쟁점거래를 형식적 거래당사자인 뷰티메디칼을 끼워넣기한 가공거래로 보아 부가가치세를 부과한 처분의 당부

처분청 의견에 따르면 서승원이 뷰티메디칼에 의약품을 판매한 것도 동일하게 「약사법」 위반에 해당할 수 있으며, 회피행위 자체가 쟁점거래에 대한 과세근거가 되기 부족함 중부세무서장이 ＜별지＞ 기재와 같이 2025.10.24., 2025.10.27. 청구법인 주식회사 a과 청구인 b에게 한 부가가치세 합계 OOO원 및 종합소득세 합계 OOO원의 각 부과처분은 b과 주식회사 a이 2021년 제1기부터 2024년 제2기까지의 부가가치세 과세기간 동안 제약회사 및 의약품 수출업체와의 거래에서 수수한 세금계산서를 실지거래에 따라 정상적으로 수수한 세금계산서로 보아 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다. 1. 처분개요가. 청구인 b(이하 “b”이라 한다)은 2009.10.1. 개업하여 서울특별시 중구 OOO에서 OOO이라는 상호로 피부과 의원을 운영하고 있는 개인사업자이고, 청구법인 주식회사 a(대표이사는 b, 이하 “a”이라 하고, b과 함께 “청구인들”이라 한다)은 2015.12.30. 설립되어 서울특별시 중구 OOO에서 의약품 도매업 등을 영위하고 있는 법인사업자이다.나. 청구인들은 2021년부터 보톡스 등 의약품 도매업을 영위하면서, 아래 ＜표1＞과 같이 b이 제약회사로부터 의약품을 매입한 후 이를 a에게 판매하면 a은 의약품을 수출업체에 매출하는 거래(이하 “쟁점거래”라 한다)를 하였다.＜표1＞ 쟁점거래 거래구조다. 처분청은 2025.3.27.부터 2025.8.31.까지 a의 2021년 제1기～2024년 제2기 과세기간에 대한 부가가치세 세무조사와 b의 2022년 귀속분 종합소득세 통합조사를 실시한 결과, a은 부가가치를 창출할 만한 독립적인 사업형태를 갖추지 못하였고 실질적인 사업활동을 수행한 사실이 없는 도관회사에 불과하므로, 쟁점거래와 관련하여 발급·수취한 세금계산서는 소위 ‘끼워넣기 거래’에 따른 가공세금계산서에 해당한다고 보고, b의 개인 계좌에 ATM기로 입금된 현금 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다) 중 수입금액으로 신고된 금액을 제외한 OOO원을 신고누락한 것으로 보아,＜별지＞ 기재와 같이 2025.10.24. a에게 2021년 제1기～2024년 제2기 부가가치세 합계 OOO원을, 2025.10.27. b에게 2021년 제1기～2024년 제2기 부가가치세 합계 OOO원, 2022년 귀속 종합소득세 OOO원을 각 경정·고지하였다.라. 청구인들은 이에 불복하여 2025.12.18. 심판청구를 제기하였다.2. 청구인들 주장 및 처분청 의견가. 청구인들 주장(1) 쟁점거래는 거래상대방의 요구와 사업상 관리의 효율성 측면에서 이루어진 것으로, 실제 의약품을 수출하는 거래가 이루어졌고 청구인들에게 조세를 포탈한 사실이나 포탈할 목적이 없었으므로 a을 도관회사로 보아 과세한 처분은 취소되어야 한다.(가) 쟁점거래는 사업상의 필요에 따라 이루어진 실제 재화의 이동이 있었던 정상적인 거래에 해당한다.1) 제약회사는 의약품 판매의 특성상 의원과의 거래를 요구하였고 이에 반해, 수출업체는 대부분 법인사업자와 거래를 진행한다고 하여, 청구인들은 이미 설립하여 운영 중인 a을 이용하여 쟁점거래를 시작하게 되었다.청구인들은 의약품의 물량 흐름에 따라 거래명세표를 각각 작성하였고 사업장별로 대금을 수수하면서 세금계산서를 발행하였으며, 처분청은 세무조사 당시 쟁점거래를 통한 실제 물량의 흐름이 있었던 사실을 확인하였음에도, 특수관계인과의 거래라는 이유로 쟁점거래 전체를 부인하는 것은 납득할 수 없는 과도한 처분이라 하겠다.2) b은 2021년 4월 a이 수출업 허가 등을 준비할 당시 선박 출하 일정을 맞추기 위해 단 한 차례 OOO을 통해 의약품을 수출하였으나, 이후 모든 거래는 a을 통해 이루어졌다.처분청은 청구인들이 「약사법」 위반을 외관상 드러나지 않게 할 목적으로 a을 중간에 끼워 넣었다는 의견이나, 법원에서 의약품을 다른 나라로 수출하거나 국내에서 수출업체에 인도하는 것은 「약사법」 위반행위에 해당하지 않는다고 판결(대법원 2003.3.28. 선고 2023누61408 판결 등)한 바 있다.설령, 쟁점거래에 「약사법」상 문제가 다투어질 여지가 있더라도 세법상 ‘끼워넣기 거래’에 해당하는지 여부는 실물의 이동, 대금지급 여부 등 해당 거래의 실체에 따라 판단하여야 하는 것인데, 「약사법」 위반 가능성에 따라 쟁점거래 관련 세금계산서 전부가 허위에 해당한다는 처분청 의견은 도저히 받아들일 수 없다.(나) a은 실체가 있는 정상적인 법인에 해당한다.1) a은 2015.12.30. 설립되어 OOO과는 구별되는 별도의 사업장OOO에 임대차계약을 체결하고, 법인세 등 각종 세금을 성실히 신고·납부하여 왔으며, 소속 임직원들에게 급여를 지급하고 원천징수의무까지 충실히 이행하였다.2) 처분청은 2021년도에 a의 직원이 없었다고 하나 사업 초창기에 a의 대표이사인 b이 법인의 업무를 처리할 수 있는 것이고, 2022년 상반기 중에 c이 a의 직원으로 근무한 사실은 명확하다.2022년 9월 이후 직원 d, e, f, g, h 등의 경우 a과 OOO 각 사업장에서 근로한 부분을 구분하여 별도로 급여를 지급하였고, 소규모 법인에서 대표이사가 실무를 주도하거나 효율적인 경영을 위해 어느 정도의 인적자원 및 물적시설을 공유하는 것은 일반적인 형태이므로, 이러한 부분을 이유로 법인의 실체를 부인하거나 거래를 부정하는 것은 타당하지 않다.또한 a 수출업무의 특성상 많은 인원이 필요하지 않으나 업무량이 증가함에 따라 OOO소속 직원 i이 a 직원으로 채용되어 2024년 5월까지 근무한 사실도 있다.(다) b은 a의 대표이사로서 거래조건을 결정하고 업무를 수행하였으며, a은 수출업체를 통해 실제 의약품을 정상적으로 수출하였다.1) b은 OOO의 원장이자 a의 주식을 100% 보유(배우자 지분 포함)하고 있는 대표이사이므로 법인의 대표이사 자격으로 거래조건을 결정하는 것은 지극히 당연한 일이라 할 것이다.처분청이 끼워넣기 거래 근거의 하나로 제시한 OOO에서 보관하여야 할 거래명세표를 a이 보관하고 있었다는 사실은 OOO과 a이 같은 건물의 4층과 5층을 각각 사업장으로 사용하고 있는 점에 비추어 볼 때, 참으로 실질을 도외시한 편협한 판단이라 아니할 수 없다.2) a의 사업자등록상 의약품 도소매업과 수출업 등을 영위하는 것으로 명시되어 있고, 실제로 수출업체를 통하여 의약품을 정상적으로 수출한 사실이 있다.처분청은 일부 수출업체들이 b이나 a이 아닌 제약회사와 거래를 직접 진행하기도 하였다 하나, 재고물량 확보를 위해 수출업체가 제약사에 직접 문의하는 것은 모든 유통업종에서 빈번하게 발생할 수 있는 일이고, 이러한 사례를 a의 실체를 부인하는 근거로 주장하는 것은 부당하다.3) 처분청은 a의 계좌를 b이 일부 개인 계좌처럼 사용하였다는 의견이나, a의 매입대금을 b이 대신 지급한 경우 법인의 가수금으로 회계처리 하였고, a의 계좌에서 b에게 이체한 금액에 대하여는 가수금 반제처리 하였으며, 처분청은 세무조사를 통해 이러한 사실을 확인하였으므로 별다른 문제가 되지 않는다 할 것이다.(라) 쟁점거래를 통해 탈루된 세액은 전혀 없고, 청구인들에게 어떠한 조세회피 의사도 없었다.쟁점거래는 수출할 보톡스 등을 제약회사에서 수출업체까지 공급하는 한정된 거래로 일명 ‘폭탄업체’ 등이 개입된 사실도 없고, 쟁점거래와 관련된 업체 중 어느 하나도 조세를 포탈한 사실이나 포탈할 목적이 없었음이 명확하다.(마) 의약품의 배송과정이나 동일한 컴퓨터에서 세금계산서가 발급되었다는 사실 등에 근거하여 쟁점거래의 실체를 부인할 수는 없다.1) 처분청은 a이 의약품을 직접 보관하거나 운송하지 않는 등 재고에 대한 위험을 부담하지 않는다는 의견이나, 수출용 의약품은 온도관리 등 보관조건이 까다로워 불필요한 상품의 하차와 재검수를 줄이는 것이 핵심이며, 같은 건물 내에 소재한 a과 OOO의 지리적 이점을 활용하여 a의 통합 관리하에 의약품을 신속히 배송한 데에 어떠한 문제가 있었다고 볼 수 없다.2) 처분청은 a과 OOO의 세금계산서가 한 곳에서 발행되었으므로 a의 실체가 없다는 의견도 제시하나, b이 a의 대표이사이고 세금계산서 등의 발행 건수가 소수이며, 각 사업장 소재지가 가깝고 업무의 효율성을 위하여 두 사업장의 업무를 함께 수행한 직원도 있는 점 등에 비추어, 이는 얼마든지 발생할 수 있는 일로 보인다.처분청이 이러한 사실관계를 도외시한 채 자료상에게나 적용되는 기준을 근거로 a을 도관으로 보는 것은 부당하며, a과 OOO의 세금계산서 수수내역 중 비정상적인 거래형태도 나타난다고 하나 이는 대부분 일시적인 귀속시기의 차이에서 비롯된 것일 뿐이며, a과 OOO의 거래금액 중 통상적이지 않은 가격으로 거래가 이루어진 부분이 있다면 특수관계인간 부당행위계산부인 규정을 적용할 것이지 물량흐름 전체를 부인하는 것은 타당하지 않다.(2) 처분청은 ATM기를 통한 현금입금액인 쟁점금액을