청구인의 쟁점토지의 실지 취득가액(매입가액)을 쟁점매매계약서상 금액으로 볼 수 있는지 여부 등

쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인과 차례로 쟁점토지에 대한 권리의무승계계약을 체결한 ㅇㅇㅇ 등이 이를 근거로 각자 양도소득세 신고·납부의무를 이행한 것으로 확인될 뿐만 아니라, ㅇㅇㅇ장의 분양사실확인원 등에 의하면, 쟁점토지에 대한 명의자가 청구인으로 변경되었고, 이에 대한 대금이 완납되었으며, 해당 금액으로 쟁점토지에 대한 등록세 등을 납부한 것으로 타나는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움쟁점②에 대하여 살피건대, 단순히 과세관청의 과세처분의 지연이라는 사정만으로 납세의무자에게 정당한 사유가 있다거나 과세관청의 납부불성실가산세 부과처분이 신의성실의 원칙에 반한다고 볼 수 없는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기 어려움 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구인은 2003.8.29. 인천광역시 서구 OOO 소재 대지 461.7㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)에 대한 소유권이전등기를 하였고 2005.10.7. 그 위에 연면적 1,514.91㎡의 제2종근린생활시설(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축하여 임대사업에 이용하다가, 2019.7.23. a 외 2명에게 쟁점토지와 쟁점건물을 합계 OOO원에 양도한 후 2019.9.30. 이에 대한 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.나. 처분청은 청구인의 양도소득세 신고 자료를 처리하는 과정에서 쟁점토지의 매입가액을 신고가액 OOO원이 아닌 A(현 B가 C와 통합되기 이전의 법인으로, 이하 “D”라 한다)의 분양가액 OOO원과 쟁점토지를 취득할 수 있는 권리가 매매되는 과정에서 누적된 프리미엄 합계 OOO원의 총 합계 OOO원으로 산정하는 등 취득가액을 경정하여, 2025.4.8. 청구인에게 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.다. 청구인은 이에 불복하여 2025.6.24. 이의신청을 거쳐, 2025.11.11. 심판청구를 제기하였다.2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) 청구인이 b과 작성한 부동산매매계약서(이하 “쟁점매매계약서”라 한다), 금융증빙자료 및 그간의 종합소득세 신고자료에 의하면 청구인의 실제 쟁점토지 매입가격이 OOO원임이 확인되므로, 청구인이 쟁점토지의 매입가액을 OOO원으로 신고한 것은 타당하다.(가) D로부터 쟁점토지를 최초 분양받은 자는 c이고, 이후 c의 권리·의무가 e에게 승계되었으며, 공식적으로 나타나지는 않으나 해당 권리·의무는 부동산매매계약을 통해 d, b, 청구인 순으로 인계되었다.(나) 청구인이 2003.8.28. b으로부터 쟁점토지를 OOO원에 매매한 사실은 쟁점매매계약서를 통해 확인되고, 청구인 명의의 예금계좌에서 해당 매매대금이 수표로 지급된 것도 확인되므로, 청구인이 신고 당시 반영한 쟁점토지의 총 취득가액 OOO원은 그대로 인정되어야 한다.(다) 한편, 청구인은 그간 부동산 임대사업자로서 종합소득세를 신고하면서 쟁점토지의 장부가액 OOO원을 기준으로 삼았고, 이에 대하여 과세당국이 과세처분을 한 사실도 없는바, 양도소득세와 관련해서도 OOO원을 인정함이 타당하다.(라) 처분청의 의견에 대하여 반박하면, 다음과 같다.1) 처분청은 분양권의 전매가 실물이 없는 계약이고, 쟁점매매계약서상 b의 주민등록번호 중 한 자리에 오류가 있으며, 중개인도 기재되어 있지 않아 해당 계약서를 진실된 계약서로 인정하기 어렵다는 의견이나, 주민등록번호는 착오로 잘못 기재될 수 있는 것이고, 중개인이 있더라도 매매계약서에 기재하지 않는 경우도 있는바, 이러한 이유만으로 청구인의 신고가액을 부인하는 것은 타당하지 않다.2) 처분청은 쟁점매매계약서 하단의 광고업체인 이삿짐센터 “E”가 2004년 1월 이후 개업한 사업자인 것으로 확인되므로, 쟁점매매계약서가 쟁점토지 취득 당시가 아닌 사후에 작성된 것으로 보인다고도 지적하나, 사업자가 사업자등록을 늦게 하는 경우도 있고, 원활한 사업활동을 위해 사업자등록을 하기 전에 광고를 먼저 게재하여 배포할 수도 있는 것이므로, 이를 이유로 쟁점매매계약서의 진위성을 부인하는 것도 타당하지 않다.3) 마지막으로 처분청은 d, b이 양도소득세를 신고한 사실도 없고, 청구인이 제출한 금융증빙자료상 매매대금 액수 및 지급일자가 매매계약서와 불일치하며, 출금된 금액이 누구에게 귀속되었는지 확인할 수 없으므로, 해당 금융증빙자료만으로 청구인이 b에게 매매대금을 지급하였다고 보기 어렵다고도 지적하나, 청구인이 쟁점토지를 매입할 당시에는 지금과 달리 수표로 출금·지급하는 것이 빈번하였고, 시간이 많이 경과한 현재로서는 은행이 해당 수표를 추적하기 어려워 전체적으로 취득금액을 입증한 것인바, 이를 감안할 필요가 있다. 개인인 청구인과 달리 과세당국은 해당 수표를 추적할 수 있으므로, 지금이라도 이를 확인하여 인정해주어야 한다.(2) 청구인은 2019년 귀속 양도소득세를 법정기한 내 신고하였으나, 처분청은 부과제척기간이 임박한 2025년 4월경에서야 이 건 과세처분을 하였고, 이에 따라 가산세액이 과도하게 증가하였는바, 최소한 가산세만이라도 감면되어야 한다.나. 처분청 의견(1) 쟁점토지의 매입가액이 OOO원이라는 청구주장을 객관적으로 입증할만한 증빙자료는 확인되지 않으므로, D 등에 의하여 작성된 각종 계약서 및 관련자들의 양도소득세 신고내용을 근거로 쟁점토지의 매입가액을 재산정한 이 건 과세처분은 적법하다.(가) D는 2002.3.6. 쟁점토지를 취득할 수 있는 권리를 c에게 OOO원에 최초 분양하였고, 청구인은 최종적으로 2003.8.29. 쟁점토지를 취득하였는데, 청구인 명의로 소유권이전등기가 완료되기 전까지 쟁점토지의 매매는 사실상 쟁점토지를 취득할 수 있는 권리의 매매이었다.(나) 청구인은 양도소득세 신고 당시 D와 수분양자 c 간 용지매매계약서, c과 e 간 권리의무승계계약서 및 쟁점매매계약서를 제출하였고, 이후 이의신청 과정에서 e과 청구인 간 권리의무승계계약서, d와 b 간 부동산매매계약서 및 금융증빙자료를 추가로 제출하였는데, 처분청은 다음과 같은 점에서 쟁점매매계약서상 매매대금을 취득가액으로 인정할 수 없다고 보고, D와 c 간 계약서, c과 e 간 권리의무승계계약서, e과 청구인 간 권리의무승계계약서 및 c·e의 양도소득세 신고내용을 근거로 하여, 청구인의 쟁점토지 매입가액을 OOO원으로 보았다.1) 먼저, 쟁점매매계약서는 매매계약서가 아닌 임대계약서 양식으로 되어 있고 특약사항이나 중개인이 기재되어 있지 않으며, 매도인(임대인) b의 주민등록번호에도 오류가 있고, 매수인(임차인)은 청구인이 아닌 청구인의 배우자 f로 기재되어 있다. 실물이 아닌 부동산에 관한 권리를 거래하는 계약서를 작성할 때에는 일반 거래보다 더 신중하게 계약의 내용과 조건을 기재·처리해야 하나 쟁점매매계약서는 이와 같은 불완전함이 확인되는바, 신빙성이 없다.2) 또한 쟁점매매계약서 하단에는 이삿짐 전문업체 E의 전화번호(OOO)가 기재되어 있는데, 국세청 통합전산망(NTIS)에서 해당 상호와 전화번호를 확인한 결과, 관련 업체들은 아래 ＜표1＞과 같이 2004년 이후에 개업을 한 것으로 확인되는바, 이를 감안하더라도 처분청은 쟁점매매계약서를 신뢰할 수 없다.＜표1＞ 쟁점매매계약서 하단 광고 관련 사업자등록 현황OOO3) 한편, 청구인이 제출한 계약서들의 내용을 정리하면 아래 ＜표2＞와 같은데, 이에 의하면 동일 물건에 대한 계약임에도 이전 거래의 양수인과 이후 거래의 양도인이 일치하지 않고, 청구인이 누구로부터 쟁점토지를 취득하였는지조차 명확히 확인되지 아니하는바, 해당 계약서들도 청구주장에 대한 객관적인 증빙자료에 해당한다고 볼 수 없다.＜표2＞ 청구인이 제출한 매매계약서의 주요 내용(단위 : 원)OOO4) 반면, 아래 ＜표3＞과 같은 국세청 통합전산망(NTIS)상 양도소득세 신고내역에 의하면, c이 D로부터 쟁점토지를 분양받았고, 수분양자 c이 e에게 이를 양도한 후, e이 이를 다시 청구인에게 양도한 것으로 확인된다.＜표3＞ 국세청 통합전산망상 쟁점토지 관련 양도소득세 신고 내역OOO5) 참고로, 쟁점토지가 거래되던 2003년 당시 법령은 취득가액을 기준시가로 규정하고 있으나 그 예외로서 부동산을 취득할 수 있는 권리 또는 취득 후 1년 이내의 부동산에 대해서는 취득가액을 실지거래가액으로 신고하도록 하고 있으므로, 수분양자 c의 분양가액(OOO원)에 c·e·청구인으로 이어지는 거래에서 반영된 프리미엄(양도차익) 합계 OOO원을 합한 총 합계액 OOO원을 청구인의 쟁점토지 매입가액으로 본 것은 타당하다.(다) 청구인은 쟁점건물에서 임대사업을 영위하면서 종합소득세를 신고하였고 이 때 쟁점토지의 장부가액을 OOO원 상당액으로 계상하였으므로 양도소득세 부과 시에도 이를 인정하여야 한다고 주장하나, 납세의무자가 작성하여 비치하고 있는 장부에 자산가액이 기재되어 있다 하더라도 그 기재가 자산의 실지취득가액을 확정시키는 효과가 있다고 볼 수 없고(대법원 1988.2.9. 선고 OOO 판결), 따라서 납세자가 장부를 기장한 경우에도 증빙서류 등에 의하여 확인되는 경우에