청구인들이 쟁점법인의 수목원 조성사업을 위해 쟁점법인에게 쟁점토지를 사용승낙한 것이 「소득세법」 제41조에 따른 부당행위계산에 해당하는지 여부

청구인들은 쟁점법인의 쟁점사업을 위해 사용된 쟁점토지를 대가를 지급받지 않고 쟁점법인에게 제공한 것으로 보이는 점, 이에 반해 청구인들이 제시한 임대료납부 유예합의서는 청구인들이 쟁점토지의 사용승낙을 한 시점 이후에 작성된 것으로, 유예된 임대료의 납부기한을 특정하지 않고 상호 협의하에 조정 가능하다고 기재하여 임대료의 납부기한을 정한 것으로 보기 어렵고, 지급받을 임대료의 구체적인 산정 방법이 기재되어 있지 아니할 뿐만 아니라 계약 위반시 손해배상에 관한 명확한 규정도 없는 등 청구인들은 쟁점법인으로부터 임대료를 수취할 목적이 아니라 형식적으로 임대료납부 유예합의서를 작성한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 청구인들은 쟁점법인에게 쟁점토지를 무상 제공한 것으로 봄이 타당함 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구인 A과 B(이하 “청구인들”이라 한다)은 사촌지간으로, 2012년에 특수관계자인 주식회사 C(이하 “쟁점법인”이라 한다)과 토지사용 승낙서를 체결하여, 쟁점법인이 청구인들의 공동 소유인 OOO필지의 임야(이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO 조성사업(이하 “쟁점사업”이라 한다)을 위해 사용하는 데에 동의하였다.나. 서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2025.2.5.부터 2025.4.18.까지 청구인들에 대한 개인제세 통합세무조사(2019∼2023년 귀속분)를 실시한 결과, 청구인들이 쟁점법인에게 대가를 지급받지 아니하고, 쟁점토지의 사용승낙을 한 것이 「소득세법」제41조에 따른 부당행위계산의 적용대상에 해당한다고 보아, 「소득세법 시행령」제98조 제4항 및 「법인세법 시행령」제89조 제4항 제1호에 따라 쟁점토지의 개별공시지가에 100분의 50 및 정기예금이자율을 곱한 금액이 ‘쟁점토지 무상제공 용역’의 시가로서 청구인들의 부동산임대소득이라는 내용의 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2025.8.6. 청구인들에게 아래 ＜표1＞과 같이 종합소득세를 각 경정·고지하였다.＜표1＞ 처분청의 종합소득세 부과내역OOO다. 청구인들은 이에 불복하여 2025.10.31. 심판청구를 제기하였다.2. 청구인들 주장 및 처분청 의견가. 청구인들 주장쟁점법인은 쟁점사업(OOO 조성사업)을 진행하기 위한 인·허가를 받기 위해 2012년에 형식적으로 청구인들과 쟁점토지에 대한 ‘토지 사용승낙서’를 작성하였을 뿐, 쟁점법인이 쟁점토지를 무상 사용한 것으로 볼 수 없다.(1) 쟁점법인이 쟁점사업에 대한 인·허가를 받기 위해서는 청구인들의 쟁점토지에 대한 사용승낙이 필요하여 청구인들과 ‘토지 사용승낙서’를 작성하였을 뿐, 쟁점법인은 청구인들로부터 쟁점토지를 실제 임차하지 않았다.(2) 청구인들이 쟁점법인에게 쟁점토지를 사용승낙하고, 쟁점토지에 대한 임대료는 추후 쟁점사업이 활성화된 시점에 받기로 한 것은 경제적 합리성을 갖춘 거래이다.(가) 쟁점사업과 같은 수목원 조성사업은 인·허가 여부 및 사업 성과의 불확실성이 큰바, 쟁점법인 입장에서는 수익이 발생하지 않은 개발 단계에서 청구인들에게 지급할 임대료를 자의적으로 책정하여 이를 비용으로 선반영한다면 법인의 재무구조를 악화시키고, 산정금액의 객관성·정당성에 대한 문제가 발생할 수 있었다.(나) 쟁점토지는 이미 수목이 식재된 임야로서, 토지 자체만으로는 독립적인 활용이나 시장에서의 거래 가능성이 현실적으로 존재하지 않고, 수목원 조성공사가 완료되지 않은 상태에서는 토지로서의 감정평가 가치도 명확하지 않아 객관적인 임대료 산정 기준을 확정하기 어렵다.이러한 상황에서 향후 수목원이 완성되어 정상적인 수익이 발생 가능한 시점에 쟁점토지에 대한 감정평가액과 쟁점법인의 공사 투입 비용 등을 종합적으로 반영하여 쟁점토지에 대한 임대료를 객관적으로 산정한 후, 청구인들과 쟁점법인 간에 정산하는 것이 현실적으로 유일한 방안이었다.(다) 청구인들은 통상적인 임대사업과 같이 단순히 토지를 임대하여 임대료를 수취하는 것이 아니라, 쟁점법인이 진행하는 쟁점사업의 성과에 따라 수취할 임대료가 달라지는 형태의 사업을 영위하고자 하였는바, 청구인들과 쟁점법인의 경제적 이해관계가 상호 연결되어 있었다.따라서, 청구인들이 쟁점법인과 상호 합의하여 쟁점토지에 대한 임대료를 즉시 확정하지 아니하고, 사업의 성과가 구체화되는 시점까지 유예한 후 향후 정산하기로 한 것은 쟁점토지에 대한 임대료를 쟁점사업의 실질에 맞추어 합리적으로 확정하기 위한 것인바, 경제적 합리성을 결여한 조세회피 행위로 볼 수 없다.(3) 현재 쟁점법인은 허가받은 인·허가기간 내에 쟁점사업의 정상화를 위해 준비하고 있는 단계여서, 청구인들이 쟁점법인으로부터 임대료를 지급받을 수 없는 상태이므로 청구인들이 지급받을 권리를 포기한 임대료는 존재하지 아니한다.(가) 쟁점사업을 위한 수목원 부지 공사가 2013년부터 진행되었지만, 2017년 이후 공사가 중단되어 현재까지는 유지·관리만 이루어지고 있고, 준공 신고도 되지 않았다.공사 중단의 주요 원인은 설계변경 검토와 수목원 부지 중 일부 토지의 권리관계 문제 때문으로, 현재 이에 대한 해결방안을 모색 중인데, 쟁점법인은 쟁점사업에 대한 인·허가가 유효한 2027.9.30.까지 잔여 공정을 완료하고 준공을 신청할 예정이다.(나) 청구인들은 향후 쟁점사업이 개시된 후 소급하여 쟁점법인으로부터 임대료를 지급받을 예정인데, 현재 쟁점사업의 내용이 확정되지도 않았고, 쟁점사업을 통해 수익이 발생하지도 않아, 청구인들이 쟁점법인으로부터 지급받을 임대료를 산정할 근거가 없다.1) 쟁점법인이 작성한 2018.4.5.자 이사회의사록에 의하면 청구인들과 쟁점법인이 쟁점사업의 불확실성을 고려하여 수익이 발생하는 시점에 객관적인 감정평가를 거쳐 임대료를 산정하고, 이를 소급하여 정산하기로 합의한 사실을 명확히 확인할 수 있다.2) 청구인들이 쟁점토지에 대한 사용승낙서를 작성할 당시에는 쟁점사업에서 수익이 발생할지 여부가 불확실하여 고정된 임대료를 사전에 확정하지 않고, 향후 쟁점사업이 실제로 개시되어 발생할 수익이 구체화되는 시점에 감정평가를 통해 쟁점토지의 객관적 가치를 산정한 후 청구인들과 쟁점법인 간에 수수할 임대료를 정산하기로 합의하였는데, 이는 청구인들이 쟁점토지에 대한 임대료를 포기하거나 쟁점토지를 무상으로 제공한 것이 아니라, 지급받을 임대료 금액의 수입시기를 조건부로 유예한 것이다.3) 「소득세법 시행령」 제48조에서 자산을 임대하여 발생하는 소득의 수입시기를 “계약 또는 관습에 따라 지급일이 정해진 날, 지급일이 정해지지 아니한 경우에는 실제로 지급을 받은 날”로 규정하고 있는바, 이 건과 같이 청구인들이 쟁점법인으로부터 지급받을 임대료 금액과 지급시기가 모두 확정되지 아니한 경우 소득세법령상 임대수입의 수입시기가 도래하였다고 볼 수 없다.처분청이 제시한 조세심판원의 선결정례(조심 2008중3213, 2009.6.24.)는 임대료 지급에 관한 아무런 합의나 약정이 없는 사안으로 이 건과 같이 임대인(청구인들)과 임차인(쟁점법인)이 임대료의 지급시기를 유예하기로 합의한 경우와는 사실관계가 다르다.(다) 개인에 대한 부당행위계산부인은 「소득세법」제41조 제1항에 따라 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 경우에 한하여 적용되는데, 청구인들은 쟁점법인의 쟁점사업 준비기간 동안 쟁점토지의 임대사업이 진행되기를 기다리고 있는 상태일 뿐 쟁점법인으로부터 지급받기를 포기한 임대료가 없으므로 부당하게 감소시킨 소득이 없다.(4) 쟁점토지는 모두 산지(임야)로서, 일반적인 임대차 시장이 형성되어 있지 않으며, 별도의 개발 인·허가 없이는 독립적인 사용·수익이 사실상 불가능한 토지이므로, 처분청이 적용한 방법과 같이 정상적인 제3자 간 비교 가능한 임대차 거래를 전제로 하여 시가를 산정하는 것은 현실적으로 비합리적이다.대규모 공사가 진행되어 수목이 식재된 개발 중인 산지(쟁점토지)의 경우 단순 공시지가를 기준으로 임대료를 산정하는 것은 토지의 실질적 현황과 사용 상태를 전혀 반영하지 못한다.(5) 만일, 처분청의 의견처럼 쟁점사업을 통한 수익이 발생하기 전에 청구인들에게 쟁점토지의 무상사용이익에 대한 소득세를 부과할 경우, 향후 청구인들이 쟁점법인으로부터 임대료를 소급하여 받는 시점에 동일한 소득에 대해 이중과세되는 문제가 발생한다.(6) 처분청은 쟁점토지 외에 쟁점사업을 위해 사용승낙된 OOO 소재 임야의 소유자인 D는 이 건과 동일한 사유로 부과된 종합소득세 부과처분에 대해 불복을 제기하지 아니하였으므로 이 건 과세처분이 정당하다는 의견이나, 다른 납세의무자가 과세를 수용하고 불복하지 아니하였다는 사정은 개인적인 판단에 불과하며, 이를 근거로 이 건 처분의 적법성을 주장하는 것은 개별과세 원칙과 근거과세 원칙에 부합하지 아니한다.또한 D(청구인 A의 부친)와 청구인들은 서로 이해관계가 상충되어 분쟁 중인바, 양자의 입장이 동일하다고 보기 어렵다.나. 처분청 의견(1) 청구인들이 특수관계가 있는 쟁점법인에게 쟁점토지를 무상으로 임대한 행위는 「소득세법」상 부당행위계산의 부인대상이다.(가) 청구인들은 쟁점