적법한 심판청구인지 여부 및 쟁점비용의 수익사업 공통손금 해당 여부

청구법인은 2019년 6월에 일반분양(수익사업) 공고를 한 사실이 확인되므로, 쟁점비용은 조합원분양(비수익사업)에 대응되는 비용에 해당하고, 쟁점비용 지출이 없더라도 정비사업에 장애가 되지 않아, 통상적으로 필요한 비용에 해당하지 않으며, 이를 공통비용으로 보는 것은 수익·비용 대응원칙에도 부합하지 않음 1. 처분개요가. 청구법인은 2009.6.25. 「도시 및 주거환경정비법」(이하 “도시정비법”이라 한다) 제35조에 따라 OOO 일대(대지면적 90,897.3㎡)의 주거환경개선 정비사업을 시행할 목적으로 설립된 조합으로, 2021년 2월 조합원 분양분 1,429세대 등 총 1,884세대의 공동주택 및 상가를 준공인가 받았다.나. 청구법인은 「법인세법」 제113조의 구분경리 규정에 따라 발생된 비용 중 비수익사업(조합원분양분)과 수익사업(일반분양분)에 속하는 개별손금은 실질귀속에 따라 구분하고, 공통손금은 조합원분양분과 일반분양분 면적으로 안분하여 법인세를 신고·납부하면서, 정비사업 관련 홍보관 설치 및 관리비로 2015년부터 2019년까지 OOO원, 조합원 모집비와 광고홍보비로 2015년부터 2018년까지 OOO원, 합계 OOO원(이하 “쟁점비용”이라 한다)을 지출하고 이를 비수익사업(조합원분양분) 개별손금으로 분류하였다.다. 청구법인은 2025.8.27. 쟁점비용이 재건축사업의 원활한 진행을 위한 필수적 지출 비용으로서 공통손금에 해당되므로 쟁점비용 중 수익사업인 일반분양분(25.94%)에 상당하는 OOO원을 손금에 산입하여, 2021사업연도 법인세 OOO 및 2024년 귀속 배당소득원천세 OOO원의 환급을 구하는 취지의 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2025.12.12. 이를 거부하였다.라. 청구법인은 이에 불복하여 2026.1.20. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 청구법인은 조합원 모집을 통해 조합설립을 위한 필요조건(80%의 이상의 토지사용권과 15% 이상의 토지소유권 확보)을 충족시켜야만 했고, 조합원 모집을 위해서는 쟁점비용의 발생이 필수적인 바, 홍보관 설치·유지비와 홍보요원에 대한 수수료와 용역비 등은 개별손금이 아니라 공통손금으로 보는 것이 타당하다.(가) 개별손금·공통손금의 구분은 분양원가 계산을 인과관계에 기초하여 합리적으로 배분하기 위한 것으로 개별손금(직접비)과 공통손금(간접비)으로 구분하여 전자는 직접 할당하고 후자는 비례관계를 나타내는 지표를 기준으로 안분한다.예를 들면, 투입되는 비용 중 일반분양으로 기인해 조합이 부담하는 일반분양 주택에 대한 원시 취득세는 수익사업의 개별손금이고, 일반분양과는 무관하게 조합원을 위해 조합이 부담한 조합원 중도금 금융수수료는 비수익사업 개별손금이며, 조합원분양주택과 일반분양주택 및 일반분양상가에서 발생하는 건축비, 설계비와 감리비 등은 공통손금에 해당한다.조합원 모집을 위해 홍보관을 설치하고, 홍보요원들이 조합원을 모집하므로 그에 따라 홍보관 설치·유지비와 홍보요원에 대한 수수료와 용역비가 발생한다. 모집된 조합원은 지역주택가입계약서와 조합업무행정용역계약서를 작성하고, 약정된 금원을 조합에 납부하면 동액은 재무제표에 자본금으로 계상되며, 조합은 조달된 금원으로 주택건설용 토지취득과 사업진행에 필요한 각종 용역비를 지급한다.(나) 조세심판원은 “청구법인 입장에서 이주보상비를 지출하지 않고서는 조합원분양은 물론, 일반분양도 원만하게 진행할 수 없는바, 이주보상비는 재개발사업을 진행하기 위한 필수 지출로서 조합원 및 일반분양을 포함한 전체 재개발사업을 위한 공통경비로 봄이 타당한 점, 처분청은 이주보상금의 수령자가 조합원이라는 이유로, 이주보상금을 공통손금으로 인정할 수 없다는 입장이나, 조합원 해당 여부와 관계없이 지급하여야 하는 점을 감안하면 조합원 해당 여부에 따라 달리 취급하는 것은 불합리한 점 등에 비추어 청구법인이 조합원인 종교법인에게 지급한 이주보상비를 공통경비로 보아 수익사업에 대응하는 분은 손금에 산입”하도록 결정(조심 2019부3546, 2020.2.26. 참조)하였다.(다) 또한 조세심판원은 “청구법인의 수익사업에서 결손이 발생한 사실에 대하여 다툼이 없는바, 결과적으로 수익사업에서의 소득이 비수익사업으로 유출되었다고 보기 어렵다”고 결정(조심 2023서9585, 2024.5.21. 참조)하였고, 국세청도 수익사업에서 발생한 이익이 분배되는 경우에만 배당소득으로 보고 있다(서면-2021-소득-7214, 2022.2.28., 서면-2021-소득-8054, 2022.9.2. 참조).(2) 지역주택조합은 조합설립인가전에 주택건설대지의 50% 이상에 해당하는 토지의 사용권원을 확보한 후 조합원을 공개 모집하여야 하고(「주택법」 제11조의3), 이후 조합원 모집을 통해 조달된 자금으로 토지를 추가 취득하여 80%의 이상의 토지사용권원과 15% 이상의 토지소유권을 동시에 확보하여야 조합설립 인가가 가능하다(「주택법」 제11조 제2항).(가) 법원은 지역주택조합 추진위원회가 조합원 모집을 포함한 조합설립 및 운영업무 위탁과 홍보 등에 관한 용역비와 관련된 매입세액은 토지와 관련된 매입세액이 아니라 공통매입세액이라고 판시하였고(OOO), 조세심판원은 취득세 과세와 관련한 비용은 주택건설에 필요한 자금을 조달하기 위한 것으로 토지의 취득원가에 포함된다고 판시하였다(조심 2021지570, 2021.12.28., 조심 2017지1082, 2018.3.29. 참조).(나) 위 결정례는 쟁점비용에 대해 「부가가치세법」상 매입세액공제와 관련하여서는 토지와 관련된 것이 아닌 공통매입세액으로 보았고, 취득세와 관련하여서는 토지취득과 관련된 간접비용으로 본 것이라고 해석할 수 있으나, 쟁점비용을 토지의 취득원가로 보든 건축물의 취득원가로 보든 이들 비용은 비수익사업인 조합원용 주택건설과 수익사업인 일반분양용 주택 및 상가의 건설에 모두에게 사용되는 것이므로 이는 공통손금에 해당한다.따라서 쟁점비용은 비수익사업인 조합원용 주택만을 위해 발생한 것이 아니라 일반분양용 주택과 상가의 건축 및 공급과도 관련된 것이어서 이를 공통손금으로 보는 것이 타당하므로 그에 따라 이 건 법인세와 배당소득세의 과세표준과 세액을 경정하여야 한다.나. 처분청 의견(1) (본안전 항변) 청구법인이 2021사업연도 법인세 과세표준에 공통손금으로 반영되어야 한다고 주장하는 조합원모집비, 홍보관 설치 및 관리비는 2015년부터 2019년까지 발생한 비용으로서 부과제척기간이 경과한 사업연도에 대한 경정청구는 불가하고, 이를 사실상 이월공제되는 결손금의 증액을 구하는 것으로 선해하더라도 이는 경정청구 사유에 해당하지 아니한다.「국세기본법」 제45조의2 제1항은 “과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하거나, 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못하는 경우에 신고한 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 청구할 수 있다”고 규정하고 있고, 대법원 2020.4.9. 선고 OOO 판결은 이월세액공제액의 증액 경정청구는 「국세기본법」 제45조의2에서 정한 ‘신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때’에 해당한다거나, ‘신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때’에 해당한다고 볼 수 없으므로 부적법한 경정청구에 해당한다고 판시하였다.따라서, 이 건 심판청구는 이월공제되는 결손금의 증액을 구하는 취지의 경정청구로서 이는 부적법한 청구에 해당하고, 결손금이 발생한 사업연도의 「국세기본법」 제26조의2에 따른 부과제척기간이 만료된 경우에는 해당 사업연도의 결손금을 경정할 수 없다고 보아야 한다(기준-2018-법령해석법인-0289, 참조).(2) 공통손금은 조합원분양(비수익사업)과 일반분양(수익사업)에 공통으로 사용되는 귀속이 불분명한 손금을 말하는 것인바, 홍보관 설치 및 관리비, 모집광고 홍보비는 비수익사업인 조합원들의 분양에 대응되는 비용으로서 개별손금에 해당한다.(가) 청구법인은 아파트 및 상가의 분양을 위한 지역주택조합을 설립하였고, 조합원을 모집하기 위해 조합 업무대행 용역계약 등을 체결하고, 각 용역 대가를 지급하고 이를 비수익사업인 조합원분양의 개별손금으로 반영하였다.청구법인이 제출한 신고서 및 증빙자료에 의하면 조합원 분양 절차를 완료하고, 2019년 6월 일반분양공고를 시작으로 일반분양자들을 위한 모집, 홍보 대행 용역대가로 2019~2020사업연도에 외주용역비 OOO원을 포함하여 OOO원의 비용을 지출한 후 이를 결손금에