주택건설사업자가 개발사업용 토지를 양도한 경우 비사업용 토지 해당 여부

1. 사실관계 ○ 질의법인은 ’21.12.21. 주거용 건물 개발 및 공급을 목적으로 설립된 프로젝트금융투자회사로 - ’21.12.24. “○○도 ○○시 ○○구 ○○동 876번지 외 4필지 토지”(제3종 일반주거지역, 이하 ‘쟁점토지’) 및 건물 * 을 매입하고 ○○시장으로부터 주택건설사업계획승인을 통보받았음 ○ 질의법인은 주택건설사업계획을 승인받은 이후 주택도시보증공사(이하 ‘공사’)가 진행하는 “공공지원 민간임대주택 민간제안사업”에 공모하여 ’22.12.27. 우선협상대상자로 선정되었으나 공사는 특별한 이유 없이 사업 진행을 지체하다가 ’24.9.13. 주택도시기금 **억원의 출자를 승인하였으며 - ’24.11.19. 공공지원 민간임대주택의 사업주체인 쟁점 리츠의 영업인가가 이루어짐 ○ 쟁점 리츠는 공사의 출자금과 질의법인의 기존 투자자들의 출자금으로 설립되고 질의법인의 토지를 매입하여 사업을 진행할 예정이며 - 질의법인은 쟁점토지를 쟁점 리츠에 전부 매각하고 대출상환 및 잔여재산 분배 이후 청산할 예정임 ○ ○○청장은 질의법인이 쟁점토지를 소유한 기간(’22년~’24년)에 대한 재산세 과세 시 재산세 분리과세 대상으로 구분하여 과세함 * 재산세 분리과세 대상 여부는 지방세법에 따른 판단사항인바 이하에서는 쟁점토지가 ｢지방세법｣ 제106조제1항제3호 사목(개발사업용 토지)에 따른 재산세 분리과세대상 토지에 해당함을 전제하여 검토함 2. 질의내용 ○ 주택건설사업자가 주택건설사업계획승인을 받은 토지로서 「지방세법」 제106조제1항제3호 사목에 따른 재산세 분리과세 대상 토지를 다른 법인에게 양도한 경우 비사업용 토지 해당 여부 3. 관련법령 ○ 법인세법 제55조의2 【토지등 양도소득에 대한 과세특례】 ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지, 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다), 주택을 취득하기 위한 권리로서 「소득세법」 제88조제9호 에 따른 조합원입주권 및 같은 조 제10호에 따른 분양권(이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다. 3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 ② 제1항제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다. 4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지 나. 「지방세법」 제106조제1항제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지 ○ 법인세법 시행령 제92조의3 【비사업용 토지의 기간기준】 법 제55조의2제2항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다. 2. 토지의 소유기간이 3년 이상이고 5년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간 가. 토지의 소유기간에서 3년을 차감한 기간을 초과하는 기간 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간 다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다. ○ 지방세법 제106조 【과세대상의 구분 등】 ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다. 3. 분리과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 국가의 보호ㆍ지원 또는 중과가 필요한 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지 사. 국토의 효율적 이용을 위한 개발사업용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지 ○ 지방세법 시행령 제102조 【분리과세대상 토지의 범위】 ⑦ 법 제106조제1항제3호사목에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 다음 각 호에서 정하는 토지(법 제106조제1항제3호다목에 따른 토지는 제외한다)를 말한다. 다만 제9호 및 제11호에 따른 토지 중 취득일로부터 5년이 지난 토지로서 용지조성사업 또는 건축을 착공하지 않은 토지는 제외한다. 7. 「주택법」에 따라 주택건설사업자 등록을 한 주택건설사업자(같은 법 제11조에 따른 주택조합 및 고용자인 사업주체와 「도시 및 주거환경정비법」 제24조 부터 제28조까지 또는 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제17조 부터 제19조까지의 규정에 따른 사업시행자를 포함한다)가 주택을 건설하기 위하여 같은 법에 따른 사업계획의 승인을 받은 토지로서 주택건설사업에 제공되고 있는 토지( 「주택법」 제2조제11호 에 따른 지역주택조합ㆍ직장주택조합이 조합원이 납부한 금전으로 매수하여 소유하고 있는 「신탁법」에 따른 신탁재산의 경우에는 사업계획의 승인을 받기 전의 토지를 포함한다)