청구법인의 대표이사가 운영하는 특수관계법인의 본점을 청구법인의 본점으로 보아 쟁점부동산에 대하여 중과세율을 적용하여 취득세를 부과한 처분의 당부

처분청은 청구법인의 대표이사가 운영하는 특수관계법인의 본점을 청구법인의 본점으로 보았으나, 특수관계법인의 직원이 청구법인의 세금계산서를 발행했다는 사실만으로 특수관계법인의 본점을 청구법인의 본점으로 볼 수는 없음 서울특별시 중구청장이 2025.4.25. 청구법인에게 한 취득세 등 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 2022.2.16. 경기도 남양주시 OOO(이하 “쟁점본점”이라 한다)를 본점으로 하고, 부동산 임대업 및 부동산 매매업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로, 2022.5.16. 서울특별시 중구 신당동 377-97 토지 163.41㎡ 및 건축물 225.81㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 취득(매매)한 후, 그 취득가액OOO원을 과세표준으로 하고「지방세법」제11조 제1항 제7호 나목의 세율(1천분의 40)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.나. 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 취득할 당시 청구법인의 본점을 대도시[대표이사가 운영하는 타 법인{주식회사 A 및 주식회사 B(이하 “특수관계법인”이라 한다)}의 본점 소재지(서울특별시 강남구)]에 설치하여, 쟁점부동산의 취득을「지방세법」제13조 제2항에서 규정하는 대도시에 법인을 설립한 후 5년 이내에 부동산을 취득한 것으로 보아 중과세율을 적용하여, 2025.4.25. 청구법인에게 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.7.23. 심판청구를 제기하였다.2.청구법인 주장 및 처분청 의견가.청구법인 주장청구법인 대표이사인 a는 주로 미국에 거주하면서 국내에 체류하는 시간이 제한적이기에 쟁점부동산의 중개법인인 C중개법인 주식회사(이하 “C”이라 한다)과 건물관리 용역계약을 체결하여 청구법인의 주요 사업인 부동산업의 주요사항을 C에 위임하였다.a가 운영하는 특수관계법인(주식회사 A 및 주식회사 B)은 그 운영을 위한 임·직원이 있고, 의류 및 패션잡화의 판매업, 의류, 가방, 신발, 악세사리, 뷰티제품 등 해외구매 대행업 등을 각 임·직원이 수행하고 있다.청구법인은 오로지 부동산 임대업 및 부동산 관리업 등 부동산 관련 업종만을 영위하고 있고, 그 외 등기된 목적사업 중 의복 소매업, 신발 소매업, 섬유, 직물 및 의복 액세서리 소매업 등 특수관계법인이 영위하는 사업에서는 매출이 발생한 사실이 없다.청구법인의 목적사업인 부동산 매매업 및 임대업 등과 관련한 중추적인 의사결정이라 함은 임대부동산 구입 및 임대차계약 등으로 큰 규모의 사무실이 필요하지 아니하여 공유오피스로도 충분하고, 청구법인 명의로 쟁점본점을 임차하여 매월 임차료를 부담하고 있으며, 쟁점본점에 사무용 책상, 복사기 등 사무용품이 충분히 있어 주요 사무를 수행하기 충분하다.청구법인이 쟁점부동산의 건물관리를 직접 진행하지 않고 C을 통하여 매매하고 관리하였고, 세금계산서의 발행은 부동산 관련업을 영위하기 위한 중추적인 사무에 해당하지 아니하여 세금계산서의 발행장소가 사업의 중추지가 된다고 단정할 수 없다.따라서, 처분청이 쟁점본점의 실체를 부인하고 대표이사가 운영하는 타 법인의 본점을 청구법인의 본점으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.나. 처분청 의견청구법인의 본점은 공유오피스로 청구법인의 명패나 현판 등이 확인되지 않았고, 청구법인의 직원도 확인되지 않았으며, 특수관계법인의 소재지에 청구법인의 인적·물적설비가 있다.청구법인과 C이 체결한 건물관리 용역계약서에서 쟁점부동산에 대한 관리를 쟁점본점에서 수행한다는 조항이 존재하나, 해당 업무의 수행에 따른 문서 및 보고 내역이 없어 실제 청구법인의 업무가 쟁점본점에서 이루어졌다고 보기 어렵다.청구법인의 세금계산서 발행 IP주소가 특수관계법인과 동일하여 청구법인이 특수관계법인과 실질적으로 같은 네트워크 환경에서 관리·운영되고 있어, 청구법인의 대표이사가 특수관계법인의 소재지에서 중추적인 의사결정이 이루어졌을 것이라 추단된다.따라서, 처분청이 쟁점부동산에 대하여「지방세법」제13조 제2항 제1호에 따른 중과세율을 적용하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.3. 심리 및 판단가. 쟁점청구법인의 대표이사가 운영하는 특수관계법인의 본점을 청구법인의 본점으로 보아 쟁점부동산에 대하여 중과세율을 적용하여 취득세를 부과한 처분의 당부나. 관련 법령 : ＜별지＞기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.(가) 청구법인은 2022.2.16. 대도시 외 지역(경기도 남양주시)에 소재하는 쟁점본점을 사업장 소재지로 하고, 부동산 임대업 및 부동산 매매업 등을 목적사업으로 하여 설립되었다.(나) 청구법인은 2022.2.1. C과 쟁점부동산에 대하여 건물관리 용역계약서를 체결하였고, 그 제1조 1)에 부동산 매매 및 관리 등에 대하여 C이 청구법인을 위하여 대행하고, 업무의 주요 의사결정은 청구법인의 본점에서 한다고 기재되어 있다.(다) 청구법인은 2022.2.14. 쟁점본점에 대해 계약기간을 연단위로, 차임을 선납(연납) OOO원(월OOO원)으로, 계약기간 만료 전 31일 이전에 계약해지 통보가 없을 시 동일기간씩 자동으로 연장되는 조건 등으로 기재한 임대차계약을 체결하였고, 차임을 임대인에게 계약일에 송금한 것으로 나타난다.(라) 청구법인은 2022.5.16. 쟁점부동산을 취득(매매)한 후, 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고 일반세율을 적용하여 산출한 취득세 등을 신고·납부하였다.(마) 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 취득할 당시 청구법인의 본점이 대도시에 소재하는 대표이사가 운영하는 특수관계법인(주식회사 A 및 주식회사 B)의 본점(서울특별시 강남구)에 소재하는 것으로 보아 중과세율을 적용하여 이 건 취득세 등을 부과하였다.(바) 특수관계법인 중 주식회사 A는 2019.2.12. 서울특별시 강남구 OOO을 사업장 소재지로 하고, 의류 등 인터넷판매업 등을 목적사업으로 하여 설립되었고, 2025.4.9. 서울특별시 강남구 OOO으로 본점 이전하였다.(사) 특수관계법인 중 주식회사 B은 2022.2.9. 서울특별시 강남구 OOO을 본점 소재지로 하고, 의류 등 도소매업 등을 목적사업으로 하여 설립되었다.(아) 처분청이 2025.3.13. 쟁점본점의 현황을 조사한 후 작성한 출장결과보고서에 의하면, 쟁점본점은 공유오피스로 책상과 의자가 비치되어 있으나 청구법인의 현판이나 직원 등이 없는 것으로 나타난다.＜출장결과보고서 내용＞○○○(자) 청구법인이 2022년 2월부터 2024년 8월까지 발급한 전자세금계산서 발행 IP주소는 OOO및OOO이고, 이는 특수관계법인의 본점으로 나타난다.(차) 청구법인이 제출한 부동산 임대업 등과 관련한 전자세금계산서(2022사업연도~2024사업연도)에 의하면, 매출액(부가세 제외)은 2022사업연도 10,727,272원, 2023사업연도 OOO원, 2024사업연도 OOO원 발생한 것으로 나타난다.(카) 청구법인은 아래와 같이 쟁점본점에서 목적사업인 부동산 매매 및 임대업 등을 수행하였다고 주장한다.1) 청구법인의 대표이사인 a는 부동산 매매 및 부동산 임대 관리를 위하여 쟁점본점에서 매물 검색, 회의 등 업무를 실시하고, 필요한 자료를 출력 및 스캔하는 등 쟁점본점을 최대한 활용하고 있다.＜사무실 활용 모습＞○○○2) 청구법인의 대표이사인 a는 회사 업무를 수행함과 동시에 부동산 매물의 검색, 확인, 현장 확인, 검토, 계약의 체결, 임대차계약 체결, 임대 관리 등 업무를 스스로 모두 처리할 수 없기에 부동산 법인에 위 업무를 위임하는 계약을 체결하였다.3) 청구법인의 대표이사인 a는 2022.2.1. C과 3년 동안 청구법인이 보유하는 또는 보유하고자 하는 건물에 대한 매매, 임대차, 시설 관리 등을 위임하는 계약을 체결하였다.＜부동산매매 및 임대 등 관리용역계약 내용＞○○○4) 위 계약에 따라, 청구법인의 대표이사인 a 또한 청구법인의 주요 목적 사업에 대한 업무를 수행할 때에는 대부분 절차를 쟁점본점에서 진행하고, 계약 체결 등 거래 상대방과 대면할 때에서야 쟁점본점을 벗어나 매매하고자 하는 부동산 또는 임대차 대상 부동산에서 그 계약을 체결하는 등 업무를 수행하는 것이므로, 청구법인의 본질적이고 중요한 업무가 쟁점본점을 벗어나 특수관계법인의 소재지에서 이루어질 수가 없다.(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인의 대표이사가 운영하는 특수관계법인의 본점을 청구법인의 본점으로 보아야 한