쟁점의과대학 부속병원용 부동산에 대하여 일반적 경과규정에 따라 종전규정을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

취득세 감면율이 축소된 이후인 20.1.16. 이 건 건축물을 취득하였다고 하더라도 종전 규정 시행기간 내에 취득을 위한 원인행위(착공)을 하였는바, 일반적 경과규정에 따라 취득세를 면제하는 것이 타당함 경기도 용인시장(기흥구청장)이 2024.7.23. 청구법인에게 한 취득세 등의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 2020.1.16. 경기도 용인시 기흥구 OOO 외 13필지(이하 “이 건 토지”라 한다) 지상에 건축물(111,633㎥, 의과대학 부속병원, 근린생활시설, 장례식장, 이하 “이 건 건축물”이라 한다)을 신축하여 취득한 후, 2020.3.11. 처분청으로부터 의과대학 부속병원에 사용하는 부분(102,200.21㎡, 이하 “쟁점건축물”이라 한다)에 대하여 「지방세특례제한법」(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것, 이하 “개정 「지방세특례제한법」”이라 한다) 제41조 제7항(이하 “쟁점규정”이라 한다)에 따른 의과대학 부속병원이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 취득세의 100분의 50을 경감받고, 나머지 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 처분청에 신고·납부하였다.나. 청구법인은 2024.6.4. 쟁점건축물은「지방세특례제한법」(2014. 12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 된 것, 이하 “종전 「지방세특례제한법」”이라 한다) 시행 당시 건축허가를 득하고 착공하였으므로 종전 「지방세특례제한법」 쟁점규정에 따른 취득세 면제대상에 해당한다고 보아 이 건 취득세 등의 일부가 환급되어야 한다는 사유로 하여 경정청구를 하였으나, 처분청은 2024.7.23. 이를 거부하였다.다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.8.28. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 개정「지방세특례제한법」개정 당시 그 부칙에 일반적 경과조치 규정이 있고, 그 규정이 있을 경우에는 종전 법령 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아갔다면 그 신뢰를 보호하기 위하여 종전 법령에 따라 감면될 수 있다.조세법령의 개정이 있는 경우 개정 전후 법령 중 납세의무 성립 당시의 법령을 적용하는 것이 원칙이나, 법원에서는 개정 법령 부칙에 있는 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면하여야 할 세금에 대해서는 종전의 예에 의한다.”라는 일반적 경과규정은 개정 세법이 납세의무자에게 불리하게 적용되어 납세의무자의 기득권 및 신뢰를 침해하는 것을 방지하기 위함이므로, 위와 같은 일반적인 경과규정이 있는 경우 예외적으로 납세자에게 유리한 구법을 적용하도록 하고 있다(대법원 1994.5.24. 선고 93누5666 전원합의체 판결 등 다수).또한, 일반적인 경과조치에 규정된 “종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 세금”에는 “개정 전 법령의 시행 당시 이미 과세요건이 모두 충족되어 납세의무가 성립한 조세뿐만 아니라 비록 과세요건이 모두 충족되지는 않았더라도 납세의무자가 개정 전 법령에 의한 조세 감면 등을 신뢰하여 개정 전 법령의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야할 정도에 이른 경우에도 이를 적용해야 할 것”이다(대법원 2015.9.24. 선고 2015두42152 판결).그리고, 법원에서는 종전 법령에 대한 신뢰를 바탕으로 매매계약 및 착공 행위를 한 경우 “개정 전 법령에 의한 조세 감면 등을 신뢰하여 과세요건의 충족과 밀접한 원인행위”를 한 것으로 신뢰보호의 대상에 해당한다고 판단하였다(대법원 1998.11.13. 선고 97누201 판결).이러한 법원의 판단에 기초하여 조세심판원은 의과대학 부속병원 감면규정의 적용과 관련하여 일반적인 경과규정에 따라 개정 전 법령에 따라 취득세를 감면할 수 있는지가 문제가 된 사안에 대해, 개정 전 법령에 대한 신뢰에 기반한 착공 행위로써 과세요건의 충족과 밀접한 원인행위로 나아간 경우, 그 신뢰를 마땅히 보호해야 한다고 수차례 판단하였다(조심 2020지1217, 2021.11.30. 등 다수, 같은 뜻임)(2) 조세심판원에서는 의과대학 부속병원 감면규정을 비롯하여 장기간 조세 특례가 유지되어 온 경우에 일몰 기한이 연장될 것이라는 납세의무자의 신뢰를 보호하도록 하였다.처분청의 주장과 달리 착공 당시(2012.5.17.) 의과대학 부속병원 감면규정은 일몰규정을 두어 장래 일정한 기한까지 취득세 납세의무가 성립하는 경우 취득세를 면제하도록 하고 있었고, 조세심판원에서는 장기간 조세특례가 동일하게 유지되어 온 경우에, 일몰 기한이 연장될 것이라는 납세의무자의 신뢰도 보호대상에 해당한다고 수차례 판단하였다(조심 2021지2795, 2022.5.24. 등 다수, 같은 뜻임)특히, 조세심판원은 본 건 사례에 적용되는 의과대학 부속병원 감면규정의 적용과 관련하여, 해당 취득세 면제 규정이 1954년부터 계속하여 그 형식만 바꾸어 비과세 또는 면제대상으로 유지되어 왔기에 신뢰할만한 사정이 있다고 보이는바, 종전「지방세특례제한법」시행 당시에 착공 등 취득과 밀접하게 관련된 원인행위를 한 경우에는 종전「지방세특례제한법」쟁점규정에 따라 취득세가 면제될 수 있다고 판단하였다(조심 2021지405, 2021.10.8. 등 다수, 같은 뜻임)청구법인은 이 건 심판청구와 관련된 의과대학 부속병원 감면규정은 50년 이상의 오랜 기간 지속적으로 유지되었던 점을 신뢰하여 향후 준공 시점에서도 동 감면 규정에 따라 취득세를 면제받을 수 있다고 판단하였기에 2012.5.17. 막대한 공사비가 소요되는 쟁점건축물 공사에 착공하였다. 이처럼 청구법인은 의과대학 부속병원 감면규정의 개정 연혁 및 일몰기한 등을 근거로 형성된 신뢰를 바탕으로 과세요건의 충족과 밀접하게 연관된 원인행위로 나아간바, 일반적인 경과 규정에 따른 신뢰 보호 대상에 해당한다.(3) 이 건 취득세 등 납세의무 성립과 밀접하게 관련된 행위가 이루어졌던 이 건 건축물 착공일(2012.5.17.)에 청구법인은 쟁점규정의 향후 개정 여부에 대해 전혀 예상할 수 없었다.처분청의 주장과 달리, 법원은 납세의무자가 종전 법령에 대해 형성한 신뢰가 기득권에 준하여 보호받아야 하는지를 판단하면서, 법령 개정을 납세의무자가 예측할 수 있었는지를 중요한 판단 요소로 보았다(대법원 1998.11.13. 선고 97누201 판결 등).의과대학 부속병원 감면규정은 법률로 50년 이상의 기간 동안 변함없이 규정되어 왔으며, 이 건 건축물 공사 착공 당시(2012.5.17.) 청구법인은 오랫동안 유지되던 취득세 면제 규정이 개정될 것이라고 전혀 예상하지 못하였다. 처분청에서는 개정「지방세특례제한법」관련 입법예고(2013.7.26.)를 통하여 감면율이 축소될 것이라는 점을 충분히 예측할 수 있었다고 주장하나, 처분청에서 언급한 입법예고에서는 국립대병원, 의료법인, 지방의료원에 대한 감면조항인 「지방세특례제한법」 제37조, 제38조, 제38조의2에 대한 입법 예고만 포함되어 있으며, 이 건 심판청구 관련 적용규정인 쟁점규정에 대한 내용은 존재하지 않는 것으로 확인된다. 설령 해당 입법 예고가 의과대학 부속병원에 대한 감면 조항인 쟁점규정에 대한 개정까지도 예고한 것이라고 보더라도, 이 건 건축물 착공시점(2012.5.17.)에는 처분청에서 언급한 입법예고(2013.7.26.) 조차도 공표되지 않았던 상황이었다.게다가 개정「지방세특례제한법」과 관련된 국회회의록에 따르면 행정자치부차관은 개정「지방세특례제한법」개정 시 일몰이 도래한 100% 감면을 축소하려는 취지에 대해 지방 재정의 어려움을 타개하기 위함이라고 설명하였는데, 청구법인 입장에서 오랫동안 지방 재정의 성쇠에도 불구하고 취득세 비과세 및 면제 조항으로 유지되어 오던 학교법인 감면 규정이 일시적인 재정 부족을 이유로 개정될 것임을 예측하기란 불가능에 가깝다.이처럼 청구법인은 착공 시점(2012.5.17.)에 취득세 면제 조항으로서 오랜 기간 유지되어 온 의과대학 부속병원 감면규정의 감면율이 축소될 것임을 전혀 예상하지 못하였으므로, 청구법인이 착공 당시 시행중인 법령에 대해 가졌던 신뢰는 기득권에 갈음하는 것으로서 보호되어야 한다.(4) 처분청에서 제시한 최신 판례(서울고등법원 2023.5.18. 선고 2022누55103, 이하 “최신 판례”라 한다)에 비해 이 건 심판청구는 종전「지방세특례제한법」쟁점규정에 대한 납세자가 가졌던 신뢰가 상대적으로 확고히 형성되었을 뿐만 아니라, 해당 신뢰를