청구법인의 매출세금계산서 및 매입세금계산서가 실지거래 없이 수수한 사실과 다른 세금계산서인지 여부

처분청은 청구법인이 인적·물적 시설 없이 가공세금계산서를 수수하였다고 주장하나, 청구법인의 고유 그룹번호를 통한 면세점 매출 전산자료 및 금융거래 내역이 확인되고, 중위여행사에 선급금을 지원한 사실과 실제 직원을 고용하여 업무를 전담하게 한 정황 등이 확인되므로 이를 전적으로 가공거래라 인정하기는 부족함 남대문세무서장이 2025.2.10. 청구법인에게 한 2020년 제2기∼2023년 제1기 부가가치세 합계 OOO원의 부과처분과 영등포세무서장이 2025.6.23. 청구법인에게 한 2018년 제1기∼2020년 제2기 부가가치세 합계 OOO원의 부과처분은 청구법인이 면세점 또는 중위여행사와 용역대금을 수수하면서 따이공에게 지급될 판매장려금을 특정(구분)하여 지급하였는지 여부, 청구법인이 발급한 매출세금계산서와 중위여행사 등으로부터 수취한 매입세금계산서의 실지거래 여부(위장거래인 경우에 한하여 선의의 거래당사자 여부 포함) 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 1997.10.15. 설립되어 전자통신분야 제조 및 서비스업을 영위하다가, 2020.12.30. ㈜B 등 7개 여행사(이하 “피합병법인들”이라 한다)를 흡수합병하여 청구법인의 지점으로 운영하였으며, 2025.2.3. 주식회사 C으로 상호를 변경하였다.나. 청구법인(흡수합병 전 피합병법인들을 포함하며, 이하 같다)은 국내 면세점과 중국인 보따리상(한국의 면세품을 구매하여 중국의 소비자, 유통업자 등에게 판매하는 중국인 구매대행업자를 말하며, 이하 “따이공”이라 한다)의 면세점 쇼핑을 알선하고 면세점으로부터 따이공이 구입한 물품가액의 일정 금액을 수수료(이하 “송객수수료”라 한다)로 지급받는 용역계약을 체결한 후 따이공 모객업무를 중위여행사에 하도급하고, 중위여행사는 이를 하위여행사 또는 가이드에 재하도급하여 따이공을 모집한 뒤 이를 면세점에 송객하도록 하였다.다. 청구법인은 면세점으로부터 받은 송객수수료에 대해 면세점에 매출세금계산서를 발행하고 중위여행사에게 지급한 하도급수수료에 대해 중위여행사로부터 매입세금계산서(이하 이 건 매출세금계산서와 매입세금계산서를 “쟁점세금계산서”라 하며, 관련 거래를 “이 건 거래”라 한다)를 발급받아 2018년 제1기∼2023년 제1기 부가가치세 신고를 완료하였다.라. 영등포세무서장은 2021.5.10.∼2025.4.30. 기간 동안 피합병법인들에 대한 부가가치세 세무조사를 실시한 결과 피합병법인들이 2018년 제1기부터 2020년 제2기까지 과세기간 중 면세점에 대하여 발급한 매출세금계산서 공급가액 총 OOO원과 중위여행사로부터 수취한 매입세금계산서 공급가액 OOO원이 따이공 모객용역과 관련하여 실지 거래 없이 발급 및 수취한 거짓 세금계산서로 판단하여 2025.6.23. 청구법인에게 가산세를 포함한 2018년 제1기∼2020년 제2기 부가가치세 합계 OOO원을 각 경정·고지하였다.마. 서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.6.27.∼2024.12.14. 기간 동안 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과, 청구법인이 2020년 제2기부터 2023년 제1기까지 과세기간 중 면세점에 대하여 발급한 매출세금계산서 공급가액 총 OOO원과 중위여행사로부터 수취한 매입세금계산서 공급가액 OOO원이 따이공 모객용역과 관련하여 발급 및 수취한 거짓 세금계산서로 보아 2025.1.24. 청구법인과 남대문세무서장에게 세무조사 결과통지를 하였고, 남대문세무서장(이하 영등포세무서장과 합하여 “처분청”이라 한다)은 2025.2.10. 청구법인에게 가산세를 포함한 2020년 제2기∼2023년 제1기 부가가치세 합계 OOO원을 각 경정·고지하였다.바. 청구법인은 이에 불복하여 2025.2.20. 및 2025.8.22. 각 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 모객 용역의 핵심은 청구법인이 면세점으로부터 부여받은 그룹번호(고유 코드)에 있는바, 따이공이 면세점에서 물품을 구매할 때 반드시 청구법인의 그룹번호를 제시해야만 면세품 구매가 가능하며, 이 정보는 면세점 전산 시스템(ERP)에 실시간으로 기록되므로, ERP에 청구법인의 실적으로 집계된 매출이 존재한다는 사실은 청구법인이 면세점에 송객 용역을 제공하였다는 증거이다. 따라서 실지 거래를 부인한 처분청의 판단은 면세점 거래 시스템의 특성을 오인한 것이다.(2) 하나의 거래는 공급하는 자와 공급받는 자 사이에 그 실질이 동일하게 적용되어야 함에도 불구하고, 과세관청은 매입자인 면세점 측에는 청구법인으로부터 정상적으로 용역을 공급받았다고 보아 매입세액공제를 인정하면서 공급자인 청구법인에게는 같은 용역거래를 가공으로 판단하여 모순된 처분을 하였다. 대법원도 이 건 거래와 동일한 거래 구조를 가진 다수의 사건에서 그룹번호 사용 사실 등을 근거로 매출세금계산서의 적법성을 인정(대법원 2023.11.30. 선고 2023두52697 판결)하고 있는바, 이 건 처분은 판례의 태도와도 배치된다.(3) 처분청은 청구법인이 중위여행사로부터 수취한 이 건 매입세금계산서가 실지 거래 없이 수취된 가공세금계산서인 것으로 주장하나, 청구법인과 중위여행사 간의 거래는 계약의 구체성, 선급금 지급, 법원의 거래 실재성 인정 등을 감안할 때 정상적인 용역거래이다.(가) 청구법인과 중위여행사 간의 계약은 품목에 따라 정밀하게 구분된 수수료율을 포함하여 업무 범위 명확화, 시장 변동성 반영 등 구체적이고 상세한 합의를 거친 것이다. 또한, 청구법인은 중위여행사가 수행한 용역결과를 검증하고 관리하기 위하여 중위여행사가 모집한 가이드를 관리하고 따이공 구매명세서를 직접 작성하여 중위여행사와 상호 검증한 후 세금계산서를 수취하였다. 또한, 중위여행사들도 지급받은 수수료를 즉시 인출하지 않고 하위여행사로 송금하는 등 정상적인 자금흐름을 보였으므로 이 건 거래는 가공거래에 해당하지 않는다.(나) 청구법인은 자금력이 부족한 중위여행사의 모객 활동을 지원하기 위해 미래에 발생할 수수료를 추정하여 거액의 선급금을 먼저 지급하는 등 실질적인 금융 리스크를 부담하였다. 만약 이것이 가공거래라면 매입처가 잠적하거나 부도낼 위험을 감수하는 것이므로, 이는 청구법인이 거래 상대방의 신용 위험과 자금 부담을 실제로 떠안고 사업을 영위한 실질 사업자임을 증명하는 것이다. 또한, 청구법인은 선급금을 지급받고도 의무를 이행하지 않은 일부 여행사들을 상대로 선급금 반환 소송을 제기하여 승소하는 등 청구법인과 중위여행사 간의 거래 실체는 법원의 판결을 통해서도 객관적으로 확인되었다.(4) 설령 상대방의 실체에 흠결이 있더라도 청구법인은 선의의 납세자로서 주의의무를 다하였으므로 중위여행사와의 거래에 대해 매입세액이 공제되어야 한다. 대법원은 공급받는 자가 명의위장 사실을 알지 못했고 그에 과실이 없다면 매입세액이 공제되어야 한다고 판시한바, 청구법인은 거래처 선정 단계에서 방대한 서류를 징구하여 신원을 철저히 검증하였고, 중위여행사 사무실을 직접 방문하여 현장 실사를 수행하였고, 구매대행업발전협회를 설립·운영하는 등 최선의 주의의무를 다하였으므로 청구법인에 선의·무과실이 인정되어야 한다.(5) 처분청은 청구법인의 매출거래를 가공으로 판단하여 3%의 가산세를 부과하였으나, 이는 실제 용역을 수행한 사업장(본점)과 세금계산서상 명의 사업장(지점)이 불일치하는 문제일 뿐 둘 이상의 사업장을 가진 사업자가 다른 사업장 명의로 세금계산서를 발급한 경우, 이를 가공거래로 보지 않고 1%의 낮은 가산세만을 적용해야 한다. 청구법인은 금융 거래 내역과 면세점 ERP 데이터로써 거래의 실재성을 소명하였으므로, 지점 명의 세금계산서 발급을 이유로 이를 가공거래로 처분하는 것은 위법하며, 사업장 기재 착오 가산세 1%만을 적용하는 것이 타당하다.(6) 법원은 이 건과 유사한 사건에서 관련된 다수의 쟁점을 판단하였으나, 법원의 판단한 사례와 이 건은 ＜표1＞과 같은 차이를 보인다.＜표1＞ 법원이 가공으로 판단한 사건과 이 건 비교 법원이 가공으로 판단한 사건 청구법인 주장 중위여행사의 실체 부존재 ㅇ 중위여행사들의 관광사업등록증 보유 및 인적·물적시설 존재 ㅇ 청구법인은 중위여행사에 대한 현장실사 실시 ㅇ 중·하위여행사가 세금계산서를 발급한 IP가 동일 ㅇ 청구법인 및 중위여행사들의 세금계산서 발급 IP가 상이 계약의 구체성 부족 및 수수료 정산방식 ㅇ 계약서에 구체적인 수수료율, 수수료율의 결정기준, 거래금액에 따른 수수료증액 정도 등이 미기재 ㅇ 중위여행사와 업무내용 및 범위, 수수료 지급체계, 수수료율, 정산방법,