쟁점특허권이 국내에서 사용되지 아니하여 국내원천소득에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부

쟁점특허권이 대한민국에서 사용되지 않았다면 그 대가를 굳이 대한민국에서 지급할 이유가 없어보이므로, 사실상 대한민국에서 사용된 것으로 보이고, 쟁점특허권의 기술이 국외에서 사용되었는지 여부와 그 근거의 입증책임은 청구법인이 지는 것임 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가.청구법인은 미합중국에서 설립되어 OOO 기술에 관한 특정 특허·특허 출원·가출원, 관련한 외국 특허(출원)를 보유하고 이에 대한 독점적 사용권(라이선스)을 부여하고 있고, 2024.4.30. A 주식회사(이하 “A”라 한다)와 사이에 청구법인이 보유한 ＜별지1＞ 기재의 특허권 54개(이하 “쟁점특허”라 한다)를 양도(13개 특허권)하거나 그 사용을 허여(41개 특허권)하는 계약[이하 “쟁점계약(서)”이라 한다]을 체결하였다.나.A는 2024년 5월 청구법인에게 쟁점계약에 따른 사용료로 미화 OOO달러(원화로는 OOO원이고, 이하 “쟁점사용료”라 한다)를 지급하였고, 2024.6.10. 「대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약(이하 “한미조세협약”이라 한다)」 제14조 제1항에 따른 제한세율 15%를 적용하여 2024사업연도 법인세(원천징수분 사용료) OOO원을 신고·납부하였다.다.청구법인은 2025.7.25. 쟁점사용료 중 대한민국 원천소득은 54개 쟁점특허 중 대한민국에 등록된 6개 특허에 상응하는 부분이어서 그 나머지에 대한 기납부 원천징수세액 OOO원을 환급하여 줄 것을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2025.9.18. 쟁점사용료의 전부가 한미조세협약 및 「법인세법」에 따른 대한민국 원천소득에 해당된다는 이유로 이를 거부하였다.라.청구인은 이에 불복하여 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장쟁점사용료 중 대한민국에서 제조·생산 등에 사용된 것만을 대한민국 원천소득으로 보아 과세하여야 하고, 처분청에서 이를 감안한 정당세액을 제시하지 못하는 이상 이 건 원천징수세액의 전부를 환급하여야 한다.(1) 쟁점계약의 체결 배경 및 쟁점사용료의 구성특허권은 해당 특허권이 등록된 국가에서만 법률 등으로 보호받게 되고 그 등록이 되지 않은 국가에서는 그 소유자의 허락 없이 임의로 사용되더라도 해당 소유자의 권리를 침해하지 않으므로, 청구법인과 A는 대한민국, 중국, 미국, 유럽 등에 등록된 쟁점특허에 대하여 A가 쟁점특허의 기술을 사용하여 재화(디스플레이 패널)를 생산하여서 쟁점특허의 등록국가에 판매할 때 청구법인의 쟁점특허상 권리와 관련한 법적 분쟁을 사전에 예방을 목적으로 쟁점계약을 체결하였는바, 쟁점사용료에는 ①대한민국에 등록된 특허권에 대한 사용료 또는 분쟁해결금, ②대한민국에 등록되지 않은 특허권에 대한 사용료, ③대한민국에 등록되지 않은 특허권에 대한 분쟁해결금을 포함하고 있다.(2) 쟁점사용료 중 대한민국 원천소득 및 정당세액의 입증책임한미조세협약 제6조 제3항 및 제14조 제4항에 따르면 “특허의 사용 또는 사용권에 대한 대가로서 지급되는 사용료는 어느 체약국내의 특허의 사용 또는 사용권에 대하여 지급되는 경우에만 그 체약국내에 원천을 둔 소득으로 취급된다”라고 규정하고 있고, 위 규정의 적용에 대하여 대법원은 그동안 “미국 등 국외에 등록되었을 뿐 대한민국에는 등록되지 않은 미국법인의 특허권 등이 대한민국에서 제조·판매 등에 사용된 경우 미국법인이 그 사용의 대가로 지급받는 소득을 대한민국 원천소득으로 볼 것인지는 한미조세협약에 따라 판단해야 한다”고 전제한 뒤, “특허권이 등록된 국가 외에서는 특허권의 침해가 발생할 수 없어 이를 사용하거나 그 사용의 대가를 지급한다는 것을 상정할 수 없으므로, 미국법인이 특허권을 국외에서 등록하였을 뿐 대한민국에는 등록하지 않은 경우 미국법인이 이와 관련하여 지급받는 소득은 그 사용의 대가가 될 수 없어 이를 대한민국의 원천소득으로 볼 수 없다”라고 판단하였다(대법원 2022.2.10. 선고 2018두36592 판결 등, 같은 뜻임). 그런데 대법원은 2025.9.18. ‘OOO’ 전원합의체 판결로 위 종전 판례를 변경하면서 “대한민국 미등록 특허권의 특허기술이 국내에서 사용되었다면 그 대가인 사용료소득은 대한민국 원천소득에 해당한다”라고 판단하였다. 다만 변경된 위 ‘대법원 OOO’ 판결에 따르더라도 ①미국법인이 ②대한민국에 등록되지 않은 특허권과 관련하여 지급받은 사용료가 있고 ③해당 특허권의 특허기술이 대한민국에서의 제조·판매 등에 사실상 사용된 경우에만 그 대가인 사용료소득이 대한민국 국내원천소득에 해당된다 할 것이다.한편 일반적으로 조세부과처분의 취소소송에서 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세관청에게 있으므로 과세관청이 구체적인 소송과정에서 과세요건사실을 직접 증명허가나 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실을 밝히지 못하면 해당 과세처분은 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이 되고(대법원 2013.3.38. 선고 2010두20805 판결, 같은 뜻임), 감액경정청구를 받은 과세관청으로서는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고해야 할 객관적으로 정당한 과세표준과 세액을 초과하는지 여부에 관하여 조사·확인할 의무가 있으므로 감액경정청구에 대한 거부처분 취소소송에서 그 거부처분의 실제적·절차적 위법사유를 취소원인으로 하는 것으로서의 그 심판의 대상은 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액의 객관적인 존부라 할 것이고, 그 거부처분의 적법 여부는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 정당한 과세표준 및 세액을 초과하는지 여부로 판단되는 것이므로(대법원 2008.12.24. 선고 2006두13497 판결, 같은 뜻임), 감액경정 거부처분 취소소송에서도 거부처분의 적법성에 관하여 원칙적으로 과세관청이 이를 증명하여야 한다(서울고등법원 2024.7.5. 선고 2023누46731 판결, 같은 뜻임). 그런데 감액경정청구에 대한 거부처분 취소소송에서 과세관청이 정당세액의 범위에 대한 증명이 없다면 해당 처분을 전부 취소할 수밖에 없고 이 경우 법원이 직권으로 합리적·타당성 있는 산정방법을 찾아내어 부과될 정당세액을 계산할 의무가 있는 것은 아니라 할 것이다(대법원 2020.8.20. 선고 2017두4480 판결 등, 같은 뜻임).이러한 법리 및 다음의 사실관계 등을 감안하면 과세관청이 쟁점사용료 중 정당세액에 해당되는 부분, 즉 쟁점특허의 특허기술이 대한민국에서의 제조·판매 등에 사실상 사용된 부분 상당액을 입증하여야 하나 그 입증이 제시되지 않은 채로 쟁점사용료의 전부를 대한민국에서의 제조·판매 등에 사용되었음을 전제로 이 건 경정청구를 거부한 처분은 위법하고, 이 건 원천징수세액의 전부를 환급하여야 한다. ①A는 ‘디스플레이 패널’을 생산·판매하는 회사로 대한민국뿐만 아니라 중국, 베트남 등 국외에서도 각 생산공장을 둔 것으로 알려져 있는데, 2024사업연도 연결감사보고서에 따르면 아래 ＜표1＞ 기재와 같이 A의 총 매출액 중 대한민국 매출액분이 차지하는 비중이 4% 상당액에 불과한 점 등을 감안하면, 쟁점특허의 특허기술의 전부 또는 적어도 일부는 대한민국에서의 제조·생산 등에 사용되지 않았을 것으로 봄이 타당하다. ②앞서 제시하였듯이 쟁점사용료에는 대한민국에 등록되지 않은 특허권에 대한 분쟁해결금을 포함하고 있고 이는 대한민국의 원천소득이 아니라 할 것이다(처분청은 해당 분쟁해결금이 대한민국 원천인 사용료소득인지 여부에 대하여 증명하여야 한다).＜표1＞ A의 연도별·국가별 매출액 현황○○○나. 처분청 의견쟁점사용료의 전부가 대한민국 원천소득에 해당하므로 이 건 원천징수세액을 환급할 수 없다.조세조약(협약)은 그 당사자국 간의 과세권을 조정하여 이중과세와 조세회피를 방지함으로써 국제거래의 여건을 원활하게 조성하기 위하여 체결되는 것이고, 과세권은 각국의 세법에 따르되 조세조약과 각국의 세법에서 다르게 정하는 사항에 대해서는 조세조약이 우선하여 적용된다 할 것이다. 한미조세협약은 사용료 등 소득의 종류별로 원천지국과 거주지국 간의 과세권을 조정하는데 제2조 제2항 전문에서 “이 협약에서 사용되나 이 협약에서 정의되지 아니한 기타의 용어는, 달리 문맥에 따르지 아니하는 한, 그 조세가 결정되는 체약국의 법에 따라 내포하는 의미를 가진다”라고 규정하고 있는바, 한미조세협약상 소득의 원천에 관한 특별한 규정이 없다면 한미조세협약 제2조 제2항 전문에 따라 체약국인 대한민국의 세법이 내포하는 의미에 따라 국내원천여부를 파악하