처분청이 국세환급가산금의 기산일을 국세환급금 결정일로부터 30일로 보아 국세환급가산금을 지급하지 않은 처분의 당부

이 건은 법정신고기한이 지난 후, 공제·환급 요건을 갖추게 된 환급세액의 국세환급가산금에 대한 경우로 「국세기본법 시행령」제43조의3 제1항 제4호단서에 따라, 처분청이 청구법인에 지급해야하는 국세환급금을 결정한 때부터 30일이 지난날을 국세환급가산금의 기산일로 보는 것이 타당한 것으로 보임 1.처분개요가. 청구법인은 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」(이하 “자본시장법”이라 한다)에 따른 투자목적회사로서, 2020년 1월 USD OOO을 출자하여 미국 법인 A(미국 델라웨어주 소재, 이하 “쟁점법인”이라 한다)를 설립한 후 쟁점법인에 USD OOO(이하 “쟁점대여금”이라 한다)을 대여하였다.나. 청구법인은 쟁점대여금에 대한 미수이자를 수입금액으로 하고 이에 따른 소득금액은 유동화전문회사 등에 대한 소득공제를 규정한 「법인세법」 제51조의2 제1항 제2호에 따라 전액 소득공제를 적용하여 2020사업연도～2023사업연도 법인세를 OOO원으로 신고하였다.다. 쟁점법인은 2025년 4월 청구법인에게 미수이자 중 일부인 USD OOO(이하 “쟁점이자”라 한다)를 지급하면서 2025.4.16. 이 금액 중 USD OOO를 「대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약」(이하 “한미조세조약”이라 한다) 제13조에 따라 미국 법인세로 원천징수(세율 12%)하여 미국 국세청에 납부하였다.라. 청구법인은 쟁점이자를 지급받으면서 원천징수되어 미국 국세청에 납부된 USD OOO은 「법인세법」 제57조의2 제1항에 따른 간접투자회사 등이 납부한 외국법인세액공제 특례의 적용대상으로 보고, 2025.6.30. 처분청에 위 「법인세법」 규정에 따른 외국법인세액공제를 적용하여 해당 금액을 환급하여 줄 것을 내용으로 하는 경정청구를 하였으며, 이에 처분청은 위 경정청구를 인용하였으나 환급을 결정한 날로부터 30일 이내에 국세환급금을 지급하였으므로 「국세기본법 시행령」 제43조의3 제1항 제4호 단서에 따라 이 건 경정청구에 따른 국세환급금은 국세환급가산금 지급대상이 아니라고 보아, 2025.8.22. 국세환급가산금 없이 청구법인의 2020～2023사업연도 법인세 OOO원을 국세환급금으로 결정통지하였다.마. 청구법인은 이에 불복하여 2025.10.24. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 이 건 환급세액에 대한 국세환급가산금의 기산일은 「국세기본법 시행령」 제43조의3 제1항 제4호에 따라 정해진다.「국세기본법 시행령」 제43조의3 제1항 제1호는 착오 또는 이중납부한 경우 및 납부 후 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정하거나 취소함으로 인하여 납부해야 하는 세액이 아님에도 납부하였거나 이를 초과하여 납부한 세액에 대한 국세환급금에 적용되는데(국세청 심사기타 2002-2063, 2003.4.25. 참조), 이 건은 경정청구를 통하여 「법인세법」 제57조의2에 따른 외국납부세액을 환급하는 경우로 착오 또는 이중납부 등 마땅히 납부해야 하는 세액이 아님에도 납부한 세금을 환급받은 경우에 해당하지 않아 이 규정의 적용대상이 아니다.반면, 「국세기본법 시행령」 제43조의3 제1항 제4호는 「법인세법」 등 각 개별법령에 따른 환급세액의 신고, 환급신청, 경정 또는 결정으로 인하여 환급하는 경우에 적용되는데, 이 건의 경우 「법인세법」 제57조의2에 따른 환급세액을 경정청구를 통해 환급받았으므로 「국세기본법 시행령」 제43조의3 제1항 제4호가 적용되는 경우에 해당한다.(2) 「국세기본법 시행령」 제43조의3 제1항 제4호에 따른 국세환급가산금의 기산일을 검토하면 이 건의 경우 당초 청구법인이 법인세를 신고한 날을 국세환급가산금의 기산일로 보아야 한다.(가) 「국세기본법 시행령」 제43조의3 제1항 제4호는 국세환급가산금의 기산일을 ① 신고일로부터 30일이 지난 날, ② 신청일로부터 30일이 지난 날 및 ③ 결정일로부터 30일이 지난 날로 구분하여 규정하고 있는데, 이 건의 경우, 다음과 같은 이유로 ‘신고일로부터 30일이 지난 날’을 국세환급가산금의 기산일로 보아야 한다.(나) ‘신청일로부터 30일이 지난 날’은 환급신청의 경우에 적용되는데, 이는 2020.6.2. 대통령령 제30724호로 「국세기본법 시행령」 제43조의3 제1항 제4호에 추가된 것으로, 당시 기획재정부는 개정이유를 「조세특례제한법」에 중소기업 결손금 소급공제에 대한 환급특례가 신설됨에 따라 국세환급금 발생일 및 국세환급가산금 기산일 규정에 「조세특례제한법」에 따른 신청으로 인한 환급을 추가하기 위함이라고 설명하였는바, 이 건 국세환급금은 「조세특례제한법」 제8조의4에 따른 ‘환급신청’에 해당하지 않아 ‘신청일로부터 30일이 지난 날’을 국세환급가산금의 기산일로 볼 수 없다.(다) ‘결정일로부터 30일이 지난 날’에 해당하는지를 살펴보면, 이는 납세자가 당초부터 무신고하였는데 과세관청이 결정을 통해 환급세액을 환급하는 경우에 적용되므로, 이 건은 청구법인이 당초 사업연도별 법정신고기한 내에 법인세 과세표준신고서를 제출하면서 납부세액과 환급세액을 “0원”으로 신고한 후 나중에 경정청구를 통해 환급받은 경우에 해당하므로 ‘결정일로부터 30일이 지난 날’이 적용될 여지가 없다.(라) 관련 유권해석을 살펴보면, 국세청은 부가가치세를 무신고하여 기한후신고를 통하여 환급받는 경우에는 「국세기본법 시행령」 제43조의3 제1항 제4호 단서에 따라 결정일로부터 30일이 지난 때의 다음날부터 국세환급가산금을 기산해야 하나, 환급세액을 “0원”으로 신고한 후 매입세액을 추가하는 경정을 원인으로 환급하는 경우에는 그 신고한 날부터 30일이 지난 날의 다음날부터 국세환급가산금을 기산한다고 해석(국세청 징세-159, 2012.2.3.)하였다.그리고 2021.2.17. 대통령령 제31452호로 개정된 「국세기본법 시행령」 제43조의3의 개정이유가 납세자의 경정청구에 따라 경정하는 경우 국세환급가산금의 기산일이 경정청구일의 다음날이었으나, 납세자 권익의 제고를 위해 납세자가 경정청구한즌 경우에도 신고일 기준 30일이 지난 날부터 국세환급가산금이 발생하도록 한 것임을 감안하여, 개정 후 유권해석도 당초 법정신고기한 내에 부가가치세를 무실적으로 신고하였으나 매입세액 공제를 이유로 경정청구를 함에 따라 2021.2.17. 이후 결정하는 국세환급금에 대한 국세환급가산금의 기산일은 신고를 한 날의 다음날(국세청 기준-2021-법령해석기본-0184, 2021.10.15.)로 일관되게 해석하고 있다.(마) 따라서, 이 건과 관련하여 처분청은 청구법인이 법정신고기한 내에 각 사업연도에 대한 법인세를 신고할 당시에는 외국납부세액 환급세액을 포함하지 않았다가, 청구법인의 경정청구가 있는 때에 비로소 환급에 관한 사항을 포함하였으므로 이는 “법정신고기한 내에 신고하지 않은 경우”에 해당하여 결정일로부터 30일이 지난 날의 다음 날을 기산일로 보아야 한다는 의견으로 보이나, 「국세기본법 시행령」 제43조의3 제1항 제4호 단서는 법정신고기한 내에 신고를 하지 않은 경우 즉, “무신고”의 경우에 적용되는 규정이며, 청구법인은 기한 내에 적법하게 법인세 과세표준신고서를 제출하면서 납부세액 및 환급세액을 “0원”으로 신고하였다가 「국세기본법」 제45조의2에 따라 경정청구를 한 경우로 무신고에 해당한다고 볼 수 없어 「국세기본법 시행령」 제43조의3 제1항 제4호 단서를 적용할 수 없다.(3) 처분청 의견에 대한 청구법인의 항변은 다음과 같다.(가) 처분청은 이 건 국세환급금의 경우, 국세환급금의 지급이 결정일로부터 30일이 되지 않아 이루어졌으므로 「국세기본법 시행령」 제43조의3 제1항 제4호 단서에 따라 국세환급가산금의 지급대상이 아니라는 의견이나, 청구법인은 2020～2023사업연도 법인세 과세표준신고를 법정기한 내에 하였고, 이 건은 사후에 경정청구를 통해 환급을 청구한 것으호 “무신고에 따른 결정”이 아니고, 처분청이 원용한 ‘국제조세 집행기준’ 57-0-4 등은 외국납부세액공제의 적용요건에 관한 기준일 뿐 국세환급가산금 기산일을 정하는 근거로 볼 수 없으며, 국외원천소득에 상응하는 법인세가 동업기업과세특례제도를 통해 동업기업의 사원 단계에서 이미 납부되어 환급가산금의 과다지급으로 볼 수 없으므로, 이 건 국세환급가산금의 기산일은 각 「국세기본법 시행령」 제43조의3 제1항 제4호 본문에 따라 각 사업연도 법정신고기한 또는 신고일로부터 30일이 경과한 날에 해당한다.(나) 처분청은 ‘국제조세 집행기준’ 57-0-4