의무고용비율 미달로 부과된 장애인고용부담금의 손금 여부

법령 위반 등 의무불이행에 따른 제재로서 부과되는 공과금으로 손금 부인 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 2000.2.28. 설립되어 반도체장비 제조업을 영위하고 있는 회사로 2019년∼2022년 기간 동안 「장애인고용촉진 및 직업재활법」(이하 “장애인고용법”이라 한다) 제33조에 따라 고용노동부장관에게 장애인고용부담금 합계 OOO원(이하 “쟁점장애인고용부담금”이라 한다)을 납부한 후, 이를 「법인세법」제21조 제5호의 의무불이행에 따른 공과금에 해당하는 것으로 보아 손금불산입하여 2019∼2022사업연도 법인세를 각각 신고·납부하였다.나. 청구법인은 2025.3.31. 쟁점장애인고용부담금이 「법인세법」제21조 제5호의 손금불산입대상 공과금에 해당하지 아니하는 것으로 보아 이를 손금산입하여 아래 ＜표1＞과 같이 처분청에 각 사업연도 법인세를 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였고, 처분청은 기획재정부 유권해석(법인세제과-145, 2018.2.21.) 등을 근거로 2025.5.9. 경정청구를 거부하였다.＜표1＞ 법인세 경정청구 내역ㅇㅇㅇ다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.8.5. 이의신청을 거쳐 2025.12.12. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 장애인고용부담금은 '제재'적 성격이 아닌 장애인 고용촉진을 위한 유도적 조정적 (특별)부담금 성격의 공과금에 해당한다.(가) 헌법재판소는 일찍이 장애인고용부담금은 장애인의 고용에 따른 경제적 부담을 장애인을 고용하는 사업주와 고용하지 않는 사업주간에 평등하게 조정하고 장애인을 새로이 고용하는 사업주의 부담을 줄이기 위한 사업주의 공동각출금으로, 장애인의 고용촉진을 주된 목적으로 하는 유도적ㆍ조정적 (특별)부담금의 성격을 가진 것이라고 판시한바(OOO), 이와 같은 헌법재판소의 입장에 비춰볼 때 장애인고용부담금은 장애인고용법상 의무 고용률을 적용받지 않거나, 또는 의무고용률을 초과하여 장애인을 고용한 사업주에게 지급되는 장애인고용장려금(장애인고용법 제30조)을 지급하기 위하여 설치된 장애인 고용촉진 및 직업재활 기금의 주된 재원으로써, 의무불이행에 대한 제재로서 부과되는 공과금이라기보다 장애인 고용촉진이라는 공적 목표를 달성하기 위하여 사업자 간에 비용을 분담하기 위한 공과금으로 보는 것이 타당하다.(나) 더욱이 장애인고용법은 장애인고용부담금 관련 신고의무를 이행하지 않거나 거짓으로 신고하는 경우에 비로소 제재로서의 성격을 가진 과태료를 부과하도록 규정하고 있을 뿐, 장애인 고용의무 불이행 자체에 대한 별도의 형벌 규정 내지는 과태료 규정을 두고 있지 않으며, 상시 100명 미만의 근로자를 고용하는 규모의 작은 사업주에게는 현실적인 여건을 고려하여 그 고용의무에도 불구하고 장애인고용부담금을 부담하지 않도록 하는 등의 내용을 두고 있는바(장애인고용법 제86조 제3항 제1호, 제33조 제1항 참조), 이러한 장애인고용법의 구조적 측면에서 보더라도 장애인고용부담금은 장애인 고용에 대한 정책적 목적을 달성하기 위하여 독립적으로 부과되는 금전지급의무의 성격을 가질 뿐 그 자체를 ‘의무불이행에 대한 제재’로서 부과되는 공과금으로 보기는 어렵다.(2) 법인세법령의 개정연혁에 비추어보더라도 장애인고용부담금을 손금산입대상 공과금으로 보는 것이 타당하며, 법령의 개정 없이 유권해석만으로 손금산입 여부를 달리 정하는 것은 조세법률주의에 위반된다.(가) 구 「법인세법」(1998.12.28. 법률 제5581호로 전부 개정되기 전의 것) 제16조 제5호는 공과금을 원칙적으로 손금불산입의 대상으로 규정하는 한편, 구 「법인세법 시행령」(1997.12.31. 대통령령 제15564호로 개정되기 전의 것) 제25조 제1항은 손금불산입에서 제외되는 공과금을 제한적으로 열거하면서 장애인고용부담금을 손금불산입에서 제외되는 공과금, 즉 손금산입 대상 공과금으로 명시적으로 규정하고 있었다.(나) 헌법재판소는 위와 같은 구 법인세법령의 규정방식에 대하여, 공과금은 법인의 일정한 사업이나 자산의 존재, 거래 등의 행위에 수반하여 강제적으로 부과되는 것이기 때문에 사업경비의 성격을 띄는 것이므로 「법인세법」상 손금에 산입됨이 원칙이라 할 것인바, 구 법인세법령이 공과금을 원칙적으로 손금불산입하고 손금산입 대상 공과금을 제한적으로 열거하는 방식으로 규정하고 있는 것은 실질적 조세법률 주의에 위배되어 위헌이라 판단하였다(OOO).(다) 이후 법인세법령은 헌법재판소의 위헌 결정의 취지에 따라 공과금을 원칙적으로 손금산입대상으로 보되 손금불산입되는 공과금을 규정하여 공과금의 손금산입 범위가 더 넓어지는 방향으로 개정되었을 뿐, 손금산입 대상 공과금을 제한적 열거방식으로 규정하고 있던 구 법인세법령상으로도 손금산입 대상으로 인정되던 장애인고용 부담금 등을 손금불산입 대상으로 보아야 한다는 취지로 개정된 바는 없다.이와 같이 법인세법령의 위와 같은 개정 전후 및 현재에 이르기까지 사회적인 변화나 정책적 전환 등으로 인해 장애인고용부담금을 손금불산입할 필요성이 새로 생겼다거나, 법령 개정 또는 입법 과정에서 그에 대한 논의가 있었다고 보기도 어려운바, 장애인고용부담금이 손금산입 대상 공과금에 해당한다는 입법 취지는 현행 법인세법령하에서도 계속해서 유지되고 있다고 보는 것이 타당하다.(라) 더욱이 과세관청은 법인세법령의 위와 같은 개정 후 그 개정취지에 따라 장애인고용부담금에 대하여 계속하여 손금으로 인정하여 왔음에도 불구하고 동일한 법령에 대하여 단지 유권해석의 변경만으로 갑자기 장애인고용부담금의 손금산입을 부정하는 것은 법령이 아닌 행정청의 자의적인 해석에 따라 과세요건을 달리 정한 것으로 조세법률주의에 명백히 위반되는 것이다.(3) 최근 법원은 장애인고용부담금이 ‘제재로서 부과되는 공과금’이 아니므로 손금산입대상 공과금이라는 점을 명백히 판단하였다.(가) 최근 서울행정법원과 서울고등법원은 이 건 심판청구와 같이 장애인고용부담금의 손금산입대상 공과금 여부가 쟁점이 된 사안에 대하여, 장애인고용부담금은 법령에 따른 의무불이행에 대한 '제재로서 부과된 공과금'에 해당하지 아니하므로 손금에 산입되는 공과금이라고 판단하였다(OOO).(나) 구체적으로 법원은 장애인고용부담금은 장애인 고용의무자가 장애인고용법 제33조 제1항에 따라 의무고용률에 못 미치게 장애인을 고용하여 부과되는 것이므로 법령에 따른 의무의 불이행에 대하여 부과된 것이기는 하나, ① 헌법재판소의 결정을 보면 장애인고용부담금은 장애인의 고용촉진을 주된 목적으로 하는 유도적ㆍ조정적 (특별)부담금의 성격을 띄는 점, ② 장애인고용법상 사업주가 장애인 고용의무를 이행하지 않더라도 이에 대하여 형사처벌하는 등의 규정은 없고, 설령 의무고용률에 못 미치는 장애인을 고용하는 경우에도 모든 사업주가 장애인고용부담금을 납부할 의무가 발생하는 것도 아닌 점 등에 비추어 장애인고용부담금은 법령에 따른 의무불이행에 대한 '제재'라기보다는 장애인고용법 제33조가 정한 요건에 따라 장애인 고용에 대한 정책적 목적을 달성하기 위하여 독립적으로 부과되는 금전지급의무의 성격이 더 강한 점, ③ 장애인고용부담금은 장애인을 고용하는 사업주와 그렇지 않은 사업주 간의 경제적 부담을 평등하게 조정하기 위한 사업주의 공동 각출금으로서 사업주의 사업이나 자산의 존재, 거래 등의 행위에 수반되어 발생하는 사업경비의 성격을 가진다고 볼 수밖에 없는 점, ④ 의무불이행에 대한 제재로서 부과되는 벌금이나 과태료의 경우 고의 또는 과실이라는 귀책사유를 고려하여야 하지만, 장애인고용부담금은 그러한 사유를 고려하지 않고 일률적으로 부과되는 등 이를 의무위반에 대한 제재'로 보기 어려운 측면이 많은 점, ⑤ 조세법률주의와 엄격해석의 원칙이 적용되는 세법에서 장애인고용부담금이 사업경비의 성격을 가짐에도 국가가 이를 손금에 불산입하는 방식으로 납세자에게 불리한 해석을 통해 장애인 고용촉진을 추구하려고 하는 것은 근본적인 문제 해결의 측면에서 바람직한 길이 아닐 수 있고, 그에 앞서서 장애인고용법을 비롯한 여러 장애인 관련 법령의 개선, 행정적 지원, 교육 등의 다양한 수단을 활용하여 장애인 고용정책의 기본적인 방향을 설정하고 장애인 인력 고용에 대해 사업주의 자발적인 참여를 끌어내는 방안을 먼저 모색할 필요가 있는 점 등 장애인고용법의 문언, 장애인고용부담금의