 시점에서 발생하는지 여부를 별론으로 하더라도 언젠가는 퇴직금을 지급할 의무를 부담하는 것이므로 이를 확정적인 부채로 인정할 수 있다고 판시(서울고등법원 2021.3.19. 선고 2020누38234 판결)하였는바, 청산가치에 의한 평가방법을 전제로 평가기준일 현재 언젠가는 발생될 것이 예정되어 있는 현존하는 채무로써 종국적으로는(언젠가는) 당해 회사가 부담하여 이행하여야 할 것이 확실하다고 인정되는 채무에 해당한다면 그 채무는 상증법 시행규칙 제17조의2 제3호 나목의 평가기준일 현재 지급의무가 확정된 금액에 해당한다고 할 것이다.(다) 2022.12.16. 체결된 쟁점합의에 따라 쟁점부채에 따른 채무이행금액과 이행시점이 확정된 이상 평가기준일(2023.10.12.) 현재 쟁점부채는 이미 현존하는 채무로서 쟁점법인이 반드시 지급해야 함이 확정적이므로 종국적으로 부담하여 이행하여야 할 것이 확실하다고 인정되는 채무에 해당한다.1) 쟁점합의에 따르면 투자자가 2023.12.16. 매수청구권을 행사하고 쟁점법인이 투자자에게 대상주식 매매대금 OOO원을 지급하기로 확정하였고, 쟁점합의에 따른 쟁점법인의 채무 이행을 담보하기 위해 쟁점법인 발행주식을 투자자에게 담보로 제공하기로 합의한 후 투자자의 매수청구권 행사가 이미 확정된 사실임을 전제로 하여 2023.3.15. 쟁점법인의 기존주주와 투자자가 쟁점법인 발행주식에 대하여 근질권설정계약을 체결하였는바, 쟁점부채는 평가기준일 당시 쟁점법인이 이행하여야만 하는 확정적인 채무라는 점이 확인된다.2) 또한 쟁점부채가 현존하는 부채인 이상 투자자가 매수청구권을 행사하였음에도 쟁점법인이 쟁점합의에 따른 채무를 이행하지 않을 경우 담보물인 쟁점법인 발행주식의 처분 등을 통해 쟁점법인의 채무 이행을 강제하고 있는 이상 평가기준일 당시 쟁점법인의 채무 이행이 확정적으로 예정되어 있었던 상태로 볼 수 있다.3) 실제 투자자는 쟁점합의에 따라 평가기준일 이후 2023.12.16. 매수청구권을 행사하였고, 그에 따라 2024.1.16. 쟁점법인이 쟁점부채에 상당하는 금액을 투자자에게 지급하였다는 사실을 고려하면 쟁점부채가 평가기준일 현재 현존하는 부채로서 그 지급의무가 확정된 채무에 해당한다는 점이