임대보증금에서 손해배상 등 채권을 우선 상계하였으므로, 상계되지 않는 매출채권에 대한 대손세액공제를 적용해야 한다는 청구주장의 당부

청구인이 변제충당의 합의 증빙으로 제시한 차용증 상 1,000만원을 대여한다는 내용만 있을 뿐, 임대차보증금에 충당되는 채권과 그 순서에 대해 아무런 기재가 없으므로, 손해배상채권이 미수임대료에 우선하여 충당된다는 합의가 있었다는 사실이 불분명한 점, 임대차보증금액보다 임차인의 채무액이 많은 경우에는 「민법」 제477조에서 정하고 있는 법정충당순서에 따라야 할 것인바, 이행기가 먼저 도래한 임차료채권이 우선 충당된다고 할 것인 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구인은 충청남도 OOO호(이하 “임대부동산”이라 한다)에서 부동산임대업을 영위하는 것으로 사업자등록(상호 : A)하고, 손해배상금 등 채권을 임대보증금에서 우선 충당하고 남은 미수 임대료 매출채권 OOO원에 대하여 대손세액공제를 적용(세액공제액 OOO원)하여 2024년 제2기 부가가치세를 신고·납부하였다.나. 처분청은 청구인의 신고내용을 검토한 결과, 청구인이 미수 임대료 매출채권을 임대보증금에서 우선 충당하여야 한다고 보고, 충당되지 않은 임대료 매출채권 OOO원에 대한 대손세액공제를 적용하여 2025.6.9. 청구인에게 2024년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였다.다. 청구인은 이에 불복하여 2025.9.7. 심판청구를 제기하였다.2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) 이 건 심판청구와 관련된 사실관계는 다음과 같다.(가) 청구인은 2023.11.21. B과 임대부동산의 임대차계약을 체결하였는데, 보증금은 OOO원이고, 임대료는 OOO원이며, 관리비는 OOO원(부가가치세 각 별도)이다.(나) B은 명의상 사업자이고, 실사업자는 C였는데, C는 임대차 계약 직후부터 임대료와 관리비를 미납하였고, 청구인은 2024년 6월 미수 임대료가 보증금을 초과함을 인지하여 2024년 8월 위 임대차계약을 해지하고, 임대부동산 내부 시설을 철거하였다. 이 과정에서 임차인이 부담하여야 할 손해배상액(원상복구비용과 부동산 중개수수료) 등이 발생하였다.(다) 실사업자인 C는 미수 임대료, 관리비, 지연이자, 원상복구비용 및 중개수수료 채무가 있다는 사실을 모두 인정하고 손해배상을 약속하였으며, 미수 임대료, 관리비 등보다 손해배상액과 지연이자를 임대보증금에 우선하여 상계할 것을 합의하였다. 이에 따라 청구인은 법무법인을 통하여 OOO원의 차용을 내용으로 하는 차용증 공정증서를 작성하였는데, 이는 양 당사자 간 새로운 금전소비대차계약을 체결한 것이 아니라, 실사업주로 하여금 채무의 존재를 각인시킴으로써 청구인 나름대로 미수 임대료 및 손해배상액 등 채권을 보전하기 위함이었다.(라) 청구인은 2024년 11월경 OOO로부터 실사업자인 C의 사망 소식을 접하였고, 처분청에 C가 임차한 사업장의 직권폐업을 요청하였으며, 처분청은 이를 받아들였다. 즉, 처분청과 청구인은 실사업자인 C의 사망 및 사업의 폐지로 회수불능이 확정되었다는 사실에 관하여는 다툼이 없다.(2) 청구인은 미수 임대료 채권 외 손해배상채권이 있었는바, 「민법」 제476조에 따라 청구인은 실사업자와 보증금과 상계할 채권을 상호 합의 하에 정할 수 있다고 보아야 한다.(가) 납세자가 선택한 법률관계는 특별한 사정이 없는 한 유효하다고 보아야 하는바, 청구인과 실사업자가 2024.8.31.을 기준으로 손해배상액을 계산하여 이를 승인하였다면 처분청은 이를 존중하여야 한다.(나) 청구인은 미수 임대료, 지연이자, 손해배상금이 확정된 날에 이를 자동채권으로 하여 상계적상에 있는 보증금채무를 상계할 수 있는바, 청구인과 C는 보증금과 상계할 채권의 순서를 청구인 입장에서 가장 유리하도록 지정하는 데 동의하였다. 이에 따라 청구인은 지연이자와 손해배상금을 보증금채무와 우선 상계하였다.(3) 처분청은 이 건 처분 전 대손금액과 관련하여 소명을 요청하였고, 청구인은 이 건 심판청구와 동일한 계산 내역을 제시하였는데, 처분청은 세법상 규정을 제시함이 없이 유사사례를 확인할 수 없다는 이유로 이 건 처분을 한 바, 이는 부당하다.나.처분청 의견(1) 처분청은 청구인과 B 간 임대료 수수내역을 확인하고, 임대료 및 관리비에 대한 매출채권을 임대보증금에서 우선하여 상계하였다. 지연이자 및 손해배상금이 임대보증금에서 먼저 상계되어야 한다고 한다면, 임대료 매출채권의 대손 원인은 사업의 폐지가 아니게 되는 것이므로, 대손세액공제를 적용할 수 없다.(2) 청구인이 실사업자인 C와 작성하였다고 주장하면서 제출한 금전소비대차계약서는 임대료 매출채권의 채무자와 작성되지 않았고, 미수임대료 및 손해배상금과 관련된 내용이 특정되지 아니하므로, 이 건 심판청구와 관련이 없다.3. 심리 및 판단가. 쟁점청구인이 임대보증금에서 손해배상금 등 채권을 우선 상계하였으므로, 상계되지 않은 매출채권에 대한 대손세액공제를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부나. 관련 법령 : ＜별지＞에 기재다. 사실관계 및 판단(1) 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사정이 나타난다.(가) 청구인은 2023.11.21. 임대부동산을 B에게 임대하는 것으로 부동산상가 월세계약을 체결하였는데, 해당 계약서에서 임대보증금은 OOO원이고, 월세는 OOO원(부가가치세 별도)이며, 관리비는 OOO원(부가가치세 기재 없음)인 것으로 되어 있고, 서명란 하단에는 C의 전화번호와 이름이 수기로 기재되어 있다.(나) 청구인은 2023.11.21. B으로부터 보증금에 상당하는 OOO원을 이체받았고, 2024.6.1., 2024.6.17. 및 2024.8.2. C로부터 합계 OOO원을 이체받았다.(다) 청구인은 임차인의 월세 및 관리비 미납을 사유로 2024년 8월말 임대차를 해지하였고, 2024.8.29. C를 채무자로 하여 아래 ＜표1＞과 같이 ‘청구인이 OOO원을 C에게 대여하고, C는 청구인에게 2024.12.28.까지 해당 대여금을 변제한다’는 내용으로 차용증을 작성하였으며, C는 2024.10.4. 청구인에게 OOO원을 추가로 이체한 후 2024년 11월 사망하였다.＜표1＞ 금전소비대차계약 공정증서 주요내용OOO(라) 청구인은 아래 ＜표2＞와 같은 손해배상채권을 임대보증금에서 우선 충당하고 남은 미수 임대료 및 관리비 매출채권 OOO원에 대하여 대손세액공제를 적용(세액공제액 OOO원)하여 2024년 제2기 부가가치세를 신고·납부하였으나, 처분청은 미수 임대료 및 관리비 매출채권을 임대보증금에서 우선 충당하고 남은 매출채권 OOO원에 대하여 대손세액공제를 적용하여 이 건 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였다.＜표2＞ 손해배상채권 내역OOO(2) 청구인과 처분청의 대손금액 산정 내역은 다음과 같다.(가) 청구인은 아래 ＜표3＞과 같이 보증금에서 먼저 손해배상금을 충당하여 대손세액 공제대상인 미수 임대료 및 관리비 매출채권을 OOO원으로 산정하였다.＜표3＞ 청구인 산정내역OOO(나) 처분청은 아래 ＜표4＞와 같이 보증금에서 임대료 및 관리비 매출채권을 먼저 충당하여 대손세액 공제대상인 미수 임대료 및 관리비 매출채권을 OOO원으로 산정하였다.＜표4＞ 처분청 산정내역OOO(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 실제 임차인 C와 임대보증금을 손해배상채권에 먼저 상계하기로 합의하였으므로, 해당 변제충당합의를 인정하여 대손세액 공제 금액을 산정하여야 한다고 주장하나,청구인이 변제충당의 합의의 증빙으로 제시한 2024.8.29.자 차용증상에는 청구인이 C에게 OOO원을 대여한다는 내용만 있을 뿐 임대차 종료로 인해 임대차보증금에 충당되는 채권과 그 순서에 대하여 아무런 기재가 없으므로, 청구주장과 같이 미수 임차료 및 관리비에 우선하여 손해배상채권이 임대차보증금으로부터 충당된다는 합의사실이 불분명한 점, 정당한 사유 없이 당사자간 약정을 이유로 손해배상채권을 우선하여 충당하고 임차료 및 관리비 채권에 대해 「부가가치세법」상 대손 사유를 충족한 것으로 보게 된다면, 채무자에 대해 다수의 채권을 보유하고 있는 채권자의 경우 자의적으로 대손세액 공제에 유리한 방향으로 변제충당을 하게 되는 문제가 발생할 수 있고 이는 대손 사유를 엄격하게 규정하고 있는 관련 법령 취지와 반하는 것으로 보이는 점(조심 2022서2437, 2022.9.20., 같은 뜻임), 임대차보증금액보다도 임차인의 채무액이 많은 경우에는 「민법」 제477조에서 정하고 있는 법정충당순서에 따라야 할 것인바(대법원 2007.8.23. 선고 2007다21856, 21863 판결, 참조), 법정변제충당에 따를 경우 이 건 처분과 같이 임대차보증금은 이행기가 먼저 도래한 임차료 및 관리비 채권에 우선 충당되었다고 봄이 타당한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세