①-1 쟁점금액이 실제 쟁점공사의 용역대가보다 과다하게 지급된 것으로 보아 청구법인에게 부가가치세 및 법인세를 각 부과한 처분의 당부, ①-2 손금불산입한 금액을 임직원의 상여가 아니라 기타사외유출로 소득처분해야 한다는 청구주장의 당부, ①-3 부당과소신고가산세가 아니라 일반과소신고가산세를 적용해야 한다는 청구주장의 당부 등

①-1 쟁점금액이 쟁점공사의 추가공사대금임을 입증하기 위하여 청구법인이 제출한 증빙서류만으로는 쟁점법인측이 조사청에 한 진술을 부인하고 쟁점공사의 추가공사대금으로 인정하기에는 부족해 보임 ①-2 쟁점금액은 청구법인으로부터 사외유출되어 쟁점법인에게 귀속되어 쟁점법인의 「법인세법」상 소득금액을 구성한 것으로 보임①-3 청구법인이 쟁점금액을 쟁점공사의 추가공사대금으로 인정받기 위해 관련 장부 등을 거짓으로 작성한 것으로 보임(∴부정행위)② 쟁점금액을 손해배상금으로 볼 구체·객관적 근거가 미제시되어 청구주장을 받아들이기 어려움 종로세무서장이 ＜별지2＞ 기재와 같이 청구법인 A 주식회사에게 2025.1.21. 한 2019년 제1기·제2기 부가가치세 합계 OOO원의 부과처분, 2025.3.10. 한 2019∼2020사업연도 법인세 합계 OOO원의 부과처분과 대표이사 B·C에 대한 상여로 소득처분한 OOO원 상당의 소득금액변동통지 및 2025.3.12. D 주식회사에게 한 2021∼2023사업연도 법인세 합계 OOO원의 부과처분은,1.위 OOO원 상당액이 E 주식회사에게 귀속되어 각 사업연도의 소득을 구성한 것으로 보아 「법인세법 시행령」 제106조 제1항 제1호 다목에 따른 기타 사외유출로 소득처분하고,2. 나머지 심판청구는 기각한다. 1. 처분개요가.청구법인 A 주식회사(이하 “A”이라 한다)는 1947.6.28. “F 주식회사”라는 상호로 설립되어 건설사업, 석유화학사업 등을 영위하다가, 2021.1.4. 상호를 “A 주식회사”로 변경하고 A그룹(구 G)의 지주회사로 전환하면서, 건설사업부분을 청구법인 D 주식회사(이하 “D”, A과 합하여 “청구법인”이라 한다)로 하는 인적분할 등을 하였다.나.청구법인은 아래 ＜표1＞ 기재와 같이 2014∼2024년 H 등 발주처로부터 OOO 건설공사(이하 각각 OOO라 하고, 이들 공사를 합하여 “쟁점공사1”이라 한다) 및 OOO건설공사(이하 “쟁점공사2”, 쟁점공사1과 합하여 ”쟁점공사“”라 한다)를 각 도급받고, E 주식회사(이하 “쟁점법인”이라 한다)에게 구조물공사 등 도급받은 공사의 일부를 하도급하면서 2019년 아래의 거래를 하고 관련한 부가가치세 및 법인세 신고를 하였다.＜표1＞ 쟁점공사 내역○○○(1)A은 2019년 제1기 부가가치세 과세기간 중 쟁점법인으로부터 아래 ＜표2＞ 기재와 같이 쟁점공사1의 용역을 공급받은 것으로 하여 공급가액 합계 OOO원(이중 OOO원을 “쟁점금액1”이라 한다) 상당의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서1”, 관련한 거래를 “쟁점거래1”이라 한다)를 수취하였다.＜표2＞ 쟁점세금계산서1 내역○○○(2)A은 2019년 제2기 부가가치세 과세기간 중 쟁점법인으로부터 쟁점공사2의 용역을 공급받은 것으로 하여 공급가액 OOO원(이하 “쟁점금액2”, 쟁점금액1과 합하여 “쟁점금액”이라 한다) 상당의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서2”, 쟁점세금계산서1과 합하여 “쟁점세금계산서”, 관련한 거래를 “쟁점거래2”, 쟁점거래1과 합하여 “쟁점거래”라 한다)를 수취하였다.다.서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)이 2024.9.25.∼2025.2.11. 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시한 결과, 2019.5.2. 쟁점법인이 A에게 ＜별지1＞ 기재와 같이 그동안 청구법인에게 지급받지 못한 공사수주지원금, 미수령 공사대금, 공상처리비 등 합계 OOO원의 지급을 요청하는 내용의 정산요청서[이하 “쟁점정산요청(서)”라 한다]를 송부하였고, 조사청은 쟁점세금계산서1의 공급가액 중 아래 ＜표3＞ 기재와 같이 쟁점금액1 및 쟁점세금계산서2의 공급가액 전부인 쟁점금액2가 쟁점공사와 무관하게 쟁점정산요청에 따라 쟁점법인에게 지급된 것으로 보아 다른 세무조사결과와 합하여 과세자료를 통보하자, 처분청은 ＜별지2＞ 기재와 같이 ①쟁점세금계산서의 공급가액 중 쟁점금액만큼 과다기재된 것으로 보아 2025.1.21. A에게 2019년 제1기·제2기 부가가치세 합계 OOO원을 경정·고지하고, ②쟁점금액만큼 공사원가를 과다하게 손금산입한 것으로 보아 그 상당액만큼 손금불산입하면서(2019사업연도), 이에 따라 변경된 공사진행률로 익금과 손금을 재산정하여(2020∼2022사업연도) 2025.3.10. A에게 2019∼2020사업연도 법인세 합계 OOO원을 경정·고지하면서 쟁점금액만큼 그 지급 당시 A의 대표이사였던 B(쟁점금액1) 및 C(쟁점금액2)의 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였으며, 2025.3.12. D에게 다른 세무조사결과와 합하여 2020∼2022사업연도 법인세 합계 OOO원을 경정·고지하였다.＜표3＞ 쟁점세금계산서1 내역○○○라.청구법인은 이에 불복하여 2025.4.18. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1)쟁점금액은 쟁점공사의 당초 하도급계약 외의 추가공사의 용역대금이고, 설령 이처럼 볼 수 없다 하더라도 그 상당액만큼 기타 사외유출로 소득처분하고, 일반과소신고가산세를 부과하여야 한다.(가) 쟁점금액은 쟁점공사 중 추가공사대금이다.1) 쟁점금액의 지급 및 회계처리, 쟁점공사의 타절 등 경위가) 쟁점금액1청구법인은 그동안 다양한 분야에서 종합공사업을 영위한 대표적인 건설회사로 지방자치단체 등 여러 발주처로부터 토목공사 등의 도급을 받았고, 토목공사 분야의 전문성을 가진 쟁점법인에게 2011∼2018년 17건 상당의 공사를 하도급하여 왔다. 그런데 쟁점법인은 2018년부터 지속적으로 청구법인에게 쟁점공사1 등 하도급공사에 관한 추가공사대금의 지급을 요청하였고, 2019년 3월 청구법인에게 OOO원 상당의 추가공사비의 지급을 구하는 정산요구서를 제시하였는데, 청구법인으로서는 이러한 쟁점법인의 요청을 그 요청 당시 진행 중이던 쟁점공사1의 계약금액 증액을 위한 것으로 판단하여 2019년 4월까지 쟁점법인과 3∼4차례 관련한 협상을 진행했으나 합의에 이르지 못하였고, 그 당시 쟁점법인은 위 정산요청에 응하지 않을 경우 청구법인을 상대로 공정거래위원회의 제소, 소송 제기, 태업 등을 하겠다는 입장이었다.청구법인은 이에 따라 쟁점공사1의 각 현장에 그동안 지급 또는 정산 요청 받은 것 중 지급 가능한 추가공사 비용 내역을 확인하도록 지시하였고, 2019.5.28., 2019.5.30. 각 현장으로부터 이에 관한 사전보고를 받았다. 청구법인은 이를 토대로 2019.6.10. 쟁점법인과 사이에 쟁점법인이 쟁점공사1을 타절하기로 하면서 쟁점법인에게 위 사전보고로 확인된 쟁점금액1을 쟁점공사의 당초 하도급계약 외의 추가공사 대금으로 지급하기로 합의하였고(다만 쟁점법인은 OOO공사를 타절을 하지 않고 진행·완료하였다), 2019.7.9. 쟁점법인이 추가로 공사대금을 요청하지 못하도록 위 합의에 관한 서면[이하 “쟁점합의(서)”라 한다]을 작성하여 쟁점법인의 날인을 받았다. 한편 위 사전보고에 따라 산정된 쟁점금액1은 쟁점공사1의 하도급계약에 포함되지 않은 추가공사대금으로, 해당 사전보고(2019년 5월말) 및 그 지출 당시(2019년 5·6월 기성분 지급시)에는 하도급계약상의 계정과목이 없었으므로 임시계정인 ‘대체기성’ 또는 하도급계약상 다른 공사의 계정과목으로 집행하였다가 추후 정확한 추가공사의 항목을 반영하여 해당 공사의 계정과목에 대체하면서 쟁점금액1과 정산하는 과정을 거쳐 회계처리를 하였다.청구법인은 2019년 7월 이후에도 쟁점공사1의 타절 과정(OOO의 경우 ‘진행 과정’)에서 추가로 발생한 공사비용을 합산하여 최종적으로 쟁점법인에게 쟁점금액1 외에 OOO원을 합하여 합계 OOO원을 지급하고 쟁점공사 중 OOO를 제외한 나머지 공사를 타절하였다.나) 쟁점금액2쟁점공사2는 서울특별시 도심부의 지하를 굴착해야 하는 등 난이도가 높은 공사임에도(도로의 지하를 지나는 통상의 지하철 공사와 다르게 고속화를 위한 직선화가 필요하여 주거지역 등의 지하를 지나야 했다) 공기가 짧아서 신속한 착공이 필요한 상황(도급계약상 지체상금과 금융비용을 합하면 1개월 지체시마다 OOO원의 비용이 예상되었다)이었던 데다가, 서울 도심지 내 현장사무실 마련을 위한 고액의 임차료의 지출, 발파 등을 위한 특수 장비·인력의 구비, 추가 발파 등 하도급계약에 포함시키기 어려운 비용 보전 등을 위하여 쟁점공사2를 하도급 받은 쟁점법인으로서는 초기 비용이 필요하였다. 이에 따라 청구법인은 쟁점법인에게 쟁점공사2의 하도급계약대금의 10% 상당인 쟁점금액2를 선급금으로 지급하기로 하고 2019.12.31. 쟁점세금계산서2의 발급, 2020.1.10. 쟁점금액2의 지급을 하였다.한편 ①쟁점법인은 쟁점공사2가 마무리된 2024년 2월 청구법인에게 하도급계약대금 외에 민원발생(방음시설의 설치, 발파방법의 변경, 저소음장비의 사용 등에 OOO원 상당이 지출되었다), 굴착 난이도 상승(OOO원 상당이 지출되었다) 등에 대응하기 위한 비용으로 지출하였다면서 OOO원의 지급을 요청하였는데, 청구법인은 2024.4.26. 쟁점법인에게 OOO원을 추가공사대금으로 지급하되 그 지급은 쟁점공사2에서 정산하는 것으로 하고 하도급계약을 변경하였다. ②또한 쟁점법인은 2024년 5월 청구법인에게 기성공사대금(OOO원), 중대재해 발생에 따른 대응 비용(OOO원) 등 OOO원의 지급을 요청하였는데, 청구법인은 2024년 6월 위 기성(제53회)의 집행으로써 쟁점법인에게 OOO원을 추가공사대금으로 지급하되 쟁점금액2 중 잔액(OOO원)에서 정산하는 것으로 하였다.참고로 쟁점법인은 2024년 6월 쟁점공사2의 하도급계약상 남은 공정을 계