① 당초 신고한 지목변경 공사의 추정원가를 과세표준으로 보는 것이 타당함② 쟁점토지(91필지) 중 일부(56필지)는 구 지특법 §78①을 적용하는 것이 타당함 ③ 건설자금이자를 과세표준에서 제외할 수는 없음

① 청구법인이 법인장부로 확인된 사실상 취득가격을 입증하지 못한 이상, 당초 신고한 과세표준을 경정할 수 없음(대법원 2011.6.10. 선고 2008두18779 판결)② 쟁점토지 중 구 지특법 §78①의 시행기간 내에 착공한 부분은 개정 후에 지목변경이 이루어졌다 하더라도 구 지특법 §78①을 적용하는 것이 타당함(조심 2021지3243, 2021.12.30.)③ 청구주장은 법인장부로 확인되는 사실상 취득가격이 적용된다는 것을 전제로 하고 있으므로, 쟁점①이 기각된 이상, 해당 청구주장은 받아들이기 어려움 서울특별시 강서구청장이 2023.10.25. 청구법인에게 한 취득세 등 합계 OOO원에 대한 경정청구 거부처분은 구「지방세특례제한법」(2014.12.31. 법률 제12955로 개정되기 전의 것) 제78조 제1항에 따라 ＜별지2＞ 기재 토지의 지목변경 취득세를 감면하는 것으로 하여 그 세액을 경정하고, 나머지 청구는 이를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 2007.12.28. 서울특별시 고시 OOO로 AAA 도시개발구역 지정 및 개발계획 수립 고시에 따라 서울특별시 OOO 등 일대 AAA 도시개발사업(이하 “이 건 사업”이라 한다)의 지구단위계획구역 부지 3,655,783㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)에 대한 토지조성공사를 실시한 후, 2018.10.19.부터 2023.1.27.까지 이 건 토지 중 사용승인을 받은 토지 91필지 341,818㎡(이하 “쟁점토지”라 하고, 상세내역은 ＜별지1＞ 기재)에 대하여 청구법인이 2013.8.20. 작성한 AAA지구 추정 택지조성원가재산정 결과보고에 따른 단위당(㎡) 조성원가 OOO원을 기준으로 산정한 과세표준 OOO원에 「지방세법」제15조 제2항에 따른 중과기준세율(2%) 및 「지방세특례제한법」제85조의2 제1항에 따른 감면 등을 적용하여 산출한 지목변경에 따른 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.나. 청구법인은 2023.10.25. AAA지구 부지의 지목변경 공사에 따른 쟁점토지에 대한 취득세 과세표준에 대하여 「지방세법 시행령」제17조 단서 조항에 따라 법인장부로 토지의 지목변경에 든 비용이 입증되는 경우에 해당하므로 그 비용을 과세표준으로 보아야 한다는 등의 이유로 기 납부한 취득세 등을 환급해달라는 취지로 경정청구를 하였으나, 처분청은 2023.12.19. 이를 거부하였다.다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.3.6. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 청구법인의 쟁점토지 지목변경에 따른 취득세 과세표준은 법인장부를 기준으로 산정되어야 한다.청구법인은 당초 쟁점토지의 지목변경에 대한 취득세를 신고할 당시 취득세 과세표준을 2013.8.20.자 AAA지구 추정 택지조성원가 재산정 결과보고의 내역서에 나타난 예상 택지조성원가를 기준으로 산정하여 신고·납부한바 있다.그러나, 위와 같은 예상 택지조성원가는 국민주택 등의 건설용지를 조성하는 데 소요되는 직·간접비와 투자비에 대한 자본비용을 사전적으로 산출한 추정원가로서 확정된 공급 기준가격으로, 이와 같은 조성원가의 산정시기는 기본설계를 종료한 이후에 최초로 택지를 공급하고자 하는 때이다. 따라서 택지조성원가는 택지 공급시기에 예상되는 조성원가를 미리 산정하는 것이므로 실제 대지조성이 완료된 시점에서의 지목변경에 소요된 비용과는 차이가 발생할 수밖에 없다.또한 「지방세법」제10조 및 동법 시행령 제17조, 제18조에 의하면 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 하고, 토지지목이 변경된 경우의 취득가액은 지목변경으로 인하여 증가한 가액이 된다. 그리고, 지목변경으로 인한 취득가액으로서의 과세표준은 객관적 증거서류에 의하여 법인이 작성한 법인장부가 존재하는 경우에는 그 법인장부에 기재된 지목변경 비용을 기준으로 하여야 한다.그리고 청구법인은 서울특별시의 토지개발정책에 따른 각종 택지개발 사업 등에 대한 경험이 많고, 청구법인의 법인장부는 매년 외부감사인으로부터 적정의견을 받아 왔으므로, 청구법인이 AAA지구의 택지조성공사를 위하여 지출한 비용의 집계내역은 청구법인의 법인장부로서 입증이 가능한 것이다. 이와 관련하여 서울고등법원 2023.5.11. 선고 2021누56352 판결에서도 법인장부에 의하여 취득세 과세표준을 산정할 수 있다고 판단한 바 있다. 따라서 처분청은 청구법인의 법인장부를 근거로 취득세 과세표준을 산정하였어야 함에도, 예상 택지조성원가를 기준으로 취득세 과세표준을 산정하였으므로 이는 위법하다.한편, 처분청은 AAA지구 사업기간이 계속 연장되어 왔고, 청구법인이 주장한 택지조성원가는 2022.12.31.까지 확인된 택지조성비용에 해당하므로 향후 AAA지구 도시개발사업의 준공검사가 완료되는 시점까지 추가로 투입될 비용을 고려할 때 현재 법인장부 금액으로 전체 사업면적에 대한 택지조성원가를 산출하는 것은 불합리하다는 의견을 제시하고 있다.그러나 AAA지구 1공구에 대하여 2019.12.30. 사업준공 인가를 하였고, AAA지구 2공구 역시 2022.3.25. 사업준공 인가가 있었는바, 이로써 이 사건 전체 사업부지 총 면적의 약 79%에 해당하는 상당수 토지들에 대하여 사업준공이 완료되었다.따라서, 쟁점토지 지목변경에 대한 취득세가 AAA지구 단지조성공사와 관련하여 향후 투입될 비용을 2013년 당시 예측한 추정원가를 기준으로 산정하여 납부된 것임을 고려하면, 청구법인이 이 사건 경정청구 당시 금액을 기준으로 실제 지출된 법인장부에 따라 과세표준을 산정한 것은 실질과세원칙에 부합하는 것으로서 정당하다고 할 것이다.(2) 또한, 쟁점토지 중 일부(56필지, ＜별지2＞ 참조)는 산업단지 내 필지로서, 일반적 경과조치 규정에 따라 기존 취득세 면제규정이 적용되어야 한다.청구법인은 AAA지구 내 이 사건 토지 중 사업시설용지와 지원시설용지에 대하여 「지방세특례제한법」제78조 제1항에 따른 산업단지 감면을 적용하여 취득세를 신고·납부하였다. 그런데 AAA지구 내 유상공급 부지는 산업시설용지, 지원시설용지 외에 기타시설용지(주차장 용지 등)이 존재한다.그리고, 개정 전 「지방세특례제한법」제78조 제1항에 따르면, 산업단지개발사업의 시행자가 산업단지를 조성하기 위하여 2014년 12월 31까지 취득하는 부동산에 대하여는 취득세가 면제되었다.그런데 「산업입지 및 개발에 관한 법률」(이하 “산업입지법”이라 한다) 제2조에 따르면 ‘산업단지’란 각종 산업 관련 시설 및 이와 관련된 교육·연구·업무·지원·정보처리·유통 시설 및 이들 시설의 기능 향상을 위하여 주거·문화·환경·공원녹지·의료·관광·체육·복지 시설 등을 집단적으로 설치하기 위하여 포괄적 계획에 따라 지정·개발되는 일단의 토지라고 할 수 있다.따라서 청구법인이 당초 쟁점토지에 대한 취득세를 신고·납부할 당시 산업단지 감면대상에서 제외하였던 ‘주차장’, ‘위험물 저장 및 처리시설’의 경우에도 산업단지 감면대상에 포함하는 것이 타당하다.한편, 조세심판원은 산업단지의 경우 일반적 경과조치 규정에 따라 2014.12.31. 이전에 착공한 경우 위 감면규정이 개정된 경우에도 기존 감면규정에 따라 취득세 감면혜택을 적용하여야 한다고 판단한바 있다(조심 2021지3243, 2021.12.30. 외 다수, 같은 뜻임).결국, 청구법인의 쟁점토지 중 주차장, 위험물 저장 및 처리시설의 취득은 위 일반적 경과조치 규정에 따라 2014.12.31. 이전에 착공이 되었으므로, 산업단지 감면대상에 포함하는 것이 타당하다.(3) 쟁점토지 매입 등과 관련된 건설자금 이자는 취득세 과세표준에서 제외하여야 한다.「지방세법」제18조 제1항은 취득가격 또는 연부금액은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 건설자금에 충당한 차입금의 이자 또는 이와 유사한 금융비용 등의 간접비용의 합계액으로 한다고 규정하고 있다.따라서, 사업대상 부지 매입 등을 위한 비용(용지비, 보상비, 이주대책비 등)에 대한 건설자금 이자는 쟁점토지의 지목변경을 위한 비용에 해당하지 아니하므로, 위와 같은 건설자금 이자는 쟁점토지의 취득세 등의 과세표준에 포함되지 않는다고 보아야 한다.그런데 청구법인이 이미 납부한 쟁점토지의 취득세액에는 사업대상 부지 매입 등을 위한 비용(용지비, 보상비, 이주대책비 등)에 대한 건설자금이자 금액 OOO원이 포함되어 있다. 따라서 처분청은 위 금액을 쟁점토지 취득세 과세표준에서 제외하여야 한다.나. 처분청 의견(1) 쟁점토지의 지목변경 취득에 따른 취득세 과세표준을 청구법인의 법인장부를 통하여 정확히 산정할 수 없으므로, 예상 택지조성원가를 기준으로 쟁점토지의 과세표준을 산정한 것은 정당하다.쟁점토지의 지목변경에 든 비용을 정확하게 산정하기 위해서는, 개별 토지별로 사용승낙일을 기준으로 청구법인의 법인장부에 의하여 해당 토지의 택지조성 공사비용을 확인한 후 이를 합산하여야 하나, 청구법인이 지목변경에 든 비용을 개별 토지별로 법인장부에 계상하지 아니하였고, 추후에라도 전체 비용에서 쟁점토지 지목변경에 소요된 비용만을 정확히 구분해 내는 것이 불가능하여 개별 토지의 정확한 조성원가를 알 수 없어,