청구법인이 법인전환시 현물출자 받은 쟁점건물을 사후관리 기간이 경과한 후 철거한 것을 쟁점건물의 사실상 유상양도로 보아 과세한 처분의 당부

쟁점건물 철거비용을 임차인이 부담하였다거나 임차인이 신축건물의 임대기간 종료 후 청구법인에게 무상 이전하기로 하였다하여 사실상 양도에 해당한다고 볼 수 없고 청구법인이 임대기간 종료 후 임차인으로부터 신축건물을 무상 취득하는 경우 쟁점토지의 임대료 성격으로 보는 것이 타당함 부천세무서장이 2025.1.24. 청구법인에게 한 2021사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 2011.12.15. 청구법인의 주주인 A, B, C(이하 “현물출자자”라 한다)으로부터 OOO 등 3필지 토지(이하 “이 건 토지”라 한다) 및 그 지상 건축물(이하 “쟁점건물”이라 하고, 이 건 토지와 합하여 “이 건 부동산”이라 한다)을 현물출자받아 부동산임대업을 영위하기 위하여 2011.12.15. 설립된 법인으로,현물출자자는 2012년 귀속 양도소득세 신고시 「조세특례제한법」 제32조 및 같은 법 시행령 제29조의 현물출자에 의한 법인전환에 대한 양도소득세 이월과세 요건을 충족한 것으로 보아, 2012.2.29. 이월과세를 신청하였다.＜표1＞ 이 건 부동산에 대한 현물출자자의 양도소득세 신고내역ㅇㅇㅇ나. 청구법인은 2020.12.14. D(OOO 사업장을 운영하는 개인사업자로, 이하 “임차인”이라 한다)과 쟁점건물을 철거한 후 임차인의 명의로 건물을 신축하는 조건으로 이 건 부동산에 대한 임대차계약을 체결하였고, 이에 따라 임차인은 2021.2.16. 쟁점건물을 철거한 후 2021.6.8. 임차인의 명의로 이 건 토지 지상에 건축물 867.48m2(이하 “신축건물”이라 한다)을 신축하였다.다. 처분청은 청구법인이 B로부터 현물출자받은 쟁점건물을 철거한 후 임차인 명의의 신축건물을 무상 이전받기로 약정한 것은 이월과세를 적용받은 쟁점건물을 사실상 유상양도한 것에 해당한다고 보아 2025.1.24. 청구법인에게 2021사업연도 법인세 OOO원(B가 이월과세 신청한 쟁점건물분 양도소득세 OOO원 및 가산세 포함)을 경정·고지하였다.라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.4.15. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 청구법인이 쟁점건물을 철거한 것은 양도에 해당하지 아니하므로 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 부당하다.「조세특례제한법」 제2조 제1항 제6호에서 이월과세를 정의하면서, 개인이 종전 사업용고정자산 등을 현물출자 등을 통하여 법인에 양도하는 경우 이를 양도하는 개인에 대해서는 양도소득세를 과세하지 아니하고, 그 대신 이를 양수한 법인이 그 사업용 고정자산 등을 양도하는 경우 같은 법 제104조에 따른 양도소득 산출세액 상당액을 법인세로 납부하는 것으로 규정하고 있다.이때의 “양도”란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것을 말하는 것으로(「소득세법」 제88조 제1호),청구법인이 현물출자를 통하여 양수한 사업용 고정자산 중 쟁점건물을 멸실한 후 신축건물(임차인 명의)을 신축한 것은 쟁점건물을 유상으로 사실상 이전하는 행위인 “양도”로 볼 수는 없다. ＜서면-2017-부동산-3315, 2018.8.23., 서면-2017-법령해석재산-233, 2017.12.14.＞ 부동산임대업을 영위하는 거주자가 해당 사업용 건물과 토지를 현물출자하여 법인으로 전환하고 「조세특례제한법」 제32조 제1항에 따른 양도소득세의 이월과세를 적용받은 다음, 건물을 철거 후 신축하여 그 사업을 계속하는 경우는 「조세특례제한법」 제2조 제1항 제6호에 따른 사업용고정자산 등을 양도하는 경우와 같은 법 제32조 제5항 제1호에 따른 사업을 폐지하는 경우에 해당되지 아니하는 것임 처분청은 「도시 및 주거환경정비법」 상 도시환경 정비사업에 따라 건물을 철거 후 신축하여 그 사업을 계속하는 경우와 청구법인과 같이 임의 철거한 경우는 달리 보아야 한다는 의견이나, 국세청 세법해석 등을 살피더라도 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 철거에 해당하지 않는 경우에도 동일하게 해석하여야 함(서면-2017-부동산-3315, 2018.8.23.)을 알 수 있다.또한 처분청은 5년이 경과하더라도 사업의 폐지 등에 대한 사후관리 규정을 적용하여야 한다는 의견이나, 이와 관련한 예규(서면법규-837, 2014.8.11.)는 2016년 5월 삭제되었고, 조세법률주의 원칙상 법령에서 정하고 있는 과세요건은 확장할 수 없는 것이다.(2) 임차인이 청구법인으로부터 토지와 건물 등을 임차한 후 임차인의 비용으로 기존의 쟁점건물을 멸실한 후 신축건물을 신축하는 조건의 임대차계약은 특별한 형태의 계약이 아니고, 그 실질을 양도로 보기도 어렵다.처분청은 쟁점건물의 철거 비용 등을 임차인이 부담한 것으로 보이고, 청구법인과 임차인 간 체결한 임대차계약(이하 “이 건 임대차계약”이라 한다)의 내용상 임차인의 ‘계약 갱신 청구권’ 및 ‘지상물매수청구권’ 등이 전혀 언급되어 있지 아니하는 점 등을 근거로, 이 건 임대차계약은 일방적으로 임대인에게만 유리하게 작성된 것으로 진정한 임대차계약이 아닌 그 실질은 청구법인이 쟁점건물을 양도하고 신축 건물을 취득하는 것으로 보는 것이 타당하다는 의견이다.그러나 임차인이 임대인으로부터 쟁점건물과 그 부속토지를 임차한 후, 임차인의 비용으로 쟁점건물을 멸실하고 건물을 신축하는 형태의 임대차계약은 특별한 형태의 계약이 아니고, 그러한 경우 신축 건물의 명의를 임대인으로 하고 임차인은 임대차계약 기간 중 사용·수익한 후 임대차계약 기간 종료 시 신축 건물에 관한 비용 등을 청구하지 아니하는 조건의 임대차계약 방식이 일반적이다.다만, 이와 같은 방식의 임대차계약에 있어서 임차인으로서는 임대차계약 기간이 종료되기 전 임대인과 다툼이 발생하는 경우 자신의 비용 등이 투입된 신축 건물에 대한 권리행사에 어려움이 발생할 수 있으므로 임차인 명의로의 등기가 이루어지기도 하는데, 이 건 임대차계약이 이에 해당하는 경우이다.처분청은 이 건 임대차계약에 임차인의 ‘계약갱신청구권’ 및 ‘지상물매수청구권’ 등이 포함되지 아니하여 일반적인 계약이 아니라는 의견이나, 임차인의 해당 권리는 「상가건물 임대차보호법」 및 「민법」상 강행규정으로, 이 건 임대차계약 내용과 상관없이 보호되는 임차인의 권리이고, ‘지상물매수청구권’의 경우 본건과 같이 신축 건물의 명의가 임차인으로 되어 있는 경우에 임차인 입장에서의 권리행사가보다 더 용이하다는 점을 고려하여 보면, 이 건 임대차계약이 일방적으로 청구법인에게만 유리하게 작성되었다고 볼 수도 없다.(3) 설령, 처분청의 의견대로 이 건 임대차계약의 실질이 쟁점건물을 양도한 후 신축건물을 취득한 것으로 본다 하더라도, 쟁점 건물의 양도시기는 “대금을 청산한 날”에 해당하는 신축건물을 이전받는 때이므로, 양도시기가 아직 도래하지 아니하였으므로 이 건 처분은 부적법하다.처분청은 청구법인과 임차인이 체결한 이 건 임대차계약의 실질이 쟁점건물을 유상양도한 후 그 대가로 신축건물을 취득하는 유상이전에 해당한다는 의견이나, 처분청이 제시한 쟁점건물의 가치와 그 대가로서 얻은 이익의 적정 여부는 별론으로 하더라도,쟁점건물의 양도시기는 원칙적으로 “그 대금을 청산한 날”로서 쟁점건물의 양도대가인 신축건물을 취득하는 때로 보아야 할 것이나, 청구법인은 아직 임차인으로부터 신축건물을 이전받지 아니하여 쟁점건물의 양도시기가 도래하지 아니하였으므로, 처분청이 청구법인에게 한 이 건 처분은 부적법하다.(4) 한편, 처분청은 쟁점건물을 철거하는 경우 “사업의 폐지”로 보아 법인세로 납부하여야 함이 타당하다는 의견이나,사업의 폐지 등 사후관리 요건은 청구법인이 법인전